View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10336_high_8 (Length: 440)

Name: NF10336_high_8
Description: NF10336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10336_high_8
NF10336_high_8
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (22-422)||(17716264-17716663)
chr3 (22-422)||(19017493-19017892)
chr3 (22-405)||(37145518-37145900)
chr3 (23-405)||(53606210-53606591)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (22-422)||(8684554-8684953)
chr6 (22-182)||(8639256-8639416)
chr6 (23-402)||(1297394-1297772)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (22-404)||(16781388-16781768)
chr5 (22-405)||(42689699-42690081)
chr5 (22-405)||(23946637-23947019)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (22-405)||(721401-721783)
chr1 (32-405)||(38880625-38880996)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (25-422)||(11240024-11240420)
chr4 (26-260)||(30961080-30961315)
chr4 (35-235)||(44567139-44567339)
chr4 (22-405)||(33805837-33806219)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (23-422)||(46831266-46831664)
chr7 (22-148)||(42604126-42604252)
chr7 (32-253)||(48953549-48953771)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-405)||(45210731-45211113)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 22 - 422
Target Start/End: Original strand, 17716264 - 17716663
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |    
T  17716264 gtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattggtggacaacaaactgagcatctgaaatggcacccaatttagcaaaat 17716363  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  17716364 aatctgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaaatctttaatgttttgaataagaacggcatagatgtg 17716463  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||    
T  17716464 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagagaatccgagtagcacataaaatcatt-catgttcaagtccatagccatattcagccc 17716562  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgcgttattgtggatgaca 421  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  17716563 ttggtagatagctgttagctctgccagcagtatgtccgttgagtgcggaatgaaaccagagaaacttgagatgaacagacctgcgttattgcggaagaca 17716662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 22 - 422
Target Start/End: Original strand, 19017493 - 19017892
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |    
T  19017493 gtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattggtggacaacaaactgagcatctgaaatggcacccaatttagcaaaat 19017592  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  19017593 aatctgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaaatctttaatgttttgaataagaacggcatagatgtg 19017692  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||    
T  19017693 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagagaatccgagtagcacataaaatcatt-catgttcaagtccatagccatattcagccc 19017791  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgcgttattgtggatgaca 421  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  19017792 ttggtagatagctgttagctctgccagcagtatgtccgttgagtgcggaatgaaaccagagaaacttgagatgaacagacctgcgttattgcggaagaca 19017891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 37145900 - 37145518
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  ||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| | ||| || |||||||||| || | ||||     
T  37145900 gtgcctatagcatcatctctaagcagagggaggaggtcagctggcggcaattggtggacgacaagatgaacttctgaattagcacccaacttggcaaaga 37145801  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgacta-gcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgt 220  Q
    ||| || |||||| || ||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||| | |||| |||| || || || || |||||||| ||||||||| |||    
T  37145800 aatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaac-actaagcaaatcctttatgttctgaatgaggacggcgtaggtgt 37145702  T
Q  221 ggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcc 320  Q
    |  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||||||  ||||||||| ||| |    
T  37145701 gatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagggaatccgagtagcacatgacgtcatt-catattcaagtcaataaccatatgcagac 37145603  T
Q  321 cttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    ||||||  || || |||||||||||  ||| |||||| || || | ||| ||||||||||| || |||||||||| ||| |||||    
T  37145602 cttggtgaatcgcggttagctcggcttgcaatatgtccgtcgaattcgggatgaaaccggaaaatcctgagatgagcaagcctgc 37145518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 405
Target Start/End: Original strand, 53606210 - 53606591
Alignment:
Q  23 tgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagta 122  Q
