View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10323_low_2 (Length: 506)

Name: NF10323_low_2
Description: NF10323
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10323_low_2
NF10323_low_2
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-488)||(35321969-35322456)
chr2 (1-491)||(35306965-35307455)
chr2 (13-397)||(35311400-35311789)
chr2 (7-359)||(35289296-35289651)
chr2 (1-363)||(35275180-35275545)
chr2 (7-397)||(35279909-35280306)
chr2 (431-488)||(35289215-35289272)
chr2 (399-489)||(35274992-35275083)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 35322456 - 35321969
Alignment:
Q  1 gagtgccaatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35322456 gagtgccaatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaattaaattgtcctctttctggtggtgaca 35322357  T
Q  101 ccaatttagcacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagc 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35322356 ccaatttagcacctcttgacactctcactccaacaaattttgacaacaattactataaaaatcttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagc 35322257  T
Q  201 tcttttcaataatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35322256 tcttttcaataatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtaccaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagt 35322157  T
Q  301 aaaattagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaattgaacttgaattggagggcttataagcaattaaataatga 400  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  35322156 aaaattaatcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgtaggcttgtgaattgatcttgaattggagggcttataagcaattgaataaaga 35322057  T
Q  401 tttttgtgggatttattaattataaggtctaagtcataaaggttgactagatcttgaacacatcggcaattgtagtattgttgttgct 488  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35322056 tttttgtgggattgattaattataaggtctaagtcataaaggttgactagatcttgaacacattggcaattgtagtattgttgttgct 35321969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 35307455 - 35306965
Alignment:
Q  1 gagtgccaatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgaca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35307455 gagtgccaatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgaca 35307356  T
Q  101 ccaatttagcacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35307355 ccaatttagcaccacttgatactctcactccaacaagttttgataacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagc 35307256  T
Q  201 tcttttcaataatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35307255 tcttttcaataatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtaccaatggtgctactttttctagagactttgccgttgctatggtgaaactgagt 35307156  T
Q  301 aaaattagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaattgaacttgaattggagggcttataagcaattaaataatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35307155 aaaattagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaattgatcttgaattggagggcttataagcaattaaataaaga 35307056  T
Q  401 tttttgtgggatttattaattataaggtctaagtcataaaggttgactagatcttgaacacatcggcaattgtagtattgttgttgctttt 491  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  35307055 tttttgtgggattgattaattacaaggtctaagtcataaaggttgactagatcttggacacattggcaattgtagtattgttgttactttt 35306965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 13 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 35311789 - 35311400
Alignment:
Q  13 ttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtgg---tgacaccaatttag 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||| || ||||| |||    ||||||||||||||    
T  35311789 ttcagaactcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaacttcgcaaccttaagaaaatccaactgttctttttctagtgacaatgacaccaatttag 35311690  T
Q  110 cacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagctcttttcaa 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  35311689 caccacttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattattataaaaaccttgttgcaagcaaaggtctattccattctgatcaagtccttttcaa 35311590  T
Q  210 taatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagtaaaattagt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||   | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  35311589 taatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtaccaatgaggctgctttttctacagactttgctgctgctatggtgaaactgagtaaaatcagt 35311490  T
Q  310 cctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaattgaacttga--attggagggcttataagcaattaaataa 397  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35311489 cctctcactgggactaatggggagatcagaaagaattgtaggcttgtgaattgatattgaatattggagggcttataagcaattaaataa 35311400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 7 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 35289651 - 35289296
Alignment:
Q  7 caatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgacaccaatt 106  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||    
T  35289651 caatttttcagaactcgtatatacaacgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaagaaaatcaaattgtcctacttctggtggtgacataaatt 35289552  T
Q  107 tagcacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagctctttt 206  Q
    | |||||||||||| || || |||||   | |||||||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  35289551 tggcacctcttgattctgtctctccagttacttttgacaacaattactataatgaccttgttgctaataaaggacttcttcattctgatcaagctctttt 35289452  T
Q  207 caa---taatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagtaaa 303  Q
    |||   |  ||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||  |||  |  | |||||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||||| |    
T  35289451 caatggtgttggttctcaagtttctttggttaggacttatagtagaaataatattgcttttaaaagagactttgcagctgctatggtgaagatgagtaga 35289352  T
Q  304 attagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaa 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35289351 attagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaa 35289296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 35275545 - 35275180
Alignment:
Q  1 gagtgccaatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgaca 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| || |||||||| |||  |||||| |||   |||||||||||||    
T  35275545 gagtgtcaatttttcagaaatcgcatacacaatgaagccaacattgacagaaacttggctaccttaagaaaaagaaattgccctacctctggtggtgaca 35275446  T
Q  101 ccaatttagcacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagc 200  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||| |  |||||||||||||| |||||  ||||| |||| |  ||||||||| | |||||||||||||     
T  35275445 ccaatttagcaccctttgattctgtcactccaactaaatttgacaacaattattataaggaccttattgctaataaaggtcttctacattctgatcaagt 35275346  T
Q  201 tcttttcaa---taatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactg 297  Q
    |||||||||   |  ||| ||||||  |  |||||||||||  |||||||   |||||||| |||||   ||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  35275345 tcttttcaatggtggtggttctcaaatttctttggttaggaagtatagtagagatggtgctgctttttctagagactttgctgctgctatggtgaagatg 35275246  T
Q  298 agtaaaattagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtgaattga 363  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  35275245 agtaaaattagtcctcttactgggactaatggtgagatcagaaagaattgcaggattgtgaattga 35275180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 35280306 - 35279909
Alignment:
Q  7 caatttttcagaaatcgcatatacaatgaaaccaacattgacacaaactttgcaaccttaaggaaatcaaattgtcctctttctggtggtgacaccaatt 106  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  35280306 caatttttccgaaatcgcatatacaatgaaaccaacatcgacacaaactttgcaaccttaagaaaagcaaactgtcctctttctggcggtgacacaaatt 35280207  T
Q  107 tagcacctcttgatactctcactccaacaagttttgacaacaattactataaaaaccttgttgcaagcaaaggtcttttccattctgatcaagctctttt 206  Q
    | || ||||||||| || || ||||    | ||||||||||||||| ||||   | || ||||| |  ||||| ||| |  ||||||||||||| |||||    
T  35280206 tggctcctcttgattctgtctctcctgttacttttgacaacaattattatagggatctagttgctaataaaggacttcttaattctgatcaagcactttt 35280107  T
Q  207 caa---taatgggtctcaagataatttggttaggagttatagtatcaatggtgctacttttagaagagactttgctgttgctatggtgaaactgagtaaa 303  Q
    |||   |  ||| |||| || |  ||||||||||  ||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| | |    
T  35280106 caatggtgttggttctccagtttctttggttagggcttatagtataaatggttttgcttttagaagagactttgcttttgctatggtgaagatgagcaga 35280007  T
Q  304 attagtcctctaactgggactaatggggagattagaaagaattgcaggcttgtg----aattgaacttgaattggagggcttataagcaattaaataa 397  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    |||||| | ||||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  35280006 attagtcctctcacagggactaatggggaaattagaaagaattgcagacttgtgaattaattgatcatgaattggagggcatattagcaattgaataa 35279909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 431 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 35289272 - 35289215
Alignment:
Q  431 aagtcataaaggttgactagatcttgaacacatcggcaattgtagtattgttgttgct 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  35289272 aagtcataaaggttgactagatcttggacacattggcaattgtagtattgttgatgct 35289215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 399 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 35275083 - 35274992
Alignment:
Q  399 gatttttgtgggatttattaattataaggtctaagtcataaaggttgactagatcttgaacacatcggcaa-ttgtagtattgttgttgctt 489  Q
    |||||||| | ||||  ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |  || |||||||||||||| |||||    
T  35275083 gatttttgagagattgtttaattacagggtctaggtcataaaggttgactagatcttggacacattgataatttgtagtattgttggtgctt 35274992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University