View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10339_low_13 (Length: 273)

Name: NF10339_low_13
Description: NF10339
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10339_low_13
NF10339_low_13
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (21-258)||(5768025-5768262)
chr7 (21-255)||(25419536-25419769)
chr7 (21-258)||(39066831-39067067)
chr7 (21-202)||(47233783-47233964)
chr7 (21-202)||(44393667-44393846)
chr7 (116-160)||(47932975-47933019)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (21-258)||(36990987-36991224)
chr5 (21-202)||(21605028-21605209)
chr5 (39-197)||(37301967-37302125)
chr5 (202-257)||(11381359-11381413)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (21-255)||(13433414-13433647)
chr6 (46-106)||(16712095-16712155)
chr6 (116-160)||(16857246-16857290)
chr6 (116-171)||(26615320-26615377)
chr6 (116-171)||(26721248-26721305)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (21-255)||(2504962-2505195)
chr4 (21-258)||(46092247-46092484)
chr4 (21-258)||(46134772-46135009)
chr4 (21-199)||(53830466-53830644)
chr4 (21-197)||(34737763-34737936)
chr4 (21-202)||(21802896-21803074)
chr4 (21-202)||(21632733-21632912)
chr4 (39-202)||(2500623-2500786)
chr4 (39-202)||(5430709-5430876)
chr4 (39-202)||(20036282-20036446)
chr4 (204-257)||(26376949-26377001)
chr4 (204-257)||(46140551-46140603)
chr4 (202-258)||(27256675-27256730)
chr4 (116-160)||(43943476-43943520)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (21-255)||(7574052-7574285)
chr2 (21-255)||(16668647-16668880)
chr2 (21-194)||(41646669-41646842)
chr2 (57-123)||(43564238-43564304)
chr2 (54-123)||(29455448-29455517)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (21-255)||(13786177-13786410)
chr1 (21-255)||(25807733-25807966)
chr1 (21-203)||(23725991-23726167)
chr1 (46-194)||(22912514-22912662)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (21-255)||(52349674-52349907)
chr3 (21-202)||(48266265-48266445)
chr3 (21-202)||(35870343-35870524)
chr3 (67-202)||(26215284-26215420)
chr3 (21-84)||(26215432-26215492)
chr3 (116-160)||(5884423-5884467)
chr3 (116-160)||(54945777-54945821)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (21-202)||(8150455-8150633)
chr8 (21-202)||(10186354-10186532)
chr8 (21-202)||(20171957-20172136)
chr8 (39-193)||(4138333-4138487)
chr8 (54-123)||(918949-919018)
chr8 (39-100)||(11428121-11428182)
chr8 (127-202)||(11428184-11428260)
[»] scaffold0516 (1 HSPs)
scaffold0516 (21-203)||(3246-3425)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (204-257)||(1266-1318)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (116-160)||(10171-10215)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Original strand, 5768025 - 5768262
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5768025 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaattgattat 5768124  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5768125 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 5768224  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5768225 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 5768262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 25419536 - 25419769
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25419536 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 25419635  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25419636 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 25419734  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25419735 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 25419769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Original strand, 39066831 - 39067067
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39066831 tgaggagccttatagtaataaacttgtatgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 39066930  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39066931 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 39067029  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39067030 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 39067067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Original strand, 47233783 - 47233964
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47233783 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaaccccttaatattaataaaatggattat 47233882  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47233883 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttgcaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 47233964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 44393846 - 44393667
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44393846 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataattttaaaatgaaacccctcactattaataaaatggattat 44393750  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaaga-tagatagtaa 202  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  44393749 aatacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatagagagtttttccaattgatgggaaatgaaagattagatagtaa 44393667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Original strand, 47932975 - 47933019
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  47932975 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 47933019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 36991224 - 36990987
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36991224 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatagattat 36991125  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36991124 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 36991025  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36991024 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 36990987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Original strand, 21605028 - 21605209
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21605028 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatttaacccctcaatattaataaaatggattat 21605127  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||    
T  21605128 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttgcagccaatggaaaatgaaagatagatagtaa 21605209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 39 - 197
Target Start/End: Original strand, 37301967 - 37302125
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 138  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37301967 taaacttgtgtgtgtaagtggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaaccctccattattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 37302066  T
Q  139 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagat 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  37302067 cttgcatgaagtgaagtaaatggagtgtttttgcaaatgatgggaaatgaaagatagat 37302125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 202 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 11381413 - 11381359
Alignment:
Q  202 aataaaattcatatgaagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 257  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11381413 aataaaattcatat-aagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 11381359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 13433414 - 13433647
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13433414 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 13433513  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13433514 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 13433612  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13433613 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 13433647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 106
Target Start/End: Original strand, 16712095 - 16712155
Alignment:
Q  46 gtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatatta 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16712095 gtgtgtgtaagatgattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcactatta 16712155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 16857290 - 16857246
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  16857290 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 16857246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 171
Target Start/End: Original strand, 26615320 - 26615377
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaac--ttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 171  Q
    |||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  26615320 attataatgcattcattgtacaacaattgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttg 26615377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 171
Target Start/End: Original strand, 26721248 - 26721305
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaac--ttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 171  Q