    |||||| | |||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| || ||||||| ||||||| |||| |    
T  53606210 tgcctagcgcatcagctctaagcaaggggaggagatcagctggaggcgattgatggacgacaagagcagcatctgaattagcaccaaatttagcaaagaa 53606309  T
Q  123 attcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtgg 222  Q
     | || ||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||  ||   ||||| |||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||    
T  53606310 gtccgcacattgattcccctctcttaaagtgtggtggagggaaatgttcctgtcatttagcaggtctttgatattctggataagagcggcgtagatgtgg 53606409  T
Q  223 aatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccct 322  Q
     |||| || || ||||||   || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  53606410 tatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagctagaagggaatccgagtagcacattatctcatt-cacattcaaatccgtaaccaatttcagtcct 53606508  T
Q  323 tggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    ||||  |||||||||||||| || |||| ||| || | ||| |  ||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||    
T  53606509 tggtgaatagctgttagctccgctagcaatatatcagctgaattaggaatgagaccggaaaagcctgagataaacaaacctgc 53606591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 22 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8684953 - 8684554
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |    
T  8684953 gtgcccatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagttgggggcgattggtggacaacaaactgagcatctgaaatggcacccaatttagcaaaat 8684854  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    || | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  8684853 aaattgcacattgatttccctctcttaaggtgtgatgaagagagaaattccgatcgactagcaaatctttaatgttttgaataagaacagcgtagatgtg 8684754  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||    
T  8684753 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagagaatctgagtagcacataaaatcatt-catgttcaagtccatagccatattcagccc 8684655  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgcgttattgtggatgaca 421  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||    
T  8684654 ttggtagatagctgttagctctgccagcagtatgtccgttgagtgcggaatgaaaccagagaaacctgagatgaacagacttgcgttattgcggatgaca 8684555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 8639416 - 8639256
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  8639416 gtgcctatcgcatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgataaaatgagcatctgaactagcacccaatttagcaaagt 8639317  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactag 182  Q
    |||  | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8639316 aatctgcacattgattcccctctcttgaagcgtgatgaagagagatgttccgatcaactag 8639256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 402
Target Start/End: Original strand, 1297394 - 1297772
Alignment:
Q  23 tgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagta 122  Q
    |||||| | |||||||||| ||||  || ||||| |||||||||||||| || |||||||||| || | ||||| || ||||||| ||||||| | || |    
T  1297394 tgcctagcgcatcagctctaagcatggggaggagatcagctggaggcgaatgatggacgacaagatcaacatctgaattagcaccaaatttagcagagaa 1297493  T
Q  123 attcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtgg 222  Q
     | || ||||||||| || |||||||||||||| || || || |||||||||||   ||||| |||||  ||||| |  || ||||||||||||||||||    
T  1297494 gtccgcacattgattcccttctcttaaagtgtggtggagggaaatgttccgatcatttagcaggtcttcgatattctcgataagaacggcgtagatgtgg 1297593  T
Q  223 aatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccct 322  Q
     |||| || || ||||||   || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||||| ||| ||||||  ||||  |||    
T  1297594 tatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagctagaagggaatccgagtagcacattatctcatt-cacattcaaatccataaccaatttcattcct 1297692  T
Q  323 tggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacc 402  Q
    ||||  |||||||||||||| || ||||  || | |||||| |  |||||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  1297693 tggtgaatagctgttagctccgctagcaaaatatatgttgaattaggaatgaaaccggaaaagcctgagattaaaaaacc 1297772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 22 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 16781768 - 16781388
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  16781768 gtgcctatcgcatcaattctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggaggacaaaatgagcgtctaaattagcatccaatttagcaaagt 16781669  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    ||| |  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  16781668 aatccacacattgattcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcaactagcaagtctttaata-ttcgaatgagaacggcgtagatgtg 16781570  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  16781569 gaatctcgg-atatcattcatgataagattaacagcaaggagggaatctgagtagcacataagatcatt-catgttcaagtcaataaccatattcagccc 16781472  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggcca-gcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctg 404  Q
