View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1036_low_4 (Length: 494)

Name: NF1036_low_4
Description: NF1036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1036_low_4
NF1036_low_4
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-494)||(19103608-19104101)
chr7 (13-489)||(26190863-26191339)
chr7 (13-480)||(26154810-26155277)
chr7 (11-480)||(26178690-26179159)
chr7 (3-471)||(26301427-26301895)
chr7 (13-451)||(26203530-26203968)
chr7 (13-463)||(26128191-26128641)
chr7 (13-444)||(26223175-26223606)
chr7 (13-480)||(26242004-26242471)
chr7 (106-480)||(26082337-26082714)
chr7 (106-480)||(26106124-26106501)
chr7 (20-471)||(26250461-26250912)
chr7 (20-480)||(26297052-26297512)
chr7 (21-444)||(26207078-26207501)
chr7 (24-437)||(26259549-26259962)
chr7 (357-494)||(26184865-26185002)
chr7 (192-340)||(26240034-26240182)
chr7 (21-444)||(26226613-26227036)
chr7 (13-90)||(26087778-26087855)
chr7 (13-90)||(26111566-26111643)
chr7 (385-472)||(26186285-26186372)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-492)||(44902835-44903324)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Original strand, 19103608 - 19104101
Alignment:
Q  1 taaaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  19103608 taaaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgacggtccaagcatacatctg 19103707  T
Q  101 atcagtaactatacaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19103708 atcagtaactatacaatctggtcgaagatcgtgaaacagattctcgataggatcttggagcatcaatattccactgctgattttaccaagcatttcaagt 19103807  T
Q  201 gaagttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19103808 gaagttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagt 19103907  T
Q  301 cactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19103908 cactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcat 19104007  T
Q  401 aggaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttgtttttgaaatctat 494  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19104008 aggaatcatatggcctggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagattccattgttgtttttgaaatctat 19104101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 26191339 - 26190863
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||   ||||||||||||||| || || ||||||| |||||||  |||||| |||||    
T  26191339 cacagctggagaagtaacttgagctataaaagtgaatccttggaatgtttagttttgcagctgcttccactgtccaaggatacatcatatcagtgactat 26191240  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  ||| || |||||| | |||||| ||||||||| | ||||||||| ||| |||||    || |||||||||    
T  26191239 acaatctggttgaagatctttaaacagaacctcaatcggatctcgaagcatcgatattccacggttgattttactaagaatttctgaggatgttccatct 26191140  T
Q  213 ttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 312  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26191139 ttgagattttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaattcaataagatgagttttgatggagtatcctaaactgaagtcactgtctatgg 26191040  T
Q  313 atttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatg 412  Q
     |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  26191039 ttttttggaatgttgaagcattggcatgtgtagtaatgatggttacattaacaccatgtttggctaatagtcttgcagtgtcaatcataggaatcatatg 26190940  T
Q  413 gccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttgtttttgaaa 489  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26190939 gccaggagatggaaatggaagaaaagttacatgaagtgggttatgggattgttgagatttcattattgcttttgaaa 26190863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26155277 - 26154810
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| | |||||  ||| || |||||    
T  26155277 cacaattggagaagtagcttgagctgtaataatgaattcttggaatacctagtcttgcagctgcttcgaccgtccaaggaaacatcatatctgtcactat 26155178  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| |  ||| || ||||||||||||||  ||||||||  || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  26155177 acaatcaggttgaaggtcttgaaacaaagcctcaatcggatcttggagcatggatattccaaggccgattttacctagtatttcaaatgaagttccatct 26155078  T
Q  213 ttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 312  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155077 ttcatgttttcaacaccatcagggagaccaacttgagctgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 26154978  T
Q  313 atttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatg 412  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  26154977 atttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtctagctgtgtcaatcataggattcatatg 26154878  T
Q  413 gccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  26154877 gccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagactccattgttg 26154810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 11 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26179159 - 26178690
Alignment:
Q  11 aacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaact 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| | ||||  |  |||||| ||     
T  26179159 aacacaattggagaagtagcttgagctgtaataatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttccactgtccacggatacgacatatcagtgaca 26179060  T
Q  111 atacaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccat 210  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| | |||| || ||||  |||||||| | |||| | | | |||||||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  26179059 atacaatcaggttgaagatcttgaaacaaaatctcaattggattctggagcataattattgcgcgggtgattttacctagtatttcaaatgaaattccat 26178960  T
