View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10304_2 (Length: 321)

Name: NF10304_2
Description: NF10304
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10304_2
NF10304_2
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (46-307)||(12907322-12907583)
chr6 (46-307)||(12932411-12932672)
chr6 (1-307)||(12958210-12958516)
chr6 (1-307)||(12899702-12900008)
chr6 (46-307)||(12948776-12949037)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (1-307)||(7425-7731)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (52-307)||(17923225-17923480)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (51-288)||(10604903-10605140)
chr5 (48-307)||(10581135-10581387)
chr5 (72-288)||(10762975-10763191)
chr5 (56-307)||(10611842-10612093)
chr5 (72-307)||(10740541-10740776)
chr5 (50-307)||(10565159-10565416)
chr5 (150-307)||(10716860-10717017)
chr5 (149-307)||(10746934-10747092)
chr5 (131-304)||(10216650-10216823)
chr5 (149-288)||(10559053-10559192)
chr5 (149-307)||(10588349-10588507)
chr5 (149-304)||(11048576-11048731)
chr5 (149-275)||(7193169-7193295)
chr5 (81-285)||(10652053-10652257)
chr5 (125-285)||(9836223-9836383)
chr5 (143-235)||(10659998-10660090)
chr5 (153-288)||(19605788-19605923)
chr5 (149-265)||(9825258-9825374)
chr5 (194-235)||(35423919-35423960)
chr5 (46-124)||(10746839-10746921)
chr5 (194-235)||(35376660-35376701)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (147-235)||(39875809-39875897)
chr1 (147-235)||(39883932-39884020)
chr1 (147-235)||(39890886-39890974)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (151-288)||(27723977-27724114)
chr8 (155-235)||(28605827-28605907)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (160-286)||(31467092-31467218)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (192-232)||(29623027-29623067)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 46 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12907583 - 12907322
Alignment:
Q  46 caatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaat 145  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12907583 caatggaagattaaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgattatgctagtattcttatgagaggtaccagaaat 12907484  T
Q  146 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaac 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12907483 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcaaatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatggaggattaac 12907384  T
Q  246 tgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12907383 tgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatct 12907322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 46 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12932672 - 12932411
Alignment:
Q  46 caatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaat 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12932672 caatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttactccgattgtgctagtattcttattagaggtaccggaaat 12932573  T
Q  146 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaac 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12932572 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaac 12932473  T
Q  246 tgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12932472 tgctcacattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatct 12932411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12958516 - 12958210
Alignment:
Q  1 ggtattatatatatctacgccaaaatatatgaagaattnnnnnnncaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttcc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12958516 ggtattatatataactacgccgaaacatatgaagattcaaaaaaacaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggaggagcataaccaactgttcc 12958417  T
Q  101 ttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatca 200  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12958416 ttttattccaattgtgctagtattcttattagaggtaccggaaatggttgagacaagtcttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcacca 12958317  T
Q  201 tcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgt 300  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12958316 tcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgt 12958217  T
Q  301 ttaatct 307  Q
    |||||||    
T  12958216 ttaatct 12958210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12900008 - 12899702
Alignment:
Q  1 ggtattatatatatctacgccaaaatatatgaagaattnnnnnnncaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttcc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12900008 ggtattatatataactacgccgaaacatatgaagattcaaaaaaacaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggaggagcataaccaactgttcc 12899909  T
Q  101 ttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatca 200  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12899908 ttttattccaattgtgctagtattcttatgagaggtaccagaaattgttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatca 12899809  T
Q  201 tcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgt 300  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12899808 tcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgt 12899709  T
Q  301 ttaatct 307  Q
    |||||||    
T  12899708 ttaatct 12899702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 46 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 12949037 - 12948776
Alignment:
Q  46 caatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaat 145  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  12949037 caatggaagattcaagaatgtaaaacgtacccggtggagcataaccaactgttccttttattccaattgtactagtattcttattagaggtactggaaat 12948938  T
Q  146 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaac 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||     
T  12948937 ggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggactaat 12948838  T
Q  246 tgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12948837 tgctcacattatcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaatct 12948776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 7731 - 7425