    |||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16781471 ttggtgaatagttgttagctcggccatgcagaatgtccgttgagtgcggaatgaaactggagaaacctgagatgaacaaacctg 16781388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Original strand, 42689699 - 42690081
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| || | ||||     
T  42689699 gtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggcggcgattggtggacgacaagatgaacatctgaattagcacccaacttggcaaaga 42689798  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgact-agcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgt 220  Q
    ||| || |||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| | ||| ||||| || || || || |||||||| ||||||||| |||    
T  42689799 aatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagagatatttcgaac-actaagcaaatcctttatgttctgaatgaggacggcgtaggtgt 42689897  T
Q  221 ggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcc 320  Q
    |  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||  ||| ||||| ||| |    
T  42689898 gatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagggaatccgagtagcacatgacgtcatt-catattcaaatcaataatcatatgcagac 42689996  T
Q  321 cttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    ||||||  || || |||||||||||  ||| |||||| || || | ||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  42689997 cttggtgaatcgcggttagctcggcttgcaatatgtccgtcgaattcgggatgaaaccggaaaatcctgagatgaacaagcctgc 42690081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 23947019 - 23946637
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| || | ||||     
T  23947019 gtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggtggtgattggtggacgacaagatgaacatctgaattagcacccaacttggcaaaga 23946920  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgact-agcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgt 220  Q
    ||| || |||||| || |||||||||||||||||||| ||||  || || ||| | ||| ||||| || || || || |||||||| | ||||||  |||    
T  23946919 aatccgcacattggttcccctctcttaaagtgtgatggagagttatatttcgaac-actaagcaaatcctttatgttctgaatgaggaaggcgtatgtgt 23946821  T
Q  221 ggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcc 320  Q
    |  ||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| |  ||||| ||| ||| | ||  ||||||||| ||| |    
T  23946820 gatatctcggagtgtcattcataataagattgactgcaagaagtgaatctgagtagcacatgacgtcatt-catattcgaatcaataaccatatgcagac 23946722  T
Q  321 cttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    ||||||  || || ||||| |||||  ||| |||||  || || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23946721 cttggtgaattgcggttagttcggcttgcaatatgttcgtcgaattcgggatgaaaccggaaaaacctgagatgaacaagcctgc 23946637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 721783 - 721401
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| |||| ||||     
T  721783 gtgcctatggcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaagatgagcatctgaattagcacccaacttagcaaaga 721684  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    ||| ||  |||||  | ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| | | |||||| || || ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  721683 aatccgcgcattggctcccctctcttaatgtgtgatggagagagaagttccgaacaattagcaaatcctttatattctgaatgaggacggcgtaggtgtg 721584  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
    | ||||||| || |||||||| || ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||  ||| |||||||| |||    
T  721583 gtatctcggagtgtcattcataataagattaactacaagaagggaatccaagtagcacatgacgtcatt-catattcaaatcaataatcatattcaaccc 721485  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    |||||  || ||||||||||||||| |||  ||||  ||  | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  721484 ttggtgaatcgctgttagctcggcctgcaaaatgttcgtcaaattcgggatgaaaccggaaaaacctgagatgaacaagcctgc 721401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 32 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38880996 - 38880625
Alignment:
Q  32 catcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagtaattcgtaca 131  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| |||| |||| ||| ||  ||    
T  38880996 catcagttctaagcagagggaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaagatgagcatctgaattaacacccaacttagcaaagaaatccgcgca 38880897  T
Q  132 ttgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtggaatctcggt 231  Q
    ||| || | || |||||| |||||||| ||||||||||||||| | | |||||| || || ||||| |||||||| ||| ||||| ||||| ||||| |     
