View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10341_low_1 (Length: 792)

Name: NF10341_low_1
Description: NF10341
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10341_low_1
NF10341_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-759)||(30150160-30150902)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 675; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 759
Target Start/End: Original strand, 30150160 - 30150902
Alignment:
Q  17 aattgtgagtcttgatttctacgtcaagcatgccaatcattatactacannnnnnnnctgctctaattgtgattcatgtagtgatttctctttcttagtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150160 aattgtgagtcttgatttctacgtcaagcatgccaatcattatactacattttttttctgctctaattgtgattcatgtagtgatttctctttcttagtg 30150259  T
Q  117 gcagaactaaatacatctaaatctgtgtacttactggacaactgcccgcatgattggctgtttccacgatgcgctgctgtggtacctactaaacttttct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150260 gcagaactaaatacatctaaatctgtgtacttactggacaactgcccgcatgattggctgtttccacgatgcgctgctgtggtacctactaaacttttct 30150359  T
Q  217 tggtagaaagtacagttgttttcactataaatgggtcttggttgatagttgtgaatgtttcaggttcatcatggaggcgctggaacaactgctgccggtc 316  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150360 tggtagaaagtacagttgctttcactataaatgggtcttggttgatagttgtgaatgtttcaggttcatcatggaggcgctggaacaactgctgccggtc 30150459  T
Q  317 ttagagctgaagtaattatatttattgcaatgtgaaatattataacatcagtgttatattataaatgcatcttacagtagagtagcacttttctttattt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30150460 ttagagctgaagtaattatatttattgcaatgtgaaatattataacatcagtgttatattataaatgcatcttacagtagagtaccacttttctttattt 30150559  T
Q  417 ttgtagtgccctaccactgttgtaccattctttggggaccagccattttggggagagcgggtgcatgccagaggagtgggccctgcacccatccgggtag 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150560 ttgtagtgccctaccactgttgtaccattctttggggaccagccattttggggagagcgggtgcatgccagaggagtgggccctgcacccatccgggtag 30150659  T
Q  517 aggagtttacgttggaaaggctggttgatgccatacgctttatgctgaatccagaggtaattttcaattgtgatcggagcaattaatattgtgaatgtcg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30150660 aggagtttacgttggaaaggctggttgatgccatacgctttatgctgaatccagaggtaatgttcaattgtgatcggagcaattaatattgtgaatgtcg 30150759  T
Q  617 gattagcatgtagaatgaatttcatccttgttcacgatgcacaagcttctgacaccataatggaatctggtaaaggtgattatggtttaccttgagcaac 716  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  30150760 cattagcatgtagaatgaatttcatccttgttcacgatgcacaagcttctgacaccataatggaacctggaaaaggggattatggtttaccttgagcaag 30150859  T
Q  717 aatataaaataatttatgcttttctggcatcgtttattatctg 759  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30150860 aatagaaaatagtttatgcttatctggcatcgtttattatctg 30150902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University