Alignment:
Q  1 ggtattatatatatctacgccaaaatatatgaagaattnnnnnnncaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttcc 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7731 ggtattatatataactacgccgaaacatatgaagattcaaaaaaacaatggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccagctgttcc 7632  T
Q  101 ttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatca 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7631 ttttattccgattgtgctagtattcttattagacgtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatca 7532  T
Q  201 tcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgt 300  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7531 tcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgctcacattctcgatgaagttaatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgt 7432  T
Q  301 ttaatct 307  Q
    |||||||    
T  7431 ttaatct 7425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 52 - 307
Target Start/End: Original strand, 17923225 - 17923480
Alignment:
Q  52 aagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttga 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17923225 aagattcaagaatttaaaacatacccgatggagcataaccaactgttccttttattccgatcgtactagtattcttattagaggtaccggaaatggttga 17923324  T
Q  152 gacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctca 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  17923325 gacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgctca 17923424  T
Q  252 cattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17923425 cattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatct 17923480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 51 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10605140 - 10604903
Alignment:
Q  51 gaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttg 150  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||  ||| ||||||||||  |||||  |    
T  10605140 gaagattcaagaatttagaacatacctggaggagcatatccaacagttccttttatcccaattgtactagtatttatatgagaggtaccaccaatggacg 10605041  T
Q  151 agacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctc 250  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | || ||| |||||    
T  10605040 agaccagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgctc 10604941  T
Q  251 acattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacat 288  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10604940 acattcttgatgaagataatgcaatgcagaagcaacat 10604903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 48 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 10581387 - 10581135
Alignment:
Q  48 atggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatgg 147  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||||||||||||  | || ||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  10581387 atggaagtatcaataatttaaaacatacccagaggagcatagccaattgttccttttattccagttgtactagtattcttatgagtggtaccacaaatgg 10581288  T
Q  148 ttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactg 247  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||     ||||||| || ||||||||| | ||||  || ||    
T  10581287 ctgagacaagtcttgctgtgccaaaatcactcacatg----accatgtcatcatcaagaag---tgtgcttggctttagatcacaacgaaggaccaattg 10581195  T
Q  248 ctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  10581194 ctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatccataatgatgtttaatct 10581135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 72 - 288
Target Start/End: Original strand, 10762975 - 10763191
Alignment:
Q  72 atacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatgg-ttgagacaagtcttgctatgcca 170  Q
    ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||  | || ||||| | ||||  |||||||| || ||||| |||| || ||||||||||| |||    
T  10762975 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccagttgtactagtttccttaagagaggtacaagcaatggcttga-actagtcttgctattcca 10763073  T
Q  171 aaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataat 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  10763074 aaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcgatgaagataat 10763173  T
Q  271 gtaatgcagaagcaacat 288  Q
    ||||||||||||||||||    
T  10763174 gtaatgcagaagcaacat 10763191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 56 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 10612093 - 10611842
Alignment:
Q  56 ttcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagaca 155  Q
    |||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||  |||||||||||| ||||| ||||  |||||  ||||||    
T  10612093 ttcatgaatttagaacatacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtcttagtattcttatgagaggaaccaccaatggccgagaca 10611994  T
Q  156 agtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacatt 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| ||||  || ||||||||||    
T  10611993 agtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgctcacatt 10611894  T
Q  256 ctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |   |||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||    
T  10611893 cattatgaagataatgtaatgcagaaccaacatccataatgatgtttaatct 10611842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 72 - 307
Target Start/End: Original strand, 10740541 - 10740776
Alignment:
Q  72 atacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaa 171  Q
    ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| | ||| | ||||||| |   ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10740541 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccaattgtactagtttccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaa 10740640  T
Q  172 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatg 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  || || ||||||||| | |||||||||||    
T  10740641 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattcttggtgaagataatg 10740740  T