T  38880896 ttggttcctctatcttaatgtgtgatggagagagatgttccgaacaattagcaaatcctttatattctgaatgaggacgacgtaggtgtggtatctc-ga 38880798  T
Q  232 gtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcccttggtatata 331  Q
    || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||  ||| |||||||||||||||||  ||     
T  38880797 gtgtcattcataataagattaactgcaagaagggaatccgagtagcacatgacgtcatt-catattcaaatcaataatcatattcagcccttggtgaatc 38880699  T
Q  332 gctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    |||||||||| ||||  ||  ||||| || || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  38880698 gctgttagcttggcctacaaaatgtccgtcgaattcgggatgaaaccggaaaaacctgagatgaacaagcctgc 38880625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 25 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 11240420 - 11240024
Alignment:
Q  25 cctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagtaat 124  Q
    |||||| |||||||||| || ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||  | ||||| |||| || ||||||| ||||||| ||||||||    
T  11240420 cctatcgcatcagctctaagaagaggaatgaggtcagctagaggcgaatggtgaacgagcatatgagaatctgaactagcacctaatttagcaaagtaat 11240321  T
Q  125 tcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtggaa 224  Q
     |  |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  11240320 ccaaacattggttcccctctcttaaggtgtgatggagagagatgttccgatcaactaacaagtctttaatattttgaatgagcacgacgtagatgtggaa 11240221  T
Q  225 tctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcccttg 324  Q
    |||||| ||||||||| |||| | || |||| |||  |||||||||||||||||||| |  ||| | || |||||| ||  || ||| ||||||  ||||    
T  11240220 tctcggggtatcattcttgataaaatgaacaacaatcagggaatccgagtagcacatgaggtcagt-cacgttcaattcaatagccaaattcagatcttg 11240122  T
Q  325 gtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgcgttattgtggatgacac 422  Q
     |  |||   |||||||| |||||||||||||| || |||  | |||||||||  || |||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  11240121 atggataatagttagctcagccagcagtatgtccgtcgaggtcagaatgaaactagacaaacctgagatgaacaaacctgcactattgcggaggacac 11240024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 26 - 260
Target Start/End: Original strand, 30961080 - 30961315
Alignment:
Q  26 ctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattgg-tggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagtaat 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| |||    
T  30961080 ctatcacatcagctctaagcagaggaaggaggtcagctggaggcgaatgggtgcactacaaaatgagcatctgaattagcacccaatttagcaaagaaat 30961179  T
Q  125 tcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtggaa 224  Q
     |  |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||| ||||| |    
T  30961180 ccacacattggttcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgaacaattagcaagtcctttatattctggatgaggacggcgtaggtgtggta 30961279  T
Q  225 tctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaag 260  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30961280 tctcggggtatcattcatgataagattaacagcaag 30961315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 35 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 44567339 - 44567139
Alignment:
Q  35 cagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagtaattcgtacattg 134  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || |||||||| | || ||||||| ||||||| ||||||||    |||||     
T  44567339 cagctctaagaagaggaaggaggacagccggagacgattggtggacgataagatgagcatatgaattagcacctaatttagtaaagtaatctccacattc 44567240  T
Q  135 atttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtggaatctcggtgta 234  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||    
T  44567239 attcccctctcttaaggtgtgatgaagagagatgttccgatcaactagcaagtctttaatattctgaatgagaacgatatagatgtggaatctcggggta 44567140  T
Q  235 t 235  Q
    |    
T  44567139 t 44567139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 33806219 - 33805837
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| || | ||||     
T  33806219 gtgcctatagcatccgctctaagcagagggaggaggtcagctggcggtgattggtggacgacaagatgaacatctgaattagcacccaacttggcaaaga 33806120  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtg 221  Q
    ||| || |||||| || ||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||| |    ||||| || || || || |||||||| ||||||||| ||||    
T  33806119 aatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaacattaagcaaatcctttatgttctgaatgaggacggcgtaggtgtg 33806020  T
Q  222 gaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccc 321  Q
      ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||| | ||  ||||||||| ||  ||    