Q  211 ctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctat 310  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26178959 ctttcatgttttcaacaccatcagggagacctacctgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctat 26178860  T
Q  311 ggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcata 410  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26178859 agatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtagcgatgatggtaacattaacaccatgcatggcgaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcata 26178760  T
Q  411 tggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    || |||||||||||| |||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  26178759 tgaccaggagttggaaatggaagaaaaacaacatgaagtttgttatgggattgttgagactccattgttg 26178690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 26301895 - 26301427
Alignment:
Q  3 aaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgat 102  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||  || || |||||    ||||||| |||||  || || ||||||| ||||| |  ||    
T  26301895 aaatggaaggcacagttggagaagtagcttgagctgtaaaagtacatcctcggaatgttcagttttgaagctgattcaactgtccaaggatacagcatat 26301796  T
Q  103 cagtaactatacaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtga 202  Q
    | || |||||||||||||||||||| || ||||||| |  ||| || | |||||||||||||  ||| | || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  26301795 cggtgactatacaatctggttgaagttcttgaaacaaaacctcgattgaatcttggagcatcggtatccgacggctgattttaccaagtatttcaagtga 26301696  T
Q  203 agttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtca 302  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||    
T  26301695 agttccatcattgaagttttcaacaccatcagggagaccaacttgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatagggtatcctgaattgaagtca 26301596  T
Q  303 ctgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatag 402  Q
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26301595 tcgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatag 26301496  T
Q  403 gaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatt 471  Q
    || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26301495 gattcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaattacatgaagttggttattggattgttgagatt 26301427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26203968 - 26203530
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||   ||||||||||||||  || || ||||||| |||  ||  |||||| | |||    
T  26203968 cacaattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggataagtcatatcagttattat 26203869  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccac-agctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatc 211  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | || ||  ||||||| ||||||| ||||||   |||| ||||||||||| |||||    |||||||||||    
T  26203868 acaatctggttgaagatcttgaaacagaatttcaatttgatcttgaagcatcattattccttgagct-attttaccaagaatttctgaggaagttccatc 26203770  T
Q  212 tttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatg 311  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26203769 tttgagattttcaacaccatctggaagacaaacttgagctgaagggaactgaataagatgagtcttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatc 26203670  T
Q  312 gatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatat 411  Q
    | ||||||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26203669 gctttttggaaggttgaagcattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatat 26203570  T
Q  412 ggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttg 451  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  26203569 ggccaggagttggaaatggaagaaaagttacatgcagttg 26203530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 26128641 - 26128191
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||  ||| || |||||    
T  26128641 cacagttggagaagtagcttgagctgttataatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaaggaagcatcatatctgtcactat 26128542  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| |  |||  | |||||||| |||||  ||||||||  || |||||||||||  |||||   |||||||||||||    
T  26128541 acaatcaggttgaaggtcttgaaacaaagcctcagttggatcttgaagcattgatattccaaggccgattttaccaataatttctgttgaagttccatct 26128442  T
Q  213 ttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 312  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| || ||  ||||||||||||||    
T  26128441 ttcatgttttcaacaccatcagggagaccaacttgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatggagtatcctaaactggtgtcactgtctatgg 26128342  T
Q  313 atttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatg 412  Q
     |||||||||||| || ||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  26128341 ctttttggaatgttgaggcattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatg 26128242  T
Q  413 gccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattg 463  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||   |||||||||||||||||| ||||    
T  26128241 gccaggacttggatatgaaagaaaaacaacatgaagttggttatggaattg 26128191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 13 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26223606 - 26223175
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||   ||||||||||||||  || || ||||||| |||  ||  ||| || | |||    
T  26223606 cacaattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggataagtcatatccgttattat 26223507  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | || ||  ||||||| ||||||| |||||||      ||||| ||||| |||||    | ||||||||||    
