View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10396_low_6 (Length: 453)

Name: NF10396_low_6
Description: NF10396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10396_low_6
NF10396_low_6
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (16-442)||(35934198-35934624)
chr3 (16-440)||(35939766-35940187)
chr3 (16-442)||(35914419-35914846)
chr3 (16-442)||(35927372-35927811)
chr3 (16-435)||(35920795-35921218)
chr3 (16-442)||(35909981-35910411)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (213-374)||(21285096-21285260)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 35934624 - 35934198
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtacttcaaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35934624 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaacttcatgattatttgtacttcaaa 35934525  T
Q  116 tttttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35934524 tttttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatga 35934425  T
Q  216 gttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagatagacttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35934424 gttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagatagacttc 35934325  T
Q  316 tataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactatggta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35934324 tataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactatggta 35934225  T
Q  416 ttgcctatctaaatagaccacaggttc 442  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  35934224 ttgcctatctaaatagaccagaggttc 35934198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 16 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 35940187 - 35939766
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtacttcaaa 115  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| ||   ||| ||||| |  ||    
T  35940187 tcaaaggcatttctgtatgttgatcaaacttcaaaagactaataatgcaatataaatcacaatctcatatatctaacttcat---tatctgtacatacaa 35940091  T
Q  116 tttttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatga 215  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35940090 aatttcagttagggaatgcttggattgatgatgctacaagtttaaaggggttatatgataacttgtggactcatgctttgaactcggatcaaactcatga 35939991  T
Q  216 gttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagatagacttc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||   ||  | || | |||||||||||||||||||||| |    
T  35939990 gttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcagcaatttgtaccaatgcaatgaatatgtccatgattgagaaaggaaagatagactcc 35939891  T
Q  316 tataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactatggta 415  Q
    | |||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  35939890 tttaacatctatgctccattatgtcacgactctactctgaaaaatggttcaactggttatgtaagtaatgatcttgacccttgttctgattactatggca 35939791  T
Q  416 ttgcctatctaaatagaccacaggt 440  Q
     ||||||||||||||||||| ||||    
T  35939790 ctgcctatctaaatagaccagaggt 35939766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 35914846 - 35914419
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtact-tcaa 114  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||  | | | |||| | |||||||||| ||||| | |||  | ||    
T  35914846 tcaaaggcatttctgtatgttgttcaaactttgaaagactaataatgcaatataactgtcaacctcataaatctaactttatcattatctttacaataaa 35914747  T
Q  115 atttttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatg 214  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   | |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  35914746 aaatttcagatagggaatgcttggattgatgatgccacaggtttaagggggttatttgattacctttggactcatgcgttgaactcggatcaaactcatg 35914647  T
Q  215 agttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagatagactt 314  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    ||||   |||| ||||||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||||     
T  35914646 agttgattgagaagtattgtgacttcacttctgaaaacgtttcatcaatttgtatcaatgcaacacataaggccttccttgagcaaggaaagatagactc 35914547  T
Q  315 ctataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactatggt 414  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  35914546 ctataacatctatgctccactatgtcatgactcttctctcaaaaatggctcaactggttatgtaactaatgactttgacccttgttctgattactatggt 35914447  T
Q  415 attgcctatctaaatagaccacaggttc 442  Q
      |||||||||||||| |||| ||||||    
T  35914446 gctgcctatctaaatacaccagaggttc 35914419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 35927811 - 35927372
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtacttcaaa 115  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| ||  ||| ||| |||||||| ||| |||| | |||||||||| ||||| | ||||| |||    
T  35927811 tcaaaggcatttctgtatgttcttcaaacttcaaaagaccaagtatgaaatgtaactcacaatctcataaatctaactttattattatctttactttaaa 35927712  T
