View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10336_low_9 (Length: 432)

Name: NF10336_low_9
Description: NF10336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10336_low_9
NF10336_low_9
[»] chr3 (44 HSPs)
chr3 (19-422)||(6528480-6528892)
chr3 (23-422)||(6841044-6841446)
chr3 (93-421)||(6942091-6942428)
chr3 (23-422)||(6522953-6523361)
chr3 (38-421)||(6945423-6945818)
chr3 (23-422)||(6556185-6556593)
chr3 (38-422)||(7586025-7586418)
chr3 (19-422)||(6733828-6734240)
chr3 (19-422)||(6781423-6781835)
chr3 (23-121)||(6840774-6840872)
chr3 (19-251)||(8452969-8453201)
chr3 (23-121)||(6840501-6840599)
chr3 (23-127)||(6521738-6521842)
chr3 (23-127)||(6522413-6522517)
chr3 (23-127)||(6522548-6522652)
chr3 (23-127)||(6522683-6522787)
chr3 (23-127)||(6521873-6521977)
chr3 (23-127)||(6522278-6522382)
chr3 (23-127)||(6522818-6522922)
chr3 (23-121)||(6840909-6841007)
chr3 (23-127)||(6522008-6522112)
chr3 (23-127)||(6522143-6522247)
chr3 (19-422)||(8469714-8470126)
chr3 (285-422)||(8588077-8588214)
chr3 (70-256)||(6730240-6730426)
chr3 (19-269)||(6796213-6796466)
chr3 (19-126)||(6556046-6556153)
chr3 (70-259)||(6450312-6450501)
chr3 (38-229)||(8570437-8570628)
chr3 (47-416)||(6481477-6481855)
chr3 (19-121)||(6796078-6796180)
chr3 (19-153)||(6840632-6840769)
chr3 (79-186)||(6931994-6932101)
chr3 (19-121)||(8588276-8588378)
chr3 (301-421)||(8452790-8452910)
chr3 (38-121)||(6528364-6528447)
chr3 (19-178)||(6592813-6592972)
chr3 (19-127)||(6840359-6840470)
chr3 (38-121)||(6521618-6521701)
chr3 (38-121)||(6734417-6734500)
chr3 (38-121)||(6781163-6781246)
chr3 (70-229)||(6898447-6898606)
chr3 (20-229)||(6236084-6236293)
chr3 (70-121)||(6915568-6915619)
[»] scaffold0425 (3 HSPs)
scaffold0425 (19-422)||(9229-9641)
scaffold0425 (38-121)||(8978-9061)
scaffold0425 (19-117)||(9094-9192)
[»] scaffold1643 (1 HSPs)
scaffold1643 (38-422)||(324-720)
[»] scaffold2053 (1 HSPs)
scaffold2053 (301-421)||(13-133)
[»] scaffold0958 (1 HSPs)
scaffold0958 (38-226)||(1275-1462)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (38-120)||(6574808-6574890)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 44)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 6528480 - 6528892
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6528480 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataacaagttgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 6528579  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
    ||| |||||  ||  |||||| |   || |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
6528580 aaaactggagattattgattgcagcaagatggaggcaacaattcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacagacatgtgatagaattttggta 6528679  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccg---------tgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaag 309  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||    
6528680 aatgaatttccgacgagtttgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccgagttatccatgcagcaaaatgtaataaattttccctttcttgaag 6528779  T
310 agttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctc 409  Q
    ||||||  |||||||  | ||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |    || |||||||||||||||||||||||    
6528780 agttggggttggattggagtggctctgtgaaatgtccttctttggatttacgttgctataattctctttggagactatcaataaaaggatggcactcctc 6528879  T
410 ctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||    
6528880 ctccttgcctttg 6528892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 23 - 422
Target Start/End: Original strand, 6841044 - 6841446
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6841044 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6841143  T
123 ctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatg 222  Q
    ||| |  |||| ||||| ||  || |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6841144 ctgcagatttgggattgcaacaagatggaggcatcaattcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatg 6841243  T
223 aattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtaca---------ccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagtt 313  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||         ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6841244 aattgccgaccagcttgaaaaggttactcctttgtgataatcaatacacggagttctccgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagtt 6841343  T
314 ggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctcc 413  Q
    || |||||      |||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||  ||||||||||    
6841344 ggaattgg------ctggctctgtgaaatgtccttctttggatttaagttgctataattctcttcaaagactttcaatagaaggatggggctcctcctcc 6841437  T
414 ttgcctttg 422  Q
    |||||||||    
6841438 ttgcctttg 6841446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 93 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 6942428 - 6942091
Alignment:
93 ctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagata 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  || || |||| ||  || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
6942428 ctgcctcaacaccttccttctttacaaaaactgaagattggttattgcaacaagatggaggcatcaattcccaagtgtgataatatgatagagttagata 6942329  T
193 tacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccg---------tgcaccaaaa 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||         ||||||||||    