Q  272 taatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    ||||||||  || |||| | | ||||||||||||||    
T  10740741 taatgcagtggcgacatcgttcatgatgtttaatct 10740776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 50 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 10565416 - 10565159
Alignment:
Q  50 ggaagattcaagaatttaaaacatacccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggtt 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||||| | | | || || || ||||| |||| ||||||||    ||| | |    
T  10565416 ggaagattcaagcatttaaaacataccaggaggagaatagcctactgttcctttaacttcaattgtacttgtatttttataagaggtactgccaatagct 10565317  T
Q  150 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgct 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||| | ||  || |  |    
T  10565316 gagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggatattgcttggctttagatcacaatgaatgaccaattctt 10565217  T
Q  250 cacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||    
T  10565216 cacattctctatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataataatgtataatct 10565159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 150 - 307
Target Start/End: Original strand, 10716860 - 10717017
Alignment:
Q  150 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgct 249  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| || |    
T  10716860 gagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 10716959  T
Q  250 cacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  || |||| ||| ||||||||||||||    
T  10716960 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaatct 10717017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 149 - 307
Target Start/End: Original strand, 10746934 - 10747092
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | || ||| |||    
T  10746934 tgagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattgc 10747033  T
Q  249 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  10747034 tcacattcttggtgaagataatgtaatgttgaagcaacatcgataatgatgtttaatct 10747092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 131 - 304
Target Start/End: Original strand, 10216650 - 10216823
Alignment:
Q  131 agaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatca 230  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||    
T  10216650 agaggtaccaccaatggttgagacaaatgttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcattcagaagaacattgcttggctttagatca 10216749  T
Q  231 caatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaa 304  Q
    ||||| |  || || |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  10216750 caatgaataatcaattgctcacattcttgatgcagataatgtaatgccgaagcaacatcgataatgatgtttaa 10216823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 149 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10559192 - 10559053
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||    
T  10559192 tgagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaacattgtcttcatcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgc 10559093  T
Q  249 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacat 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10559092 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacat 10559053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 149 - 307
Target Start/End: Original strand, 10588349 - 10588507
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||||  | ||||    
T  10588349 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacgttgcttggctttatatcacaatgaaggaccacctgc 10588448  T
Q  249 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaatct 307  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| || |||  |||| ||||||||    
T  10588449 tcacattcatgatgaagataatgtagtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatct 10588507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 149 - 304
Target Start/End: Original strand, 11048576 - 11048731
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |  || || |||    
T  11048576 tgagacaagttttgcaatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcgttaagaagaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattgc 11048675  T
Q  249 tcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacattgatgatgatgtttaa 304  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  11048676 tcacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaa 11048731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 149 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 7193295 - 7193169
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||  | |||    
T  7193295 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgc 7193196  T
Q  249 tcacattctcgatgaagataatgtaat 275  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||    
T  7193195 tcacattcaagatgaaggtaatgtaat 7193169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 81 - 285
Target Start/End: Original strand, 10652053 - 10652257
Alignment:
Q  81 ggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtattcttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactca 180  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||| | ||| |||||||||     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10652053 ggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactagtttccttgttagaggtattgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactca 10652152  T
Q  181 catgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcaga 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| | ||     |||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||    
T  10652153 catgagcaaccatgtcgtcatcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcatgatgaaggtaatgtaatacaga 10652252  T
Q  281 agcaa 285  Q
    |||||    
T  10652253 agcaa 10652257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 125 - 285
Target Start/End: Original strand, 9836223 - 9836383
Alignment:
