View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10396_low_4 (Length: 601)

Name: NF10396_low_4
Description: NF10396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10396_low_4
NF10396_low_4
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (24-587)||(10415314-10415878)
chr1 (1-446)||(10420343-10420788)
chr1 (30-446)||(10409759-10410181)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (24-563)||(35410672-35411211)
chr5 (30-573)||(35386017-35386560)
chr5 (1-446)||(35366836-35367281)
chr5 (30-446)||(35754819-35755235)
chr5 (24-446)||(35376405-35376833)
chr5 (24-446)||(35423664-35424092)
chr5 (24-140)||(35370245-35370362)
chr5 (72-142)||(35437060-35437130)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-439)||(29622904-29623342)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-439)||(30662998-30663436)
chr2 (1-439)||(30671678-30672116)
chr2 (1-439)||(30626047-30626485)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (65-335)||(1153786-1154056)
chr3 (405-532)||(1154064-1154186)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (322-446)||(15294046-15294170)
chr8 (322-446)||(15474415-15474539)
chr8 (1-302)||(13564606-13564895)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 493; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 10415878 - 10415314
Alignment:
Q  24 gctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415878 gctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 10415779  T
Q  124 tcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10415778 tcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatct 10415679  T
Q  224 agctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10415678 agctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcaagcaacgttcttcttgacgatgacgttgtagcc 10415579  T
Q  324 cacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggat 423  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415578 cacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggat 10415479  T
Q  424 atattcctcctggtaaagctcttaacttatatccatttttggttagtacctttaagaaatttagcaatgctaatttattgttatttatatcagatatgac 523  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415478 atattcctactggtaaagctcttaacttatatccatttttggttagtacccttaagaaatttagcaatgctaatttattgttatttatatcagatatgac 10415379  T
Q  524 cctcaatgttttctgatcaatgtgttaaaatttgatata-tattgtatactcctatgttatattt 587  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10415378 cctcaatgttttctgatcaatgtgttaaaatttgatatattattgtatactcctatgttatattt 10415314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 10420788 - 10420343
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    ||||||||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10420788 agagtttcaaagcagaacgcgaagctctaggaaagatgaaacaccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattataagggtgaaga 10420689  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10420688 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaagggtctggaattcataatctcagcctcagacaa 10420589  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  10420588 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttc 10420489  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  10420488 ttctggacgatgacattgtagctcacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaagttaattcttc 10420389  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
     || || || |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  10420388 cacaatcaagggaagtataggatatgttcctcctggtaaagttctt 10420343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 10410181 - 10409759
Alignment:
Q  30 ggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 129  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10410181 ggaaacatgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 10410082  T
Q  130 ctaaggggagtctggaaaagattctgcacg---ataacgaa---gggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgt 223  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| |   |||| |||   | |||| ||| ||  |||||||   ||||||||||||||||||| | |||  | ||    
T  10410081 ctaatgggagtttggaaaaccttttgcatggtaataaagaacacgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgttctcaacgt 10409982  T
Q  224 agctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcc 323  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||  || |||||  |||  |||||  | |||||  ||||||| || |||||   ||||||     
T  10409981 agctcatgcattggattatcttcacattgatgcagagcaagtggtggttcatagtggcgttaaaccaagcaatgttcttctcgatgatgacaatgtagct 10409882  T
Q  324 cacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggat 423  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  10409881 cacttaggagactttggcttagctaggctaattcgtggagctacagaacattcaagtaaagatcaagttatttcctctacaattaagggaactataggat 10409782  T
Q  424 atattcctcctggtaaagctctt 446  Q
    || ||||||| ||||||| ||||    
T  10409781 atgttcctcccggtaaagttctt 10409759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 563
Target Start/End: Original strand, 35410672 - 35411211
Alignment:
Q  24 gctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 123  Q
    |||||| ||||||||| |||| | |||||||  || ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35410672 gctttaagaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagt 35410771  T
Q  124 tcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgt 223  Q
    | |||||||| |||| ||| |||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35410772 taatgcctaatgggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgt 35410871  T
Q  224 agctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcc 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  35410872 agctcatgcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatcttaagccgagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcc 35410971  T
Q  324 cacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggat 423  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  35410972 cacttgggagactttggcttggctaggctcattcttggaaccacagagcattcaagtaaagatcaagttattttttctacaattaaaggaactataggat 35411071  T
Q  424 atattcctcctggtaaagctcttaacttatatccatttttggttagtacctttaagaaatttagcaatgctaatttattgttatttatatcagatatgac 523  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| || | | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35411072 atattcctcctggtaaagctcttatcttatatccatttttagttagcacccttaagaaaattggtagtgctgatttattattatttatatcagatatgac 35411171  T
Q  524 cctcaatgttttctgatcaatgtgttaaaatttgatatat 563  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  35411172 cctcaatgttttatgatctatgtgttaaaatttgatatat 35411211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 30 - 573
Target Start/End: Original strand, 35386017 - 35386560
Alignment:
Q  30 ggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 129  Q
    |||||||||||||||   |||||||  ||| || | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35386017 ggaaagatgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgttcaagtgttgattataagggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgt 35386116  T
Q  130 ctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctca 229  Q
