View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10409_high_2 (Length: 447)

Name: NF10409_high_2
Description: NF10409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10409_high_2
NF10409_high_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-447)||(38253500-38253947)
chr2 (1-447)||(43155595-43156042)
chr2 (1-404)||(39651621-39652020)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-447)||(11472919-11473366)
chr1 (281-447)||(28246692-28246858)
chr1 (1-438)||(10465943-10466381)
chr1 (1-438)||(43735595-43736033)
chr1 (1-438)||(7282545-7282983)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-447)||(10124689-10125136)
chr6 (1-447)||(19308378-19308823)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-447)||(25381030-25381477)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-257)||(26281557-26281814)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-438)||(5910155-5910593)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-438)||(25861626-25862065)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 38253947 - 38253500
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253947 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 38253848  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253847 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgcttagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 38253748  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagctt-nnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||    
T  38253747 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaaatgggcttcatgttatatgaagggagt 38253648  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253647 gttaacacttggtatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 38253548  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253547 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 38253500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 43155595 - 43156042
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43155595 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 43155694  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43155695 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgcttagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcaaattttgagaaacttt 43155794  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagctt-nnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||    
T  43155795 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaaatgggcttcatgttatatgaagggagt 43155894  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43155895 gttaacacttggtatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 43155994  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43155995 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 43156042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Original strand, 39651621 - 39652020
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||| | |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  39651621 cttcactaaccaagctcaaggaatggccacggcacttgaagatgtgatgcctgagactcatcatggtttatgcacatggcacttgtttcagaatggagtt 39651720  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||| | ||||||| ||||||  || |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   |    
T  39651721 aaacatcttgggagcttgatgaatggaggaagttttttgctaagagatatcaaagagtgcatgtatgatattgagattgaagcggattttgagaaaaaat 39651820  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagtg 300  Q
    |||| ||| || |   |||   | || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||   ||        |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  39651821 ggttcgac-tggt---caatgattatcttcatgataaaacttggatcatttcaacttatgccattaagataaatgggctgcatgttatatgaaggaagtg 39651916  T
Q  301 ttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaacc 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  39651917 ttaacacttgacatgcgaagtacacaacttaatgaaggtttgaattctcacttcaaatcgagtatgcaaccgaatgtggatatcctacaattcttcaagc 39652016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 11472919 - 11473366
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11472919 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 11473018  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473019 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgcttagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 11473118  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagctt-nnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||    
T  11473119 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaaatgggcttcatgttatatgaagggagt 11473218  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473219 gttaacacttggtatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 11473318  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473319 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 11473366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 281 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 28246858 - 28246692
Alignment:
Q  281 catgttatatgaagggagtgttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaa 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246858 catgttatatgaagggagtgttaacacttggtatgtgaagtacacaagttggtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaa 28246759  T
Q  381 tatcctagaattcttcaaccattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246758 tatcctagaattcttcaaccattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 28246692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10466381 - 10465943
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  10466381 cttcactgaccaagatcaagcaatgtctagggcacttgaagaagtgatgcctgagactcaccatggtttatgcacatggcatttgttgcagaatggaatt 10466282  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  10466281 aaacatcttggaaacaggatgaagaaaggagcttctttgctaacagatttcagcaagtgcatgtatgagattggcattgaagcagattttgagaaagctt 10466182  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagct-tnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||| || || |  ||  |||| ||||||  | | |||||||||  |||  ||||||  |          |||||| ||||||||||||||| ||     
T  10466181 ggtttgacttggtcaatgaacataatcttcatggaacaacttggatcaactcagtttatgaaataaataaaaaatgggctgcatgttatatgaaggaagc 10466082  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||||||| ||  ||||||  ||||||||||     
T  10466081 attaacacttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcactttaaatgttgtctaaaaccgaatttgggtatcctgcaattcttcaaa 10465982  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaa 438  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  10465981 catttcgaaagagttgttggggagaagagagaaaaagaa 10465943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 43736033 - 43735595
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  43736033 cttcactgaccaagatcaagcaatgtctagggcacttgaagaagtgatgcctgagactcaccatggtttatgcacatggcatttgttgcagaatggaatt 43735934  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  43735933 aaacatcttggaaacaggatgaagaaaggagcttctttgctaacagatttcagcaagtgcatgtatgagattggcattgaagcagattttgagaaagctt 43735834  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagct-tnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||| || || |  ||  |||| ||||||  | | |||||||||  |||  ||||||  |          |||||| ||||||||||||||| ||     
T  43735833 ggtttgacttggtcaatgaacataatcttcatggaacaacttggatcaactcagtttatgaaataaataaaaaatgggctgcatgttatatgaaggaagc 43735734  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||||||| ||  ||||||  ||||||||||     
T  43735733 attaacacttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcactttaaatgttgtctaaaaccgaatttgggtatcctgcaattcttcaaa 43735634  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaa 438  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  43735633 catttcgaaagagttgttggggagaagagagaaaaagaa 43735595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 7282983 - 7282545
