View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10361_high_2 (Length: 695)

Name: NF10361_high_2
Description: NF10361
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10361_high_2
NF10361_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (29-674)||(3641725-3642369)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 3642369 - 3641725
Alignment:
Q  29 aggaatcttgtttgaaaatataaatatacatctaataaatcactggatggggaatgtgtaattatctactaacatgtggataacatgcttcttttttagg 128  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642369 aggaatgttgtttgaaaatataaatatacatctaataaatcactggatggggaatgtgtaattatctactaacatgtggataacatgcttcttttttagg 3642270  T
Q  129 ccaactctggtgattggtgcacgagcatgagacaagtcttatatcacacataaactagttttcataattaaattaaatgatactatatgatacgacttat 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642269 ccaactctggtgattggtgcatgagcataagacaagtcttatatcacacataaactagttttcataattaaattaaatgatactatatgatacgacttat 3642170  T
Q  229 tgatccaatggtgaatcggactcttgtgcattctaaatttgacataaaaggcattatcaaaactgccctttcttgccacataactcattacactacaatg 328  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642169 tgatccaatggtgaaacggactcttgtgcattctaaatttgacataaaaggcattatcaaaactgccctttcttgccacataactcattacactacaatg 3642070  T
Q  329 attgatcnnnnnnnnncttcctagatttggtaggaactgaaaagcaccgtaaacattttatcaaagcatgatatgaacttaatatcattttttatacatt 428  Q
    |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3642069 attgatcattttttttcttcctagatttggtaggaactgaaaagcaccgtaaacattttatcaaagcatgatatgaacttaatatcattttttatacatt 3641970  T
Q  429 ttaaataaaaatttaattaaattatgcagttgaaaatgtgcatgtctatatcttgagtgcaaattatgctgttatgtggactaatatttacagtatatag 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3641969 ttaaataaaaatttaattaaattatgcagttgaaaatgtgcatgtctatatcttgagtgcaaattatgctgttatgtggactaatgtttacagtatatag 3641870  T
Q  529 taatcattgatgttgnnnnnnntttatatttcttcgctcatatcaacatcatttcgaacttctgggacttgaacagatcggagtgaaagcgtactgcttt 628  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3641869 taatcattgatgttg-aaaaaatttatatttcttcgctcatatcaacatcatttcgaacttctgggacttgaacagatcggagtgaaagcgtactgtttt 3641771  T
Q  629 cttccgtcaaaggaattaaatttccagaatataagcttttgatgat 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3641770 cttccgtcaaaggaattaaatttccagaatataagcttttgatgat 3641725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University