View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10347_low_14 (Length: 336)

Name: NF10347_low_14
Description: NF10347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10347_low_14
NF10347_low_14
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-322)||(32581946-32582267)
chr1 (1-320)||(32631194-32631513)
chr1 (1-320)||(32657083-32657405)
chr1 (1-322)||(32600079-32600400)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-294)||(41146980-41147261)
chr8 (19-311)||(41171844-41172136)
chr8 (13-322)||(41163715-41164025)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (2-210)||(21394-21602)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (21-228)||(26404661-26404866)
chr6 (186-311)||(26398188-26398313)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (186-311)||(21016101-21016226)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 310; Significance: 1e-175; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 32582267 - 32581946
Alignment:
Q  1 atataatgagtctaaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatatta 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32582267 atataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatatta 32582168  T
Q  101 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32582167 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggagactgtttacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 32582068  T
Q  201 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32582067 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtg 32581968  T
Q  301 ataagccatttgaggaagaact 322  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  32581967 ataagccatttgaggaagaact 32581946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 32631513 - 32631194
Alignment:
Q  1 atataatgagtctaaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatatta 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32631513 atataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttatta 32631414  T
Q  101 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32631413 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 32631314  T
Q  201 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32631313 gatggtttcgggaggaaagctatccagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaacaagtaatgctttgattttaagtagacaaaacagtgtg 32631214  T
Q  301 ataagccatttgaggaagaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32631213 ataagccatttgaggaagaa 32631194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 32657405 - 32657083
Alignment:
Q  1 atataatgagtctaaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatatta 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32657405 atataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttatta 32657306  T
Q  101 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32657305 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 32657206  T
Q  201 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  32657205 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgctcagagaacaagtaatgctttgattttaagtagacaaaacagtctg 32657106  T
Q  301 ataa---gccatttgaggaagaa 320  Q
    ||||   ||||||||||||||||    
T  32657105 ataagccgccatttgaggaagaa 32657083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 32600400 - 32600079
Alignment:
Q  1 atataatgagtctaaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatatta 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32600400 atataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaattctttttggaacaatccatccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttatta 32600301  T
Q  101 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32600300 cttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttggatcttttggt 32600201  T
Q  201 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  32600200 gatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccaacaattgaattcaaggagtgttcagagaacaagtaatactttgattttaagtagacaagacagtgtg 32600101  T
Q  301 ataagccatttgaggaagaact 322  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  32600100 ataagccatttgagaaagaact 32600079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 41147261 - 41146980
Alignment:
Q  13 taaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattacttcaatgtata 112  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| || || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  41147261 taaaaatcccctctcaaaacaagtctttttggaacaatccatccagatgctttcgaaggaagacaagaaaagacttggtgagctattacttcaatgtata 41147162  T
Q  113 tcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcggg 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  41147161 ttttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgactccgaatgctgttgacagtgatgatgacgaagtggaatttggatcttttgatgatggtttcgga 41147062  T
Q  213 aggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaac 294  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  41147061 aggaaagctatcaagcatccatctatggaattcatggagtgtacagagaacaagcaatgctttgattttgagtagacaaaac 41146980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 41172136 - 41171844
Alignment:
Q  19 tcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattacttcaatgtatatcttat 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41172136 tcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccttccagatactttcgaaacaagacaagaaaagacatggtgagctattacttcaatgtatatcttat 41172037  T
Q  119 tcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaa 218  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||  |||||||||||| || ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||    
T  41172036 tcaactaagaagttatcagaatcgagtgaccccgaagactgttgacagcgacgatgacgaagttgaatttggatcttttggtgatggttttgggagggaa 41171937  T
Q  219 gctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtgataagccattt 311  Q
    ||||| |||| |||||  || || | |  ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||| ||||||  |||| ||||||||||||    
T  41171936 gctatgaagcatccatatatggattacttggagtgttcagagaacaagcaatgctttgactttgagtagacaaagaagtgcgataagccattt 41171844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 41164025 - 41163715
Alignment:
Q  13 taaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattacttcaatgtata 112  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  41164025 taaaaatcccttcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccatatactttcgaaggaagacaagaaaagacatggtgagctattgcttcaatgtata 41163926  T
Q  113 tcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcggg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||  |||||||||| |  |  |||| ||| | ||||||| ||| |||||| ||||||| |||    
T  41163925 tcttattcaactaagaagctatcggaatcgagtgaatccgaagactgttgactgcaacaatgaggaagttgaatttggatcgtttggttatggttttggg 41163826  T
Q  213 aggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagttgacaaaacagtgtgataagcca-ttt 311  Q
    | |||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| ||||||||| |   |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  41163825 atgaaagctatcaagcatccatctatggaattcatggagtattcagagaacacacaatgctttgattttgagtagacaagacagtgtgataagccatttt 41163726  T
Q  312 gaggaagaact 322  Q
    |||||||||||    
T  41163725 gaggaagaact 41163715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 21602 - 21394
Alignment:
Q  2 tataatgagtctaaatatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattac 101  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
T  21602 tataatgagtctaaaaatcccctcccaaaataattctttttgcaacaatccatcaagttactttcaaaagagggcaagaaaagacatgctgagttattac 21503  T
Q  102 ttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtg 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21502 ttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcaagtgacttcaaggaccgttgatagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtg 21403  T
Q  202 atggtttcg 210  Q
    |||||||||    
T  21402 atggtttcg 21394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 21 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 26404866 - 26404661
Alignment:
Q  21 ccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccgtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattacttcaatgtatatcttattc 120  Q
    ||||| |||| |||||| | |||||| ||||| || || | |||||||| ||   |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26404866 ccctctcaaagcaagtcatattggaaaaatccatctagatgctttcaaaggaatgcaagaaaagac--ggtgagctattacttcaatgtatatcttattc 26404769  T
Q  121 aactaagaagctatcagaatcgagtgacttcggtgactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagc 220  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||   |||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |   |||||||    
T  26404768 aactaagaatctatcaaaatcgagtgactccgaacactgttgacaatgacgatgacgaagtggaatttgaatcttttggtgatggttttgaagggaaagc 26404669  T
Q  221 tatcaagc 228  Q
    ||||||||    
T  26404668 tatcaagc 26404661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 186 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 26398313 - 26398188
Alignment:
Q  186 tttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagt 285  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  || |||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||    
T  26398313 tttggatcatttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcatccatctacggatttcatggagtgttcagagaacacgcaatgctttgattttgagt 26398214  T
Q  286 tgacaaaacagtgtgataagccattt 311  Q
     |||||||||||||| ||||||||||    
T  26398213 agacaaaacagtgtggtaagccattt 26398188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 186 - 311
Target Start/End: Original strand, 21016101 - 21016226
Alignment:
Q  186 tttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattgaattcaaggagtgttcagagaataagtaatgctttgattttaagt 285  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||    
T  21016101 tttggatcatttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcatccatctatggatttcatggagtgttcagagaacacgcaatgctttgattttgagt 21016200  T
Q  286 tgacaaaacagtgtgataagccattt 311  Q
     |||||||||||||| ||||||||||    
T  21016201 agacaaaacagtgtggtaagccattt 21016226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University