View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10305_low_2 (Length: 783)

Name: NF10305_low_2
Description: NF10305
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10305_low_2
NF10305_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-767)||(36408421-36409188)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 767
Target Start/End: Original strand, 36408421 - 36409188
Alignment:
Q  1 agatcagaccgagtcgaagcttggcggtgaaagaagcactgaaatgtaaattgatattttcactctgtgcctttttaagtttgtttaaagtataaggttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36408421 agatcagaccgagtcgaagcttggcggtgaaagaagcactgaaatgtaaattgatattttcacactgtgcctttttaagtttgtttaaagtataaggttg 36408520  T
Q  101 caaatttctaagggaattctgtgaagtgattcattccagtatgttttctatacttcccgtgtttgtttaacttatatctgtttctcattctatcagaagn 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36408521 caaatttctaagggaattctgtgaagtgattcattccagtatgttttctatacttcctgtgtttgtttaacttatatctgtttctcattctatcagaaga 36408620  T
Q  201 nnnnnncttatctgtttttcaataatatcaatattatgatcacactaccattgtaatgaaatctgattccttcattcacaataagtttgacatgttctta 300  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36408621 aaaaaacttatctgtttttcaataatatcaatattatgatcacactaccattgtaatgaaatatgattccttcattcacaataagtttgacatgttctta 36408720  T
Q  301 catagctaagttggtaatatactatgctacgtgtttaattt-gagtggaaccnnnnnnnnattgggccatgatagtgaaattaaaactttacaaacataa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36408721 catagctaagttggtaatatactatgctacgtgtttaattttgagtggaaccttttttttattgggccatgatagtgaaattaaaactttacaaacataa 36408820  T
Q  400 aagaaataaacaatactgtatggttgattttggaggaatcaatcaaggtccacaaaaatagacccattgatggcatttttatggaggtgggaaatatcag 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36408821 aagaaataaacaatactgtatggttgattttggaggaatcaatcaaggtccacaaaaatagacccattgatggcatttttatggaggtaggaaatatcag 36408920  T
Q  500 gaggatggaaaaccacacaactatgaaatttagagtcacagaaaatgttgaaagctatactcactaatcatatcacatcaatggatcatttgtatgtata 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36408921 gaggatggaaaaccacacaactatgaaatttagagtcacagaaaatgttgaaagctatactcactaatcatatcacatcaatggatcatttgtatgtata 36409020  T
Q  600 ttgctatattaggataaggcaataagagagaggactaaatgagaaccaaacattttcctagaatagaccggaaatgtatcgaatgaatcgaacattcaac 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36409021 ttgctatattaggataaggcaataagagagaggactaaatgagaaccaaacattttcctagaatagaccggaaatatatcgaatgaatcgaatattcaac 36409120  T
Q  700 cttctttttccagtgatgacnnnnnnntcataagtggaagtggtagaattaaaaggcatccatgcttt 767  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36409121 cttctttttccagtgatgacaaaaaaatcataagtggaagtggtagaattaaaaggcatccatgcttt 36409188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University