View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10401_2 (Length: 832)

Name: NF10401_2
Description: NF10401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10401_2
NF10401_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-832)||(28438213-28439037)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 832
Target Start/End: Original strand, 28438213 - 28439037
Alignment:
Q  11 actgctttgccctaaagaggattggttaagtctatgtccggaagagcggtgagtttgacaaaattacagcggtgtatcgtgattctgttaaagttttaaa 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28438213 actgctttgccctaaagaggattggttaagtctatgtccggaagagcggtgagtttaacaaaattacagcggtgtatcgtgattctgttaaagttttaaa 28438312  T
Q  111 gtgtagcatttgtcatatcagaatggttcaccgtgattctgacaatccgaggaagaagtttatttaatcttgggaggaaaagtgaagaatgaaggaatta 210  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28438313 gtgtagcatttgtcaaatcagaatggttcaccgtgattctgacaatccgaggaagaagtttatttaatcttgggaggaaaagtgaagaatgaaggaatta 28438412  T
Q  211 aatgcaagggaatagtactatataattgtccaaatctaaattaaaacatctttttatgagtctgtcttgtttatttattatgttcaaaatcaacatatgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28438413 aatgcaagggaatagtactatataattgtccaaatctaaattaaaacatctttttatgagtctgtcttgtttatttattatgttcaaaatcaacatatgt 28438512  T
Q  311 atgtaatagaagggtca---nnnnnnnnnnngaacaagtagaagggtcattttatatcatatcattttgttgaaaaattcagcatgtgtaatataattgt 407  Q
    |||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28438513 atgtaatagaagggtcattttttttttttttgaacaagtagaagggtcattttatatcatatcattttgttgaaaaattcagcatgtgtaatataattgt 28438612  T
Q  408 caaacttctcttttgtattgat-----nnnnnnnnnnnnnnnttctcttttgcattgataaatttaagcttgatgctagttaatataattgtcacaattc 502  Q
    ||||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28438613 caaacttctcttttgtattgataaaaaaaaataaaaaaaaaattctcttttgcattgataaatttaagcttgatgctagttaatataattgtcacaattc 28438712  T
Q  503 ttttaattaatatatctaattgtttcatatgtttcaaccctccatta-tttttatatgctatccattactagtaatgtgtatcaatctaacgtggaaatt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28438713 ttttaattaatatatctaattgtttcatatgtttctaccctccattattttttatatgctatccattactagtaatgtgtatcaatctaacatggaaatt 28438812  T
Q  602 gagaaagtaatgatttagctatgtagcaccaacatttcatattgatgtcatgtcagtatcagtactgtgtcagtgcctgactcgggcacatgtctcgtta 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28438813 gagaaagtaatgatttagctatgtagcaccgatatttcatattgatgtcatg------tcagtactatgtcagtgcccgactcgggcacatgtctcgtta 28438906  T
Q  702 cattcaaatatttgtattctcattctttgcttattatatattagatattcttcaatggaagaaaaatgtggtgacttgaaaaatgttgcaaactgaatta 801  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28438907 cattcaaatatttgtattctcatcctttgcttattatatattagatattcttcaatggaagaaaaatgtggtgacttgaaaaatgtaccaaactgaatta 28439006  T
Q  802 gaatcagttgattaaattcaggtattgatga 832  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28439007 gaatcagttgattaaattcaggtattgatga 28439037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University