View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10380_low_6 (Length: 390)

Name: NF10380_low_6
Description: NF10380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10380_low_6
NF10380_low_6
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (2-365)||(30241468-30241831)
chr5 (1-367)||(30436468-30436834)
chr5 (2-367)||(30484057-30484422)
chr5 (1-365)||(30337612-30337976)
chr5 (1-367)||(30712513-30712879)
chr5 (1-367)||(30676373-30676739)
chr5 (17-322)||(30400745-30401050)
chr5 (17-365)||(29853982-29854330)
chr5 (17-365)||(30207193-30207541)
chr5 (18-365)||(30061044-30061391)
chr5 (17-365)||(29872845-29873193)
chr5 (8-365)||(30750308-30750665)
chr5 (17-365)||(30476046-30476394)
chr5 (17-365)||(17417680-17418028)
chr5 (35-340)||(30520737-30521042)
chr5 (35-340)||(30561077-30561382)
chr5 (17-214)||(17983569-17983766)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-367)||(26708003-26708353)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-365)||(25293034-25293379)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-365)||(20295669-20296017)
chr4 (8-365)||(52352621-52352978)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (17-363)||(7100092-7100438)
chr1 (17-365)||(7580806-7581154)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 30241831 - 30241468
Alignment:
Q  2 aaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  30241831 aaacggtgagtttcccttgtttttgtgattgttgcaacaacctcatcacgagtggatactaaaatggaactacctttggatccacatgacaacacagatt 30241732  T
Q  102 tcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaa 201  Q
    ||||  | | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30241731 tcaatgtgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaactagcaaatatattttaccttgtaacaa 30241632  T
Q  202 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30241631 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 30241532  T
Q  302 ttctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30241531 ttctcagaaacacaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 30241468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 30436468 - 30436834
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30436468 caaacggtgagtttcccatgttcccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30436567  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30436568 ttcaaatgatcccatctatcttgtgttaacccaaattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30436667  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | ||||||||| | |   |||||| |||||||||| || || |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  30436668 atccttgcacctttctttccattacatctaaatcaaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaa 30436767  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  30436768 agtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatc 30436834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 2 - 367
Target Start/End: Original strand, 30484057 - 30484422
Alignment:
Q  2 aaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 101  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30484057 aaacggtgactttcccatgtccccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatt 30484156  T
Q  102 tcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaa 201  Q
    |||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| |||||    
T  30484157 tcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttccgttgcaacaa 30484256  T
Q  202 ttcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaa 301  Q
    | | ||||||||| | |     |||| ||| |||||| ||| | |||||| |  ||| ||| ||| ||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30484257 tccttgcacctttctttccaagacatctaactcaaagtcatgacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaa 30484356  T
Q  302 ttctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  30484357 gtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatc 30484422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 30337976 - 30337612
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337976 caaacggtgactttcccatgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30337877  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30337876 ttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30337777  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||||||||   |   |||||    |||||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||    
T  30337776 atccttgcacctttccttccattacagcataatcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaa 30337677  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  | | |||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  30337676 agtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtaga 30337612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 30712879 - 30712513
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30712879 caaacggtgagtttcccatgttcccatgatagttgcaacaacctcatcacgggtggacaataaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 30712780  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    || |||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30712779 tttaaacgatcccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaaca 30712680  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||| |||| | |     |||| ||| |||||| ||  | |||||| |  ||| ||| ||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  30712679 atccttgcagctttctttccaagacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaa 30712580  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
    | ||||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  30712579 agtctcagaaacacaaacccaaaattttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatc 30712513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 30676739 - 30676373
Alignment:
Q  1 caaacggtgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagat 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30676739 caaacggtgactttcccatgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttagatccacacgacaaaacagat 30676640  T
Q  101 ttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaaca 200  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  30676639 ttcaaacgattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaaca 30676540  T
Q  201 attcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaa 300  Q
    || | |||||||||   |   |||||    | |||||| ||  | |||||| |  ||||||| |||  | ||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  30676539 atccttgcacctttccttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaa 30676440  T
Q  301 attctcagaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| || ||||||  ||||||||||| |||||    
T  30676439 agtctcagaaacacaaacccaaacttttttatcaaaatggccactcaccctaacatcattgaagatc 30676373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 322
Target Start/End: Original strand, 30400745 - 30401050
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||     
T  30400745 catgttcccatgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatc 30400844  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||| |    
T  30400845 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattctcccttgcaacaattcttgcacctttct 30400944  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| | |||| ||| ||||| |  ||| | |||| ||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||    
T  30400945 ttgtattacatctgaatccaaggcatcacatatctctcctgtaatatattctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcggaaacacaa 30401044  T
Q  317 acccaa 322  Q
    ||||||    
T  30401045 acccaa 30401050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Original strand, 29853982 - 29854330
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||    
T  29853982 catgttcccatgattgttgcaacaaatttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccatt 29854081  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |    
T  29854082 tatcttgtgttaacccatattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgcaacaattcttgcacccttct 29854181  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |    ||||| |||||||||| || || |||||| |  ||||||| ||| || ||| ||||||||||| || ||||| |||||| | ||||||||  ||    
T  29854182 ttccaatacatctaaatcaaagtcagcagacttctctcttgtgatagattctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttcagaaacgcaa 29854281  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  29854282 acccaaatttttttatcaaaattgccactcaccctaacatcattgtaga 29854330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Original strand, 30207193 - 30207541
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||   ||| |||||    
T  30207193 catgttcccatgatcgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacgataacactgatttcagtatattccatt 30207292  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||| ||  ||||||||||   | |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |    
T  30207293 tctcttggcttaatccgaattccaattgctgatttttgttccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttaccttgcagcaattcctgcacctttct 30207392  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||||  ||||| |||||||||| |  ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||    
T  30207393 ttgtattacatctaaattgaagccgtcatacttctctcttgtgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcggaaacacaa 30207492  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  30207493 acccatatttttgtattaaaattgctactcaccctagcatcattgtaga 30207541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 30061044 - 30061391
Alignment:
Q  18 atgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccattt 117  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| || | ||||||    
T  30061044 atgttcctgtgatcgttgcaacaacttcatcacgggtggacactaaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatttgttccattt 30061143  T
Q  118 atcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttc 217  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| | ||||||| | |     
T  30061144 ctctcgtgttaaccctgattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctctctt 30061243  T
Q  218 tgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaa 317  Q
    |   |||||    |||||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||| |||    
T  30061244 tccattacagcataatcaaagtcaggacacttctgtaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaa 30061343  T
Q  318 cccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||||| |||  | | |||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  30061344 cccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtaga 30061391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Original strand, 29872845 - 29873193
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    |||||||||  ||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| |    
T  29872845 catgttcccacgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaatgattccact 29872944  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||    |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||| ||||||||| |    
T  29872945 tatcatgtgttagtccagattccaattgttgggttttgttccacagatcatccaaaacgagcaaatattttttaccttgcagcacttcttgcacctttct 29873044  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |   |||||| ||| || ||| || || |||||| |  ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||    
T  29873045 ttccattacatctaattcgaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctcagaaacacaa 29873144  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||||||  ||  | | |||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  29873145 acccaaatatttttgtcaaaattgccactcaccctaacatcattgtaga 29873193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 8 - 365
Target Start/End: Original strand, 30750308 - 30750665
Alignment:
Q  8 tgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaat 107  Q
    |||||||  |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |    
T  30750308 tgagtttggcatgttcctgtgattgttgcaacaacttcatcacgggtggacaataaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaatt 30750407  T
Q  108 tatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctg 207  Q
    | | |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||| | ||    
T  30750408 tgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttcattttgattccatacatcatccaaaaccaacaaatatcttttcccttgcaacaatccttg 30750507  T