    | || | |||||| |||||| || ||||| |||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35386117 caaatgagagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctca 35386216  T
Q  230 tgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  35386217 tgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatcttaagccaagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttg 35386316  T
Q  330 ggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggatatattc 429  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35386317 ggagactttggcttggctaggatcattcttggaaccacagagcattcaagtaaagatcaagttatttcctctactattaaaggaactataggatatattc 35386416  T
Q  430 ctcctggtaaagctcttaacttatatccatttttggttagtacctttaagaaatttagcaatgctaatttattgttattta-tatcagatatgaccctca 528  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||  |  | |||| |||||||||||||||||||| |  | | ||||  | | ||| ||||| |||| | ||||     
T  35386417 ctcctggtaaagttcttaatttatatcccatacttgttattacctttaagaaatttagcagtaatca-ttatcataacttattatcaaatattagcctcc 35386515  T
Q  529 atgttttctgatcaatgtgttaaaatttgatatatattgtatact 573  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  35386516 atgttttatgatcgatgtgttaaaatttaatatataatgtatact 35386560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 35366836 - 35367281
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  35366836 agagtttcaaagcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattataagggtgaaga 35366935  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||     
T  35366936 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacac 35367035  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  35367036 agagttgacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttc 35367135  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    |||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  35367136 ttctggacgatgacactgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaagttaattcttc 35367235  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
     || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  35367236 cacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaaagttctt 35367281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 30 - 446
Target Start/End: Original strand, 35754819 - 35755235
Alignment:
Q  30 ggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 129  Q
    ||||||||||||||| | |||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  35754819 ggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcatgt 35754918  T
Q  130 ctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctca 229  Q
    | || |||||||| |||||| |  |||||||||| |||||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35754919 caaatgggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaagggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctca 35755018  T
Q  230 tgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttg 329  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  35755019 tgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgaaattgtagcccacttg 35755118  T
Q  330 ggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactataggatatattc 429  Q
    |||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  35755119 ggagactttggcctagctaggctcattcatggagctacagaacattcaagtaaagatcaagttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttc 35755218  T
Q  430 ctcctggtaaagctctt 446  Q
    |||||||||||| ||||    
T  35755219 ctcctggtaaagttctt 35755235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 24 - 446
Target Start/End: Original strand, 35376405 - 35376833
Alignment:
Q  24 gctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||  || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35376405 gctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagt 35376504  T
Q  124 tcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagg------gtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctct 217  Q
    |||||||||  |||| |||||||||  |  |||| | ||||||||       |||| ||| ||  |||||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  35376505 tcatgcctagtgggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctct 35376604  T
Q  218 tgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgtt 317  Q
     || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| | |||||  |||||||||| ||||| | |    
T  35376605 cgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacggt 35376704  T
Q  318 gtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaacta 417  Q
    || |||||||| ||||||||||||||| ||||| || | | |||||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  35376705 gtggcccacttaggagactttggcttagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaacta 35376804  T
Q  418 taggatatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35376805 taggatatattcctcctggtaaagttctt 35376833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 24 - 446
Target Start/End: Original strand, 35423664 - 35424092
Alignment:
Q  24 gctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagt 123  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||  || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35423664 gctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagt 35423763  T
Q  124 tcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagg------gtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctct 217  Q
    |||||||||  |||| ||| |||||  |  |||| | ||||||||       |||| ||| ||  |||||||   ||||||||||||||||||| |||||    
T  35423764 tcatgcctagtgggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctct 35423863  T
Q  218 tgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgtt 317  Q
     || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||  | |||||  |||||||||| ||||| | |    
T  35423864 cgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggt 35423963  T
Q  318 gtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaacta 417  Q
    ||  ||||||| |||||||||||| || ||||| || | | |||||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  35423964 gtgacccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaacta 35424063  T
Q  418 taggatatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35424064 taggatatattcctcctggtaaagttctt 35424092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 140
Target Start/End: Original strand, 35370245 - 35370362
Alignment:
Q  24 gctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga-tttcaaggctattgtttttgag 122  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||  || ||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  35370245 gctttaggaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttgattataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgag 35370344  T
Q  123 ttcatgcctaaggggagt 140  Q
    |||||||| || ||||||    
T  35370345 ttcatgcccaatgggagt 35370362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 142
Target Start/End: Original strand, 35437060 - 35437130
Alignment:
Q  72 tgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtct 142  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  35437060 tgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcctatggggagtct 35437130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 29623342 - 29622904
