View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10347_low_2 (Length: 580)

Name: NF10347_low_2
Description: NF10347
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10347_low_2
NF10347_low_2
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (21-449)||(10446401-10446831)
chr2 (39-335)||(19348075-19348370)
chr2 (39-301)||(25402481-25402743)
chr2 (180-270)||(2737384-2737474)
chr2 (15-53)||(25402741-25402779)
chr2 (180-270)||(39681225-39681315)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (23-335)||(16624971-16625283)
chr4 (45-335)||(5146701-5146988)
chr4 (39-335)||(9225398-9225694)
chr4 (39-106)||(18241734-18241801)
chr4 (15-51)||(5146994-5147030)
chr4 (172-204)||(21549803-21549835)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (15-334)||(3324506-3324825)
chr3 (40-335)||(9602842-9603137)
chr3 (39-335)||(16263159-16263456)
chr3 (39-335)||(8515891-8516187)
chr3 (39-335)||(32479137-32479433)
chr3 (39-335)||(28490168-28490463)
chr3 (150-335)||(2673325-2673510)
chr3 (180-270)||(10898184-10898274)
chr3 (15-53)||(16263454-16263492)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (15-334)||(49090487-49090806)
chr7 (15-335)||(9186115-9186435)
chr7 (39-335)||(21987717-21988013)
chr7 (15-335)||(21644834-21645154)
chr7 (39-335)||(18412455-18412751)
chr7 (39-335)||(16883724-16884020)
chr7 (39-335)||(24262317-24262613)
chr7 (39-318)||(12405151-12405430)
chr7 (47-335)||(5818188-5818475)
chr7 (15-53)||(18412749-18412787)
chr7 (15-53)||(21988011-21988049)
chr7 (180-270)||(25352531-25352621)
chr7 (180-270)||(25406593-25406683)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (15-335)||(26300147-26300467)
chr8 (15-335)||(18856245-18856565)
chr8 (39-335)||(23800511-23800808)
chr8 (15-335)||(18866640-18866960)
chr8 (39-335)||(10685258-10685554)
chr8 (39-335)||(35744186-35744483)
chr8 (180-270)||(16756172-16756262)
chr8 (180-270)||(21038609-21038699)
chr8 (180-270)||(28329087-28329177)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (39-335)||(1304-1600)
scaffold0006 (15-53)||(1598-1636)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (39-335)||(4188-4484)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (39-335)||(47099812-47100108)
chr1 (39-335)||(19359832-19360128)
chr1 (39-335)||(41397036-41397332)
chr1 (123-330)||(9024878-9025084)
chr1 (81-285)||(17346550-17346753)
chr1 (182-270)||(2400136-2400224)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (39-313)||(29485393-29485667)
chr6 (39-335)||(14738566-14738862)
chr6 (39-335)||(24432315-24432611)
chr6 (95-335)||(33332126-33332366)
chr6 (50-335)||(24077727-24078012)
chr6 (39-91)||(33331440-33331492)
chr6 (180-270)||(13879918-13880008)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (39-335)||(15303-15599)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (39-335)||(27448619-27448915)
chr5 (39-335)||(33790112-33790408)
chr5 (39-335)||(24556579-24556874)
chr5 (39-335)||(24597611-24597906)
chr5 (39-335)||(43595918-43596214)
chr5 (39-335)||(43628712-43629008)
chr5 (39-335)||(31397986-31398282)
chr5 (39-335)||(37557618-37557914)
chr5 (129-327)||(34841421-34841619)
chr5 (277-335)||(28837089-28837147)
chr5 (15-53)||(27448913-27448951)
chr5 (212-270)||(31781371-31781429)
chr5 (15-53)||(43596212-43596250)
chr5 (15-53)||(43629006-43629044)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (39-335)||(149949-150245)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (39-296)||(18933-19190)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (153-334)||(35808-35989)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (39-134)||(871-966)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 21 - 449
Target Start/End: Original strand, 10446401 - 10446831
Alignment:
Q  21 agaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgct 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  10446401 agaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgcc 10446500  T
Q  121 cggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttggga 220  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10446501 tggataaagggggcaatggtagtcattccgttcaagttgcggaggcaaccaatgacgatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttggga 10446600  T
Q  221 accggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgtt 320  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  10446601 accggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcccaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaagaggagttgtt 10446700  T
Q  321 agactcggaaataaccggttctttatgaagacaccaggattctagcaaaatccagtcttgaagcca--acaatgtctttatcaaaatcctgaaagtcccc 418  Q
     |||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  10446701 cgactcggaaataacccattcttgatgaagacactaggattctagcaaaatccagtcttgaagccaacacagtgtcttcatcaaaatcctgaaagtcccc 10446800  T
Q  419 atatttggaacccaaaagtttgaaaaaagat 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10446801 atatttggaacccaaaagtttgaaaaaagat 10446831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 19348370 - 19348075
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  19348370 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataa-gggggcgatg 19348272  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  19348271 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 19348172  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19348171 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataac 19348075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 39 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 25402743 - 25402481
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||     
T  25402743 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataaggggggcgatg 25402644  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  25402643 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcatcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccagagaagagttgggt 25402544  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctct 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||| ||||    
T  25402543 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactct 25402481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 2737384 - 2737474
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  2737384 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 2737474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 25402779 - 25402741
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25402779 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 25402741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 39681225 - 39681315
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  39681225 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 39681315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 23 - 335
Target Start/End: Original strand, 16624971 - 16625283
Alignment:
Q  23 aggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcg 122  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  16624971 aggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgaaaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccg 16625070  T
Q  123 gataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaac 222  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  16625071 gataaagggggcaatcgtagtccttccgttcaagttgcggaggcgtccaatgaagatggttctgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaac 16625170  T
Q  223 cggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttag 322  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16625171 cggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcg 16625270  T