Q  208 cacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctca 307  Q
    ||||||| | |   |||||    | |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| || || |||||| |||||    
T  30750508 cacctttctttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctca 30750607  T
Q  308 gaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||||| ||||||||| |||  | | |||||||  ||||||  |||||||||||||||    
T  30750608 gaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcactcaccctaacatcattgtaga 30750665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Original strand, 30476046 - 30476394
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| |||||  |||||||||| || | |||||    
T  30476046 catgttcccatgatttctgcaacatccttatcacgagtggaaactaaaatggaagatcctttggatccacatgacaacgcagatttcaacttgttccatt 30476145  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||| ||   |||||||  |  | ||    |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| || | |||  |  | ||| |    
T  30476146 tgtcttggcttaatcctagttccaatccttgatttctgctccatacatcatccaaaaccagcaaaaatcttttaccttgcaatagttctcgtgcttttct 30476245  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| | || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||    
T  30476246 ttgtattacatctaaatccaaggcatcaaacttgtcttttgtgatagattctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaa 30476345  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||  |||||||||||    
T  30476346 atccaaacttttgtattaaaattgctacttaccctatgatcattgtaga 30476394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 17418028 - 17417680
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   || || ||||||||  ||| |||||    
T  17418028 catgttcccatgattgccgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacataaacactgatttcaacgtattccatt 17417929  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattg-tacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttt 215  Q
    | |||||  |||| ||  || | ||||| | || |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  || | ||| | |||||||     
T  17417928 tctcttggcttaatccgaatgctaattgttgcattttg-ttccacacatcgtccaaaaccagaaaatatcttttacctttcaatagttctttcacctttc 17417830  T
Q  216 tctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacaga 315  Q
    |  ||  ||||| |||||| ||| ||||| ||||     || | ||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||   ||||||||| |    
T  17417829 ttagtaatacatctaaatccaaggcatcacactttccacctattatagattctatgatggaacacaaaatcctcttgattgagaaagcatcagaaacaca 17417730  T
Q  316 aacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    || ||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  17417729 aatccaaatttttgtattaaaattgctactcaccctaacatcattgtaga 17417680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30521042 - 30520737
Alignment:
Q  35 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccag 134  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||   ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||  |||| |||     
T  30521042 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30520943  T
Q  135 attccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatc 234  Q
    |||||| || |  | ||   |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| ||||| | |   ||| | |||| ||||||    
T  30520942 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30520843  T
Q  235 aaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacccaaactttagtatta 334  Q
     ||| ||||| |||| | |  ||  | | ||| |||||| | |||||||||  |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||| |    
T  30520842 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30520743  T
Q  335 aaattg 340  Q
    ||||||    
T  30520742 aaattg 30520737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 30561382 - 30561077
Alignment:
Q  35 gcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttatcttgtgttaacccag 134  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||   ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||  |||| |||     
T  30561382 gcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggatttcaacttattccatttctcttggcttaatccaa 30561283  T
Q  135 attccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatc 234  Q
    |||||| || |  | ||   |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| ||||| | |   ||| | |||| ||||||    
T  30561282 attccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatc 30561183  T
Q  235 aaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacccaaactttagtatta 334  Q
     ||| ||||| |||| | |  ||  | | ||| |||||| | |||||||||  |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||| ||| |||| |    
T  30561182 taaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatca 30561083  T
Q  335 aaattg 340  Q
    ||||||    
T  30561082 aaattg 30561077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 214
Target Start/End: Original strand, 17983569 - 17983766
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| | ||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||  ||| ||| |    
T  17983569 catgttcccataattgaggcaacatccatgtcacgagtagacactaaaatggaagtacctttggatccacaagacaacacagacttcaacctattccact 17983668  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttt 214  Q
    | | |||  |||| ||  |||| |||| | ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||  || |||||| ||| |||| ||| |||||||||    
T  17983669 tcttttggtttaatccgaattcaaattcttcacttttgttccacacatcgtcgaaaaccaacaagcatcttttacgttgcaacatttcttgcaccttt 17983766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 367
Target Start/End: Original strand, 26708003 - 26708353
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||     
T  26708003 catgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacaggacaaaacagatttcaaacgattccatc 26708102  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |    
T  26708103 tatcttgtgttaacccatattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttct 26708202  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |   |||||| ||| |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||    
