View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1040R-Insertion-1 (Length: 1065)

Name: NF1040R-Insertion-1
Description: NF1040R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1040R-Insertion-1
NF1040R-Insertion-1
[»] chr4 (40 HSPs)
chr4 (9-1061)||(546596-547664)
chr4 (34-834)||(55908104-55908901)
chr4 (300-926)||(640748-641371)
chr4 (418-775)||(1548183-1548538)
chr4 (453-854)||(1489153-1489554)
chr4 (529-864)||(1524354-1524686)
chr4 (498-854)||(12121294-12121650)
chr4 (17-390)||(3438009-3438381)
chr4 (660-854)||(1537766-1537960)
chr4 (595-780)||(3438500-3438684)
chr4 (584-927)||(1552690-1553037)
chr4 (439-833)||(8186869-8187263)
chr4 (662-780)||(8184031-8184149)
chr4 (508-712)||(1600467-1600671)
chr4 (661-854)||(1513407-1513597)
chr4 (584-834)||(53761695-53761942)
chr4 (648-927)||(55505095-55505372)
chr4 (442-610)||(1504892-1505060)
chr4 (665-926)||(553312-553574)
chr4 (529-854)||(7225751-7226076)
chr4 (229-390)||(53761356-53761517)
chr4 (663-833)||(7307787-7307957)
chr4 (422-763)||(532186-532521)
chr4 (719-834)||(558424-558539)
chr4 (221-390)||(6006698-6006867)
chr4 (454-869)||(370810-371226)
chr4 (662-746)||(1519143-1519227)
chr4 (421-563)||(570728-570873)
chr4 (670-764)||(659707-659799)
chr4 (695-854)||(1508037-1508196)
chr4 (266-482)||(1527808-1528024)
chr4 (569-633)||(1533898-1533962)
chr4 (662-732)||(12116576-12116646)
chr4 (569-617)||(1495830-1495878)
chr4 (584-635)||(21834301-21834352)
chr4 (719-765)||(566184-566230)
chr4 (792-854)||(644737-644799)
chr4 (412-470)||(8183780-8183838)
chr4 (793-921)||(1545611-1545740)
chr4 (421-478)||(7308169-7308226)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (414-933)||(51113537-51114054)
chr3 (102-834)||(51763890-51764613)
chr3 (453-846)||(13470527-13470917)
chr3 (325-926)||(514392-514994)
chr3 (594-834)||(51120826-51121066)
chr3 (32-231)||(13470109-13470311)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (144-819)||(19467991-19468657)
chr1 (411-635)||(9581193-9581417)
chr1 (416-765)||(9586634-9586980)
chr1 (695-833)||(7554415-7554553)
chr1 (663-759)||(52082582-52082678)
chr1 (274-470)||(33160794-33160990)
chr1 (103-261)||(17352140-17352298)
chr1 (742-832)||(29719004-29719094)
chr1 (891-931)||(43634025-43634065)
chr1 (419-480)||(52082861-52082922)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (34-834)||(1037040-1037837)
chr2 (660-854)||(45245084-45245278)
chr2 (412-591)||(32785526-32785705)
chr2 (662-775)||(32785773-32785886)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (17-557)||(17627415-17627955)
chr8 (450-834)||(18315062-18315446)
chr8 (414-834)||(17636150-17636573)
chr8 (595-833)||(27922435-27922670)
chr8 (507-927)||(32151133-32151551)
chr8 (665-864)||(17628018-17628217)
chr8 (584-765)||(34936086-34936267)
chr8 (660-854)||(21235464-21235658)
chr8 (725-851)||(44736444-44736570)
chr8 (213-291)||(5767216-5767294)
chr8 (213-291)||(14003510-14003588)
chr8 (419-477)||(17643355-17643413)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (165-824)||(41889058-41889717)
chr5 (365-833)||(32267402-32267867)
chr5 (336-830)||(41901213-41901704)
chr5 (277-834)||(20477701-20478255)
chr5 (61-295)||(41900938-41901172)
chr5 (719-864)||(12845489-12845634)
chr5 (667-854)||(38267562-38267749)
chr5 (102-305)||(32267927-32268130)
chr5 (791-832)||(17205527-17205568)
chr5 (584-629)||(28525142-28525187)
chr5 (668-765)||(37937882-37937979)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (567-834)||(530-797)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (411-832)||(10614521-10614939)
chr7 (274-554)||(10169752-10170026)
chr7 (274-554)||(10177277-10177551)
chr7 (453-834)||(15091946-15092324)
chr7 (725-831)||(10170145-10170251)
chr7 (725-831)||(10177670-10177776)
chr7 (358-518)||(10167380-10167534)
chr7 (32-77)||(10615270-10615315)
[»] chr6 (31 HSPs)
chr6 (453-846)||(6415880-6416270)
chr6 (453-834)||(6432087-6432465)
chr6 (529-834)||(7119083-7119385)
chr6 (529-834)||(7131561-7131863)
chr6 (281-833)||(7993805-7994354)
chr6 (454-834)||(6589119-6589496)
chr6 (584-848)||(6402772-6403036)
chr6 (584-826)||(6585160-6585402)
chr6 (584-854)||(14820599-14820869)
chr6 (325-765)||(6410001-6410438)
chr6 (453-851)||(6426420-6426815)
chr6 (719-832)||(6603260-6603373)
chr6 (340-834)||(6594285-6594779)
chr6 (453-834)||(6423143-6423521)
chr6 (604-832)||(19632367-19632595)
chr6 (660-845)||(14818297-14818482)
chr6 (660-770)||(6394854-6394964)
chr6 (494-777)||(9411338-9411618)
chr6 (667-765)||(14802331-14802429)
chr6 (272-390)||(19632785-19632903)
chr6 (274-426)||(6596562-6596714)
chr6 (269-476)||(6602816-6603023)
chr6 (686-848)||(10579761-10579924)
chr6 (665-765)||(11936279-11936379)
chr6 (665-765)||(11948259-11948359)
chr6 (660-711)||(12102315-12102366)
chr6 (695-859)||(491394-491561)
chr6 (584-761)||(6596851-6597028)
chr6 (254-314)||(8913665-8913725)
chr6 (325-427)||(7131947-7132049)
chr6 (336-390)||(10579433-10579487)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (688-833)||(39111-39256)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (585-768)||(1388-1574)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (271-397)||(280-406)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (412-470)||(6808-6866)
[»] scaffold0105 (6 HSPs)
scaffold0105 (412-470)||(731-789)
scaffold0105 (412-470)||(2122-2180)
scaffold0105 (412-470)||(6908-6966)
scaffold0105 (412-470)||(14273-14331)
scaffold0105 (412-470)||(32113-32171)
scaffold0105 (412-470)||(50511-50569)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (596-633)||(88943-88980)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 927; Significance: 0; HSPs: 40)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 927; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1061
Target Start/End: Complemental strand, 547664 - 546596
Alignment:
Q  9 aaggcatgacattagttcgcaccttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547664 aaggcatgacattagttcgcaccttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctc 547565  T
Q  109 tcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgcc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547564 tcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgcc 547465  T
Q  209 aacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaacct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547464 aacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgtttttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaacct 547365  T
Q  309 tagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547364 tagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatg 547265  T
Q  409 gagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagca 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547264 gagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagca 547165  T
Q  509 tcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  547164 tcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatg 547065  T
Q  609 ttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacat 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  547064 ttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgt 546965  T
Q  709 acaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggag 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  546964 acaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggag 546865  T
Q  809 tgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaag 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  546864 tgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagagagatcaatttaagggcttgtaataaagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaag 546765  T
Q  908 gccatcattgagaaagataatagct-catctgg-ttggatttgagc-aaacagagag-atctt-ctgcatcga-gagattatgc-tgctagctgtc-taa 999  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    
T  546764 gccatcattgagaaagataatagctccatctggtttggatttgagcaaaacagagagaatcttcctgcatcgaggagattatgcttgctagctgtcttaa 546665  T
Q  1000 actgc-ttgctga--gttaatctct-aaatgt-agttgtt--atgttttcagatttacttctatgagaa 1061  Q
    ||||| |||||||   ||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  546664 actgctttgctgaagtttaatctctaaaatgtaagttgtttattgttttcagatttacttctatgagaa 546596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 34 - 834
Target Start/End: Original strand, 55908104 - 55908901
Alignment:
Q  34 attgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctattgcaatggaagctattc 133  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||   |||||  || |||||||||   ||||| |  ||||||||||||| || | |||    
T  55908104 attggctcgttggtgagtttgaatggcttaacttgtcttaatttgtcgtctttgcgcatctcggatgaattgcttttttctattgcaatgggaggtcttc 55908203  T
Q  134 ctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttca 233  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||   |||||||| ||||| ||||||||  | ||| || |||||||| |    ||| |||||||| ||||||||    
T  55908204 ctttgagaagacttgtcctccaaaattgcaccggctataattatgttggaatatactctttgttatccaagtgtcg---tatacaacatttggatcttca 55908300  T
Q  234 aaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaat 333  Q
    ||||||    ||| ||| | ||||  ||||    || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| |    |||||| |     
T  55908301 aaatgccacgtttatgaatgatcacgatgtcgcagagttgtctttgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagac 55908400  T
Q  334 ttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctt 433  Q
    |  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||   | |||    |||||||||| |||||||||| ||    
T  55908401 tcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattgaggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattttt 55908500  T
Q  434 tcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccc 533  Q
      | ||||| |||| ||| || |||||| ||||| |||||||| |||   ||||      ||  | |||||| ||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  55908501 cgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttagcttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccc 55908600  T
Q  534 caatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaactta 633  Q
    |||||||||| | |||||||| || |  || | |||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | || |||||||| |||    
T  55908601 caatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaattta 55908700  T
Q  634 tccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactct 733  Q
     || | |||| |  |||||| ||| || |||| |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||  |||  |||||||||||||||    
T  55908701 gcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactct 55908800  T
Q  734 atgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||  | | ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||    
T  55908801 atatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 55908900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 300 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 641371 - 640748
Alignment:
Q  300 tataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaa 399  Q
    ||||||||||||||| |||||  | |||||||| | | ||||||||||||| | | | |||||| ||||||||| ||| || |||||||||  |||        
T  641371 tataaaccttagtcattgtggtaagctcacaaaatcaaccttgtttgcacttgctggaaattgtccttcacttaatgatattaaaatggaatacacgctt 641272  T
Q  400 attgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagag 499  Q
    ||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||| ||| || |||| ||||||||||||| | ||||  ||  ||||||    
T  641271 attggaaaagagagtgcagagaat-ctaattctttcatagattttgttgtacgccgtcagttaaagtgtctccatttggctcataatttttggctaagag 641173  T
Q  500 atgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgtttt 599  Q
    |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||| ||||| |   |||||||||| ||| |||||  | || |||||||||   | |||| | | |||||    
T  641172 atgaaaacataataatgtttgcttccatgttcccaaatttacggttgcttgatttgagtgattgtgatcacgtatctgaag---gaatttttcaagtttt 641076  T
Q  600 aaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaac 699  Q
    ||||| |||||||||  | || |||||||||||| ||  ||||   | ||| |||||| |||||||||| |||||| | || | |||||||||| |||||    
T  641075 aaggatatgttgtaatgttagacatttgaacttagccggttgtgatggagtaaacctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaac 640976  T
Q  700 ttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacag 799  Q
    |||||| ||||||  ||  |||||||||||||||| |||| |||||||| |||  |||| |||||| |  ||||||||||||| |||  | |||| |||     