Q  323 actcggaaataac 335  Q
    | |||||||||||    
T  16625271 aatcggaaataac 16625283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 45 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 5146988 - 5146701
Alignment:
Q  45 aggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatagtagtc 144  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  || ||||||    
T  5146988 aggtccaaaggctttgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccggataaagggggtgatggtagtc 5146889  T
Q  145 attccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttgga 244  Q
      |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || |||||||    
T  5146888 cgtccgttcaagttgcggaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaactggagaagagtcggtttttgga 5146789  T
Q  245 ctcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5146788 ctcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttga---tttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataac 5146701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 9225398 - 9225694
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  9225398 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 9225497  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    ||||||  || ||||||||| ||||| | ||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  9225498 gtagtccctcggttcaagttacggagacttcaaatgaagaaggttatgagagtgagggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggt 9225597  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9225598 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataac 9225694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 39 - 106
Target Start/End: Original strand, 18241734 - 18241801
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcactt 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||    
T  18241734 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaatgtcactt 18241801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 5147030 - 5146994
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtcca 51  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5147030 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtcca 5146994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 172 - 204
Target Start/End: Original strand, 21549803 - 21549835
Alignment:
Q  172 atgaagatggttatgagagtgcgggtgcactag 204  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21549803 atgaagatggttatgagagtgggggtgcactag 21549835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 334
Target Start/End: Original strand, 3324506 - 3324825
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3324506 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaagg 3324605  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  3324606 attgcccgaataaagggggcaatggtaatccttccgtgcaagttgcgaaggcgtccaatgaagatggttatgagagggcgggtgcactagtggtcacaag 3324705  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  3324706 ttgggaaccggagaagagttgggtgttggactcgggatgctcttattacatgtgtcctaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaggagga 3324805  T
Q  315 gttgttagactcggaaataa 334  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  3324806 gttgtttgactcggaaataa 3324825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 40 - 335
Target Start/End: Original strand, 9602842 - 9603137
Alignment:
Q  40 agtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatag 139  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||| || ||||||| |    
T  9602842 agtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattttccggatagagagggcaatgg 9602941  T
Q  140 tagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggtt 239  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  9602942 ttgtccttccgttcaagttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggtt 9603041  T
Q  240 ttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  9603042 ttggactcgggatgctcttatcatatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttggctctaagagaaggagaagttgttcgactcagaaataac 9603137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 16263456 - 16263159
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcactt-caagaaggattgctcggataaagggggcaat 137  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  16263456 aagtctaggtcccagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcattttcaagaaggattgccaggataaagggggcaat 16263357  T
Q  138 agtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttggg 237  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||    
T  16263356 ggtagtccttccgttcaagttgcggaggcttcaaatgaagatggttttgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaatcggagaagagttggg 16263257  T
Q  238 ttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  16263256 ttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaataaggaggagttgttcgactcagaaataac 16263159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 8516187 - 8515891
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  8516187 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 8516088  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||    
T  8516087 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggt 8515988  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8515987 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 8515891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 32479433 - 32479137
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  32479433 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 32479334  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32479333 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 32479234  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32479233 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 32479137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 28490168 - 28490463
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||||   ||||||| |||||| ||     
T  28490168 aagtctagatccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattttccggataa-gggggcgatg 28490266  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || || ||    
T  28490267 gtagtccttcggttcaagttacggaggcttcaaatgaagagggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgagt 28490366  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28490367 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattcttaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataac 28490463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 150 - 335
Target Start/End: Original strand, 2673325 - 2673510
Alignment:
Q  150 gttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgg 249  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  2673325 gttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactcgg 2673424  T
Q  250 gatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2673425 gatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 2673510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 10898184 - 10898274
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  10898184 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatttgtc 10898274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 16263492 - 16263454
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16263492 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 16263454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 15 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 49090806 - 49090487
