View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10311_low_9 (Length: 250)

Name: NF10311_low_9
Description: NF10311
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10311_low_9
NF10311_low_9
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-240)||(1846229-1846468)
chr8 (4-241)||(4619428-4619665)
chr8 (122-230)||(4787832-4787940)
chr8 (23-63)||(4297399-4297439)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-240)||(7891253-7891492)
chr1 (1-218)||(38138161-38138378)
chr1 (4-240)||(45984000-45984236)
chr1 (1-210)||(50912149-50912358)
chr1 (7-240)||(43083584-43083817)
chr1 (7-236)||(43067018-43067247)
chr1 (7-240)||(3300474-3300707)
chr1 (7-236)||(43044744-43044973)
chr1 (1-240)||(40034994-40035233)
chr1 (120-215)||(43076978-43077073)
chr1 (7-70)||(43076873-43076936)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (4-240)||(4231205-4231441)
chr4 (113-240)||(19964965-19965092)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-241)||(34690585-34690825)
chr2 (1-241)||(34712997-34713237)
chr2 (4-218)||(33860596-33860817)
chr2 (5-209)||(16231958-16232162)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (29-211)||(16348916-16349098)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-56)||(39242573-39242625)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1846468 - 1846229
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846468 atcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 1846369  T
Q  101 tccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846368 tccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 1846269  T
Q  201 ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846268 ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 1846229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 4619665 - 4619428
Alignment:
Q  4 attgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctcc 103  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||  |  |  || ||||||||    
T  4619665 attgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaacgagcctaataggccatcaaacaagcctctcc 4619566  T
Q  104 gattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttt 203  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  4619565 gattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgttgagaccggtgtcttgaaacctggaatgatggtgacttt 4619466  T
Q  204 tgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 241  Q
    |||||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  4619465 tgccccgattgggctgcaagctgaagtaaagtctgtgc 4619428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 230
Target Start/End: Original strand, 4787832 - 4787940
Alignment:
Q  122 tctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctcca 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| || ||| |||||  ||||   |||||||||    |||||||||||||||||||||| ||    
T  4787832 tctacaagattggaggaatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagactggttgcttgtgccctggaatgtctgtgacttttgccccaactgggctgca 4787931  T
Q  222 aactgaagt 230  Q
    || ||||||    
T  4787932 aattgaagt 4787940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 4297439 - 4297399
Alignment:
Q  23 ttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 63  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4297439 ttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctattgac 4297399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 7891253 - 7891492
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891253 atcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaattcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 7891352  T
Q  101 tccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891353 tccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 7891452  T
Q  201 ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891453 ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 7891492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 38138161 - 38138378
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| || ||  || |||||    
T  38138161 atcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaaggagcctaagaggctattagacaagcctc 38138260  T
Q  101 tccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 200  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||||| | ||||    
T  38138261 tccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggacgggttgagagcggtgtcttgaaaccaggaatggcggtgac 38138360  T
Q  201 ttttgccccaactgggct 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38138361 ttttgccccaactgggct 38138378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 240
Target Start/End: Original strand, 45984000 - 45984236
Alignment:
Q  4 attgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctcc 103  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    ||||| ||||  |  |  || |||||||     
T  45984000 attgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagctattgaccaaatcaacgagcctatgaggccatcagacaagcctctca 45984099  T
Q  104 gattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttt 203  Q
    || |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||    
T  45984100 gaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtgggacgtgttgagactggttccttgaaccctggaatggtgctgacttt 45984199  T
Q  204 tgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  45984200 tgccgcaactgggctgcaagctgaagtgaagtctgtg 45984236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 50912358 - 50912149
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    |||||| ||   |  |  || |||||    
T  50912358 atcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaagctcttgatcaaatcaaggagcctaatagaccatcacacatgcctc 50912259  T
Q  101 tccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 200  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  50912258 tccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgtgggacgtattgagaccggtgtcttgaaacgtggaatggtggtgac 50912159  T
Q  201 ttttgcccca 210  Q
    ||||||||||    
T  50912158 ttttgcccca 50912149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 43083817 - 43083584
Alignment:
Q  7 gagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgat 106  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||||||||||     |  || ||| ||||||     
T  43083817 gagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgac 43083718  T
Q  107 taccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgc 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||    
T  43083717 taccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttatcacttttgc 43083618  T
Q  207 cccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    ||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||    
T  43083617 ccctactggactgacaactgaagtcaagtctgtg 43083584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 236
Target Start/End: Original strand, 43067018 - 43067247
Alignment:
Q  7 gagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgat 106  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||||||||||     |  || ||| ||||||     
T  43067018 gagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaacgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgac 43067117  T
Q  107 taccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgc 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||    
T  43067118 taccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgc 43067217  T
Q  207 cccaactgggctccaaactgaagtgaagtc 236  Q
    ||| ||||| ||   ||||||||| |||||    
T  43067218 ccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43067247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3300707 - 3300474
Alignment:
Q  7 gagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgat 106  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||  |  |  || ||| |||||      
T  3300707 gagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagcctaagaggccatcagacaagcccctccgtc 3300608  T
Q  107 taccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgc 206  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||    
T  3300607 taccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgc 3300508  T