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  7282983 cttcactgaccaagatcaagcaatgtctagggcacttgaagaagtgatgcctgatactcaccatggtttatgcacatggcatttgttgcagaatggaatt 7282884  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  | || |||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  7282883 aaacatcttggaaacaggatgaagaaatgagcttctttgctaacagatttcagcaagtgcatgtatgagattggcattgaagcagattttgagaaagctt 7282784  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagct-tnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||| || || |  ||  |||| ||||||  | | |||||||||  |||   |||||  |          |||||| ||||||||||||||| ||     
T  7282783 ggtttgacttggtcaatgaacataatcttcatggaacaacttggatcaactcagtctatgaaataaaataaaaatgggctgcatgttatatgaaggaagc 7282684  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||||||| ||  ||||||  ||||||||||     
T  7282683 attaacacttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcactttaaatgttgtctaaaaccgaatttgggtatcctgcaattcttcaaa 7282584  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaa 438  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  7282583 catttcgaaagagttgttggggagaagagagaaaaagaa 7282545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 10125136 - 10124689
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10125136 cttcactaaccaagatcaagcaatggtaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatgccatttgttacaaaatggagtt 10125037  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10125036 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgcttagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 10124937  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagctt-nnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||| |||||||||||||||||||    
T  10124936 ggtttgacatgatccacaaattaaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaaaagggctgcatgttatatgaagggagt 10124837  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124836 gttaacacttggtatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 10124737  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124736 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 10124689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 19308823 - 19308378
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308823 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 19308724  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19308723 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgcttattgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagtttttgagaaacttt 19308624  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagtg 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | |||| ||||||||||||||||||||    
T  19308623 ggtttgacatgatccataaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaat-ggctgcatgttatatgaagggagtg 19308525  T
Q  301 ttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaacc 400  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308524 ttaacacttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaacc 19308425  T
Q  401 attttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  19308424 attttgaaatagttgttgaggagaaacgagcaaaagaattgagttgt 19308378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 25381030 - 25381477
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381030 cttcactgaccaagatcaagcaatggaaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 25381129  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381130 aaacatcttgggaacgtgatgaaggaaggatcttctttgcttagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 25381229  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagctt-nnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          || || ||||||||||||||||| |    
T  25381230 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagcttaaaaaaaaaaggactgcatgttatatgaagggatt 25381329  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381330 gttaacacttggcatgcgaagtatacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaactgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 25381429  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381430 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaattgagttgt 25381477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 26281814 - 26281557
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccga-gactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagt 99  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  26281814 cttcactgacaaagatcgagcaatgacaagggcacttgcagatgtgatgccccaagactcaccatggtttatgcacatgacacttgttacaaagtggagt 26281715  T
Q  100 taaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaactt 199  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |     
T  26281714 taaacatcctggaaacttgatgaagggaggatcttttttacttagagatgtcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcatattttgagaaagtc 26281615  T
Q  200 tggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaactt 257  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||    
T  26281614 tggtttgacttgatcaacgaatttaatattcatgataaatcttgggtcaagtcaactt 26281557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Original strand, 5910155 - 5910593
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||    
T  5910155 cttcactgaccaagatcaaacaatgtctagggcacttgaagaagtgatgcctgagactcaccatggtttatgcacatggcacttgttgcagaatggaatt 5910254  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||    
T  5910255 aaacatcttggaaacaggatgaagaaaggagcttctttgctaacagatttcagcaagtgcatgtatgagattggcattgaagcagattttgagaaagctt 5910354  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagct-tnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggagt 299  Q
    |||||||| || || |  ||  |||| ||||||  | | |||||||||  |||  ||||||  |          |||||| ||||||||||||||| ||     
T  5910355 ggtttgacttggtcaatgaacataatcttcatggaacaacttggatcaactcagtttatgaaataaataaaaaatgggctgcatgttatatgaaggaagc 5910454  T
Q  300 gttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaac 399  Q
     ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||||||| ||| ||||||  ||||||||||     
T  5910455 attaacacttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcactttaaatgttgtctaaaaccgaatttgagtatcctgcaattcttcaaa 5910554  T
Q  400 cattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaa 438  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  5910555 catttcgaaagagttgttggggagaagagagaaaaagaa 5910593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 438
Target Start/End: Original strand, 25861626 - 25862065
Alignment:
Q  1 cttcactgaccaagatcaagcaatggcaagggcagttgcagatgtgatgcccgagactcatcatggtttatgcacatggcatttgttacaaaatggagtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||    
T  25861626 cttcactgaccaagatcaagcaatgtctagggcacttgaagaagtgatgcctgagactcaccatggtttatgcacatggcacttgttgcagaatggaatt 25861725  T
Q  101 aaacatcttgggaacatgatgaagggaggatcttctttgctcagtgatatcaaaaaatgcatgtatgatattgacattgaagcagattttgagaaacttt 200  Q
    ||||||||||| |||| |||||||  ||||  ||||||||| |  ||| |||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  25861726 aaacatcttggaaacaggatgaagaaaggagattctttgctaacagatttcagcaagtgcatgtatgagattgacattgaagcagattttgagaaagctt 25861825  T
Q  201 ggtttgacatgatccacaaatttaatattcatgacaaatcttggatcatttcaacttatgagct--tnnnnnnnntgggcttcatgttatatgaagggag 298  Q
    |||||||| || || |  |   |||| ||||||  | | |||||||||  |||  ||||||  |           |||||| ||||||||||||||| ||    
T  25861826 ggtttgacttggtcaatgagcataatcttcatggaacaacttggatcaactcagtttatgaaataaaaaaaaaaatgggctgcatgttatatgaaggaag 25861925  T
Q  299 tgttaacacttgatatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcacttcaagtcttgtatgaaaccgaatgtgaatatcctagaattcttcaa 398  Q
      |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||| | ||||||||| ||  ||||||  ||||||||||    
T  25861926 cattaacatttggcatgcgaagtacacaagttagtgaaagtttgaatgctcactttaaatgttgtctaaaaccgaatttgggtatcctgcaattcttcaa 25862025  T
Q  399 ccattttgaaatagttgttgaggagaagagagcaaaagaa 438  Q
     ||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||    
T  25862026 acatttcgaaagagttgttggggagaagagagaaaaagaa 25862065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University