T  640975 ttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtcattatgtaacaa 640876  T
Q  800 agaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgtt 898  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||||| | |  |||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| |||||  |||||| |    
T  640875 agaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgctaatgtcgttgactcaatggt 640776  T
Q  899 atttttaaggccatcattgagaaagata 926  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  640775 attttcaaggccatcattgagaaagata 640748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 418 - 775
Target Start/End: Original strand, 1548183 - 1548538
Alignment:
Q  418 gagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgt 517  Q
    |||| |||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||| ||||| |||  |||| || | |||||| || |||||||||||| ||||||||| |    
T  1548183 gagacttctaattctttcatggaccttgttgtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatat 1548282  T
Q  518 ttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagat 617  Q
    || |||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||  ||  |||||| || ||  |||||||||| ||||||||   ||||||||||||    
T  1548283 tttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagat 1548379  T
Q  618 aaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaaccta-tttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgt 716  Q
     || || ||||||||| |   | |||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| | |    
T  1548380 tagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 1548479  T
Q  717 caatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttac 775  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  1548480 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgcacttgttac 1548538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 453 - 854
Target Start/End: Original strand, 1489153 - 1489554
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  |   |||||| | ||| |||||||||||||  ||||| || || || | ||||||||||||||| ||||| ||    
T  1489153 ccctcaattaaagtctctccatttgatttcgaattcacgaatacgagatgaaagcatagaaatgattgctgcccttttccccaatttgcaattgcttaat 1489252  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    || | ||||||   |||||||||||||||  ||||||   ||||||||| || ||||| | | || |||||||||||||||   |  | ||||| |  ||    
T  1489253 ttgacttattgctataacatatctgaagaaggtattttccatgttttaaagacatgttctgatattaggcatttgaacttaagaagatctttaggaaaga 1489352  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | || |  |||||||||||||||||||| ||| | || ||| ||||||||||| |||||| ||| ||  | |||||||| | ||| ||||||| | ||||    
T  1489353 agctgtgcggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttg 1489452  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaat 852  Q
      ||||||||||| || | ||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||    
T  1489453 ccgtgggcttttgcaactcttactggaagggtgttttaatgtcacagagaagggagtgaagcatgtgctagaaaaatgcgcacaactaagagagatcaat 1489552  T
Q  853 tt 854  Q
    ||    
T  1489553 tt 1489554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 529 - 864
Target Start/End: Original strand, 1524354 - 1524686
Alignment:
Q  529 ttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattg-tcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttg 627  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | ||||||||||  |||||  | | ||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  1524354 ttccccaatttgcagctgcttgatttaagttattgctcata-cgtatctgaagaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttg 1524452  T
Q  628 aacttatccaattgtt-tagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaa 726  Q
    |||||| |||| |||| ||  |  |||| |  | |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  1524453 aacttagccaactgttctaaaatagaacttcat-ggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaa 1524551  T
Q  727 acactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaa 826  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||   | | ||| | ||||||||||||  ||||||||  ||||| ||||||    
T  1524552 acactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgttattg--cgta-gttgttatgtcacagagaggggagtgaattatgtgatagaaa 1524648  T
Q  827 actgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgt 864  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||| |||| ||||    
T  1524649 actgcacacaactgagagagattaatttgaggggttgt 1524686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 498 - 854
Target Start/End: Original strand, 12121294 - 12121650
Alignment:
Q  498 agatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgtt 597  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||   |||||||||||||||  ||||||   | ||     
T  12121294 agatgaaagcatcaaaaggattgcttccgttttccccaatttgcaattgcttgatttgagtttttgctataacatatctgaagaaggtattttccaagtc 12121393  T
Q  598 ttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtga 697  Q
    ||||||| |||||   |||| | ||||||||||||| ||| |||||||| |  ||| ||     ||||||||||||||||||| ||| | || ||| |||    
T  12121394 ttaaggacatgttccgagattacgcatttgaacttaaccagttgtttaggaaggaagctgcgccgaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttga 12121493  T
Q  698 acttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcac 797  Q
    |||||||| |||||| |||  |||||||||||||||  || ||||||||| ||||  ||||||||||| || | | |||||||   || |||  ||||||    
T  12121494 acttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggcttttgcaactctcactggaatggtgcttttttgtcac 12121593  T
Q  798 agagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||||  |||||||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| ||||    
T  12121594 agagatgggagtgaagcatgtggtagaaaaatgcacacaactaagagagatcgattt 12121650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 390
Target Start/End: Original strand, 3438009 - 3438381
Alignment:
Q  17 acattagttcgcaccttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctat 116  Q
    |||||| ||| ||| | ||||||| |||| || || ||||||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||   || || ||||||||    
T  3438009 acattaattcacacttcattgacttgttggtgagtctgaagggattaacttgtcttgatttgtcgtcttcatgtatcccggatgaattactttcctctat 3438108  T
Q  117 tgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatc 216  Q
    |||||| | || | |||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||| ||| | || | | || |||||||| |||  |||     
T  3438109 tgcaattggaggtcttcctttgagaaggcttgtcctccacaattgcaccggctatagttatgctgaaatcttttctctgttatccaagtgtcaatgtata 3438208  T
Q  217 caacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagt 316  Q
    |||||||| |||||||||||  || | ||| | | | |||  |||||| |  | |||||  |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| | |    
T  3438209 caacatttggatcttcaaaa-acttactttctaaatgatcgccatgttgtcaagttgtccatgtttcatggtgatttggtgtctataaaccttagtgatt 3438307  T
Q  317 gtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaa 390  Q
    ||  |   |||||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  3438308 gttcgatgctcacaaaattagccttattttcactcattagtaattgtccttcacttagtgagataaaaatggaa 3438381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 660 - 854
Target Start/End: Original strand, 1537766 - 1537960
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | || ||| ||||||||||| |||||| ||| |||||  ||||||| | ||| ||||||||| ||||| |||||    
T  1537766 tggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtggg 1537865  T
Q  760 cttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||||| || | |||||||||   |||| || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||    
T  1537866 cttttgcaacttttactggaactttgttatcttgtcacacagaagggagtgaagtatgtgctagaaaaatgcactcaactaagagagatcaattt 1537960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 595 - 780
Target Start/End: Original strand, 3438500 - 3438684
Alignment:
Q  595 gttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtgg 694  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |   |||||||| ||||||  | | || |||||||||||| ||| | |||||||||||      
T  3438500 gttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggaggtat 3438599  T
Q  695 tgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaa 780  Q
    ||| ||||||||||||||  ||  ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  3438600 tgagcttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 3438684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 584 - 927
Target Start/End: Original strand, 1552690 - 1553037
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgttt---agtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcc 680  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||||||| || |||||||||||| || || ||||   || || ||| ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  1552690 gtatttgtgaagttttaag---atgttgtaagattagacatttgaacttagcccatagttttatagaagggaagctacttggactgaactttgaaattcc 1552786  T
Q  681 taaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaa 780  Q
     ||| |||| ||| |||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |  ||||||| |||    
T  1552787 caaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggcttttgcagctgttactagaa 1552886  T
Q  781 gaatg---ttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatg 876  Q
     ||||   || | ||||||| ||||| |||||||| |||||   |||||| |||    | ||||||||||||||||| |  | ||||  | ||||| ||     
T  1552887 caatgtaattattatgtcaccgagaagggagtgaagcatgtcggagaaaattgcttgcaactaagagagatcaatttgaaaggttgtcttaaagtggatc 1552986  T
Q  877 ttaatgccgttgcttcaatgttatttttaaggccatcattgagaaagataa 927  Q
     | |||  ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1552987 atgatgttgttgcttcattggtattttcaaggccatcattgagaaagataa 1553037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 439 - 833
Target Start/End: Original strand, 8186869 - 8187263
Alignment:
Q  439 gattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatt 538  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||||  ||||  | | ||||  ||  ||||  |||||| | || |||||||  ||||| | ||||||||||    
T  8186869 gattttggtgtaagacctcaactgaagtctctcagtttgatttacaattgttggttaagtaatgaaaacctcgaaatgttatcttccttattccccaatt 8186968  T
Q  539 tgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaa 638  Q
    ||||  |||||||||| ||| ||||   | |||||||||||||  |||||||| | ||||| | |||||||||| |||| ||| ||||||||||| || |    
T  8186969 tgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttgaacttagccta 8187068  T
Q  639 ttgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtg 738  Q
     |||  |  |||    || |  ||||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||| ||||||| ||||      
T  8187069 ctgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgca 8187168  T
Q  739 atctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||  | | ||||||| ||| |||||||   ||||| || ||||||||||    
T  8187169 atttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgtcgtaacgtcacagggaagggagtgatggatgtggtaaaaaactgcac 8187263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 662 - 780
Target Start/End: Original strand, 8184031 - 8184149
Alignment:
Q  662 gaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggct 761  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||  ||  |||||  | |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  8184031 gaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggct 8184130  T
Q  762 tttggaattgttactggaa 780  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  8184131 tttggaactgttactggaa 8184149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 508 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 1600671 - 1600467
Alignment:
Q  508 atcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagat 607  Q
    |||| ||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||   |||   |||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||    
T  1600671 atcataatgtttgcttccaattttcccaatttgcaactgcttgatttgagcagttgcattaacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttaaggagat 1600572  T
Q  608 gttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcaca 707  Q
     || ||| || || |||||||||||| || | |||| | || |||| ||    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |    
T  1600571 tttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttcttaaactggaggtgttgaacttgtcata 1600472  T
Q  708 tacaa 712  Q
    |||||    
