View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10331_low_2 (Length: 452)
Name: NF10331_low_2
Description: NF10331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10331_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 442
Target Start/End: Original strand, 40310642 - 40311058
Alignment:
| Q |
17 |
aagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatat |
116 |
Q |
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| T |
40310642 |
aagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca--- |
40310738 |
T |
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| Q |
117 |
acacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
216 |
Q |
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| T |
40310739 |
------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagacaccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
40310832 |
T |
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| Q |
217 |
atattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatcaatca |
316 |
Q |
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| T |
40310833 |
atataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaacgagagtagtgtccaatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaaaagaataatcaatca |
40310932 |
T |
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| Q |
317 |
gtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtc |
416 |
Q |
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| T |
40310933 |
gttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtc |
40311032 |
T |
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| Q |
417 |
ctctgcttggcccctttaatcctttg |
442 |
Q |
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| T |
40311033 |
ctctgcttggcccctttaatcctttg |
40311058 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 442
Target Start/End: Original strand, 40320718 - 40321134
Alignment:
| Q |
17 |
aagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatat |
116 |
Q |
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| T |
40320718 |
aagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca--- |
40320814 |
T |
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| Q |
117 |
acacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
216 |
Q |
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| T |
40320815 |
------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagacaccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
40320908 |
T |
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| Q |
217 |
atattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatcaatca |
316 |
Q |
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| T |
40320909 |
atataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaacgagagtagtgtccaatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaaaagaataatcaatca |
40321008 |
T |
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| Q |
317 |
gtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtc |
416 |
Q |
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| T |
40321009 |
gttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtc |
40321108 |
T |
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| Q |
417 |
ctctgcttggcccctttaatcctttg |
442 |
Q |
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| T |
40321109 |
ctctgcttggcccctttaatcctttg |
40321134 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 17 - 406
Target Start/End: Original strand, 40313618 - 40314002
Alignment:
| Q |
17 |
aagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatat |
116 |
Q |
| |
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| T |
40313618 |
aagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca--- |
40313714 |
T |
|
| Q |
117 |
acacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
216 |
Q |
| |
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|
| T |
40313715 |
------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaagggtaaaatatggtcatggttgtgtattacgtaatgtaat |
40313808 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatcaatca |
316 |
Q |
| |
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| T |
40313809 |
atataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaacgaagagaataatcaatca |
40313908 |
T |
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| Q |
317 |
gtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataac----attgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaa |
406 |
Q |
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| T |
40313909 |
gttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacatatattgctttctatacagctaagtgcttgccgaccttaggacctacctaa |
40314002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 17 - 406
Target Start/End: Original strand, 40323694 - 40324078
Alignment:
| Q |
17 |
aagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatat |
116 |
Q |
| |
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| T |
40323694 |
aagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca--- |
40323790 |
T |
|
| Q |
117 |
acacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaat |
216 |
Q |
| |
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|
| T |
40323791 |
------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaagggtaaaatatggtcatggttgtgtattacgtaatgtaat |
40323884 |
T |
|
| Q |
217 |
atattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatcaatca |
316 |
Q |
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| T |
40323885 |
atataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaaaggaaaacgaagagaataatcaatca |
40323984 |
T |
|
| Q |
317 |
gtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataac----attgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaa |
406 |
Q |
| |
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| T |
40323985 |
gttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacatatattgctttctatacagctaagtgcttgccgaccttaggacctacctaa |
40324078 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 433
Target Start/End: Original strand, 40330184 - 40330627
Alignment:
| Q |
17 |
aagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaa-cata |
115 |
Q |
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| T |
40330184 |
aagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaccaaa |
40330283 |
T |
|
| Q |
116 |
tacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaa |
215 |
Q |
| |
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|||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||| |
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| T |
40330284 |
aacac---atgataagagaatccacatcaacaatataaaaaagacactattgtgtttaaaaggggaaaatatggccatggat-tgtataatattgtgtat |
40330379 |
T |
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| Q |
216 |
tatat---tg--------gaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaatttggaa-------------- |
290 |
Q |
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| T |
40330380 |
tatatgaatgtgtttgatgaagaaaatatttgattgtggaatggaaatgagagtagggt-ctatatatatacatgaagttttggaaagaaaattaaggga |
40330478 |
T |
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| Q |
291 |
-aggaaaaagaagagaataatcaatcagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagt |
389 |
Q |
| |
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| T |
40330479 |
aaggaaaaagaagagaataataaatcagttcattgtccaattaaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagctaagggtttgccgt |
40330578 |
T |
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| Q |
390 |
cattaggacctacctaagcagt-----ttgtcctctgcttggccccttt |
433 |
Q |
| |
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| T |
40330579 |
catttggacctacctaaacagtttgtcttgtcctctgcttggccccttt |
40330627 |
T |
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