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  49090806 gagcatagaggaaaaggcaatgggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaataagg 49090707  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||| | |||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49090706 atttcccggacaaagggggaaatggtagtccttccgttcaagttgcggaggcgtccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaag 49090607  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49090606 ttgggaaccggagaagagttgagttttggactcgggatgctctgatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggagga 49090507  T
Q  315 gttgttagactcggaaataa 334  Q
    |||| | |||||||||||||    
T  49090506 gttgctcgactcggaaataa 49090487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Original strand, 9186115 - 9186435
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  9186115 gagcatagaggaaaaggcaaggggcagtcgagatccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaagg 9186214  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  9186215 attgcccggacaaagggggcaatggtagtccttccgttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaag 9186314  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9186315 ttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggagga 9186414  T
Q  315 gttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  9186415 gttgtttgactcggaaataac 9186435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 21988013 - 21987717
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  21988013 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataagtattttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgctcggataaagggggcgatg 21987914  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| |||    
T  21987913 gtagtccgtccgttcaagttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggt 21987814  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21987813 tttggactcaggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 21987717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 21645154 - 21644834
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  21645154 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaagg 21645055  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||||  ||||||| || ||| || |||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  21645054 attgtccggataagggcggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaag 21644955  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  21644954 ttgggaactggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttaccacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggagga 21644855  T
Q  315 gttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  21644854 gttgttcgactcggaaataac 21644834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 18412751 - 18412455
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||     
T  18412751 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataaagggggcgatg 18412652  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  18412651 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggt 18412552  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18412551 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 18412455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 16884020 - 16883724
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  16884020 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 16883921  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  16883920 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 16883821  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16883820 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 16883724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 24262317 - 24262613
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  24262317 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 24262416  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  24262417 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 24262516  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24262517 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 24262613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 39 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12405430 - 12405151
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  12405430 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 12405331  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  12405330 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgtgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgagt 12405231  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  12405230 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 12405151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 47 - 335
Target Start/End: Original strand, 5818188 - 5818475
Alignment:
Q  47 gtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatagtagtcat 146  Q
    |||||||||  |||||||||||  ||   |||| ||||||||||||| ||  ||| ||||||| ||||||||   ||| |||||||||| | || ||  |    
T  5818188 gtccaaggggcttgacaaatcattgttacaatgctttctttgtcataagcccggtgacttcaacaaggattgtctggacaaagggggcagtggtggttct 5818287  T
Q  147 tccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggact 246  Q
    |||||||||  || || | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  5818288 tccgttcaaactgtggtgacgtctaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccggagaagaggtgggttttggact 5818387  T
Q  247 cgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||| || | || ||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5818388 cggggtg-ttttttcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 5818475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 18412787 - 18412749
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18412787 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 18412749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 21988049 - 21988011
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21988049 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 21988011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 25352531 - 25352621
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  25352531 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 25352621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 25406593 - 25406683
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  25406593 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 25406683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26300467 - 26300147
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  26300467 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaagg 26300368  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||| ||| || |||||||||||||| ||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  26300367 attgttcggataaagggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaagtgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaag 26300268  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26300267 ttgggaaccggagaagagttgggttttggacttgggatgctcttatcacatgtgtcatagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggagga 26300168  T
Q  315 gttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  26300167 gttgttcgactcggaaataac 26300147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Original strand, 18856245 - 18856565
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |    
T  18856245 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaag 18856344  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||||  ||||||| |||||| || |||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  18856345 attgtccggataaggggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaag 18856444  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  18856445 ttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggagga 18856544  T