6942328 tacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgaccagcttgaaaagtttattcctttgttataatcagtacaccgagttctccttgcaccaaaa 6942229  T
284 tttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttac 383  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||  |       
6942228 tgtaatcaattttccctttctcgaagagttggtgttggattttactggctttgtggaatgtccttctttggatttacgttgctataattccctttctaca 6942129  T
384 ctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6942128 ctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 6942091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 23 - 422
Target Start/End: Original strand, 6522953 - 6523361
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6522953 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6523052  T
123 ctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatg 222  Q
    ||| |  || || |||| ||  || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
6523053 ctgaagattagtaattgcaacaagatggaggcatcaattcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagttgtgatagaattttggtaaatg 6523152  T
223 aattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatc---------agtacaccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagtt 313  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||||  | ||||         ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
6523153 aattgccgactagcctgaaaaagttactcctttggcaaaatcggaacacggagttctccgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagactt 6523252  T
314 ggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctcc 413  Q
    |   |||||||| |  |||| |||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||  ||||||||||    
6523253 gaagttggatttcagaggctgtgtaaactgtccctctttggatttacgttgctataattttcttcgtgatctttcaataaaaggctggtgctcctcctcc 6523352  T
414 ttgcctttg 422  Q
    |||||||||    
6523353 ttgcctttg 6523361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 38 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 6945818 - 6945423
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggct---ctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgt 134  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
6945818 gtttcctttgcttaaagagcttactataagaaattgtcccaaattgaaaagggccttgctgcctcaacaccttccttctttacaaaaattgcaactttgt 6945719  T
135 gattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacga 234  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
6945718 gtttgtaaacagttggaggtatcagttcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacaa 6945619  T
235 gcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtaca---------ccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattt 325  Q
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||         ||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||   ||||||||    
6945618 atttgaaaaggttattactttgtgataatcagtacaccgagttctccgtggaccaaaatctaatcaatattctctttcttgaaaagttgaggttggattt 6945519  T
326 tactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgccttt 421  Q
     |  |||| |||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||     |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
6945518 cagaggctgtgtaaactgtccctctttggatttacgttgctataattatcttgaaagactttcaataaaaggatggcattcctcctccttgccttt 6945423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 23 - 422
Target Start/End: Original strand, 6556185 - 6556593
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6556185 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagtgttttctataagaaattgtctcgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6556284  T
123 ctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatg 222  Q
    ||||   | | |||||| ||  ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
6556285 ctgggtgtatttgattgcaacgagttggaggcatcaattcccaagagtgataatatgatagagttagatatacagaattgtgatagaattttggtaaatg 6556384  T
223 aattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtaca---------ccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagtt 313  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| ||||| |    |||| |||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
6556385 aattgccgactagcctgaaaaagttactccttcggcgaaatcggtacacggagttctccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagcgtt 6556484  T
314 ggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctcc 413  Q
    ||  ||| |||  | ||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| |||  ||||||||||    
6556485 ggagttgaattggagtggctctgtgaaatgtccttctttggatttacgttgctataattttcttcgtgatctttcaataaaaggctggtgctcctcctcc 6556584  T
414 ttgcctttg 422  Q
    |||||||||    
6556585 ttgcctttg 6556593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 38 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 7586418 - 7586025
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgat 137  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||   |||    
7586418 gtttcctttgcttaaagagctttctataaaaaaatgtcccaagttgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacagaaactggagattaaagat 7586319  T
138 tgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacgagcc 237  Q
    || ||  ||||||| | || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       
7586318 tgcaagaagttggaagcattaattccgaagtgtgataatatgatagagttagatataaagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacaaatt 7586219  T