T  26708203 ttccattacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctcagaaacacaa 26708302  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagatc 367  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||  ||||||  ||||||| |||||||||    
T  26708303 acccaaatttttttatcaaaattgtcactcaccctaacatcgttgtagatc 26708353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 25293379 - 25293034
Alignment:
Q  20 gttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatttat 119  Q
    |||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||| |||||||||||  ||| | |||| |    
T  25293379 gttcccattattgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacgattggatccaaccgacaatacagatttcaacatattcaattttt 25293280  T
Q  120 cttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctg 219  Q
    |||| ||||| |   ||||||||||   | |||  ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| || | ||| | ||||||| | ||    
T  25293279 cttgggttaatctgaattccaattgctgatttttgttccacacatcgtccaaaataagcaaatatattttaccttgcaatagttcttacacctttctttg 25293180  T
Q  220 tgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaaacc 319  Q
    | |||||| |||||||||| ||||| |||||| |   |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  25293179 tattacatctaaatcaaaggcatcacacttctctctagtgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacc 25293080  T
Q  320 caaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  25293079 caaatttttgtattaaaagtgctactcaccctaacatcattgtaga 25293034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 20296017 - 20295669
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |  ||||     
T  20296017 catgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagttgacactaaaatggaactaccttttgatccacatgacaaaacagatttcaaacgagtccata 20295918  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||| |    
T  20295917 tatcgggtgttaacccagattccaattgatcattttgattccacacatcatctaaaatcaacaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttct 20295818  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     |    ||| | ||| |||||| ||  | |||||| |  ||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||  |||||| ||||||||||| ||    
T  20295817 ttccaatacgtctaagtcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctcagaaacacaa 20295718  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    ||||||| | |  ||| |||||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  20295717 acccaaattcttttatcaaaattgccactcacgcgatcatcattgtaga 20295669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 365
Target Start/End: Original strand, 52352621 - 52352978
Alignment:
Q  8 tgagtttcccatgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaat 107  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||  |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  52352621 tgagtttgacatgttcccatgattgtcgcaacatccttatcacaagtggaaactaaaatgtaagcacctttggatccacaggacaacacagatttcaact 52352720  T
Q  108 tatcccatttatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctg 207  Q
    | | |||||| |||||  |||| ||   ||  |||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  52352721 tgttccatttttcttggcttaatcctagtttgaattctagatttctattccacacatcatccaaaaccaacaaatatcttttaccttgcaacaattcttg 52352820  T
Q  208 cacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctca 307  Q
    | |  || | ||| | |||| |||||| ||||||||| |||| | |  ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  52352821 cgctcttctttgtatcacatctaaatctaagccatcacacttttctcttgtaatagattctataatggaacacaaaatcctattgacagagaaatcctca 52352920  T
Q  308 gaaacagaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    |||||| ||||||||| |||  ||| ||| ||  |||||||  |||||||||||||||    
T  52352921 gaaacacaaacccaaatttttctatgaaattttttactcactctaacatcattgtaga 52352978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 363
Target Start/End: Original strand, 7100092 - 7100438
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||    
T  7100092 catgttcccgtgattgaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattccatt 7100191  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | |||||  |||  ||  |||| |||| | || |||  |||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||| | || ||| ||||| ||| |    
T  7100192 tctcttggtttagtccgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcacttttct 7100291  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| ||| || |    |||| |||| | || ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  ||| |||||| ||    
T  7100292 ttgtattacatctaactccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacacaa 7100391  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgta 363  Q
    ||||||| ||| || || ||||||  ||||||  || ||||||||||    
T  7100392 acccaaatttttgttttgaaattgtcactcaccctatcatcattgta 7100438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 7581154 - 7580806
Alignment:
Q  17 catgttcccgtgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaattatcccatt 116  Q
    ||||||||| |||||| |||||| |||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  7581154 catgttcccatgattgatgcaacctccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttcgatccaccagacaacacagatttcaatttattccatt 7581055  T
Q  117 tatcttgtgttaacccagattccaattgtacactttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcaccttttt 216  Q
    | || ||   ||  ||| |||| |||| |  |||||   |||| ||||| |||||||||||||||  | |||| ||||| |||| ||| ||||||||| |    
T  7581054 tctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacatcgtccaaaaccagcaaacgtctttttccttgcaacatttcttgcacctttct 7580955  T
Q  217 ctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacagaa 316  Q
     ||| |||||| |||| | |   ||||| |||||| || ||| ||  ||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||   ||| |||||| ||    
T  7580954 ttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgaccgagaatacctctgaaacacaa 7580855  T
Q  317 acccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtaga 365  Q
    ||||||| ||| || || ||||||  ||||||  || |||| |||||||    
T  7580854 acccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtaga 7580806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University