Q  207 cccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    ||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  3300507 ccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 3300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 7 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 43044973 - 43044744
Alignment:
Q  7 gagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgat 106  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||||||||||     |  || ||| ||||||     
T  43044973 gagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaatgagcctaagaggccttcagacaagcccctccgac 43044874  T
Q  107 taccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgc 206  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| || | ||||||||||||||  | ||||||||    
T  43044873 taccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgtcataaaacctggaatggttgtcacttttgc 43044774  T
Q  207 cccaactgggctccaaactgaagtgaagtc 236  Q
    ||| ||||| ||   ||||||||| |||||    
T  43044773 ccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43044744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 40034994 - 40035233
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| | |||||||||| |   || ||||||  |  |   | |||||    
T  40034994 atcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagctatcgaccaaatcaaagtaccgaagaggccatcagataagcctc 40035093  T
Q  101 tccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgac 200  Q
    ||||||||||| | ||   ||| |||| |||||||||||||||| | |||||||| || || |||  | ||||| |||||||||| |||||||   ||||    
T  40035094 tccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttggtcgtgttatgactggtgtcttgaaaccaggaatggctgtgac 40035193  T
Q  201 ttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  40035194 ttttgccccaactggggtgcaaactgaagtgaggtctgtg 40035233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 120 - 215
Target Start/End: Original strand, 43076978 - 43077073
Alignment:
Q  120 tgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgg 215  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  43076978 tgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgacttttgcccctactgg 43077073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 7 - 70
Target Start/End: Original strand, 43076873 - 43076936
Alignment:
Q  7 gagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatca 70  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||||||    
T  43076873 gagcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatca 43076936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 97; Significance: 9e-48; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4231441 - 4231205
Alignment:
Q  4 attgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctcc 103  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||| |||||||    ||||||||||  |  |  || ||| ||||    
T  4231441 attgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttgatcaaatcaatgagcctaagaggccatcagacaagcccctcc 4231342  T
Q  104 gattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttt 203  Q
    || |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4231341 gactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacgtgttgagactggtaccatgaaacctggaatggtggtgacttt 4231242  T
Q  204 tgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    ||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  4231241 tgctccaactggactgcaaactgaagtcaagtctgtg 4231205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 113 - 240
Target Start/End: Original strand, 19964965 - 19965092
Alignment:
Q  113 ttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaac 212  Q
    |||| ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| | |||||  ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  19964965 ttcatggtttctacaaggttggaggaatcggaaatgtgcctgtgggacgtattgtgactggttacttgacacctgggatggtgatgaattttgccccaac 19965064  T
Q  213 tgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 240  Q
    |||||| |||    ||||||||||||||    
T  19965065 tgggctgcaacgcaaagtgaagtctgtg 19965092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 34690825 - 34690585
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaag-gcctaagaggttaatattcaggcct 99  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||     |  || ||||    
T  34690825 atcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatc-gacgagcctaagaggccttcaggcaagcct 34690727  T
Q  100 ctccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctga 199  Q
     |  || |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  34690726 ttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctga 34690627  T
Q  200 cttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  34690626 cttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34690585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 34713237 - 34712997
Alignment:
Q  1 atcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaag-gcctaagaggttaatattcaggcct 99  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||     |  || ||||    
T  34713237 atcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatc-gacgagcctaagaggccttcaggcaagcct 34713139  T
Q  100 ctccgattaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctga 199  Q
     |  || |||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  34713138 ttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtgtgttgaaacctggaatggtgctga 34713039  T
Q  200 cttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 241  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  34713038 cttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34712997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33860817 - 33860596
Alignment:
Q  4 attgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaag------aggttaatattcaggc 97  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |  ||||  |      ||| || |  |||  |    
T  33860817 attgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgtatctaattgcctctgtctgcgaggctatttctcaatc 33860718  T
Q  98 ctctccgattaccacttcaaggtgtctacaa-gattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgc 196  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| |||| | |||||  ||||||||||||||||| |     
T  33860717 ctctccgaataccacttcatggtgtctacaaagattggaggaatcggaaatgtgcatgtaggacgtgttgtgactggtcacttgaaacctggaatggcgg 33860618  T
Q  197 tgacttttgccccaactgggct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  33860617 tgacttttgccccaactgggct 33860596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 16232162 - 16231958
Alignment:
Q  5 ttgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccg 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    || || |||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||||||     |  || |||||| ||    
T  16232162 ttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagctattgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaaggcaagcctctgcg 16232063  T
Q  105 attaccacttcaaggtgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgactttt 204  Q
    | | || |||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||  | || || || |||||||| |||||||||    
T  16232062 acttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatggtactgactttt 16231963  T
Q  205 gcccc 209  Q
    |||||    
T  16231962 gcccc 16231958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 16349098 - 16348916
Alignment:
Q  29 ggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaaggtgtctacaa 128  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||||| ||  |  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16349098 ggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagcctaagaggctatcagacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaa 16348999  T
Q  129 gattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaa 211  Q
    ||||||||||||||||  | || |||  ||| | ||   | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  16348998 gattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgtcttgaaacctggaatggtggtgactttttccccaa 16348916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 56
Target Start/End: Original strand, 39242573 - 39242625
Alignment:
Q  4 attgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagc 56  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  39242573 attgagcgctctactaatattgactggtacaacagtcccacccttcttgaagc 39242625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University