View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10325_high_2 (Length: 662)

Name: NF10325_high_2
Description: NF10325
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10325_high_2
NF10325_high_2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (18-648)||(6190855-6191482)
chr8 (18-641)||(6183847-6184482)
chr8 (23-145)||(6134950-6135072)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-648)||(37454117-37454750)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 648
Target Start/End: Original strand, 6190855 - 6191482
Alignment:
Q  18 cttaccatctctcattagctgcacaagcttttctctttttcgcaaagcattaatgtgatcctcaaccacatttttagtcatgacaaagtttttggaaagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6190855 cttaccatctctcattagctgcacaagcttttctctttttcgcaaagcattaatgtgatcctcaaccacatttttagtcatgacaaagtttttggaaagg 6190954  T
Q  118 ttctgaataaaggatgtcattttctggacaagcttcacaacgtttggagaaactttttcattggttgctagttttatgcattccaatgacgtgtgtaatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6190955 ttctgaataaaggatgtcattttctggacaagcttcacaacgtttggagaaactttttcattggttgctagttttatgcattccaatgacgtgtgtaatt 6191054  T
Q  218 gttgctgtagctctacgtcatagagaatggactcaagtgaattttcaaataggcattcaaggttgtgcaaagcttcttttacagcaacatcatcacttgt 317  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6191055 gttgttgtagctctacgtcatagagaatggactctagtgaattttcaaataggcattcaaggttgtgcaaagcttcttttacagcaacatcatcacttgt 6191154  T
Q  318 ggaacaggttgcttttggcggagactctggacttcccagcaggatgctctcaagttcagcaaaagggtcctcatctgattcatcttcaaagtttcttaga 417  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6191155 ggaacaggttacttttggcggagactctggacttcccagcaggatgctctcaagttcagcaaaagggtcctcatctgattcatcttcaaagtttcttaga 6191254  T
Q  418 tccattggtgaattttctttacttattggatcagtggtgtcgggaacaataacctgtcctccttgtatatttggttttccttctgattgcttggtctcat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6191255 tccattggtgaattttctttacttattggatcagtggtgtcgggaacaataacctg---tccttgtatatttggttttccttctgattgcttggtctcat 6191351  T
Q  518 caaaattgtctttcccatcatagttgttttcacttgacttgttatcagaagtgttgccttcaaacgctgacattaccggcagatgcaatccagcttcaga 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6191352 caaaattgtctttcccatcatagttgttttcacttgacttgttatcagaagtgttgccttcaaacgctgacattaccggcagatacaatccagcttcaga 6191451  T
Q  618 ttcagttggtcttccttcatttcctttgctt 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6191452 ttcagttggtcttccttcatttcctttgctt 6191482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 641
Target Start/End: Original strand, 6183847 - 6184482
Alignment:
Q  18 cttaccatctctcattagctgcacaagcttttctctttttcgcaaagcattaatgtgatcctcaaccacatttttagtcatgacaaagtttttggaaagg 117  Q
    |||| ||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| | | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||    
T  6183847 cttagcatctgtcactcgctgcataagcttttctttttgttgtatagcattaatgtgatcatcaaccacatttttagtcatgacaaagtcttcgaaaagg 6183946  T
Q  118 ttctgaataaaggatgtcattttctggacaagcttcacaacgtttggagaaactttttcattggttgctagttttatgcattccaatgacgtgtgtaatt 217  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||  | |||| |||||||| |||| || ||| | |||||||    
T  6183947 ttctcaacagaggatgtcattttctggacaagcgtcacaacattaggagaaacgttttcatgagatgcttgttttatgtattcaaaagacatatgtaatt 6184046  T
Q  218 gttgctgtagctctacgtcatagagaatggactcaagtgaattttcaaataggcattcaaggttgtgcaaagcttcttttacagcaacatcatcacttgt 317  Q
    | ||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||||   |||| |||||    
T  6184047 gctgctgtagctcgacatcactgagaatggactcaagtgaattttttaataggctttcaaggttatgcaaggcttctcttacagcaa---catcgcttgt 6184143  T
Q  318 ggaacaggttgcttttggcggagactctggacttcccagcaggatgctctcaagttcagcaaaagggtcctcatctgattcatcttcaaagtttcttaga 417  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||   || || |||    