238 tgaaaaggttattcctttgtgataatcagtaca---------ccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattttac 328  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||         ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||   || ||||| |     
7586218 tgaaaagtttattcctttgtgataatcagtacaccgagttctccgtggaccaaaatctaatcaatattctctttcttgaagtgttgaagtttgatttcag 7586119  T
329 tggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 422  Q
     |||| |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7586118 aggctgtgtaaactgtccctctttggatttacgttgctataattctcttcgtgatctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 7586025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 6734240 - 6733828
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
6734240 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagatatttctatattcaaatgttctgaattgaaaagggctctgccacaacaccttccttctttaca 6734141  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
     || |||||  || | ||||| ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
6734140 gaaactggagattagagattgcaacaagttggaagcatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacggagatgtgatagaattttggta 6734041  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacacc---------gtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaag 309  Q
    ||||||||||| || ||  |||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||         ||| | | ||| ||| |||| | | || ||||||| |    
6734040 aatgaattgcctaccagtttgaaaaagttagtcctttctgaaaatcagtacaccgagttctctgtggagccaaacttagtcaactataccattcttgacg 6733941  T
310 agttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctc 409  Q
    |||||   |||||||  | ||| |||||  | ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
6733940 agttgaatttggattggagtggttttgtaaagtgtccttctttggatttgtgttgttataattctcttggtgatctttcaataaaaggatggcactcctc 6733841  T
410 ctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||    
6733840 ctccttgcctttg 6733828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 6781423 - 6781835
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
6781423 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagatatttctatattcaaatgttctgaattgaaaagggctctgccacaacaccttccttctttaca 6781522  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
     || |||||  || | ||||| ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
6781523 gaaactggagattagagattgcaacaagttggaagcatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacggagatgtgatagaattttggta 6781622  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacacc---------gtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaag 309  Q
    ||||||||||| || ||  |||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||         ||| | | ||| ||| |||| | | || ||||||| |    
6781623 aatgaattgcctaccagtttgaaaaagttagtcctttctgaaaatcagtacaccgagttctctgtggagccaaacttagtcaactataccattcttgacg 6781722  T
310 agttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctc 409  Q
    |||||   |||||||  | ||| |||||  | ||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
6781723 agttgaatttggattggagtggttttgtaaagtgtccttctttggatttgtgttgttataattctcttggtgatctttcaataaaaggatggcactcctc 6781822  T
410 ctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||    
6781823 ctccttgcctttg 6781835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 121
Target Start/End: Original strand, 6840774 - 6840872
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6840774 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 6840872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 8453201 - 8452969
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||   || |||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||    
8453201 aatggttgtgtcttgaagggtttcctttgcttaaagagctttatataagagaatgtcccaaattgaaaatgtccctgcctcaacaccttccttctttaca 8453102  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
    |||  ||    ||  |||||| ||   |||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
8453101 aaaattgttcattaatgattgcaagatgttggaagcatcaattcccaacggtgataatatcatagatttagatataaagagatgtgatagaattttggta 8453002  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattc 251  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| |||||||    
8453001 aatgaattgccgaccagcttgaaaaagttattc 8452969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 121
Target Start/End: Original strand, 6840501 - 6840599
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
6840501 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttatatattcgattgtcccaaattgaaaagggctctgccacaacaccttccttctttacaaaa 6840599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6521738 - 6521842
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
6521738 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccttttgtcccgaattgaaaagggctctgcatcaacaccttccttctttacaaaaa 6521837  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6521838 ctgga 6521842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522413 - 6522517
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
6522413 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccttttgtcccgaattgaaaagggctctgcatcaacaccttccttctttacaaaaa 6522512  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522513 ctgga 6522517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522548 - 6522652