T  1600471 tacaa 1600467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 661 - 854
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513597
Alignment:
Q  661 ggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggc 760  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || ||| |||||||||||  ||||| |||  |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  761 ttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    ||||| || |  ||||| |||   ||| |  |||||||||||  |||||||| | |||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||    
T  1513507 ttttgcaactcatactgaaag---gttgtattgtcacagagatgggagtgaagcttgtgctagaaaaatgcacacaactgagagagatcaattt 1513597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 584 - 834
Target Start/End: Original strand, 53761695 - 53761942
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||| |  |||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||    
T  53761695 gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcccaa 53761794  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaa 783  Q
      | |||| | |||||||||||  ||| |  || || ||| ||||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||||||| || | |||||| || |     
T  53761795 gctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaa-tattactgaaacat 53761891  T
Q  784 tgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    |||  | ||||||| || || |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  53761892 tgtgataatgtcacggacaagggagtgaaacatgtggaagaaaactgcaca 53761942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 648 - 927
Target Start/End: Original strand, 55505095 - 55505372
Alignment:
Q  648 agtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaag 747  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||  || | |||||| ||||||||||| ||||||  ||  | |||| |||||| ||||||| |||||||    
T  55505095 agtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacgatggaacactttatgtgacctcaaag 55505194  T
Q  748 agttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagaga 847  Q
    | |||| |||| |||||| | |||||| || || |  |     ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  55505195 aattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaatagcg---atgtcacagagaagggagtgaaacacgtgttagaaaactgcacacaactaagagaga 55505291  T
Q  848 tcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaaggccatcattgagaaagataa 927  Q
    |||| || |  | |||| || ||||| ||  || ||  ||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  55505292 tcaacttgaacggttgtgataaagtgcatactagtgttgttgactcaatggtattttcaaggccatcattgagaaagataa 55505372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 442 - 610
Target Start/End: Original strand, 1504892 - 1505060
Alignment:
Q  442 tttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgc 541  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |   ||| ||||  || |||||||||||||| ||| | || ||||| | |||||||||||||    
T  1504892 tttgttgtaggccctcaattaaagtctctccatttgatttttaatccatgtttacgagatgaaagcatccaaacgattgcttccgttttccccaatttgc 1504991  T
Q  542 aactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgtt 610  Q
    || || || |||| |||||||| | |||||||||||||||  ||||||   |||||||||||| |||||    
T  1504992 aattggttaattttagttattgccataacatatctgaagaaggtattttccatgttttaaggacatgtt 1505060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 665 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 553574 - 553312
Alignment:
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||  |||||  ||  |||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  553574 tgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggctttt 553475  T
Q  765 ggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgt 864  Q
    | || ||||  ||    | |||  | |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| | || ||||||||| ||||  ||| ||||    
T  553474 gcaactgttgttgttttattgtagtgatgtcacagataaaggagtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgt 553375  T
Q  865 aat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaaggccatcattgagaaagata 926  Q
     || ||||| |||  ||||  ||||| |||||| ||  || | || |||||||||||||||||    
T  553374 gataaagtgcatgcaaatgttgttgcctcaatggtacattcacggacatcattgagaaagata 553312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 529 - 854
Target Start/End: Original strand, 7225751 - 7226076
Alignment:
Q  529 ttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttga 628  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| || | ||  | |||||| | ||||||  |  ||||| | |||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  7225751 ttccccaatttggagctgcttgatttgagctcttcccataacatgtatgaagaaggggtttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttga 7225850  T
Q  629 acttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaac 728  Q
    |||||||| | |||  |  |||||| |||      ||||||||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||||||||  ||  ||||  ||      
T  7225851 acttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaagg 7225950  T
Q  729 actctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaac 828  Q
    |||   |||||| ||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||   |||||| | ||||| ||||| ||| |||| || ||| ||||||||    
T  7225951 acttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgttttgaggtcaccgagaagggattgaagcacgtggtagaaaac 7226050  T
Q  829 tgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    ||||   | || ||||||||||||||    
T  7226051 tgcaagcaactgagagagatcaattt 7226076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 229 - 390
Target Start/End: Original strand, 53761356 - 53761517
Alignment:
Q  229 cttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactca 328  Q
    |||||||||||| ||||| |||  |||||||||||| |  | ||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||  |||    |  |||    
T  53761356 cttcaaaatgcttattttctgaacaatcaacatgttgtaaatttgtctttgcttcttggtgatttggtgtccataaaccttagtcgttgttataagatca 53761455  T
Q  329 caaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaa 390  Q
    |||| || |||||||||||||| | ||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53761456 caaaattggccttgtttgcacttgctaaaaactgtccttcacttagtgagatcaaaatggaa 53761517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 663 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 7307957 - 7307787
Alignment:
Q  663 aatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctt 762  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||   ||  |||||||| ||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  7307957 aatgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T
Q  763 ttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    ||| |  ||||||||||||  ||||||  ||||||   ||  ||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  7307857 ttgcacctgttactggaaggttgttttattgtcacgatgactggattgaagcatgtggtagaaaactgcac 7307787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 422 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 532521 - 532186
Alignment:
Q  422 attctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttcc 521  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| || ||||||||  |||||| ||  | |  |||  | |||||||||||||| | ||||||| |    
T  532521 attctaattctttgaaggattttgttgtacggcctcagttaaagtctctaaatttgggtatgagtcaatggttgagagatgaaagcattataatgtttgc 532422  T
Q  522 ttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataagg 621  Q
     ||||| ||||||||||| ||  |||| || || || ||||||  |||||||||| ||||  |||||| | | ||||| | |||||||   ||||| ||     
T  532421 atccattttccccaatttacatatgctggacttgagctattgttataacatatctaaagaaggtatttatcaagttttgaagagatgt---aagatcaga 532325  T
Q  622 catttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatg 721  Q
     ||||||||||| ||   | || |  |||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||  | |||||| ||||||||||| ||||||   |  |||    
T  532324 gatttgaacttaacc---tcttcaagagtgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatg 532228  T
Q  722 atgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttt 763  Q
    ||||||  || ||||||| |||||||| |||| ||| |||||    
T  532227 atgaaaagctttatgtgacctcaaagaattgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 719 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 558539 - 558424
Alignment:
Q  719 atgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 818  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||  ||   ||| ||   || ||||| ||||||||||| |||||    
T  558539 atgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttggaactgtatcttcaattttgtatttgcgttacagataaaggagtgaagcatgt 558440  T
Q  819 gctagaaaactgcaca 834  Q
    ||||||||||||||||    
T  558439 gctagaaaactgcaca 558424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 6006867 - 6006698
Alignment:
Q  221 atttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgg 320  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| ||| | ||  ||| || ||| | ||||||  |||||||| |||||||| |||||||||  ||||| | ||||     
T  6006867 atttggatcttcaaagtgctgattttctgaatgattcacacgtccttaagttgtctcggtttcttgctgatttggtgtttataaatattagtaaatgtga 6006768  T
Q  321 gcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaa 390  Q
        ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |  |||||||||| ||| |||||||    
T  6006767 tagcctcacaaatttagccttgtttgcactccttaggaactgtgataaacttagtgaggtcataatggaa 6006698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 454 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 371226 - 370810
Alignment:
Q  454 cctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatt 553  Q
    |||||||| || |||||| |||||||| | ||||||||  |||||||||||  | | | ||||||| |||| || ||||  |||||||| ||  ||| ||    
T  371226 cctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatggttaagagatgaataccttataatgtttgcttcaattttcctgaatttgcagctaattggtt 371127  T
Q  554 taagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaa 653  Q
    | || ||||||  ||||||||||||  ||||||| |||   |||||||  ||||| | |||||| ||||||||||||||| || | || | |  ||||||    
T  371126 tgagctattgtgataacatatctgacaacagtatctgtcgagttttaaatagatggtctaagattaggcatttgaacttagcccactgctcaagagtgaa 371027  T
Q  654 cctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 753  Q
      | | ||| |||||| ||  |||||  ||| | |||||| ||| |||   | ||||||  ||| || ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  371026 gttgtatggtatgaacattagagttctcaaacttgaggtgttgagcttaatagatacaagagtctattatgaagcacttcatgtgatctcaaagagttgt 370927  T
Q  754 tgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca-aagctaagagagatcaat 852  Q
    ||| |||||||| || | |||||| || | |||     | ||||| |||  |||||||| |||||| |  ||||||||||| || || ||||||||||||    
T  370926 tgtcggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacaaagatgggagtgaagcatgtggtgaaaaactgcacacaacctgagagagatcaat 370827  T
Q  853 ttaagggcttgtaataa 869  Q
    ||||| | |||||||||    
T  370826 ttaagcggttgtaataa 370810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 662 - 746
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519227
Alignment:
Q  662 gaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaa 746  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||  || |||||||||||||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaa 1519227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 421 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 570873 - 570728
Alignment:
Q  421 aattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaa---aatgt 517  Q
    ||||||||||||||    ||||| | |||| |||||||||||||||||||    |||||| | ||| ||||  |||| ||||||| ||| |    |||||    
T  570873 aattctaattctttggttgatttggctgtatgccctcaattgaagtctctatccttggctcacaatacatggttaagtgatgaaaacattattataatgt 570774  T
Q  518 ttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattg 563  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  570773 ttgcttccattttccccaatttgcaactacttgatttaagttattg 570728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 670 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 659799 - 659707
Alignment:
Q  670 tttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||||||| || ||||| |||| ||||    
T  659799 tttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggtttt 659707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 695 - 854
Target Start/End: Original strand, 1508037 - 1508196
Alignment:
Q  695 tgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgt 794  Q
