View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10330_low_4 (Length: 528)

Name: NF10330_low_4
Description: NF10330
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10330_low_4
NF10330_low_4
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (16-444)||(41286926-41287349)
chr5 (60-528)||(41366828-41367292)
chr5 (16-510)||(41316693-41317183)
chr5 (16-454)||(41332723-41333157)
chr5 (16-454)||(41328790-41329224)
chr5 (27-454)||(41324813-41325236)
chr5 (16-451)||(41337533-41337964)
chr5 (16-508)||(31177653-31178141)
chr5 (16-437)||(41310967-41311388)
chr5 (16-440)||(31187716-31188136)
chr5 (48-272)||(41305243-41305463)
chr5 (16-454)||(31225628-31226062)
chr5 (306-452)||(41431966-41432112)
chr5 (361-444)||(14235879-14235962)
chr5 (16-116)||(41369921-41370021)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-443)||(17248533-17248956)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 41287349 - 41286926
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287349 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctgggcacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 41287250  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41287249 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatat----cttggatctcttccaattgcccaagcattgacaagaaccct 41287154  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41287153 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 41287054  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |    
T  41287053 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcaaccacatacccctttctatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct-tttccatca 41286955  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatc 444  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||    
T  41286954 cctttggattctttaccatctcagacatc 41286926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 60 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 41367292 - 41366828
Alignment:
Q  60 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagctt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||| ||||| || || ||| |||  || |    
T  41367292 cacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattcggctattaagaaatctctcaggcttaaaactcttggcat 41367193  T
Q  160 cgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttca 259  Q
    | ||||||||     || |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||     
T  41367192 caacccaatac----ctcggatctcttccaatagcccaagcattaacaatgacccttgtcttagctgggatatcatatctatttatttggcatggcttcg 41367097  T
Q  260 tactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatt 359  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367096 tactttctcttggaatcaataatggtatagaaggatgcaacctcattgtttctttgatgacggattttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatt 41366997  T
Q  360 cacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacatagct 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41366996 cacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacacagct 41366897  T
Q  460 tccgaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggattaacggtagccttgtctaatat 528  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366896 tcagaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggattaacggtagccttgtctaatat 41366828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 16 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 41317183 - 41316693
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  41317183 caagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatc 41317084  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||    
T  41317083 aattgggctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcattgacagcaaccct 41316988  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     |||||||| || || ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||   | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  41316987 tgtcttggctggaatctcataaccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggagcaacaggatacaacctcaatgtttctttg 41316888  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||    
T  41316887 atgacagactttaagtatatcaattggtacaactctgtctcatccacatatccctttttatcaaacactcttcttacttcagcttgtgcttgttccatta 41316788  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacatagcttccgaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggattaac 510  Q
    |  | |  || ||||||||| ||||||||| ||| | || ||| || || |||| || ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  41316787 catttgagttttttaccatcgcagacatcgcccaaatcacagcctctgacgatgtttcagtaccagcaccaaacatgtcctgcaaatggattaac 41316693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 41333157 - 41332723
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||    
T  41333157 caagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaattc 41333058  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  |||||    
T  41333057 aattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattaccct 41332962  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | | ||||| ||||||| ||||||||||    
T  41332961 tgtcttagctgggatttcatacccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaattaacaatggtgcaacgggatgtaacctcaatgtttctttg 41332862  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||| ||    
T  41332861 acgacagactttaagtatatcaattggtgcaactctgactcatccacatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaatctgtgcttcttccaata 41332762  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataaca 454  Q
    || | || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41332761 cctttgggttctttaccatctcagacatcgcccataaca 41332723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 41329224 - 41328790
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| | || | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  41329224 caagaggcagctcaacattgggtatggcaaatgaaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgaattcgaagtccgtgcctttgaaatc 41329125  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||     |||| |||||||||||| ||| ||||||| || |  |||||    
T  41329124 aattggactattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatac----cttgaatctcttccaatagcccaagcattaaccattaccct 41329029  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||    