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6522548 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataacaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6522647  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522648 ctgga 6522652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522683 - 6522787
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
6522683 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccttttgtcccgaattgaaaagggctctgcatcaacaccttccttctttacaaaaa 6522782  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522783 ctgga 6522787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6521873 - 6521977
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6521873 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6521972  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6521973 ctgga 6521977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522278 - 6522382
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6522278 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6522377  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522378 ctgga 6522382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522818 - 6522922
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
6522818 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaaa 6522917  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522918 ctgga 6522922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 121
Target Start/End: Original strand, 6840909 - 6841007
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6840909 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 6841007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522008 - 6522112
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
6522008 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcatcaacaccttccttctttacaaaaa 6522107  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522108 ctgga 6522112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Original strand, 6522143 - 6522247
Alignment:
23 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
6522143 gttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctataagaaattgtcccgaattgaaaagggctctgcatcaacaccttccttctttacaaaat 6522242  T
123 ctgga 127  Q
    |||||    
6522243 ctgga 6522247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8470126 - 8469714
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| ||||||||      |||||| |||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
8470126 aatggttgtgtcttgaagggtttcctttgcttaaagagctttctataaaaagctgtcccgaattgagaagcgcattgcctcaacaccttccttctttaca 8470027  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
    |||  | ||  ||  ||| ||| ||| ||| |||| ||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||||  ||    
8470026 aaaattagagattattgactgtgaactgttagaggcatcgattcccaagggtgataatatcatagagttagatctacagagatgtgatcacattttaata 8469927  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatc---------agtacaccgtgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaag 309  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||||||  || || |||| |||          ||| | ||||| | |||| |||||||||   | |  |||||||||    
8469926 aatgaattgccaaccagcttgaaaaggttcgtctttcgtgaaaattggttcgccaagttctccgtggagcaaattttaatcaacaatactattcttgaag 8469827  T
310 agttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctc 409  Q
    |||||   || |||||||  |||| |||  |||||| |||||||||| | || ||||||| ||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||    
8469826 agttgaagtttgattttataggctctgtaaaatgtctctctttggatttgcgatgctatagttctcttcgtgatctttcaataacaggatggcactcctc 8469727  T
410 ctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||    
8469726 ctccttgcctttg 8469714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 285 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 8588214 - 8588077
Alignment:
285 ttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacc 384  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |  | |    
8588214 ttaatcaattttacatttcttgaagagttgtatttggattttactggcttagtggagtgtccctctttggatctgcgttgccataattctctccggaaac 8588115  T
385 tttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
8588114 tttcaataaaaggatggcgctcctactccttgcctttg 8588077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 70 - 256
Target Start/End: Original strand, 6730240 - 6730426
Alignment:
70 attgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtg 169  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || |  ||  |  ||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| |    
6730240 attgtcccaaactgaaaagggccctgcctcaacaccttccttctttagaaaaattgaagattgtttgttgcaaagagttggaggcatcaattcccaaggg 6730339  T
170 tgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttg 256  Q
    ||||||||| ||||| ||| || ||  | ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||    
6730340 tgataatatcatagatttacatctagtgggatgtgaaagcattttggtaaatgaattgccgactagcttgaaaaagttagtcctttg 6730426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 269
Target Start/End: Original strand, 6796213 - 6796466
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaaggg-ct--ctgcctcaacaccttccttcttt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||  ||| || ||||||| ||  || ||||||||||||||||||||    
6796213 aatggttatgccctggagagtttcctttgcttaaagagatttctgtaaatgtttgttacaacttaaaaagggtcttgcttcctcaacaccttccttcttt 6796312  T