    |||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || |  | ||||| |  |||  |   ||    
T  1508037 tgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaactcgtgctggatggttgtgctgcagt 1508136  T
Q  795 cacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    ||| ||||  |||||||| |||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  1508137 caccgagatgggagtgaagcatgcgctagaaaaatgcacacaactaagagagatcaattt 1508196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 482
Target Start/End: Original strand, 1527808 - 1528024
Alignment:
Q  266 ttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgc 365  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||  || ||||||| ||||| | ||||     |||||| |||||||||||||||||||| |||  |||||||     
T  1527808 ttgagttgtcttcgtttcttagtgatttgttgtctataaacattagtaaatgtgatagcctcacacatttagccttgtttgcactccttaagaattgtgt 1527907  T
Q  366 ttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaag 465  Q
       ||| |||||  |||||||||||  |||||  |||||||    ||| |||||||| ||| || | || | |||||||| ||||  |||||||||||||    
T  1527908 gaaactaagtgacgtcaaaatggaatacacaactattgggaaaatgagcgtagagaactcttataccttgatggattttgatgtataccctcaattgaag 1528007  T
Q  466 tctctccatttggctaa 482  Q
    ||||||| ||| |||||    
T  1528008 tctctccgtttagctaa 1528024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 569 - 633
Target Start/End: Original strand, 1533898 - 1533962
Alignment:
Q  569 acatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaactta 633  Q
    |||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  1533898 acatatctgaagaaggtattagtcatgttttaaggagatgttgtaagatgacacatttgaactta 1533962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 662 - 732
Target Start/End: Original strand, 12116576 - 12116646
Alignment:
Q  662 gaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactc 732  Q
    ||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||    
T  12116576 gaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 569 - 617
Target Start/End: Original strand, 1495830 - 1495878
Alignment:
Q  569 acatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagat 617  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  1495830 acatatctgaagaaggtattggtcatgttttaaggagatgttgtaagat 1495878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 584 - 635
Target Start/End: Original strand, 21834301 - 21834352
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatc 635  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  21834301 gtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatc 21834352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 719 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 566230 - 566184
Alignment:
Q  719 atgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  566230 atgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttg 566184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 792 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 644799 - 644737
Alignment:
Q  792 tgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | || ||||||||| ||||    
T  644799 tgtcacggagaaaggagtgaaacatgtggttgaaaaatgcacacaactgagagagatcgattt 644737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Original strand, 8183780 - 8183838
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  8183780 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 8183838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 793 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 1545740 - 1545611
Alignment:
Q  793 gtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaataa-gtgaatgttaatgccgttgctt 891  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||| | || ||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||| |||| |||| ||| ||| |||||   ||||||    
T  1545740 gtcacatagaagggagtgaaagatgcggtaaaaaactgcacacaactaagagtgatcaatttgaggggttgtgataaagtgcatgctaatgttattgctt 1545641  T
Q  892 caatgttatttttaaggccatcattgagaa 921  Q
     | |  |||| | |||||||||||||||||    
T  1545640 tattagtattatcaaggccatcattgagaa 1545611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 421 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 7308226 - 7308169
Alignment:
Q  421 aattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttgg 478  Q
    |||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  7308226 aattctaagtctttggtggattttggtgtaagccctcaactggagtctctccatttgg 7308169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 163; Significance: 2e-86; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 414 - 933
Target Start/End: Original strand, 51113537 - 51114054
Alignment:
Q  414 tgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| | | ||| ||||  |||||||||| ||||||| |    
T  51113537 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcata 51113636  T
Q  514 atgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgta 613  Q
    ||| || ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| | ||||   | | ||||| ||||   |||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  51113637 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag---gtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 51113733  T
Q  614 agataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaat 713  Q
    | || ||||||||||| ||| |  | |||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |  |||||||| |||||||    
T  51113734 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 51113833  T
Q  714 tgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaa 813  Q
     ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||||  |||||||||||||| ||||||||     
T  51113834 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaagggagtgaag 51113933  T
Q  814 catgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaaggccat 912  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||  | ||||| ||| ||||   ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  51113934 catgtggtagaaaaatgcacaaaactaagagagattaatttaaagggttgttttaaagtgcatgctaattttgttgcctcaatgatattttcaaggccat 51114033  T
Q  913 cattgagaaagataatagctc 933  Q
    |||||||| | |||| |||||    
T  51114034 cattgagagaaataacagctc 51114054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 102 - 834
Target Start/End: Original strand, 51763890 - 51764613
Alignment:
Q  102 gttgctctcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtcc 201  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||| | ||| ||||| || ||||||||| |||| |||    ||||||||||||||||||||   ||||||  | |||    
T  51763890 gttgctctactcgattgcaagggaaggtcttcttttgaaaaggcttgtccttcaaatttgcacgggctatagttatgctggaatcatttgtttggtatcc 51763989  T
Q  202 aagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagttta 301  Q
    || || |||| | |  ||||||| ||||||||| |||||| |||| ||| | ||  ||||||| |  | ||||||||||||||| || |||||| ||  |    
T  51763990 aactgtcaacgtttgaaacatttggatcttcaagatgctggttttctgaatgatatacatgttgtaaatttgtctttgtttcttagtaatttggtgtcca 51764089  T
Q  302 taaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaat 401  Q
    |||||||||||   |||    | ||||| || | ||||||| || | || | |||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||      || ||    
T  51764090 taaaccttagtggttgtcctaagctcaccaaatcagccttgcttactcttgctaggtattgtccttcacttggtgagatcaaaatggaa------aacat 51764183  T
Q  402 tgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagat 501  Q
    ||||| |||  |||||||||||||| |||||||   ||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||| || ||| | ||||| ||||  |||| |||    
T  51764184 tgggacggattgtgtagagaattctgattctttggtggactttggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgat 51764283  T
Q  502 gaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaa 601  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | || |||   |  ||||||| |||   || | ||||| |||||||    
T  51764284 gaaagcatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaag---gtgtctgtgaagttttaa 51764380  T
Q  602 ggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaactt 701  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| | |||| |  |||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||  |||||||| |  ||||    
T  51764381 ggagatgttctaagattaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagactt 51764480  T
Q  702 gtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagag 801  Q
    ||||  |||||  ||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||| | |||  | ||||||  |||    
T  51764481 gtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggag 51764580  T
Q  802 aaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    || ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  51764581 aagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcaca 51764613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 453 - 846
Target Start/End: Original strand, 13470527 - 13470917
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||  |||  |||| |||||| |||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  13470527 ccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgat 13470626  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    || | || |||   |  | ||||  |||   |||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||  |  |||||    
T  13470627 ttgaattgttgcaatctcttatcaaaag---gtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtga 13470723  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | ||| |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||  || |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  13470724 agctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattg 13470823  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagag 846  Q
    ||||||||||||| || | ||||| |||   |||  | ||||||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  13470824 ttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagagggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacagctaagagag 13470917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 325 - 926
Target Start/End: Original strand, 514392 - 514994
Alignment:
Q  325 ctcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaatt 424  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||  || ||| ||||||||||||||||||||||| |   |||||  |||||||   |  |||||||||| |    
T  514392 ctcacacatttatccttgtttgcacttgttaagaactgtccttcacttagtgagatcaaaatgaattacacaagtattgggaaacaatgtgtagagaact 514491  T
Q  425 ctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttc 524  Q
    | ||||||||   ||| |||||||| | ||||||||| || |||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||| | | | ||||||| ||||    
T  514492 ccaattctttgttggactttgttgtgaaccctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttataatgtttgcttc 514591  T
Q  525 catgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcat 624  Q
     || ||||| |||||||| ||  ||||||| || ||||||  ||||||||||||  | ||||| ||| | ||||||| |||||| | |||||| ||||||    
T  514592 aattttcccgaatttgcagctaattgatttgagctattgtgataacatatctgacaaaagtatctgtcaagttttaaagagatggtctaagattaggcat 514691  T
Q  625 ttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatg 724  Q
    ||||||||| || | || | |  ||||||  | |  || |||||| ||  |||||  ||| | |||||| ||| |||   | ||||||  ||| | ||||    
T  514692 ttgaacttagcccactgctcaagagtgaagttgtacggtatgaacattagagttctcaaacttgaggtgttgagcttaatagatacaagagtcgacgatg 514791  T
Q  725 aaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctaga 824  Q
    || ||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||| || | |||     | |||||||||  |||||||| |||||| |  |    
T  514792 aagcacttcatgtgatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgtgaaggtatcacagagacgggagtgaagcatgtggtgaa 514891  T
Q  825 aaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttatttttaaggccatcattgagaaag 923  Q
    ||||||||||   || ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||  |||||  |||||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  514892 aaactgcacacgactgagagagatcaatttaagaggttgtaataaagtgcattataatgttgttgccccaatggtattttcaaggccatcattgagaaag 514991  T
Q  924 ata 926  Q
    |||    
T  514992 ata 514994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 594 - 834
Target Start/End: Original strand, 51120826 - 51121066
Alignment:
Q  594 tgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtg 693  Q
    ||||||| ||||||||||||| || || || ||||||||  ||  ||||| |  |||||| ||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  51120826 tgttttatggagatgttgtaacattagacacttgaacttcaccggttgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtg 51120925  T
