View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10307_low_2 (Length: 664)

Name: NF10307_low_2
Description: NF10307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10307_low_2
NF10307_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-643)||(6932618-6933266)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 643
Target Start/End: Original strand, 6932618 - 6933266
Alignment:
Q  1 cacaacattgacatcgacatgtagactctggtaagaatttacgaaaatgaaagtgattgtatgtaaccaccagtgtttatcatgtcggtgtcggaca--- 97  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       
T  6932618 cacaacattgacatcaacatgtagactctggtaagaatttacgaaaatggaagtgattgtatgtaaccacaagtgtttatcatgtcggtgtcggacactc 6932717  T
Q  98 -----------agcatttgtgatacatagatcctaaccgatatataaaattttcaaggattgaaatgcgatggatgtagaactcatcaagcggcataagg 186  Q
               ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6932718 aaaatacaccaagcgtttgtgatacatagatcctaaccgatatataaaattttcaaggattgaaatgcgatggatgtagaactcatcaagcggcataagg 6932817  T
Q  187 acaaagtgatcaggcacaggattacaagcacaacagagcttcaaatccaaaaattgaaaagnnnnnnnnnnntcatgactaaaaatataatcttttttcc 286  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6932818 acagagtgatcaggcacaggattacaagcacaacagagcttcaaatccaaaaattgaaaa--------aaaatcatgactaaaaatataatcttttttcc 6932909  T
Q  287 tcaaacaatccaaaagattcaatagcaataggcattgaacttcaaaaagaagtcgaaaagttgttgatttctggtggtttattagacagtaacataattc 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6932910 tcaaacaatccaaaagattcaatagcaataggcattgaacttcaaaaagaagtcgaaaagttgttgatttctggtggtttattagacagtaacataattc 6933009  T
Q  387 actgcactaggttcgtgaaccaattcacagggtatcaaattcgagtaatttgatcttggtacgcccaaaattgcgtaggattgcagctattggcgtacca 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6933010 actgcactaggttcgtgaaccaattcacagggtatcaaattcaagtaatttgatcttggtacgcccaaaattgcgtaggattgcagatattggcgtacca 6933109  T
Q  487 gagcaaggagaacgctcattacaaacgtttgaactataaaataaatagaaataaagtgtcaattagaccgtatgcgatgaggaccctgcaattaaactgt 586  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6933110 gagcaaggagaatgctcattacaaatgtttgaactataaaataaaaagaaataaagtgtcaattagaccgtatgcgatgatgaccctgcaattaaactgt 6933209  T
Q  587 tcttctatagttcccctctatgatatgcgtacaaggatgcagacaccggacacgaaa 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6933210 tcttctatagttcccctctatgatatgcggacaaggacgcagacaccggacacgaaa 6933266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University