T  26223506 acaatctggttgaagatcttgaaacagaatttcaatttgatcttgaagcatcattattccatgagaaattttcccaagaatttctctggtagttccatct 26223407  T
Q  213 ttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 312  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||| || ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  26223406 ttgatgttttcaataccatcagggagacctacctgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcacagtctacag 26223307  T
Q  313 atttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  26223306 atttttggaatgtggaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtcaatcattgaaatcatatg 26223207  T
Q  413 gccaggagttggatatggaagaaaagttacat 444  Q
     |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26223206 accaggagttggaaatggaagaaaagtgacat 26223175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 13 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26242471 - 26242004
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||  ||||||||||||||  || || ||||||| |||||||  |||||| |||||    
T  26242471 cacagtcggagaagtagcttgagctgcaaaagtgaatccttggaatatttagttttgcagctgattccacagtccaaggatacatcatatcagtgactat 26242372  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||   || | || ||||| ||||||| ||| |||||   ||| ||||| |||||||||  |||||||  ||||     
T  26242371 acaatctggttgaagatctttaaacagaacttcaaaagaatctttgagcatccatactccacgagtgactttactaagcatttctcgtgaagtggcatcg 26242272  T
Q  213 ttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatgg 312  Q
    || |||||||||| ||| || || |||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||| |||||||    
T  26242271 ttcatgttttcaataccttcagggagaccaacttgagcagaagggaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgacatcactatctatgg 26242172  T
Q  313 atttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatg 412  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||| |||   ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||    
T  26242171 atttttggaaccttgaagcattggcatgtgtaagtatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatg 26242072  T
Q  413 gccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    ||||  || ||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26242071 gccaatagctggatatggaagaaaaacaacatgaagtttgttatgggattgttgagattccattgttg 26242004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 106 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26082714 - 26082337
Alignment:
Q  106 taactatacaatctggttgaagatcgtgaaacagatt---ctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtga 202  Q
    |||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||   ||| || ||||||||||||||   |||||||| |   ||||||| ||  |||||   |||    
T  26082714 taacaatacaatcaggttgaagttcttgaaacaaattagcctcaatcggatcttggagcatggctattccacgggcaattttactaataatttctgttga 26082615  T
Q  203 agttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtca 302  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || |||| ||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26082614 agttccatctttgaggttttcaacaccatcagggagacctacctgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtca 26082515  T
Q  303 ctgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatag 402  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  26082514 ctgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattg 26082415  T
Q  403 gaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  26082414 gattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctgaagttggttatgagattgttgagactccattgttg 26082337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 106 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26106501 - 26106124
Alignment:
Q  106 taactatacaatctggttgaagatcgtgaaacagatt---ctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtga 202  Q
    |||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||   ||| || ||||||||||||||   |||||||| |   ||||||| ||  |||||   |||    
T  26106501 taacaatacaatcaggttgaagttcttgaaacaaattagcctcaatcggatcttggagcatggctattccacgggcaattttactaataatttctgttga 26106402  T
Q  203 agttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtca 302  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || |||| ||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26106401 agttccatctttgaggttttcaacaccatcagggagacctacctgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtca 26106302  T
Q  303 ctgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatag 402  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  26106301 ctgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattg 26106202  T
Q  403 gaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  26106201 gattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctgaagttggttatgagattgttgagactccattgttg 26106124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 20 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 26250912 - 26250461
Alignment:
Q  20 ggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactatacaatct 119  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   ||||||||||||||  || || ||||||| |||| ||  ||| || ||||||||||||    
T  26250912 ggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatacttcatatctgtcactatacaatct 26250813  T
Q  120 ggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatctttgatgt 219  Q
    |||||||| || ||||| | |   || |||| ||||  ||||||| ||| |||||   ||| ||||| |||||||||| | |||||  |||| ||   ||    
T  26250812 ggttgaagttcttgaaataaaacttcaatagaatctctgagcatccatactccacgagtgactttactaagcatttcacgggaagtagcatcgttcgagt 26250713  T
