View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10390_low_1 (Length: 823)

Name: NF10390_low_1
Description: NF10390
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10390_low_1
NF10390_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-808)||(13233740-13234547)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 788; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 13234547 - 13233740
Alignment:
Q  1 aggaagaagtatataaatgggcctctaagttctaaagcaaaccaaacaatggcagcataggctaaagcttggagcgcaagaaacggcatgtgagtgatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234547 aggaagaagtatataaatgggcctctaagttctaaagcaaaccaaacaatggcagcataggctaaagcttggagcgcaagaaacggcatgtgagtgatta 13234448  T
Q  101 ggctagctatggtgtaacaagaagctctataggcattatgagaagtttcgcggatgaagatgaacctctcttggatgaaggcagggaccgcatcatttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13234447 ggctagctatggtgtaacaagaagctctataggcattatgagaagtttcgcggatgaagatgaacctctcttggatgaaggcagggacggcatcatttga 13234348  T
Q  201 agagaagaaaaacagacacactgtgaaaatgaagaaactgagacgatttgtgattccttgtaaggtattttttggattgtggaacattgttgccatcata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234347 agagaagaaaaacagacacactgtgaaaatgaagaaactgagacgatttgtgattccttgtaaggtattttttggattgtggaacattgttgccatcata 13234248  T
Q  301 actcccatgaaggtgaggaccattagtcttgatagaaaaagctcgggggttctccgtatgttggtgaagttgcggcgcattaggatccatgtctctgcta 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13234247 actcccatgaaggtgaggaccattagtcttgatagaaaaagctcgggggttctccgtatgtttgtgaagttgcggcgcattaggatccatgtctctccta 13234148  T
Q  401 tgtaggaatttgcaaactttggacctagatgttcttgtgagctattggttggtgtaaggtagtcattctcgtcgactacgtagtcgctgctatgtggtgt 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13234147 tgtaggaatttgcaaactttggacctagatgttcttgtgagctatttgttggtgtaaggtagtcattctcgtcgactacgtagtcactgctatgtggtgt 13234048  T
Q  501 tggtgttgctggaaggatttcacttgagtatgtgtagatgccaggggaagcatggctgcacatcacacaaaaacaatatggtatattacaagtttacatc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13234047 tggtgttgctggaaggatttcacttgagtatgtgtagatgccaggggaagcatggctgcacatcacacaaaaacaatatggtatattacaagtttacatc 13233948  T
Q  601 taattttgattgcatatatcaatttaccattcaatcaataatcatgtattgtaaaccatgttagtagtaatcatataaattagtattgttgaataaatgc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233947 taattttgattgcatatatcaatttaccattcaatcaataatcatgtattgtaaaccatgttagtagtaatcatataaattagtattgttgaataaatgc 13233848  T
Q  701 tttaccttggaggcttttgcaccttgttctcatttttaagtcttgagggtgtgaatttcaagaaagctgcactattactagcactccatgacattggtgt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13233847 tttaccttggaggcttttgcaccttgttctcatttttaagtcttgagggtgtgaatttcaagaaagctgcactattactagcactccatgacattggtgt 13233748  T
Q  801 gttattat 808  Q
    ||||||||    
T  13233747 gttattat 13233740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University