    |||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  26721248 attataatgcattcattgtacaacaattgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttg 26721305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 2504962 - 2505195
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2504962 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 2505061  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2505062 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 2505160  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2505161 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 2505195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 46092484 - 46092247
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46092484 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 46092385  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46092384 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggcaagtttttgtaaccgatggaaaatgaaagatagataggaaataaaattcatatgaaga 46092285  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46092284 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 46092247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 21 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 46135009 - 46134772
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46135009 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 46134910  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46134909 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggcaagtttttgtaaccgatggaaaatgaaagatagataggaaataaaattcatatgaaga 46134810  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46134809 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 46134772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 21 - 199
Target Start/End: Original strand, 53830466 - 53830644
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53830466 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 53830565  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatag 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  53830566 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatagagtgtttttgcaaccgatggaaaatgaaagatagatag 53830644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 197
Target Start/End: Original strand, 34737763 - 34737936
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  34737763 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcattgttaataaaatggattat 34737859  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagat 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34737860 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtagatggagtgtttttgcaactgatggaaaatgaaagatagat 34737936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 21803074 - 21802896
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21803074 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagattattgattaagaatatgaacaattttaaaacgtaacccctcaatattaataaaatggattat 21802978  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  21802977 aatgcattcattgtgtaacttgcaagaagtgaagtaaatgaaatgtttttgcaactgataggaaatgaaagatagatagtaa 21802896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Original strand, 21632733 - 21632912
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21632733 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaagattgattaagaatatgaacaattttaaaacataacccctcaatattaataaaatggatcat 21632829  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagag-tttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21632830 aatgcattcatcgtgtaacttgcaagaagtgaagtaaatgaaatgttttttgcaactgatagaaaatgaaagatagatagtaa 21632912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 39 - 202
Target Start/End: Original strand, 2500623 - 2500786
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2500623 taaacttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatacaaataattttaaaatgtaaccgcacaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgcaa 2500722  T
Q  139 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||    
T  2500723 cttgcatgaagtgaagtaaatggtgtatttttgcaacggatgggaaatgaaagataaatagtaa 2500786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 5430876 - 5430709
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatatta---ataaaatggattataatgcattcattgtg 135  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5430876 taaacttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcactattattaataaaatggattataatacattcattgtg 5430777  T
Q  136 taacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaaga-tagatagtaa 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  5430776 taacttccatgaagtgaagtaaatggagagtttttccaattgatgggaaatgaaagattagatagtaa 5430709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 39 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 20036446 - 20036282
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 138  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||    
T  20036446 taaacttgtgagtgtaagaggattgattaagaatatgattaattttaaaatgtaactgctcaatattaataaaatgaattataatgcattcattatgcaa 20036347  T
Q  139 cttgcatgaagtgaagtaaatggagag-tttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    ||||||||||||||||||| || || | |||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20036346 cttgcatgaagtgaagtaactgaagtgttttttacatctgatgggaaatgaaagatagatagtaa 20036282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 26377001 - 26376949
Alignment:
Q  204 taaaattcatatgaagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 257  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26377001 taaaattcatat-aagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 26376949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 257
Target Start/End: Original strand, 46140551 - 46140603
Alignment:
Q  204 taaaattcatatgaagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 257  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46140551 taaaattcatat-aagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 46140603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 202 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 27256730 - 27256675
Alignment:
Q  202 aataaaattcatatgaagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagtg 258  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27256730 aataaaattcatat-aagaaataagaattattggtgaggtgacacataagtaaagtg 27256675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 43943520 - 43943476
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  43943520 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 43943476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 7574052 - 7574285
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7574052 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 7574151  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7574152 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 7574250  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7574251 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 7574285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 16668647 - 16668880
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16668647 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 16668746  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16668747 aatgcattcattatgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 16668845  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16668846 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 16668880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 194
Target Start/End: Original strand, 41646669 - 41646842
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41646669 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattaa 41646768  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagata 194  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  41646769 aatacattcattgtgtaacttgcatgaaatgaagtaaatggagtgtttttgcaaccgatggaaaatgaaagata 41646842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 43564304 - 43564238
Alignment:
Q  57 aggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43564304 aggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataat 43564238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 54 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 29455517 - 29455448
Alignment:
Q  54 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataat 123  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29455517 aagaggattaattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcgatattaataaaatggattataat 29455448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13786410 - 13786177
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13786410 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 13786311  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13786310 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 13786212  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13786211 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 13786177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Original strand, 25807733 - 25807966