116 acaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttg 215  Q
    ||| ||  || |  || |||||||  |  ||||||| | ||||||||| ||| |||||| |||  || ||||| |||||||||| |||| || |||||||    
6796313 acagaaaatgaagattggtgattgctacgagttggaagcatcaattccaaagggtgatagtatcgtacagttatatatacagagttgtggtaaaattttg 6796412  T
216 gtaaatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtac 269  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| |||  |||||||| | |||||||||    
6796413 gtaaatgaattgccaacaagcttgaaaaagtttgtcctttgtaaaaatcagtac 6796466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 126
Target Start/End: Original strand, 6556046 - 6556153
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
6556046 aatgtttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagtttttaataagaaattgtcccgaattgaaaagggctcttcctcaacaccttccttctttaca 6556145  T
119 aaacctgg 126  Q
    ||| ||||    
6556146 aaaactgg 6556153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 70 - 259
Target Start/End: Original strand, 6450312 - 6450501
Alignment:
70 attgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtg 169  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || |  ||  |  ||| ||  ||||||||| ||||||||| ||| |    
6450312 attgtcccaaactgaaaagggccctgcctcaacaccttccttctttagaaaaattgaagattgtttgttgcaatgagttggaggcatcaattcccaaggg 6450411  T
170 tgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtga 259  Q
    ||||||||| ||||| ||| || ||  | ||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||    
6450412 tgataatatcatagatttacatctagtgggatatgaaagcattttggtaaatgaattgccgactagcttgaaaaagttagtcctttgtga 6450501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 229
Target Start/End: Original strand, 8570437 - 8570628
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgat 137  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||    |||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||    
8570437 gtttcctttgcttaaaaagctttctataagatattgtcacagattgaaaagggccctgcctcgacaccttccttctttacaaaaactggagatcagtgat 8570536  T
138 tgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgcc 229  Q
    || ||  |||||||||  |||||||| |||  |||||||||   ||||||| || || |   ||||||||| ||||||||||||||||||||    
8570537 tgcaagaagttggaggcttcaattcccaaggctgataatatcgaagagttatatctagatgaatgtgatagcattttggtaaatgaattgcc 8570628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 416
Target Start/End: Original strand, 6481477 - 6481855
Alignment:
47 gcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacag 146  Q
    |||||||||| || |||||   ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||  ||    ||  | |||| ||  ||    
6481477 gcttaaagagcttactataaaagattgtcccaaattgaaaagggcccttcctcaacaccttccttctttacagaaattgtcgattattaattgcaacaag 6481576  T
147 ttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacgagcctgaaaaggt 246  Q
    |||||||  ||||| ||| || ||||||||||  ||||||||  | |  || ||||||| || |||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| ||    
6481577 ttggaggcttcaatgcctgagggtgataatatcttagagttatgtctgaagggatgtgacagcattttgataaaggaattgccgaccagcttgaaaaagt 6481676  T
247 tattcctttgtgataatcagtacaccg---------tgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattttactggctttgt 337  Q
    || |||||||||| |||| | ||||||         || | || | ||||  |||   | ||| ||||| |||| ||   |||||||| | |||||||||    
6481677 tagtcctttgtgaaaatcggcacaccgagttcttcgtggagcatattttaggcaacaatgcctatcttgcagagctgtgcttggatttgagtggctttgt 6481776  T
338 ggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctccttg 416  Q
     || ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||   |||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
6481777 tgagtgtccctctttggatttgcgttgttataattctcttcgtacgctttcaataatagggtggcgctcctcctccttg 6481855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Original strand, 6796078 - 6796180
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||| ||| |||| |   ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
6796078 aatggttttgtcttgaagggtttcctttgcttaaagagctttatataacaagttgtcacgaattgaaaagggctcagcctcaaaaccttccttctttaca 6796177  T
119 aaa 121  Q
    |||    
6796178 aaa 6796180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Original strand, 6840632 - 6840769
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgc---ctcaacaccttccttcttt 115  Q
    ||||||| || |||| || | ||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||| ||||||||  |||   |||||||||||||||||||    
6840632 aatggttttgtcttgaagggattcctttgcttaaagagatttctataagaaattgccccaaattaaaaagggccttgctacctcaacaccttccttcttt 6840731  T
116 acaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggagg 153  Q
    |||||| ||| |  |||||||||| ||  |||||||||    
6840732 acaaaaactgaagatttgtgattgcaacaagttggagg 6840769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 79 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 6932101 - 6931994
Alignment:
79 aattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatat 178  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||  |  |||| ||||  ||||||||||||| | ||||||     
6932101 aattgaaaagggctcttcctcaacaccttccttctttacaaaaactggagattagtgattgccacaagtttgaggcttcaattcctaagtttcataatac 6932002  T
179 gatagagt 186  Q
     |||||||    
6932001 catagagt 6931994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 8588378 - 8588276
