View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10327_low_1 (Length: 934)

Name: NF10327_low_1
Description: NF10327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10327_low_1
NF10327_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-863)||(41199786-41200639)
chr8 (865-915)||(41200692-41200742)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 863
Target Start/End: Original strand, 41199786 - 41200639
Alignment:
Q  12 caaaggccaacagatcaagagcaagccgaaagatccagcaaagagacaccacttatttagaaaacgatttggctcaacctaaaccctcacgtgtgattaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41199786 caaaggccaacagatcaagagcaagccgaaagatccagcaaagagacaccacttatttagaaaacgatttggctcaacctaaaccctcacgtgtgattaa 41199885  T
Q  112 aaaggaaccatgcagcggcgtctgtgtaatatactgtatctgtatgacaataatcaagaacgcaggactgaaattaaaatcttgcacaacctccacataa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41199886 aaaggaaccatgcagcggcgtctgtgtaatatactgtatctgtatgacaataatcaagaacgcaggactgaaattaaaatcttgcacaacctccacataa 41199985  T
Q  212 gttgcataattacattaactatggattgtatcagtcttatactcgaatatatcctggtgaccacaccacacatggttgatgtttgatttctttttgtttt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41199986 gttgcataattacattaactatggattgtatcagtcttatactcaaatatatcctggtgaccacaccacgcatggttgatgtttgatttctttttgtttt 41200085  T
Q  312 ccatattttagtcaagttttattggtaatatcaaagatacaagacattttagtttcatgtagtaccacgaatatacagtacaagagaaagattattatga 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41200086 ccatattttagtcaagttttattggtaatatcaaagatacaagacattttagtttcatgtagtaccacgaatatacagtacaagtgaaagattattatga 41200185  T
Q  412 tgatgcaagttttgtgttttagacttctaggtattttattattacacgattaacttttaaaatacaagtgtcattatttgcgtatctgaannnnnnnatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  41200186 tgatgcaagttttgtgttttagacttctaggtattttattatttcatgattaacttttaaaatacaagtgtcattatttgcgtatctgaatttttttatt 41200285  T
Q  512 actcatttatgtcaagtgtaatcaaaattcagcagaggctttagtttaactggcacagatatctgacatagctttaagagcctgagttcatcgtggtgtg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200286 actcatttatgtcaagtgtaatcaaaattcagcagaggctttagtttaactggcacagatatctgacatagctttaagagcctgagttcatcgtggtgtg 41200385  T
Q  612 ggtggtcgaaacgtaaacaatagttagtataag-aataga--tagtgactctagaattttgggagacacaatttattgaagtggtagaaatatttagagc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41200386 ggtggtcgaaacgtaaacaatagttggtataagaaatagatttagtgactctagaattttgggagacacaatttattgaagtggtagaaatctttagagc 41200485  T
Q  709 aggagcaggttgacacagaaacggaattacagtaggctagatttgattttgatacagttcattcaaccgcaaatttgaggatagggagtaaggattttca 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  41200486 aggagcaggttgacacagaaacggaattacagtaggctagatttgattttgatacagttcattcaaccgcaaatttgaggata-atagtaaggattttca 41200584  T
Q  809 aagatgtagaggccatcatctccaacaactcctctgattacaagacaacctacca 863  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200585 aagatgtagaggccatcatctccaacaactcctctgattacaagacaacctacca 41200639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 865 - 915
Target Start/End: Original strand, 41200692 - 41200742
Alignment:
Q  865 aatttatccatgtatccttatgctcaattttgaagggagtgttgaagtgta 915  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41200692 aatttatccatgtatccttatgctcaattttgaagggagtgttgaagtgta 41200742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University