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25807733 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 25807832  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25807833 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggaaagtttttgtaattgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 25807931  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25807932 aataagaattattggtgagatgacacataagcaaa 25807966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Original strand, 23725991 - 23726167
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  23725991 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgc--aagaggattgattaagaatatgaataattt-aaaatgtaaccgtttaatattaataaaatggattat 23726084  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaa 203  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23726085 aattcattcattgtgcaacttgcatgaaatgaagtaaatgaagtgtttttgcaacagatgaaaaatgaaagatagatagtaaa 23726167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 194
Target Start/End: Original strand, 22912514 - 22912662
Alignment:
Q  46 gtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcat 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||     
T  22912514 gtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaactcctc-atattaataaaatggtttataatgcattcattttgtaacatgcaa 22912612  T
Q  146 gaagtgaagtaaatggagagtttttgtaa-ctgatggaaaatgaaagata 194  Q
    |||||||||||||||||| |||| || || ||||||| ||||||||||||    
T  22912613 gaagtgaagtaaatggagtgtttctgcaacctgatgggaaatgaaagata 22912662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 52349907 - 52349674
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52349907 tgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatataaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 52349808  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatatgaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52349807 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaataaaattcatat-aaga 52349709  T
Q  221 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 255  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52349708 aataagaattattggtgaggtgacacataagcaaa 52349674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 48266445 - 48266265
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48266445 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 48266346  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48266345 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagt-aagtaaatggagagtttttgcaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 48266265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35870524 - 35870343
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35870524 tgaggacctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacctctcaatattaataaaatggattat 35870425  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35870424 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttcgcaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 35870343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 67 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 26215420 - 26215284
Alignment:
Q  67 aagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26215420 aagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcgctattaataaaatggattataacacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatggagagt 26215321  T
Q  167 ttttgtaactgatggaaaatgaaaga-tagatagtaa 202  Q
    ||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26215320 ttttccaattgatggaaaatgaaagattagatagtaa 26215284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 26215492 - 26215432
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatttt 84  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  26215492 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataatttt 26215432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Original strand, 5884423 - 5884467
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  5884423 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 5884467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Original strand, 54945777 - 54945821
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  54945777 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 54945821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Original strand, 8150455 - 8150633
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8150455 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggactgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaattgattat 8150551  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8150552 aatgcattcattgtgtaactcgcataaagtgaagtaaatggagtgtttttgcaactgatgggaaatgaaagatagatagtaa 8150633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10186532 - 10186354
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10186532 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaacaattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 10186436  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  10186435 aatgcattcattgtgtaacttgcaagaagtgaggtaaatgaaatgtttttgcaactgataggaaatgaaagatagatagtaa 10186354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 20172136 - 20171957
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20172136 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataattttaaaatgaaacccctcactattaataaaatggattat 20172040  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaaga-tagatagtaa 202  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  20172039 aatacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatagagagtttttccaattgatgggaaatgaaagattagatagtaa 20171957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 39 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 4138487 - 4138333
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 138  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4138487 taaacttgtgtgtgtaagagtcttgattaagaatatgaacaattttaaaacgtaacccctcaatattaataaaatagattataatgcattcattgtgtaa 4138388  T
Q  139 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagat 193  Q
    |||||| ||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| | |||||||||||    
T  4138387 cttgcaagaagtgaagtaaatgaaatgtttttgcaacggataggaaatgaaagat 4138333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 54 - 123
Target Start/End: Original strand, 918949 - 919018
Alignment:
Q  54 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataat 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  918949 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataat 919018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 100
Target Start/End: Original strand, 11428121 - 11428182
Alignment:
Q  39 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctca 100  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11428121 taaacttctgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctca 11428182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 202
Target Start/End: Original strand, 11428184 - 11428260
Alignment:
Q  127 ttcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaaga-tagatagtaa 202  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11428184 ttcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatggatagtttttccaattgatggaaaatgaaagattagatagtaa 11428260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0516 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0516
Description:

Target: scaffold0516; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 3425 - 3246
Alignment:
Q  21 tgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 120  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  3425 tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaaccgcttaatattaataaaatggattat 3329  T
Q  121 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaactgatggaaaatgaaagatagatagtaaa 203  Q
    ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  3328 aattcaatcattgtgcaacttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttgcaactgatgggaaatgaaagataaatagtaaa 3246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 204 - 257
Target Start/End: Original strand, 1266 - 1318
Alignment:
Q  204 taaaattcatatgaagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 257  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1266 taaaattcatat-aagaaataagaattattggtgaggtgacacataagcaaagt 1318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 116 - 160
Target Start/End: Original strand, 10171 - 10215
Alignment:
Q  116 attataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 160  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  10171 attataatgcattcattgcacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 10215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University