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    ||||| ||||||||  || |||||||||||||||| || | | ||||   || |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
8588378 aatggatatgccttcaagggtttcctttgcttaaaaagctatttataagtgaatgtcctgaattgaaaagggctttgcctcaacaccttccttctttaca 8588279  T
119 aaa 121  Q
    |||    
8588278 aaa 8588276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 8452910 - 8452790
Alignment:
301 ttcttgaagagttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatg 400  Q
    ||||||||| |||||  |||||||| | ||||| | |  |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||    
8452910 ttcttgaagtgttggagttggatttgaatggctctttaaaatgtcccactttggatttgtgttgctataattctcttggtgaactttcaataacaagatg 8452811  T
401 gcactcctcctccttgccttt 421  Q
    |  ||||||||||||| ||||    
8452810 gtgctcctcctccttgtcttt 8452790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 121
Target Start/End: Original strand, 6528364 - 6528447
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    ||||||| |||||||||||  |  |||||||||| |||||||||||||||||    
6528364 gtttcctttgcttaaagagctttctataagaaattgtcctaaattgaaaagcaccttgcctcaacagcttccttctttacaaaa 6528447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 178
Target Start/End: Original strand, 6592813 - 6592972
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    |||||||||| |||| ||  || ||||||||| ||||| ||| ||||    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
6592813 aatggttatgtcttgaaggtttccctttgcttcaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagagccctgcctcaacaccttccttctttgca 6592912  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatat 178  Q
    |||  ||||  ||  ||||||  || |||||||||  |||||||| |||  |||||||||    
6592913 aaaattggagattactgattgccaagagttggaggcttcaattcccaaggctgataatat 6592972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 127
Target Start/End: Original strand, 6840359 - 6840470
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggc---tctgcctcaacaccttccttcttt 115  Q
    ||||||| || |||| || |||||||||||||||| |||||||||||    | |||||||||||||||| |||    |||||| |||||||| |||||||    
6840359 aatggttttgtcttgaagggtttcctttgcttaaaaagatttctataagaaaatgtcccaaattgaaaaaggcagtgctgcctaaacaccttacttcttt 6840458  T
116 acaaaacctgga 127  Q
    |||||| |||||    
6840459 acaaaagctgga 6840470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 121
Target Start/End: Original strand, 6521618 - 6521701
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||||    ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||    
6521618 gtttcctctgcttaaagagctttatataaaaaattgtcctaaattgaaaagcaccctgcctcaacacctttcttctttacaaaa 6521701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 6734500 - 6734417
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| |  ||||||| ||| ||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||    
6734500 gtttcctttgcttatagagctttctataacaaattgtcctaaactgaaaggcaccctgcctcaacatcttccttctttacaaaa 6734417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 121
Target Start/End: Original strand, 6781163 - 6781246
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| |  ||||||| ||| ||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||    
6781163 gtttcctttgcttatagagctttctataacaaattgtcctaaactgaaaggcaccctgcctcaacatcttccttctttacaaaa 6781246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6898606 - 6898447
Alignment:
70 attgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtg 169  Q
    ||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||  || || ||  ||||||  || ||||| |||  |||||||| |||      
6898606 attgtccgaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaagttgaaaattattgattgccaagagttgcaggcttcaattcccaaggc 6898507  T
170 tgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgcc 229  Q
    ||||||||| |  ||| ||||  || ||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
6898506 tgataatatcagtgagctagaactaaagagatgtgatggcattttgataaatgaattgcc 6898447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 6236293 - 6236084
Alignment:
20 atggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaa 119  Q
    ||||||||| | |||||  || ||||| ||||||||| ||| ||||    |||||||||| |||||||| |  ||||||||| ||||||||| ||| |||    
6236293 atggttatgtcgtggaggtttcccttttcttaaagagctttgtataaaacattgtcccaagttgaaaagtgacctgcctcaataccttccttgtttgcaa 6236194  T
120 aacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaa 219  Q
    ||  ||||  ||  ||||||  || |||||||||  |||||||| |||  || |||||| |  ||| ||||  || ||||||||||| | |||||| |||    
6236193 aaattggagattattgattgccaagagttggaggcgtcaattcccaaggctggtaatatcagtgagctagaactaaagagatgtgatggcattttgataa 6236094  T
220 atgaattgcc 229  Q
    ||||||||||    
6236093 atgaattgcc 6236084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 6915619 - 6915568
Alignment:
70 attgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    |||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
6915619 attgtcccaagttgaaaagttccctgcctcaacaccttccttctttgcaaaa 6915568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Original strand, 9229 - 9641
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttaca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
9229 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaacgagttttctatatccaattgtcccgaattgaaaagggctctgccacaacaccttccttctttaca 9328  T
119 aaacctggaactttgtgattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggta 218  Q
