View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10349_low_4 (Length: 483)
Name: NF10349_low_4
Description: NF10349
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10349_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 112 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 36963944 - 36963588
Alignment:
| Q |
112 |
acaaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaa |
211 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
36963944 |
acaaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaa |
36963845 |
T |
|
| Q |
212 |
catttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgt |
311 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963844 |
catttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgt |
36963745 |
T |
|
| Q |
312 |
tgataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgat |
411 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
36963744 |
tgataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgat |
36963645 |
T |
|
| Q |
412 |
tacttgatattggtaggtgttcttcatctgatcttatatgtagaagtagtggtccatga |
470 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
36963644 |
tacttgatattggtaggtgttcttcatct--tcttatatgtagtagtagtggtccatga |
36963588 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 113 - 470
Target Start/End: Original strand, 697998 - 698353
Alignment:
| Q |
113 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
212 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
697998 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
698097 |
T |
|
| Q |
213 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
312 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
698098 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
698197 |
T |
|
| Q |
313 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
412 |
Q |
| |
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|
|
| T |
698198 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
698297 |
T |
|
| Q |
413 |
acttgatattggtaggtgttcttcatctgatcttatatgtagaagtagtggtccatga |
470 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
698298 |
acttgatattggtaggtgttcttcatct--tcttatatgtagtagtagtggtccatga |
698353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 113 - 470
Target Start/End: Original strand, 766296 - 766651
Alignment:
| Q |
113 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
212 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
766296 |
caaaatctgagtatatactttcattctgatcaatcaaaagaatcattcttccctgaatttattagttgagtcaagttttccattctagttagtgcaaaac |
766395 |
T |
|
| Q |
213 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
312 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
766396 |
atttatcagttatgttcgctaacgttcatttaaaccatttaaactttatagatccattcaaacctattaaacttccaagaacaaatctcatgttgatgtt |
766495 |
T |
|
| Q |
313 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
412 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
766496 |
gataaccatccataaatttgtactaaaccaaacaatgtgatactctcaacacattgttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctacagatgatt |
766595 |
T |
|
| Q |
413 |
acttgatattggtaggtgttcttcatctgatcttatatgtagaagtagtggtccatga |
470 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
766596 |
acttgatattggtaggtgttcttcatct--tcttatatgtagtagtagtggtccatga |
766651 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 89
Target Start/End: Original strand, 697912 - 698000
Alignment:
| Q |
1 |
atagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactcatgatcaa |
89 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
697912 |
atagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactcatgatcaa |
698000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 89
Target Start/End: Original strand, 766210 - 766298
Alignment:
| Q |
1 |
atagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactcatgatcaa |
89 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
766210 |
atagtagtacaaggctgaatattgttattttcattatttaagcaatagactgttatgcatcatgctgatttgattgcactcatgatcaa |
766298 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 368 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 19179989 - 19179953
Alignment:
| Q |
368 |
gttttcaacacattatttggtcttagcacaaatctac |
404 |
Q |
| |
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|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19179989 |
gttttcaacatattgtttggtcttagcacaaatctac |
19179953 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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