View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10348_1 (Length: 989)

Name: NF10348_1
Description: NF10348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10348_1
NF10348_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (29-701)||(1245710-1246380)
chr3 (798-960)||(1247404-1247566)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (22-701)||(42010365-42011041)
chr5 (798-960)||(42014176-42014338)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 701
Target Start/End: Original strand, 1245710 - 1246380
Alignment:
Q  29 atcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaa 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245710 atcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaa 1245809  T
Q  129 attctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaa 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245810 attctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggaaaaaaagcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaa 1245909  T
Q  229 aaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatg 328  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245910 a--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatg 1246007  T
Q  329 aattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtctgataaa 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1246008 aattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtttgataaa 1246107  T
Q  429 ctttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatg 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246108 ctttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatg 1246207  T
Q  529 ctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacat 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246208 ctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacat 1246307  T
Q  629 taagaaaatcaagataaagataatttgataatttaatgtaaagatactattcttcaagtgaggttattaaaca 701  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246308 taagaaaatcaagagaaagataatttgataatttaatgtaaagatactattcttcaagtgaggttattaaaca 1246380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 798 - 960
Target Start/End: Original strand, 1247404 - 1247566
Alignment:
Q  798 tttcattcttcttcaccattttcactctcaaacaaacaatgatgggtaacaacaacagagacagagaagaacccttaacattcacaatgccatcatcttc 897  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1247404 tttcattcttcttcgccattttcactctcaaacaaacaatgatgggtaacaacaacagagaaagagaagaacccttaacattcacaatcccatcatcttc 1247503  T
Q  898 ctctcattcctcaccaatcaccgtctctgacacactcgatagttacctcaccgatccaagaag 960  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  1247504 ctctcattcctcaccaatcaccgtctctgacacactcgatagttacctcactgacccaagaag 1247566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 701
Target Start/End: Original strand, 42010365 - 42011041
Alignment:
Q  22 catcatcatcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagg 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42010365 catcatcatcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggaaaaagg 42010464  T
Q  122 gaagaaaattctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcct 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010465 gaagaaaattctattgcctagtattagtagcttttttcctaggaaaaaaagcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcct 42010564  T
Q  222 ttgtgaaaaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgag 321  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010565 ttgtgaaa--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttttatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgag 42010662  T
Q  322 ggaaatgaattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtc 421  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  42010663 ggaaatgatttttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcagattgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttatagtt 42010762  T
Q  422 tgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataattt 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010763 tgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaa-ttgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataattt 42010861  T
Q  522 cttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatat 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010862 cttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatat 42010961  T
Q  622 ttcacattaagaaaatcaagataaagataatttgataatttaatgtaaagatactattcttcaagtgaggttattaaaca 701  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010962 ttcacattaagaaaatcaagagaaagataatttgataatttaatgtaaagatactattcttcaagtgaggttattaaaca 42011041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 798 - 960
Target Start/End: Original strand, 42014176 - 42014338
Alignment:
Q  798 tttcattcttcttcaccattttcactctcaaacaaacaatgatgggtaacaacaacagagacagagaagaacccttaacattcacaatgccatcatcttc 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||    
T  42014176 tttcattcttcttcaccattttcactctcaaacaaacaatgatgggtaacaacaacagagaaagagaagaatctttaacattcacaatcccatcatcttc 42014275  T
Q  898 ctctcattcctcaccaatcaccgtctctgacacactcgatagttacctcaccgatccaagaag 960  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42014276 ctctcattcctcaccgatcaccgtctctgacacactcgatagttacctcaccgacccaagaag 42014338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University