Q  116 tt-tttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatg 214  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35927711 aaatttcagatagggaatgcttggattgatgatgccacaagtttgaaggggttatttgattacttttggactcatgctttgaattcagatcaaactcatg 35927612  T
Q  215 agttgattgagaagtactgtgacttcactaaaca------------aaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaagg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    |            ||||  |||| |||| || | ||||||||||||| |||| | || |||||||||    
T  35927611 agttgattgagaagtactgtgacttcactgttgacttcactagtggaaatacttcagcaatatgcaacaatgtaacagatagggcttacactgagaaagg 35927512  T
Q  303 aaagatagacttctataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttct 402  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35927511 aaagatagatttctataacatctacgctccattgtgtcacgactcttctttgaaaaatggttcaactggttatgtaagtaatgattttgacccttgttct 35927412  T
Q  403 gataactatggtattgcctatctaaatagaccacaggttc 442  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  35927411 gattactatggcattgcctatttaaatagaccagaggttc 35927372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 16 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 35921218 - 35920795
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtacttcaaa 115  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||||||||| |||||||||| | ||| ||||   ||||  | || ||||| | ||||| |||    
T  35921218 tcaaaggcatttctgtatgttgttcaaacttcgaatgactaataatgaaatataactcgcaatctcataattctaatctcattattatctatacttaaaa 35921119  T
Q  116 tt-tttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatg 214  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |   |||||| ||| |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35921118 aaatttcagatagggaatgcttggattgatgatgcgacgaatttaaaggggatatatgataacttgtggactcatgctttaaactcagatcaaactcatg 35921019  T
Q  215 agttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaatgtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagatagactt 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||| ||||| ||| |||  ||||||| |||||| ||||||||||||| |    
T  35921018 agttgattgagaagtactgtgacttcactaaagaaaatgtttcagcaatttgtaacaatgcaactgataaggccttcgttgagacaggaaagatagacat 35920919  T
Q  315 ctataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttc---aactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactat 411  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35920918 ctataacatccatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttctagtactggttacgtaagcaatgattttgacccttgttctgattactat 35920819  T
Q  412 ggtattgcctatctaaatagacca 435  Q
    | || |||||||||||||||||||    
T  35920818 gttactgcctatctaaatagacca 35920795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 35910411 - 35909981
Alignment:
Q  16 tcaaaggcatatctgtatgttgatcaatcttcaaaagactaataatgcaatataactcactatcacatataactaactttatgattatttgtacttcaaa 115  Q
    |||||||||| |||||||| |  || | ||||||||||| ||  ||| ||| |||||||| ||| |||| | ||||||| |  ||||| | ||||| |||    
T  35910411 tcaaaggcatttctgtatgattttccaacttcaaaagaccaagtatgaaatgtaactcacaatctcataaatctaacttcagtattatctttactttaaa 35910312  T
Q  116 tt-tttcagatagggaatgcttggattgatgatgctacaggtgacaaggggttatttgattacttctggactcatgctttgaactcagatcaaactcatg 214  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910311 aaatttcagatagggaatgcttggattgatgatgccacaagtttaaaggggttttttgattacctttggactcatgctttgaactcagatcaaactcatg 35910212  T
Q  215 agttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaat---gtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagataga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  |||| ||||||||||||||   ||||||     ||||||| ||||  | |||||||||||    
T  35910211 agttgattgagaagtactgtgacttcactactgaaaatgtttcagcaatttgtatcaataatgtaacactaaaggccttctttgaacatggaaagataga 35910112  T
Q  312 cttctataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggttatgtaactaatgattttgacccttgttctgataactat 411  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  35910111 cttatataacatctatgctccattgtgtcatgactcctctctgaaaaatggttcaactggttatgtaagtaatgattttgacccttgttctgattattat 35910012  T
Q  412 ggtattgcctatctaaatagaccacaggttc 442  Q
    |||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  35910011 ggttctgcctatctaaatagaccagaggttc 35909981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 213 - 374
Target Start/End: Original strand, 21285096 - 21285260
Alignment:
Q  213 tgagttgattgagaagtactgtgacttcactaaacaaaattattcaacaatttgtatcaat---gtaacagattgggccttcattgagaaaggaaagata 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||  |||| ||||||||||||||   ||||||     ||||||  ||||  | |||||||||    
T  21285096 tgagttgattgagaagtactgtggcttcactactgaaaatgtttcagcaatttgtatcaataatgtaacactaaaggccttgtttgaacatggaaagata 21285195  T
Q  310 gacttctataacatctatgcgccattgtgtcatgactcttctctgaaaaatggttcaactggtta 374  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21285196 gacttatataacatctatgctccattgtgtcatgactcctctctgaaaaatggttcaactggtta 21285260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University