Q  220 tttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttg 319  Q
    |||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  26250712 tttcaacaccgtcaggtagaccaacttgagctgaaggaaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttg 26250613  T
Q  320 gaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccagga 419  Q
    |||  | |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||| |    
T  26250612 gaaccttgaagcattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtttagcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatgaccagca 26250513  T
Q  420 gttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatt 471  Q
    | ||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26250512 gatggatatggaagaaaaacaacatgaagttggttattggattgttgagatt 26250461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 26297512 - 26297052
Alignment:
Q  20 ggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactatacaatct 119  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||   ||||||||||||||  || || |||||||  ||  ||  ||| || ||||||||||||    
T  26297512 ggagaagtagcttgagctgtaaaagtcaatccttggaatgtttagttttgcagctgattccacagtccaagggtatttcatatctgtcactatacaatct 26297413  T
Q  120 ggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatctttgatgt 219  Q
    |||||||| || | ||| |||   || ||||  |  |||||||||  || ||||    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |  |||    
T  26297412 ggttgaagttctttaaatagaacttcaatagattgctggagcatccttactccaatcgtgattttaacaagcatttcaagtgaagtggcatcgatcgtgt 26297313  T
Q  220 tttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttg 319  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||| |  || ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  26297312 tttcaataccctctgggagaccaacttcatttgcagggaactgaagaagtttagttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttg 26297213  T
Q  320 gaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccagga 419  Q
    |||  | |||||||||||||| ||||  ||||| || |||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||| |    
T  26297212 gaaccttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggttacatcaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccagca 26297113  T
Q  420 gttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattgttg 480  Q
    | |||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  26297112 gatggatatggaagaaagacaacatgaagtttgttattggattgttgagactccattgttg 26297052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26207501 - 26207078
Alignment:
Q  21 gagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactatacaatctg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||||||||||||  || || ||||| | ||| | |  ||| |  |||||||||||||    
T  26207501 gagaagtagcttgagctgtaatagtaaagccttggaatgccgagttttgcagctgattccactgtccatggatataacatatctgagactatacaatctg 26207402  T
Q  121 gttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagc-tgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatctttgatgt 219  Q
    |||| |||||  | |||| | |||| ||  |||| ||||   ||   |||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||    
T  26207401 gttggagatcacggaacaaaatctcaatttgatcatggatgttcgcaattcca-agcatgattttaccaagcatttcacgggaagtggcatctttgatgt 26207303  T
Q  220 tttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttg 319  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||  ||||||  |||| |    |||||||||||| ||||| |||   |||||  |||| |||| ||| |     
T  26207302 tttcaacaccatctgggagacctacttgggctccagggaattgaatcacacaagttttgatggaatatccagaaaacaagtcgttgtcgatggctttctt 26207203  T
Q  320 gaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccagga 419  Q
    ||||    | ||||| || || ||||  ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  26207202 gaataacaaggcatttgcttgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccagga 26207103  T
Q  420 gttggatatggaagaaaagttacat 444  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||    
T  26207102 gttggatatggtagaaaagtaacat 26207078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 26259962 - 26259549
Alignment:
Q  24 aagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactatacaatctggtt 123  Q
    ||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||| ||||| || ||||  || || ||||||| ||| | |  |||||  ||||| ||||| ||||    
T  26259962 aagtagcttgagctgtaatagtagatccttggaacaccgagtttcgctgctgattcaactgtccaaggatagaacatatcagagactatgcaatcaggtt 26259863  T
Q  124 gaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatctttgatgttttc 223  Q
    ||||||| ||||||||| | || ||  ||||||| ||||   | ||||||   | |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  26259862 gaagatcttgaaacagaatttcaatttgatcttgaagcaatgaaattccatgaccgattttaccaagcatttctaaggaagttccatctttgatgttttc 26259763  T
Q  224 aacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaat 323  Q
     ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |    |||| ||||||| || ||  ||  |  |||  |||| || | ||| | ||||    
T  26259762 gacaccttctggaagaccaacttgtgctgaagggaattgaatgacacaagttctgatggaataaccgcaacaggtgtcgttgtcgatagctttcttgaat 26259663  T
Q  324 gtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttg 423  Q
        | ||||||||||| ||||  || || |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||     
T  26259662 aacaaggcattggcatgtgtagtgataatggtaacattaataccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccaggagtta 26259563  T
Q  424 gatatggaagaaaa 437  Q
    |||| || ||||||    
T  26259562 gataaggtagaaaa 26259549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 357 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 26185002 - 26184865