T  33806019 atatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagtgaatccgagtagcacatgacgtcatt-catattcgaatcaataaccatatgcaaacc 33805921  T
Q  322 ttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
    |||||  || || |||||||||||  ||| |||||| || || |  || |||||||| || |||||||| |||||||| |||||    
T  33805920 ttggtgaattgcggttagctcggcttgcaatatgtccgtcgaatttgggatgaaaccagaaaaacctgatatgaacaagcctgc 33805837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 46831664 - 46831266
Alignment:
Q  23 tgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagta 122  Q
    |||||| | |||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||| || ||||||| ||||||| |||| |    
T  46831664 tgcctagcgcatcagctctaagcaaggggaggagatcagctggaggcgattgatggacgacaagagcagcatctgaattagcaccaaatttagcaaagaa 46831565  T
Q  123 attcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtgg 222  Q
     | || ||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||  ||   ||||| |||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||    
T  46831564 gtccgcacattgattcccctctcttaaagtgtggtggagggaaatgttcctgtcatttagcaggtctttgatattctggataagagcggcgtagatgtgg 46831465  T
Q  223 aatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagccct 322  Q
     |||| || || ||||||   || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  46831464 tatctaggagtgtcattcgcaataagattaacagctagaagggaatccgagtagcacattatctcatt-cacattcaaatccgtaaccaatttcagtcct 46831366  T
Q  323 tggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgcgttattgtggatgacac 422  Q
    ||||  |||||||||||||| || |||| ||| || | ||| |  ||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||  ||||| ||| |||||    
T  46831365 tggtgaatagctgttagctccgctagcaatatatcagctgaattaggaatgagaccggaaaagcctgagataaacaaacctgcactattgcggaggacac 46831266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 22 - 148
Target Start/End: Original strand, 42604126 - 42604252
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  42604126 gtgcctatcgcatcagctctaagcataggaaggaggtcagctgggggcgattggtggacaacaaactgagcatctgaaatagcacccaatttagcaaagt 42604225  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctctta 148  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||    
T  42604226 aatccgcacattgatttccctctctta 42604252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 48953771 - 48953549
Alignment:
Q  32 catcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagtaa-ttcgtac 130  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||| || ||||||||| |||||||||| || ||||||| |||||||  | ||||||| |||  || || | ||    
T  48953771 catcagctctaagcaggggaaggagatcagttgtaggcgattgatggacgacaagatcagcatctgaaatagcttcgaatttagcaaaaaaagtttgcac 48953672  T
Q  131 attgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgactagcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgtggaatctcgg 230  Q
     |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |   ||||||| || || ||||| || || ||||| |||||||||||  |||||||    
T  48953671 gttgattcccctctcttagagtgtgatgaagagagatgttccggttagctagcaaatccttgatattgtggataagaactgcgtagatgtgatatctcgg 48953572  T
Q  231 tgtatcattcatgatgagattaa 253  Q
     |||||||||||||| |||||||    
T  48953571 ggtatcattcatgataagattaa 48953549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Original strand, 45210731 - 45211113
Alignment:
Q  22 gtgcctatcacatcagctcttagcagaggaaggaggtcagctggaggcgattggtggacgacaaaatgagcatctaaaatagcacccaatttaggaaagt 121  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||| || | ||||     
T  45210731 gtgcctatagcatcagctctaagcagagggaggaggtcagctggcggtgattggtggacgacaagatgaacatctgaattagcacccaacttggcaaaga 45210830  T
Q  122 aattcgtacattgatttccctctcttaaagtgtgatgaagagagatgttccgatcgact-agcaagtctttaatattttgaatgagaacggcgtagatgt 220  Q
    ||| || |||||| || ||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||| | ||| ||||| || || || || |||||||| ||||||||| |||    
T  45210831 aatccgcacattggttcccctctcttaatgtgtgatggagagtgatatttcgaac-actaagcaaatcctttatgttctgaatgaggacggcgtaggtgt 45210929  T
Q  221 ggaatctcggtgtatcattcatgatgagattaacagcaaggagggaatccgagtagcacataaaatcattccatgttcaagtccgtaaccatattcagcc 320  Q
    |  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||| | ||  ||||||||| ||  |    
T  45210930 gatatctcggagtgtcattcataataagattaactgcaagaagtgaatccgagtagcacatgacgtcatt-catattcgaatcaataaccatatgcaaac 45211028  T
Q  321 cttggtatatagctgttagctcggccagcagtatgtctgttgagtgcggaatgaaaccggagaaacctgagatgaacaaacctgc 405  Q
     |||||  || || |||||||||||  ||| |||||| || || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  45211029 tttggtgaattgcggttagctcggcttgcaatatgtccgtcgaattcgggatgaaaccggaaaaacctgagatgaacaagcctgc 45211113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University