Q  125 cttattagaggtaccagaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttta 224  Q
    ||||| |||||||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| ||     
T  9836223 cttatgagaggtaccgtcaatggctgagataagtcttgctatgccaaaatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttg 9836322  T
Q  225 agatcacaatggaggattaactgctcacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaa 285  Q
    | ||||||||| | ||  |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  9836323 atatcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagataatgtaatgcagaagcaa 9836383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 143 - 235
Target Start/End: Original strand, 10659998 - 10660090
Alignment:
Q  143 aatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  10659998 aatggctgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattacttggctttagatcacaatg 10660090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 153 - 288
Target Start/End: Original strand, 19605788 - 19605923
Alignment:
Q  153 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcac 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||    
T  19605788 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaacgatatcgtcgtcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcac 19605887  T
Q  253 attctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacat 288  Q
    ||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  19605888 attcatgatgaaggtaatgtaatgcagaagaaacat 19605923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 149 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9825374 - 9825258
Alignment:
Q  149 tgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgc 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| ||| || || ||||||| ||||| ||| ||||| || | ||||||||| |||||||| |||    
T  9825374 tgagacaagtcttgcaatgccaaaatcactcgcctgagaaacaatatcttcatcaacaaggatattacttggctttatatcacaatgaaggattaattgc 9825275  T
Q  249 tcacattctcgatgaag 265  Q
    ||||| || ||||||||    
T  9825274 tcacaatcacgatgaag 9825258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 194 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 35423960 - 35423919
Alignment:
Q  194 gtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  35423960 gtcatcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacaatg 35423919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 124
Target Start/End: Original strand, 10746839 - 10746921
Alignment:
Q  46 caatggaagattcaagaatttaaaacata----cccggtggagcataaccaactgttccttttattccgatggtgctagtatt 124  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||    || || |||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  10746839 caatggaagactcaagaatttagaacatatatacctggaggagcatagccaacagttccttttattccaattgtactagtatt 10746921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 35376701 - 35376660
Alignment:
Q  194 gtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  35376701 gtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacaatg 35376660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 235
Target Start/End: Original strand, 39875809 - 39875897
Alignment:
Q  147 gttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  39875809 gttgaaacaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatg 39875897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 235
Target Start/End: Original strand, 39883932 - 39884020
Alignment:
Q  147 gttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  39883932 gttgaaacaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatg 39884020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 147 - 235
Target Start/End: Original strand, 39890886 - 39890974
Alignment:
Q  147 gttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  39890886 gttgaaacaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcttcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatg 39890974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 151 - 288
Target Start/End: Original strand, 27723977 - 27724114
Alignment:
Q  151 agacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctc 250  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||| |  ||  ||||||| | ||||||||||| ||||  ||||||    
T  27723977 agacaagttttgctagtccaaaatcactaacacgagcaaccatgtcattgtcaagaagaatgttatttggttttaaatcacaatggatgattggctgctc 27724076  T
Q  251 acattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacat 288  Q
    | |||| |  |||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  27724077 agattcacagtgaatatagtgtattgcagaagcaacat 27724114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 155 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 28605907 - 28605827
Alignment:
Q  155 aagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatg 235  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||||| || | |||||||||    
T  28605907 aagtcttgcttgtccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcattatgaagaagaatattgcttggctttaaatcacaatg 28605827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 160 - 286
Target Start/End: Original strand, 31467092 - 31467218
Alignment:
Q  160 ttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcacaatggaggattaactgctcacattctcg 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| || ||||| || || | ||||||||| | ||     |||| ||||||  |    
T  31467092 ttgctatgccaaaatcactcacatgagctaccatagaatcatcaagaagaacgttgctaggctttaaatcacaatgaatgacaggttgctgacattcatg 31467191  T
Q  260 atgaagataatgtaatgcagaagcaac 286  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31467192 atgaagataatgaaatgccgaagcaac 31467218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 232
Target Start/End: Original strand, 29623027 - 29623067
Alignment:
Q  192 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggtttaagatcaca 232  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||    
T  29623027 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcaca 29623067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University