Alignment:
Q  357 acattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttat 456  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  26185002 acattaacaccatgctttgcaaatagtcttgatgtggctatcatgggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattacatgaagtttgttat 26184903  T
Q  457 gggattgttgagatttcattgttgtttttgaaatctat 494  Q
    |||||| ||| || | |||||||| ||||| |||||||    
T  26184902 gggattattgggagtccattgttgcttttggaatctat 26184865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 192 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26240182 - 26240034
Alignment:
Q  192 atttcaagtgaagttccatctttgatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctg 291  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||  ||| |||||| ||||| || | |||| |||    
T  26240182 atttcaaatgaagttccatctttcatgttttcaacaccatcagggagaccaacttaagttgaagggaattgaagaagttgggttttaatagggtatgctg 26240083  T
Q  292 aattgaagtcactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatg 340  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26240082 aattgaagtcactctctatggctttttggaatgttgaagcattgacatg 26240034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 21 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26227036 - 26226613
Alignment:
Q  21 gagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactatacaatctg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||  ||||||||||||  |  || ||||||| | | | |  ||| |  ||||||||||||     
T  26227036 gagaagtagcttgagctgtaatagtaaagcctaggaatgccgcgttttgcagctgattgcactgtccaaggaaataacatatctgagactatacaatctt 26226937  T
Q  121 gttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagc-tgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatctttgatgt 219  Q
    |||| ||||| || |||| | |||| ||  ||||||||| | ||   |||||| ||| |||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||    
T  26226936 gttggagatcatggaacaaaatctcaatttgatcttggatcttcgcaattcca-agcatgattttaccaagcatttcacgggaagtggcatctttgatgt 26226838  T
Q  220 tttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||| |    || ||||||||| ||||| |||   |||||  |||| |||| ||| |     
T  26226837 tttcaacaccatctggaagaccaacttgggctgcagggaattgaatcacacaagctttgatggaatatccagaaaacaagtcgttgtcgatgggtttctt 26226738  T
Q  320 gaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccagga 419  Q
    ||||    | ||||| || || ||||  ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||    
T  26226737 gaataacaaggcatttgcttgtgtagtgatgatggtaacatcaacaccatgctttgcaaatagccttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccagga 26226638  T
Q  420 gttggatatggaagaaaagttacat 444  Q
    |||  || ||| |||||||| ||||    
T  26226637 gttacatgtggtagaaaagtaacat 26226613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 26087855 - 26087778
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaag 90  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26087855 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaag 26087778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 26111643 - 26111566
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaag 90  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  26111643 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgaccgtccaag 26111566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 385 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 26186372 - 26186285
Alignment:
Q  385 ttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagattt 472  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  26186372 ttgctgcgtctatcctaggaatcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaattatatgaagttggttgtgagattgttgatattt 26186285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 44903324 - 44902835
Alignment:
Q  13 cacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcgtcgacggtccaagtatacatctgatcagtaactat 112  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||  || ||||| | ||||||||||||||  || || ||||||| |  ||||  |||||| |||||    
T  44903324 cacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattccacagtccaaggaatcatcatatcagttactat 44903225  T
Q  113 acaatctggttgaagatcgtgaaacagattctctataggatcttggagcatcaatattccacagctgattttaccaagcatttcaagtgaagttccatct 212  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    ||| |||||||||  |||||| || ||||||   ||||||||||||||||||||  | || |||||||||    
T  44903224 acaatctggttgaagatcttgaaacattacctcaataggatctctgagcattaacattccatgactgattttaccaagcatttctggggatgttccatct 44903125  T
Q  213 tt---------gatgttttcaacaccatctggaagaccaacttgagctgaagggaagggaataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcac 303  Q
    ||         ||  |||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44903124 ttaacatctttgacattttcaattccatcaggaagaccaacttgggatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcac 44903025  T
Q  304 tgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcatagg 403  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  44903024 tgtctatggattcttggaaagttgaagcgttggcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatggg 44902925  T
Q  404 aatcatatggccaggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattgttgagatttcattg-ttgtttttgaaatct 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||| |||||||||||    
T  44902924 aatcatatggccaggagttggatatggaagaaaaactacatgaagttggttattggattgttgagaatccattgtttgcttttgaaatct 44902835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University