Q  694 gtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatg 793  Q
     |||||||||| |||||||  ||  ||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  || |||   |||||  |||    
T  51120926 ttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatg 51121025  T
Q  794 tcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51121026 tcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaca 51121066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 32 - 231
Target Start/End: Original strand, 13470109 - 13470311
Alignment:
Q  32 ttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctattgcaatggaagctat 131  Q
    ||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |     ||||||  |||  ||| ||| || |||||||| ||||| | |    
T  13470109 ttattgactctatcatgagtttgaagggcttaacttgtcttgattttcagtttatgaatatctcaaataacttgttctactgtattgcaagggaaggtct 13470208  T
Q  132 tcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcgg---ctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagat 228  Q
    ||||||||  | | ||| ||||| | ||||||| ||   | |||||||||||||||||| | |||| || |||||||| |||   |||||||||||||||    
T  13470209 tcctttgacgaggtttgccctccgacattgttttggcccccatagttatgctggaatatttcgtttgttatccaagtgtcaaggcatccaacatttagat 13470308  T
Q  229 ctt 231  Q
    |||    
T  13470309 ctt 13470311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 147; Significance: 6e-77; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 144 - 819
Target Start/End: Original strand, 19467991 - 19468657
Alignment:
Q  144 gcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgat 243  Q
    |||||||||| || |||| || ||| |||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||   |  | | |||||||| |||||||||  |||||      
T  19467991 gcttgtcctcaaatattgctttggccatagctatgctggaatcttttgtttgttatccaagtgtgcaggtttgcaacatttggatcttcaacgtgctggg 19468090  T
Q  244 tttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgt 343  Q
    ||||||| | ||||  |||||  | | ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| | |||  | | |||||| ||| | ||||||    
T  19468091 tttttgaatgatcactatgttgataagttgtctttgtttcttggtgatttagtgtctataaaccttagtgaatgtatggacctcacatattcaaccttgt 19468190  T
Q  344 ttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattt 443  Q
    || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||   ||||||||||||||||| |||||||   ||||||    
T  19468191 ttacactcgttaggaattgtccttcacttagtgagatcaaaatgga------aaatattgggagtaagagtgtagagaattctgattctttgccggattt 19468284  T
Q  444 tgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaa 543  Q
    || ||||  ||||||||| |||| |||| | |||||| | ||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||     
T  19468285 tggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcataatgtttgcttccatttttcccaatttgcag 19468384  T
Q  544 ctgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtt 643  Q
    ||||||||||| |  |  ||     ||||||| ||||   | |||||| | ||||||||||| |||| ||| || |||||||| |||||| || | ||||    
T  19468385 ctgcttgatttgaactcatgcaaccacatatcggaag---gcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatattaggcatttaaacttagcccactgtt 19468481  T
Q  644 tagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctc 743  Q
     |  |||||| ||| ||||| ||||||||| |||||| ||  |||||||| |||| |||||| ||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  19468482 caagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactttatgtgatctc 19468581  T
Q  744 aaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtg 819  Q
    |||||  |||||||| ||||||||||| ||  |||| |  |||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19468582 aaagaactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtg 19468657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 411 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 9581417 - 9581193
Alignment:
Q  411 gagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatc 510  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| | | |||  |||  |||||||| ||| ||||    
T  9581417 gagtgtcgagaattctaagtctttcaaggatattggtgtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaaacatc 9581318  T
Q  511 aaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgtt 610  Q
    | ||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||  ||||||||||| ||    |||||||| | |||||||  |||||||    
T  9581317 ataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaagatgtt 9581218  T
Q  611 gtaagataaggcatttgaacttatc 635  Q
    || |||| || ||||||||| ||||    
T  9581217 gtcagattagacatttgaacatatc 9581193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 416 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 9586980 - 9586634
Alignment:
Q  416 tagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaat 515  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |   |||  |||  |||||||| ||| ||||| |||    
T  9586980 tagagaattctaaatttttgaaggatattgttgtaagacctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataat 9586881  T
Q  516 gtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaag 615  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||  ||||||||||| ||    |||||||| | ||||||   ||||||||| ||    
T  9586880 gtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcag 9586781  T
Q  616 ataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattg 715  Q
    || || ||||||||| ||||   |||||     || |||||| ||| ||| || |||||||| || ||  | |||||| ||||||||||| |||||  ||    
T  9586780 attagacatttgaacatatc---ttgttctcctgtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatg 9586684  T
Q  716 tcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    | |||||||||||||| ||||||| ||||| || |||| |||| ||||||    
T  9586683 ttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttg 9586634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 695 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 7554553 - 7554415
Alignment:
Q  695 tgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgt 794  Q
    ||||||| ||| |||||| |||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  || |||||||| ||| ||||  | ||||    
T  7554553 tgaacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatgt 7554454  T
Q  795 cacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  7554453 cacagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcac 7554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 663 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 52082678 - 52082582
Alignment:
Q  663 aatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    |||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| | ||||   |  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  52082678 aatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtgatctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 33160990 - 33160794
Alignment:
Q  274 tctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcactta 373  Q
    ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |   ||| ||   |||||| | | ||| |||||| |||| ||||  || ||| |||||||||    
T  33160990 tctttgtttcttgctgctttggtgtctataaaccttaatggatgttggaggctcacagaatcagcattgttttcacttgttacaaactgtccttcactta 33160891  T
Q  374 gtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    |||| ||||||||||||  |||||  |||||||  |||||| ||||| ||  ||||||||| | ||| ||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  33160890 gtgacatcaaaatggaatgcacaactattgggaaagagagtatagagcatgataattctttgacggactttgaagtaagccctcaattaaagtctct 33160794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 17352298 - 17352140
Alignment:
Q  103 ttgctctcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtcca 202  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | | ||||||| || |  |||||||| ||| |||     ||||| |||||||||||||  | || ||| || ||||    
T  17352298 ttgctctcctctattgcaaaggagggttttcctttcaggagacttgtccttcaatattccactggctacagttatgctggaactttttctttgttatcca 17352199  T
Q  203 agtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacat 261  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| |||| ||| | ||||||||    
T  17352198 agtgccaacgtatccaacattaggatcttcaaactgctggttttctgagtgatcaacat 17352140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 742 - 832
Target Start/End: Original strand, 29719004 - 29719094
Alignment:
Q  742 tcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgca 832  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||    
T  29719004 tcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgtatgaatgtcacagagaatggagtgaaacatgtggttcaaaactgca 29719094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 891 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 43634065 - 43634025
Alignment:
Q  891 tcaatgttatttttaaggccatcattgagaaagataatagc 931  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43634065 tcaatggtattttcaaggccatcattgagaaagataatagc 43634025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 419 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 52082922 - 52082861
Alignment:
Q  419 agaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggct 480  Q
    |||| |||||||||||   ||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52082922 agaactctaattctttgctggactttgttgtataccctcaagtgaagtctctccatttggct 52082861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 34 - 834
Target Start/End: Original strand, 1037040 - 1037837
Alignment:
Q  34 attgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctattgcaatggaagctattc 133  Q
    |||| ||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||    ||||  || || ||||||   ||||| |  ||||||||||||| || | |||    
T  1037040 attggctcgttggtgagtttgaatggcttaacttgtcttaatttgtcatctttgcgcatttcggatgaattgcttttttctattgcaatgggaggtcttc 1037139  T
Q  134 ctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttca 233  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||   | |||||| ||||| ||||||||  | ||| || |||||||| |    ||| |||||||| ||||||||    
T  1037140 ctttgagaagacttgtcctccaaaattgcaccagctataattatgttggaatatactctttgttatccaagtgtcg---tatacaacatttggatcttca 1037236  T
Q  234 aaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaat 333  Q
    ||||||    ||| ||| | ||||  ||||    || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| |    |||||| |     
T  1037237 aaatgccacgtttatgaatgatcacgatgtcgcagagttgtctttgtttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtagcatgctcacagac 1037336  T
Q  334 ttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctt 433  Q
    |  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||   | |||    |||||||||| |||||||||||||    
T  1037337 tcggccatgtttgcactcgttaggaattgtccttcacttattgaggtcaaaatggaacacacaagtttgggggaaaagagtgtagataattctaattctt 1037436  T
Q  434 tcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccc 533  Q
      | ||||| |||| ||| || |||||| ||||| ||||||||  ||   ||||      ||  | |||||| ||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  1037437 cgatggattgtgttttaaaccatcaattaaagtcactccatttaacttgcaattttcagttactaaatgaaaacatcatattgtttgcttccattttccc 1037536  T
Q  534 caatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaactta 633  Q
    |||||||||| | |||||||| || |  || | |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||    
T  1037537 caatttgcaatttcttgatttgagctcctgccataacatatctgaagaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaattta 1037636  T
Q  634 tccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactct 733  Q
     || | | || |  |||||| ||| || |||| |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||  |||  |||||||||||||||    
T  1037637 gcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactct 1037736  T
Q  734 atgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||  | | ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||    
T  1037737 atatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 1037836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 660 - 854
Target Start/End: Original strand, 45245084 - 45245278
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||| | ||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  45245084 tggaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtggg 45245183  T
Q  760 cttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||||| || | ||| || || |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||| | || | ||||||||||||    