Q  315 gttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  18856545 gttgttcgactcggaaataac 18856565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 23800511 - 23800808
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagg-gggcaat 137  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  23800511 aagtctaggtccaagggcttttacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggccacttcaagaaggattgcctggataaaggagggcaat 23800610  T
Q  138 agtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttggg 237  Q
     |||||| ||||||||||||||| | || |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  23800611 ggtagtccttccgttcaagttgcagtggtgtccgattaacatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttggg 23800710  T
Q  238 ttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23800711 ttttgaactcgggatgctcttatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggttctaaaagaaggaagagttgttcgactcggaaataac 23800808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 15 - 335
Target Start/End: Original strand, 18866640 - 18866960
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaagg 114  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |    
T  18866640 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaag 18866739  T
Q  115 attgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataag 214  Q
    ||||  | ||||| |||||| || |||||| ||| || |||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  18866740 attgtccagataaggggggcgatggtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcactagtggttacaag 18866839  T
Q  215 ttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagga 314  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  18866840 ttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggagga 18866939  T
Q  315 gttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  18866940 gttgttcgactcggaaataac 18866960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 10685258 - 10685554
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  10685258 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 10685357  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  10685358 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 10685457  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10685458 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 10685554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 35744483 - 35744186
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  35744483 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 35744384  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  35744383 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 35744284  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaagg-aggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  35744283 tttggactcgggatgctcatatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaaggagttgttcgactcggaaataac 35744186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16756262 - 16756172
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  16756262 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 16756172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 21038609 - 21038699
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || ||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  21038609 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtc 21038699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 28329087 - 28329177
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  28329087 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 28329177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 1600 - 1304
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||||     
T  1600 aagtctaggtcccagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttaaagaaggatttcccgaataaagggggcaatg 1501  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  1500 gtagtccttccgttcaagttgttgtggcgtccgatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggt 1401  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  1400 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcttagaaatgaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagtagctcgactcggaaataac 1304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 1636 - 1598
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1636 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 1598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 4188 - 4484
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  4188 aagtctaggtccaagagctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggataaagggggcaatg 4287  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||    
T  4288 gtagtccttccgttcaatttgcagaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggt 4387  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4388 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 4484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 47099812 - 47100108
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||     
T  47099812 aagtctaggtccaaggggtttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattacccggataaagggggcaatg 47099911  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||    
T  47099912 gtagtccttccgttcaagttgtggaggcttccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgagt 47100011  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  47100012 tttggaccttggatgctcttatcacatgtgtcataggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcgaaaataac 47100108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 19359832 - 19360128
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||| ||     
T  19359832 aagtcaaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcattagcaaggtcatttcaagaaggatttcccggataaagggggcgatg 19359931  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  19359932 gtagtccttccgtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggt 19360031  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19360032 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgaggctttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 19360128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 41397332 - 41397036
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| |      
T  41397332 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgacg 41397233  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  41397232 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaataaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 41397133  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41397132 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 41397036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 123 - 330
Target Start/End: Original strand, 9024878 - 9025084
Alignment:
Q  123 gataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaac 222  Q
    ||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||    |||||||||||||||||||| ||||| | |      
T  9024878 gataaagggggcaatggtggttcttccgttcaagttgcggtggagtccgatgaagatggatatgtc--tgcgggtgcactagtggtcacaagttcgaagt 9024975  T
Q  223 cggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgaga-ttttggctctaaaagaaggaggagttgtta 321  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||| |  |||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||     
T  9024976 cggagaagagttgggttttggacctggggttttcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttaagacttttggctctaaaagaagaaggagttgttc 9025075  T
Q  322 gactcggaa 330  Q
    |||||||||    