T  41329028 tgtcttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaacgggatgcaacctcaatgtttctttg 41328929  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  41328928 atgacggactttaagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacatactcctttttatcaaacactctacttacttcatcttgtgcttcttccatta 41328829  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataaca 454  Q
    || | || ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  41328828 cctttgggttcttcaccatctcagacatcgcccataaca 41328790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 27 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 41325236 - 41324813
Alignment:
Q  27 tcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactat 126  Q
    ||||||||||||| | | || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41325236 tcaacgttgggtaaggcaaatgcaattccgggacacatccttcttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattggactat 41325137  T
Q  127 taacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccg 226  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | ||||| || ||||||||     ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |  ||||| ||||| || |    
T  41325136 taacaaacctctcaggtttaaaactttcagcatcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcattaaccatgacccttgtcttagctg 41325041  T
Q  227 ggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttgataacagactt 326  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||  || | |||||||||||||||  ||||| ||||  |  ||||| | |||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  41325040 ggatttcatacccattgatttggcatctctccctactttctcttggaagtaacaacggtacggttggatgtagcctcattgtttccttgatcacagattt 41324941  T
Q  327 caagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattc 426  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  41324940 taagtatatcaattggtgcaactctgtctcatccacaaaccccttcctatcaaaaactcttcttacctcagcttgtgcttcttccatcacctttggattc 41324841  T
Q  427 tttaccatctcagacatcgtccataaca 454  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  41324840 tttaccatctcagatatcgcccataaca 41324813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 41337964 - 41337533
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| |||||||| ||||| | | | || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  41337964 caagaggcagctcaacattgggcaaggcaaatgcaatacctggacacatccttcttccagcaccaaatggtattaattcaaagtctgtgcctttgaaatc 41337865  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||  |    ||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||    
T  41337864 aattgagctattaacaaacctctcaggtttaaaactctcagcttcaacccaatactt----tggatctcttccaattgcccaaacattgacagcaaccct 41337769  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||  |||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | ||| | ||||||||||    
T  41337768 tgtcttagctgggatctcatacccattgatttcacatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtacagtaggatgtagcctaaatgtttctttg 41337669  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || ||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41337668 atgacacactttaagtatgtcaactgttgcaactctgtctcgtctacatacccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgcttcttccatta 41337569  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccata 451  Q
    | || || ||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  41337568 ctattgggttctttatcatctccgacatcgcccata 41337533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 508
Target Start/End: Original strand, 31177653 - 31178141
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||| ||| || ||||||||    
T  31177653 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatc 31177752  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31177753 aattgtgctattaacaaacctctcgggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31177848  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| | ||||||||||    
T  31177849 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaatcaacaaaggtaaagaaggatgcaaccttaatgtttctttg 31177948  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| | | |||||    
T  31177949 attatagactttaagtatatcaaatggtgcaactctgtttcatcgacatgcccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgcttccttcatta 31178048  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataacatagcttccgaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggatta 508  Q
     | | || ||||||| ||||||||| |||  |||||||| | || | || |||| ||  || |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31178049 tctttgggttctttatcatctcagatatcccccataacacaactcctgatgatgtttcggtaccaccaacaaacatatcctacaaatggatta 31178141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 16 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 41311388 - 41310967
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||| | | || ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  41311388 caagaggtagctcaatgtttggtagggcaaatgcaattccgggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtccgtgcctttgaattc 41311289  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||||||||     ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||  || ||    
T  41311288 aattgtgctattaacaaacctctcaggtttaaatctctcagcttcaacccaatac----cttggatctcttccaatagcccaagcaataataacgactct 41311193  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     |||||    ||||| ||||  | |||||||||||||  || | |||||||||||||||  |||||||||  | | ||||||||||||| ||||||||||    
T  41311192 tgtcttaattgggatctcatgcctattaatttggcatctctccctactttctcttggaactaacaatggtgcaactggatgcaacctcagtgtttctttg 41311093  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatat----ccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttcc 411  Q
    || ||| |||| |||||||||||  ||||||||||  |||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  41311092 atgacaaactttaagtatatcaacaggtgcaactccatctcatccacatatatacccctttttatcaaacactcttcttacttcaacttgtgcttcttcc 41310993  T
Q  412 attaccatcggattctttaccatctc 437  Q
    |||||| | || ||||||||||||||    
T  41310992 attacctttgggttctttaccatctc 41310967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 440