T  45245184 cttttgcaactattattgaaaaaatgttatcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaacttacagagatcaattt 45245278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 412 - 591
Target Start/End: Original strand, 32785526 - 32785705
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatca 511  Q
    |||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||   ||||  ||  ||||||||||||||||||    
T  32785526 agtgtacaaaattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatca 32785625  T
Q  512 aaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgt 591  Q
      |||||| |||| || ||  ||||||||||||| |||||||| || |||||   |||||||||||||||  ||||||||    
T  32785626 ggatgttttcttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgt 32785705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 662 - 775
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785886
Alignment:
Q  662 gaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggct 761  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||   |  |||||||| |||| |||||||||||||  |||| |  ||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggct 32785872  T
Q  762 tttggaattgttac 775  Q
    |||| || ||||||    
T  32785873 tttgaaactgttac 32785886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 1e-71; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 557
Target Start/End: Original strand, 17627415 - 17627955
Alignment:
Q  17 acattagttcgcaccttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctat 116  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| || || ||||||| || |||||   ||||||||| | || ||  || ||||| |||||||| ||||| |||||    
T  17627415 acatcagttcacactttactgactcgctggtgagtttgaaagggttaacaaatcttgatttgccgtttttgcgcatctcagatatgttcctctcttctat 17627514  T
Q  117 tgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatc 216  Q
    |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||  | ||||  |   |||||||||| ||||||||| || ||| || |||| ||| |||  ||||    
T  17627515 tgcaattgaagttatttctttgagaaggcttgtcctcagagattgcattaactatagttattctggaatattttctttgttatccatgtgtcaatgtatc 17627614  T
Q  217 caacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagt 316  Q
    |||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||| || |||| |||||||  ||||||||| |||||| || | ||||||||||| | |    
T  17627615 caacatttggatcttcagtatgcttattttttgaataatcaacatatttttgagttgtcttcatttcttggtaatttggtgtctgtaaaccttagttatt 17627714  T
Q  317 gtgggcaactc-acaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtg 415  Q
    || ||   ||| || |||  |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||  ||||   ||||||   ||||||     
T  17627715 gtcggatgctcgacgaatc-agccttgttttcactcgttagtaaatgtccttcacttaatgagataaaaatggaatgcacatctattggggaagagagtc 17627813  T
Q  416 tagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaat 515  Q
    || ||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||   |||||||   || | ||||||| |||||||||    
T  17627814 taaagaattctaattctttggtggatttcgttgtaagccctcaattaaaatctctctatttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaat 17627913  T
Q  516 gtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaag 557  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17627914 gtttgcttccattttccccaatttgcaactgcttgatttaag 17627955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 450 - 834
Target Start/End: Original strand, 18315062 - 18315446
Alignment:
Q  450 aagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgctt 549  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||  ||   ||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  18315062 aagccctcaattaaagtctctccgttttacttgcaattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgctt 18315161  T
Q  550 gatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtag 649  Q
    ||||| || || ||   ||||||| |||||||  |||||||| | |||||| | || |||| | |||| || || ||||||||| |   |  || |  |     
T  18315162 gatttgagctactgcgataacatacctgaagaaggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaa 18315261  T
Q  650 tgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagag 749  Q
    |||| |||  ||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18315262 tgaagctacgtggaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagag 18315361  T
Q  750 ttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    |||| || |||||||| || ||||| |||||   |||| | ||||||||||||||||||  ||  ||||| ||||||||||||||    
T  18315362 ttgtcgtaggcttttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcaca 18315446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 414 - 834
Target Start/End: Original strand, 17636150 - 17636573
Alignment:
Q  414 tgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||  |||||||||||||| ||| |    
T  17636150 tgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagagatgaaagcctcata 17636249  T
Q  514 atgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgta 613  Q
    | | |   | |||| |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||   ||| ||||| ||  |  |||||||| | ||||||||| |||||| ||    
T  17636250 aagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttcta 17636349  T
Q  614 agataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttgga----atgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacata 709  Q
    | || |||||||||||||||  |   |||| |  |||||| |||  | ||    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |    
T  17636350 atattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaa 17636449  T
Q  710 caattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagt 809  Q
    ||   ||  | |||||| || | |||||||||||||||||||||  | | |||||| |||||| ||| ||| | ||| || ||||||| |||||||||||    
T  17636450 caggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgtcttagacttttgcaattgtcacttgaatattgtgttaatgtcac-gagaaaggagt 17636548  T
Q  810 gaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||    
T  17636549 gaggcatgtgctagaaaattgcaca 17636573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 595 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 27922670 - 27922435
Alignment:
Q  595 gttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtgg 694  Q
    |||||| ||| ||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||| | | ||||| |||   | |||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  27922670 gttttagggatatgctgtaacattagacatttgaacttatccaagtgttcaatggtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgt 27922574  T
Q  695 tgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgt 794  Q
    ||||||||||| |||||| |||  |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | |||  | || |    
T  27922573 tgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttgaaaattgtaatgattt 27922474  T
Q  795 cacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    |||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27922473 cacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcac 27922435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 507 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 32151551 - 32151133
Alignment:
Q  507 catcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggaga 606  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||||||  | |||||| | ||||||||   |    
T  32151551 catcaaaatgtttgcttccattttccctaatttgcaactgcttgatttgaggtgttgccataacatatctgaagaaggaatttgtcaagttttaag---a 32151455  T
Q  607 tgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcac 706  Q
    || | | |||| ||||||||||| ||  ||   ||||||   ||||| ||   |||||||||||| |||||| | ||  |||||||| | |||||||||     
T  32151454 tgctctgagattaggcatttgaatttcaccggctgtttacatgtgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcat 32151355  T
Q  707 atacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaagg 806  Q
     |||||   |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||     |||    ||||||||||||| ||    
T  32151354 gtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgttattggtgtcttgtaaatatgtcacagagaaggg 32151255  T
Q  807 agtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgtaat-aagtgaatgttaatgccgttgcttcaatgttattttta 905  Q
     ||||| ||||||    ||||||| | | | || || |||||||||||||||| |||| || ||||| ||| | ||   |||| |  |||| |||||| |    
T  32151254 ggtgaagcatgtgaggaaaaactgtatacaactgagggagatcaatttaaggggttgtgatcaagtgcatgctgatattgttgataaaatggtattttca 32151155  T
Q  906 aggccatcattgagaaagataa 927  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  32151154 aggccatcattgagaaagataa 32151133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 665 - 864
Target Start/End: Original strand, 17628018 - 17628217
Alignment:
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||  ||||| || |||||  |||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  17628018 tgaactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggctctt 17628117  T
Q  765 ggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgt 864  Q
    | || | ||||| |||   |||     ||||||||| || |||||||| |||||| |  ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| ||||    
T  17628118 gaaactattactagaattttgtaaaggtgtcacagacaagggagtgaagcatgtgttgaaaaactgcacacagctgagggagatcagtttaaggggttgt 17628217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 584 - 765
Target Start/End: Original strand, 34936086 - 34936267
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| | || || |||||| ||||  || |||||| |  |||||||||     |||||| |||||| ||||| ||    
T  34936086 gtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttccaaa 34936185  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    | | |||||| || |||||||| ||||||  ||  ||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34936186 actagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttg 34936267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 660 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 21235658 - 21235464
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||   ||  || | |||  ||||||| |||| |||||||| ||| |  ||    
T  21235658 tggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcagg 21235559  T
Q  760 cttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||||| || ||||||| ||  | |||| | |||||||  | | ||| ||||| |||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||    
T  21235558 cttttgcaactgttacttgagcattgttattatgtcactaaaagaggcgtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaactgagggagatcaattt 21235464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 725 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736444
Alignment:
Q  725 aaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctaga 824  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||    | |||| | ||||||||  ||| ||||||||||||||  ||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgtaactggtattgagctattgttataatgtcacaacgaagggagtgaaacatgttgtaga 44736471  T
Q  825 aaactgcacaaagctaagagagatcaa 851  Q
    ||| || ||| | ||||||||||||||    
T  44736470 aaattgtacacaactaagagagatcaa 44736444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 213 - 291
Target Start/End: Original strand, 5767216 - 5767294
Alignment:
Q  213 tatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgat 291  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| | ||||   ||||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  5767216 tatccaacatttggatcttcaatatactgattttttgaatgatcattgtgttgctgagttgtctttgtttcttggtgat 5767294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 213 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 14003588 - 14003510
Alignment:
Q  213 tatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgat 291  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || |  ||| |||||||||||||||||||||    
T  14003588 tatccaacatttggatcttcaatatgctgattttttgaatgatcattgtgctgctgagttgtctttgtttcttggtgat 14003510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 477
Target Start/End: Original strand, 17643355 - 17643413
Alignment:
Q  419 agaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttg 477  Q
    |||||||||||||||| | | ||||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17643355 agaattctaattctttgatgaatttcattctaagccctcaatttaagtctctccatttg 17643413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 116; Significance: 2e-58; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 165 - 824
Target Start/End: Original strand, 41889058 - 41889717
Alignment:
Q  165 cggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgtt 264  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||  | ||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||  || |||| ||| | || ||||||||    
T  41889058 cggctttagttatgctggaatcttttgtttactatccaagtgtgaacatatccaacttttggatcttcaaaatattgtttttctgaatcataaacatgtt 41889157  T
Q  265 cttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtg 364  Q
     | || |||||||  ||||||||||||||||  | ||||||| | | ||| |||  |  ||||||| | | ||| || ||||||||  |||  ||||||     
T  41889158 gtggagttgtcttcatttcttggtgatttggtatctataaacttgaatcattgttcgatactcacagaatcagcattctttgcacttcttaagaattgtc 41889257  T
Q  365 cttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaa 464  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||| |||    ||||| |   ||||| || |||  ||||| ||||| | ||||||||||| |  ||||||||| ||    
T  41889258 cttcactttgtgttatcaaaatggaacacacgtgtattggaaaatagagtctaaagagctctaaatctttgatggattttgttgcataccctcaattaaa 41889357  T
Q  465 gtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgt 564  Q
    |  ||| | ||||||| ||||| ||||  ||  |||||||  ||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||  |||||    
T  41889358 gcatcttcgtttggctcaaaatccatggttatcagatgaagacatcataatgtttgcttccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgt 41889457  T
Q  565 cgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaa 664  Q
     ||  ||||| ||| ||  |||||  | | |||||||||| ||||||||| || ||  ||||||||||||||   |||| | ||||||| ||| ||| ||    
T  41889458 tgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattagatatttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaa 41889557  T
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||  ||  ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||     
T  41889558 tgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttc 41889657  T
Q  765 ggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctaga 824  Q
    | ||||||||||  || | |||| | |||||||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  41889658 gaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaatcatgtggtaga 41889717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 365 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 32267867 - 32267402
Alignment:
Q  365 cttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaa 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||   ||||| |||||| |||||| ||||| | |||||||||||   |||||||||| ||    
T  32267867 cttcacttagtgagatcaaaatggaacacacatgtattgggaaaaagagtctagagagttctaaatctttgatggattttgttgcttgccctcaattaaa 32267768  T
Q  465 gtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgt 564  Q
    || ||| | ||||||| | ||| ||||  ||   ||||||   ||||  ||| || ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||  |||||    
T  32267767 gtatcttcgtttggctcacaatccatggctatttgatgaatatatcaccatgcttgcttccatcttctccaatttgcagctgcttgatttgagcaattgt 32267668  T
Q  565 cgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaa 664  Q
     ||  ||||||||||||  ||||   | |  ||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||| | |||| |  |||||| |||   | ||    
T  32267667 tgtcgcatatctgaagaaggtatcgttcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaa 32267571  T
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32267570 tgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctttt 32267471  T
Q  765 ggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
    | |||||| |||  || | |||  | || ||||| |||| |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  32267470 gaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaagggagtgaagcatgtagtagaaaactgcac 32267402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 336 - 830
Target Start/End: Original strand, 41901213 - 41901704
Alignment:
Q  336 agccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttc 435  Q
    |||||| |||| |||  |||| |||||| |||||||| |||| ||||| ||||||  ||||   |||||||  |||||| |||||| |||||  |||||     
T  41901213 agccttctttgtacttcttaggaattgtccttcacttggtgatatcaatatggaagacacaggtattgggaaagagagtctagagagttctagatctttg 41901312  T
Q  436 aaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttcccca 535  Q
    | | ||||||||| |  ||||||||| |||| ||| |  |||||| | ||| | ||  ||   ||||||  ||||| ||||||  ||||||| |||||||    
T  41901313 atgaattttgttgcataccctcaattaaagtatcttcgattggctcacaatccgtggttatttgatgaagacatcacaatgttcgcttccattttcccca 41901412  T
Q  536 atttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatc 635  Q
    ||||||| ||||||||||| ||  ||||| ||  ||||| ||||||  |||||  | | ||||||||||  |||||||| || || ||||||||||||||    
T  41901413 atttgcagctgcttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgaagaaggtattgttcaagttttaaggatgtgttgtaacattagacatttgaacttatc 41901512  T
Q  636 caattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctat 735  Q
    ||| ||||   ||||||  |||   | |||  ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||  |||||||| |||| |||    
T  41901513 caagtgttccatagtgagacta---gaaatagactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttat 41901609  T
Q  736 gtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactg 830  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||  |||| |||  | |||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  41901610 atgatctcaaagagttgttgtggacttttgaaattgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 277 - 834
Target Start/End: Original strand, 20477701 - 20478255
Alignment:
Q  277 ttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtg 376  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| |||||| | |||  ||| |||||| | |||||||||| | |||| ||||| || ||| |||||||| |||    
T  20477701 ttgtttcttgcggatttggtgtctataaatcttagtgattgtttgcatctcacagaattagccttgtattcactagttagaaactgtccttcactttgtg 20477800  T
Q  377 agatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccattt 476  Q
    ||||||||||||||  ||||   || ||||  ||||||| || |  |||  |||||||  || | |||| ||||   |||| ||||||||||||| | ||    
T  20477801 agatcaaaatggaatacacatctatcgggaaagagagtgaagggtcttcggattctttggagcagtttggtgtatatcctcgattgaagtctctctactt 20477900  T
Q  477 ggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatct 576  Q
    || | | ||| ||||  |||| |||||||  || | ||| ||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||   ||  ||   |   ||||||    
T  20477901 gggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaatttgcaacatcttgattttccttggtgcaatcgtatatct 20478000  T
Q  577 gaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaag 676  Q
    |||||   ||||||| |  | |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |    |||  |  || ||| ||| ||||||| ||| ||| |     
T  20478001 gaaga---tatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaataaacgttgtaa 20478097  T
Q  677 ttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttact 776  Q
    ||||  |  |||||||| ||||||||||| |||||| |||  |||| |||||| | | ||||||||||| || |||||||||||||||| || |  ||||    
T  20478098 ttccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactact 20478197  T
Q  777 ggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    | || | ||   | ||||||||  |||||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  20478198 gaaaaattgcgataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcaca 20478255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 295
Target Start/End: Original strand, 41900938 - 41901172
Alignment:
Q  61 ttaacttgtcttgattttcggtcttcacgtatctcggatatgttgctctcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaatt 160  Q
    ||||||| |||||||||   ||||||   |||||| ||| |||| |||  ||||||||||||  ||| | | |||||||  | |||||| ||||||||||    
T  41900938 ttaacttctcttgatttattgtcttccaatatctcagatgtgtttctcatctctattgcaatccaaggtctacctttgactaggcttgttctccaaaatt 41901037  T
Q  161 gtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtccaagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaaca 260  Q
    |   ||| ||||||||| |||||||   ||||||  |||||||||| |||||| |  ||||||| |||||| ||||||||| |||| | |   || ||||    
T  41901038 gcaccggttatagttattctggaattatttgtttactgtccaagtgtcaacatttaaaacatttggatcttgaaaatgctgtttttctcaaagatgaaca 41901137  T
Q  261 tgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttgg 295  Q
    |||| | ||  |||||| |||||||||||||||||    
T  41901138 tgttgtggagatgtcttcgtttcttggtgatttgg 41901172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 719 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 12845634 - 12845489
Alignment:
Q  719 atgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 818  Q
    |||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| || ||| |||||   |||||| | |||  | |||| |||||||| |||||||  || ||    
T  12845634 atgatgaagcactatatgcaatctcaaagagttgttgtggtctattgcaattggacctggaaaattgtaatgatgttacagagaagggagtgaggcaagt 12845535  T
Q  819 gctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaagggcttgt 864  Q
    | ||| ||| ||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||    
T  12845534 ggtagcaaaatgcacaaagttgagagagatcaatttgagggattgt 12845489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 667 - 854
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267749
Alignment:
Q  667 aactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgg 766  Q
    |||||||||||||| ||  | |||||| || ||||| |||||||||  ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||  |||||||||||     
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttga 38267661  T
Q  767 aattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    || |||  ||| ||   |||    ||||||| ||||| |||||||  |||||| |  ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  38267662 aactgtcgctgcaactttgtacgaatgtcaccgagaagggagtgatgcatgtggtcaaaaactgcacaaaactcagagagatcaattt 38267749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 32268130 - 32267927
Alignment:
Q  102 gttgctctcctctattgcaatggaagctattcctttgagaaagcttgtcctccaaaattgtttcggctatagttatgctggaatatcttgttttttgtcc 201  Q
    |||||||||||||||||||    ||  | |||||||||  | |||||| |||||| ||||   ||||||||| ||| |||||||   || |||  | |||    
T  32268130 gttgctctcctctattgcataccaatgtcttcctttgacgaggcttgttctccaagattgcaccggctatagctattctggaatcctttctttactatcc 32268031  T
Q  202 aagtgccaacatatccaacatttagatcttcaaaatgctgattttttgactaatcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagttta 301  Q
    ||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| |||   || | |||||| | ||  |||||| |||||||| ||||||||| | ||    
T  32268030 aagtgtcaacatttccaacacttggatcttcaaaatgctgtttttctgaaagatgatcatgttgtggagatgtcttcgtttcttgttgatttggaatcta 32267931  T
Q  302 taaa 305  Q
    ||||    
T  32267930 taaa 32267927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 791 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 17205568 - 17205527
Alignment:
Q  791 atgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgca 832  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  17205568 atgtcacagaaaaaggattgaaacatgtggtagaaaactgca 17205527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 584 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 28525187 - 28525142
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaa 629  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28525187 gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaagatgagggatttgaa 28525142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 668 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937882
Alignment:
Q  668 actttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    ||||||||||||| ||  | |||||| || ||||| |||||||||   |  ||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttg 37937882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 92; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 567 - 834
Target Start/End: Original strand, 530 - 797
Alignment:
Q  567 taacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatg 666  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||   || |||||||| ||| || | |||| |  |||||| ||| || ||||     
T  530 taacatatctgaagaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaata 629  T
Q  667 aactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgg 766  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||      
T  630 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattac 729  T
Q  767 aattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    || ||||||||||| | |||  | | |||| |||||| || |||||||||||  ||||||||||||||    