T  6184144 ggaacaggttgcttttggcgaggactctggacttcccaacaggatgctatcaagttcagcaaaagggtcatcatctgatccatcttcatgtttgctaaga 6184243  T
Q  418 tc---cattggtgaattttcttt---------------acttattggatcagtggtgtcgggaacaataacctgtcctccttgtatatttggttttcctt 499  Q
    ||    ||||||| |||||||||               ||||||  ||||| |||| || |||||||| |  ||| |||||||||| ||||||||| |||    
T  6184244 tctgttattggtgcattttctttttcttgctctggttcacttatcagatcattggtttcaggaacaatgatttgttctccttgtatgtttggtttttctt 6184343  T
Q  500 ctgattgcttggtctcatcaaaattgtctttcccatcatagttgttttcacttgacttgttatcagaagtgttgccttcaaacgctgacattaccggcag 599  Q
    |||  | ||||||||||||| ||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||   |||||  | ||||| |   |  |     
T  6184344 ctggattcttggtctcatcacaattgtctggcctatcgtagttgtttacacttgacttgttatcagaactttt---ttcaacagttgacactggagataa 6184440  T
Q  600 atgcaatccagcttcagattcagttggtcttccttcatttcc 641  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6184441 atgcaatgcagcttcagattcaattggtcttccttcatttcc 6184482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 145
Target Start/End: Original strand, 6134950 - 6135072
Alignment:
Q  23 catctctcattagctgcacaagcttttctctttttcgcaaagcattaatgtgatcctcaaccacatttttagtcatgacaaagtttttggaaaggttctg 122  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| || | |||||||||     
T  6134950 catctctcactcgctgcataagcttttctctttgccgtaaagcattcatgtgatcctcaaccacttttctagtcacgacaaagtcttcgaaaaggttctc 6135049  T
Q  123 aataaaggatgtcattttctgga 145  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  6135050 aatataggatgtcattttctgga 6135072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 37454750 - 37454117
Alignment:
Q  18 cttaccatctctcattagctgcacaagcttttctctttttcgcaaagcattaatgtgatcctcaaccacatttttagtcatgacaaagtttttggaaagg 117  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  | | |||||    
T  37454750 cttaccatctcttattagttgcacaagcttttctcttttttgcaaagcattaatgtgatcctcaacagcatttttagtcatgacaaagtcatcgaaaagg 37454651  T
Q  118 ttctgaataaaggatgtcattttctggacaagcttcacaacgtttggagaaactttttcattggttgctagttttatgcattccaatgacgtgtgtaatt 217  Q
    || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  37454650 ttatgaatagaggatgccattttctggacaagcttcacaacatttggagaaactttttcatgggttgcttgttttatgcattccaaagacgtgcgtaact 37454551  T
Q  218 gttgctgtagctctacgtcatagagaatggactcaagtgaattttcaaataggcattcaaggttgtgcaaagcttcttttacagcaacatcatcacttgt 317  Q
    |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  37454550 gtttttgtagctctacatcacagagaatggactcaagtgatttttccaatagacattcaaggttatgcaaagcttctcttacagcaacatcatcgcttgt 37454451  T
Q  318 ggaacaggttgcttttggcggagactctggacttcccagcaggatgctctcaagttcagcaaaagggtcctcatctgattcatcttcaaagtttcttaga 417  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||| ||||  |||||| || ||| |||||||  | || || |||    
T  37454450 ggaacaagttgcttttggcgaggactctggacttcccttcaggatcctctcaacttcagaaaaaatgtcctcgtcagatccatcttcggatttgctaaga 37454351  T
Q  418 tccattggtgaattttctttacttattggatcagtggtgtcgggaacaataacctgtcctccttgtatatttggttttccttctgattgcttggtctc-- 515  Q
    ||||  ||||  |||||||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||      
T  37454350 tccaccggtgccttttctttgcttattgaaccattggtgtcaggaacaataacttgtcctccttgtatatttgcttttccttttgattgcttggtctcat 37454251  T
Q  516 -atcaaaattgtctttcccatcatagttgttttcacttgacttgttatcagaagtgttgccttcaaacgctgacattaccggcagatgcaatccagcttc 614  Q
     ||||| |||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |  ||  |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37454250 catcaatattgtcttgccaatcataattgttttcacttaacttgttatcagatgcattttcttcgaccgctgacattaccggaagatgcaatccagcttc 37454151  T
Q  615 agattcagttggtcttccttcatttcctttgctt 648  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  37454150 agattctgttggtcttccttcaattcctttgctt 37454117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University