    |||  ||    ||  |||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
9329 aaaattgttcattaatgattgcaacaagttggaagcatcaattcccaagtgtgataatatgatagagttagatatacaaagttgtgatagaattttggta 9428  T
219 aatgaattgccgacgagcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccg---------tgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaag 309  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||  | |||| |||||| |         || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
9429 aatgaattgccgaccagcttgaaaagtttactcctttggcaaaatcggtacactgagttctctgtggaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaat 9528  T
310 agttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctc 409  Q
     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    || |||||| |||||||||| |||||    
9529 cgttgcaattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctctttggagactatcaatacaaggatggcattcctc 9628  T
410 ctccttgcctttg 422  Q
    |||||||||||||    
9629 ctccttgcctttg 9641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 121
Target Start/End: Original strand, 8978 - 9061
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaa 121  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||||    ||||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||    
8978 gtttcctctgcttaaagagctttatatagaaaattgtcctaaattgaaaagcaccctgcctcaacatcttccttctttacaaaa 9061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 117
Target Start/End: Original strand, 9094 - 9192
Alignment:
19 aatggttatgccttggagagtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttac 117  Q
    |||||||||| |||| || ||||| ||  ||||||||| |||||||||   ||||| | ||||| |||||||   |||||||||| |||||||||||||    
9094 aatggttatgtcttgaagggtttctttctcttaaagagctttctatatggtattgttctaaattcaaaagggtattgcctcaacatcttccttctttac 9192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1643 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold1643
Description:

Target: scaffold1643; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 38 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 720 - 324
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggc---tctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgt 134  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||    | |||||||||||  |||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |  ||  |    
720 gtttcctttgcttaaagagcttactataagaaagtgtcccaaattagaaagggccactctgcctcaacaccttccttttttacaaaaactgaatattact 621  T
135 gattgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaattgccgacga 234  Q
    ||||| ||  || |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
620 gattgcaacaagatggaggcatcaattcccaagagtgataatatgatagagttagatataaggagatgtgatagaattttggtaaatgaattgtcgacca 521  T
235 gcctgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccg---------tgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttggtattggattt 325  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
520 gcttgaaaaggttattcctttgtgataatcagtacaccgagttctccccgcaccaaaatttaatcaattttccctttcttgaagagttgcaattggattt 421  T
326 tactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
420 tactggctttgtggaatgtccctctttggatctacattgctataattctctttggagactatcaataaaaggatggcactcctcctccttgcctttg 324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2053 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold2053
Description:

Target: scaffold2053; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 301 - 421
Target Start/End: Original strand, 13 - 133
Alignment:
301 ttcttgaagagttggtattggattttactggctttgtggaatgtccctctttggatctacgttgctataattctcttggttacctttcaataaaaggatg 400  Q
    ||||||||||||||   |||||||| |  |||| |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    || ||||||||||||||    
13 ttcttgaagagttgaagttggatttcagaggctgtgtaaactgtccctctttggatttacgttgctataattctctttggagactatcaataaaaggatg 112  T
401 gcactcctcctccttgccttt 421  Q
    |||||| ||||| ||||||||    
113 gcactcatcctcgttgccttt 133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0958 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0958
Description:

Target: scaffold0958; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 1275 - 1462
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaaacctggaactttgtgat 137  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||    |||||| || |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||   ||||  || | ||     
1275 gtttcctttgcttaaaaatctttctataagatattgtcgcatattgaaaagggccctacctcgacaccttccttctttacaaatattggatattagcgag 1374  T
138 tgtaaacagttggaggtatcaattcctaagtgtgataatatgatagagttagatatacagagatgtgatagaattttggtaaatgaatt 226  Q
    ||     |||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||| ||||  || |  |||||||||| |||||||||||||||||    
1375 tgctgcaagttggaggtttcaattcctaaggctgataatatcagagagctaga-ctaaacggatgtgatagcattttggtaaatgaatt 1462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 120
Target Start/End: Original strand, 6574808 - 6574890
Alignment:
38 gtttcctttgcttaaagagatttctatatccgattgtcccaaattgaaaagggctctgcctcaacaccttccttctttacaaa 120  Q
    |||||| ||||| |||||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||| |||||| ||||    
6574808 gtttcccttgctcaaagagctttatatagaccattgtcccaaattgaaaaggttcctgcctcaaaaccttctttctttgcaaa 6574890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University