Target Start/End: Original strand, 31187716 - 31188136
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||||||    
T  31187716 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatc 31187815  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31187816 aattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31187911  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| || | || |||||| | ||||| ||||||| ||    
T  31187912 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggcacagaaggatgtagcctcaatgtttctctg 31188011  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||   |||||||    
T  31188012 attatagactttaagtatatcaattggtgcaactctgtttcatcgacatacccctttttatcaaacacttttcttacttcagcttgtgctttctccatta 31188111  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcaga 440  Q
     | | || |||||||||||||||||    
T  31188112 tctttgggttctttaccatctcaga 31188136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 48 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 41305463 - 41305243
Alignment:
Q  48 gcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatcaattggactattaacaaacctctcgggtttga 147  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  41305463 gcaatgcccggacacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcaaagtctgtgcctttgaaatcaattgagctattaacaaacctctcgggtttaa 41305364  T
Q  148 aattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccctagtcttggccgggatatcatatccattaattt 247  Q
    || |||||||||| |||||    |||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||  |||| ||||    
T  41305363 aactctcagcttcaaccca----atactttggatctcttccaatcgcccaagcattgacaataaccctagtcttagctggaatatcatactcattgattt 41305268  T
Q  248 ggcatggcttcatactttctcttgg 272  Q
    ||||   || | |||||||||||||    
T  41305267 ggcaactctccctactttctcttgg 41305243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 31226062 - 31225628
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||| ||||||||    
T  31226062 caagaggcagctcaatgttggataagccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatc 31225963  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||  ||||| | ||||||||| ||||| ||| ||||||||||  |||||||  | ||    |||||||||||||||| || |||||| |  ||| ||    
T  31225962 aattgtgctattgagaaacctctcaggtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttc----atctcttccaattgcccaaacattgatagcaactct 31225867  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     || || || ||||| ||||| ||||| |||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||| |||  ||  ||||| || |||| ||||||| |     
T  31225866 tgttttagctgggatttcatacccattgatttggcatctctctctactttctcttggaaccaacaaaggtgcagatggatgtaatctcaatgtttctcta 31225767  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||| | |||||||    
T  31225766 attatagactttaagtatattaattggtgcaactctgtttcatcgacatgtccctttttatcaaacatgtttcttacttcagcttgtgcttcctccatta 31225667  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataaca 454  Q
     | | || ||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  31225666 tctttgggttctttaccatctcagatatcccccataaca 31225628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 306 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 41432112 - 41431966
Alignment:
Q  306 tgtttctttgataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgct 405  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41432112 tgtttctttgatgatagacttcaagtatatcaattagtgcaactcagtctcatccacataccctttcatatcaaacactcttcttacctcagcttgtgct 41432013  T
Q  406 gcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatcgtccataa 452  Q
     ||||||| ||  |||| |||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  41432012 tcttccatcacattcgggttcttcgccatctcagacatcgcccataa 41431966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 14235962 - 14235879
Alignment:
Q  361 acatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccattaccatcggattctttaccatctcagacatc 444  Q
    ||||| |||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||||    
T  14235962 acatacccctttctatcaaactcccttcttacctcagcttgtgcttcttccatcaccctagggttctttacaatctcagacatc 14235879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 41370021 - 41369921
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| ||| ||   ||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||    
T  41370021 caagaggcaactcaacgttaggtaagccaaacataatgcctggacacatcctcctccctgcatcaaatggtatgtattcaaagtctatacctttgaaatc 41369922  T
Q  116 a 116  Q
    |    
T  41369921 a 41369921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 16 - 443
Target Start/End: Original strand, 17248533 - 17248956
Alignment:
Q  16 caagaggaagctcaacgttgggtatgccgaaggcaatgcctggccacatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaagtctgtgccattgaaatc 115  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||||||||    
T  17248533 caagaggcaactcaatgttgggtatgccaaatgcaatgcccggacaaatcctccttccagcaccaaatggtatgtattcgaaattcatgcctttgaaatc 17248632  T
Q  116 aattggactattaacaaacctctcgggtttgaaattctcagcttcgacccaatatatatcttggatctcttccaattgccaaagcattgacaagaaccct 215  Q
    |||||| ||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||     ||| ||||||||||||||||| || |||| |||  ||||||    
T  17248633 aattgggctattaaaaaacctttcaggtttgaaactctcagcttcaacccaatac----ctttgatctcttccaattgcccaaacattaacagcaaccct 17248728  T
Q  216 agtcttggccgggatatcatatccattaatttggcatggcttcatactttctcttggaatcaacaatggtatagcaggatgcaacctcattgtttctttg 315  Q
     ||||| || || |||||||| || || ||| | |||   | | |||||| ||| |||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||    
T  17248729 tgtcttagctggaatatcatacccgttgattcgacatttttccctactttgtctaggaatcaacaatggtacaataggatgcagcctcagtgtttctttg 17248828  T
Q  316 ataacagacttcaagtatatcaattggtgcaactctgtctcattcacatatccctttttatcaaacactcttcttacctcaacttgtgctgcttccatta 415  Q
    || ||||| || |||||||| ||||| | |||||| || ||||  ||||| |||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  17248829 atgacagaatttaagtatattaattgatccaactccgtttcatctacatacccctttctatcaaaaacacttcttacctcagcttgtgctgcttccatca 17248928  T
Q  416 ccatcggattctttaccatctcagacat 443  Q
    || | || || ||||  |||||||||||    
T  17248929 cctttgggttttttattatctcagacat 17248956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University