T  9025076 gactcggaa 9025084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 81 - 285
Target Start/End: Original strand, 17346550 - 17346753
Alignment:
Q  81 tttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatg 180  Q
    ||||||||||| | ||  | |||||||||||||||||| ||  |  ||||||||||| || ||  |||| ||||||||| || |||||   |||||||||    
T  17346550 tttctttgtcaaaagcccgatcacttcaagaaggattgttc-aaacaagggggcaatggtggttcttccattcaagttgtggtggcgtttgatgaagatg 17346648  T
Q  181 gttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatga 280  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17346649 gttattagagtgtgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggttttggagtcggggtgctcttatcacatgtgtcctaggaatga 17346748  T
Q  281 atatt 285  Q
    |||||    
T  17346749 atatt 17346753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2400224 - 2400136
Alignment:
Q  182 ttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || ||  | ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2400224 ttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtc 2400136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 39 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 29485667 - 29485393
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||     
T  29485667 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggctaaagggggcaatg 29485568  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  29485567 gtagtccatccgttcaagttgcggaggtgtccaatgaagattgttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggt 29485468  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  29485467 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgggactttggttctaaaagaaggagg 29485393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 14738566 - 14738862
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  14738566 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 14738665  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  14738666 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggt 14738765  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14738766 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 14738862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 24432315 - 24432611
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||     
T  24432315 aagtctaggtccaagggttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaaacaatgtcacttcaagaaggattacccggatagagggggcaatg 24432414  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
     ||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24432415 ctagtccttccgttcaagttgcggtggcatctgatgaagatgtttatgagagtgtgggtgcactagcggtcataagttgggaaccagagaagagttgggt 24432514  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24432515 tttggactcgggatgctcttatcacgtatgtcatagaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaatgaggagttgttcgactcggaaataac 24432611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 95 - 335
Target Start/End: Original strand, 33332126 - 33332366
Alignment:
Q  95 gcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcg 194  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| | ||| |||  || ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||    
T  33332126 gcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgaaagtggtccctcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcg 33332225  T
Q  195 ggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattt 294  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||    
T  33332226 ggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactt 33332325  T
Q  295 tggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  33332326 tgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataac 33332366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 50 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 24078012 - 24077727
Alignment:
Q  50 caagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttc-tttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaatagtagtcattc 148  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  || ||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||  | || || || || ||| |||||  |||    
T  24078012 caaggggtttgataaatcaaagtatcgat-atttcatttgtcataaacatggtcacttcaagaaggattgtcctgacaagggaggaaatggtagttcttc 24077914  T
Q  149 cgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcg 248  Q
     ||| |||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||     
T  24077913 tgtttaagttgcaatggcgtccgatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagcgatcacaagttgggaatcagagaagagttgggtcttggactca 24077814  T
Q  249 ggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    || |||||||||||||||| |    | || ||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  24077813 gggtgctcttatcacatgtttttgggaaaggaatattttgagactttggatctaaaagaaggtggagttgttcgactcaaaaataac 24077727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 39 - 91
Target Start/End: Original strand, 33331440 - 33331492
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtca 91  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33331440 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtca 33331492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 180 - 270
Target Start/End: Original strand, 13879918 - 13880008
Alignment:
Q  180 ggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||||| || ||||||   || | |||||||||||| || || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  13879918 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtc 13880008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 15303 - 15599
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  15303 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 15402  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  15403 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 15502  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15503 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 15599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27448915 - 27448619
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  27448915 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 27448816  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  27448815 gtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggt 27448716  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27448715 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 27448619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 33790408 - 33790112
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  33790408 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 33790309  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  33790308 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 33790209  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33790208 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 33790112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 24556579 - 24556874
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||     
T  24556579 aagtctaggtccaagagttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaatggggcaatg 24556678  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24556679 gtagtccttccgttcaagttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggt 24556777  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24556778 tttggacttgggatgatcttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 24556874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 24597611 - 24597906
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||     
T  24597611 aagtctaggtccaagagttttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaatggggcaatg 24597710  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  24597711 gtagtccttccgttcaagttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggt 24597809  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24597810 tttggacttgggatgatcttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 24597906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 43596214 - 43595918
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  |||||||  ||||| ||     
T  43596214 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataagaggggcgatg 43596115  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  43596114 gtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggt 43596015  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43596014 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 43595918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 43629008 - 43628712
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  |||||||  ||||| ||     
T  43629008 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataagaggggcgatg 43628909  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||    
T  43628908 gtagtccttcggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggt 43628809  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43628808 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 43628712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 31397986 - 31398282
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  31397986 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 31398085  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  31398086 gtagtccttcagttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 31398185  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31398186 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaacattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 31398282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 37557618 - 37557914
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| |      
T  37557618 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgaag 37557717  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    || |||  || ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37557718 gtggtccctcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccagagaagagttgggt 37557817  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |  ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37557818 tttggactcgggatgctcttatcacatgattcctagaatggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggaattgttcgactcggaaataac 37557914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 129 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 34841619 - 34841421
Alignment:
Q  129 gggggcaatagtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggaga 228  Q
    ||||||||| |||||  ||| ||||||||||| | | | ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| || |||| ||||  | |    
T  34841619 gggggcaatggtagttcttcggttcaagttgcagtgacttccgatgaagatggttaggagagtgcaggtgcactagcggtcacaaattggaaaccaaaaa 34841520  T
Q  229 aaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcg 327  Q
    | |||| ||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||  ||| ||  | |||||||||| |||||   |||||||||  ||||||||| ||||||    
T  34841519 atagttaggtcttggacttgggttgctctgatcacatgtgttctagaaagaagtattttgagactttggagttaaaagaagacggagttgttcgactcg 34841421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 277 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 28837147 - 28837089
Alignment:
Q  277 atgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28837147 atgaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataac 28837089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 27448951 - 27448913
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27448951 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 27448913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 212 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 31781429 - 31781371
Alignment:
Q  212 aagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 270  Q
    |||||||||||| || ||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  31781429 aagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtc 31781371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 43596250 - 43596212
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43596250 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 43596212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 43629044 - 43629006
Alignment:
Q  15 gagcagagaggaaaatgcaaggggaagtcgaggtccaag 53  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43629044 gagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaag 43629006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 39 - 335
Target Start/End: Original strand, 149949 - 150245
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| |||||| ||     
T  149949 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 150048  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  150049 gtagtccttcggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggt 150148  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  150149 tttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 150245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 138; Significance: 7e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 39 - 296
Target Start/End: Original strand, 18933 - 19190
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggcaata 138  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| | || |||||||||||  ||||||| |||||| ||     
T  18933 aagtctaggtccaagggatttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggttattttaagaaggattgtccggataaggggggcgatg 19032  T
Q  139 gtagtcattccgttcaagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggt 238  Q
    |||||| ||| || ||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | |||    
T  19033 gtagtccttcggtccaagttgcgaaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagataggt 19132  T
Q  239 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttg 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||    
T  19133 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttg 19190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 106; Significance: 9e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 153 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 35989 - 35808
Alignment:
Q  153 caagttgcggaggcgtcctatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcataagttgggaaccggagaaaagttgggttttggactcgggat 252  Q
    |||||||||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| | |||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  35989 caagttgcggtggcctccggtgaagatggttatgaaagtgtcggtgcactagtggttacaagttgagaactagagaagagttgggttttggactcggggt 35890  T
Q  253 gctcttatcacatgtgtcataggaatgaatattttgagattttggctctaaaagaaggaggagttgttagactcggaaataa 334  Q
    |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35889 gctcttatcacatgtgtcttatgaaggaatattttgagaatttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataa 35808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 134
Target Start/End: Original strand, 871 - 966
Alignment:
Q  39 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgatttctttgtcatatgcaaggtcacttcaagaaggattgctcggataaagggggc 134  Q
    ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||  ||||||| ||||||    
T  871 aagtctagatccaagggatttaacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggc 966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University