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    |||||||||  || |||||| || || ||||||||||||| ||| | |||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29623342 agagtttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaaga 29623243  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  29623242 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaa 29623143  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||  |||    
T  29623142 aggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttc 29623043  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||| || || | ||||||||||| |||||| | | ||| ||    
T  29623042 ttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggattagctaggctcattaatggatcctcaaaccattcaagtaatgatcaaattacttcttc 29622943  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaa 439  Q
     || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29622942 cacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaa 29622904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 30662998 - 30663436
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||  | || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  30662998 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacga 30663097  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663098 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30663197  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||| ||  | | |||  |||    
T  30663198 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30663297  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30663298 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30663397  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaa 439  Q
     || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30663398 cacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaa 30663436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 30671678 - 30672116
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||  | || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  30671678 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacga 30671777  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671778 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30671877  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||| ||  | | |||  |||    
T  30671878 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30671977  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30671978 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30672077  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaa 439  Q
     || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30672078 cacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaa 30672116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 30626047 - 30626485
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||  | || |||||||||||  | |||||||| ||||| ||    
T  30626047 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagaatagattataagggtgacga 30626146  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626147 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30626246  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  |||||||| |||||||| ||  | | |||  |||    
T  30626247 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30626346  T
Q  301 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 400  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30626347 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30626446  T
Q  401 tactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaa 439  Q
     || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30626447 cacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaa 30626485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 65 - 335
Target Start/End: Original strand, 1153786 - 1154056
Alignment:
Q  65 gacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataac 164  Q
    ||||||||| |||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||      
T  1153786 gacttgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatatt 1153885  T
Q  165 gaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaag 264  Q
    |||||||||| || ||| |||||||  |||||| ||||| ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  1153886 gaagggtctgaaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaag 1153985  T
Q  265 ccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagac 335  Q
        ||||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  1153986 ttacagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacaatgtagcccacttgggagac 1154056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 405 - 532
Target Start/End: Original strand, 1154064 - 1154186
Alignment:
Q  405 attaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagctcttaacttatatccatttttggttagtacctttaagaaatttagcaatgctaatttattgt 504  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||     |||||||  | |||| || |||| |||||||| ||| |||||||||||| |    
T  1154064 attaaaggaacaataggatatattcctcctggtaaagttcttaa-----atccattaatagttactatctttcagaaatttggcattgctaatttattat 1154158  T
Q  505 tatttatatcagatatgaccctcaatgt 532  Q
    |||||| || || ||||||| |||||||    
T  1154159 tatttaaattagttatgaccatcaatgt 1154186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 322 - 446
Target Start/End: Original strand, 15294046 - 15294170
Alignment:
Q  322 cccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactatagg 421  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  15294046 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15294145  T
Q  422 atatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  15294146 atatattcctcctggtaaagttctt 15294170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 322 - 446
Target Start/End: Original strand, 15474415 - 15474539
Alignment:
Q  322 cccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactatagg 421  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  15474415 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15474514  T
Q  422 atatattcctcctggtaaagctctt 446  Q
    |||||||||||||||||||| ||||    
T  15474515 atatattcctcctggtaaagttctt 15474539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 13564606 - 13564895
Alignment:
Q  1 agagtttcacagctgaatgtgaagctttaggaaagatgaagcacagaaatcttgcaaagatcttgacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 100  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||  |  |||  ||||||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  13564606 agagttttacggctgaatgcaaagctttaggaaagatgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttcaagtattgataataagggtgacga 13564705  T
Q  101 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||  ||| || |||| |||||||| |  | |||    
T  13564706 tttcaaggctattgtttttgagttcatgtctaatggtagtctagaaaagatgttgcacaataacgaaggaactgaaaatcattatctcagcttttctcaa 13564805  T
Q  201 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 300  Q
    ||| | ||||            ||||| ||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  13564806 agggtggaca------------tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttaggtcattgtgatgttaagccgagcaacgttc 13564893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University