T  730 aactgttactggaaaattgtgatgaagtcatagagaatggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcaca 797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 9e-42; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 411 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 10614939 - 10614521
Alignment:
Q  411 gagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatc 510  Q
    |||||||||||||||| |||| ||   ||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||   ||  |||| |||||| ||||     
T  10614939 gagtgtagagaattctgattcattggcggagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcatt 10614840  T
Q  511 aaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgtt 610  Q
    | || |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |  |||   |  | ||| |||||   |||||||| | |||||||||| |||||    
T  10614839 ataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttgaatcgttgcaatctcttatatgaag---gtatttgtcaagttttaaggatatgtt 10614743  T
Q  611 gtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatac 710  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || |||||  |  |||||| ||| ||||||||||| |||  ||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||    
T  10614742 gtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatac 10614643  T
Q  711 aattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtg 810  Q
     |  || |||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| || | ||||| |||   | |  | ||||||||||  ||||||||    
T  10614642 gaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctcataatgtcacagaagaaggagtg 10614543  T
Q  811 aaacatgtgctagaaaactgca 832  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  10614542 aaacatgtggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 274 - 554
Target Start/End: Original strand, 10169752 - 10170026
Alignment:
Q  274 tctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcactta 373  Q
    ||||||||| |||||||||| | || | ||||||||||||| |||  | |  ||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  10169752 tctttgtttattggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcactta 10169851  T
Q  374 gtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctcca 473  Q
    ||||||||||||||||      ||| || ||||   ||||| |||| |||||| |||||||   |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |    
T  10169852 gtgagatcaaaatgga------aaatatagggagtaagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctcta 10169945  T
Q  474 tttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgattt 554  Q
    ||||||| | ||| ||||  |||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||| || || |||||| | ||| |||||||    
T  10169946 tttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgattt 10170026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 274 - 554
Target Start/End: Original strand, 10177277 - 10177551
Alignment:
Q  274 tctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcactta 373  Q
    ||||||||| |||||||||| | || | ||||||||||||| |||  | |  ||||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  10177277 tctttgtttattggtgatttagtgtctgtaaaccttagtcaatgtttggagatcacatattcatccttgtttgcactcgttaggaattgtccttcactta 10177376  T
Q  374 gtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctcca 473  Q
    ||||||||||||||||      ||| || ||||   ||||| |||| |||||| |||||||   |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |    
T  10177377 gtgagatcaaaatgga------aaatatagggagtaagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctcta 10177470  T
Q  474 tttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgattt 554  Q
    ||||||| | ||| ||||  |||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||| || || |||||| | ||| |||||||    
T  10177471 tttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgattt 10177551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 453 - 834
Target Start/End: Original strand, 15091946 - 15092324
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||   |  |||| ||||||| ||||| |||  || ||||||| |||||||| ||  | || ||||||    
T  15091946 ccctcaattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagagctacttgat 15092045  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    ||  || ||||   |||||||||| |||   |||||| | | |||||||||| ||||| |||| | |  |||||||||||| |    ||||||   ||||    
T  15092046 ttgggtcattgctataacatatctcaag---gtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtga 15092142  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | |||  |||||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| |||||| | ||||  || |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||    
T  15092143 aactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattg 15092242  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    ||||||||||||| || | ||||| |||   |||| | ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15092243 ttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 15092324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 725 - 831
Target Start/End: Original strand, 10170145 - 10170251
Alignment:
Q  725 aaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctaga 824  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| || | ||  || |  | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  10170145 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10170244  T
Q  825 aaactgc 831  Q
    |||||||    
T  10170245 aaactgc 10170251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 725 - 831
Target Start/End: Original strand, 10177670 - 10177776
Alignment:
Q  725 aaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctaga 824  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| || | ||  || |  | |||  | |||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  10177670 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10177769  T
Q  825 aaactgc 831  Q
    |||||||    
T  10177770 aaactgc 10177776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 358 - 518
Target Start/End: Original strand, 10167380 - 10167534
Alignment:
Q  358 aattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctc 457  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||      || || ||||   ||||| |||| |||||| |||||||   |||||||| ||||  |||||    
T  10167380 aattgtccttcacttagtgagatcaaaatggaa------aatatagggagtaagagtttagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctc 10167473  T
Q  458 aattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtt 518  Q
    |||||||||||||| |||||||| | ||| ||||  |||| ||||||  ||||| ||||||    
T  10167474 aattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataatgtt 10167534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 32 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 10615315 - 10615270
Alignment:
Q  32 ttattgactcgttgatgtgtttgaagggcttaacttgtcttgattt 77  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10615315 ttattgactcattggtgagtttgaagggcttgacttgtcttgattt 10615270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 2e-39; HSPs: 31)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 453 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 6416270 - 6415880
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||  |||  |||| |||||| | |||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  6416270 ccctcaattaaagtctctctatttgggaaaaaataaatggttaagcgatgaaggtatcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgat 6416171  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    || | |  ||||  |  | |||||||||   |||||||| | ||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||||  |  |||||    
T  6416170 ttgaatcgttgtaatctcttatctgaag---gtatttgtcaagttttaaagatatgttgtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtga 6416074  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | |||  ||||||| |||||| |||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||  || |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  6416073 agctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattg 6415974  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagag 846  Q
    | | ||||||||| || | ||||| |||   |||  | ||||||||||    ||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  6415973 tagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtgataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaactaagagag 6415880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 453 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 6432465 - 6432087
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    |||||| || ||||||||| |||||| | | ||||||||  ||||  ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||    
T  6432465 ccctcagttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgat 6432366  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    ||  |||  |||| |   |||  |||||   |||||||| | ||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||| || ||||| ||  |||||    
T  6432365 ttgcgttggtgtcatcgtataaatgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtga 6432269  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | |||  ||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||||||||||| ||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  6432268 agctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattg 6432169  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    |||||||||| || || | || ||| |  | |||  | |||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  6432168 ttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcacacagaagggagtgaaacttgtggtagaaaaatgcaca 6432087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 529 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 7119385 - 7119083
Alignment:
Q  529 ttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttga 628  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| | |  |||   ||||||||||||||   |||||||| | |||||||||||||||| |||||| |  |||||||    
T  7119385 ttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttga 7119289  T
Q  629 acttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaac 728  Q
    ||||| || | |||| |  |||||| ||| |||||||||||||||  ||||   |  |||||||| ||||||||||| |||| |  ||  ||||||||||    
T  7119288 acttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaac 7119189  T
Q  729 actctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaac 828  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | |||||| |||| |||| | |||||||| | |||| |||||||||||||  |||||||    
T  7119188 actccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtgaaacatgtggaagaaaac 7119089  T
Q  829 tgcaca 834  Q
    ||||||    
T  7119088 tgcaca 7119083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 529 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 7131863 - 7131561
Alignment:
Q  529 ttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttga 628  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| | |  |||   ||||||||||||||   |||||||| | |||||||||||||||| |||||| |  |||||||    
T  7131863 ttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaacatttga 7131767  T
Q  629 acttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaac 728  Q
    ||||| || | |||| |  |||||| ||| |||||||||||||||  ||||   |  |||||||| ||||||||||| |||| |  ||  ||||||||||    
T  7131766 acttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaac 7131667  T
Q  729 actctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaac 828  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | |||||| |||| |||| | |||||||| | |||| |||||||||||||  |||||||    
T  7131666 actccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtgaaacatgtggaagaaaac 7131567  T
Q  829 tgcaca 834  Q
    ||||||    
T  7131566 tgcaca 7131561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 281 - 833
Target Start/End: Original strand, 7993805 - 7994354
Alignment:
Q  281 ttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagat 380  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||| ||   |||||| | | |||||||||| |||||||||| || ||| | |||||| |||| ||    
T  7993805 ttcttggtgatttggtgtctataaaccttagtgaatgtcggatgctcacagaatcagccttgttttcactcgttagaaactgtccatcacttcgtgaaat 7993904  T
Q  381 caaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggct 480  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||||||||||||  ||||  || | |||||||  |  |||||||||||||||||||||   ||| |||    
T  7993905 caaaatggaacgcacaaatgttgggatagggagtgtagagaatttcaatttcttgacggattttcctccaagccctcaattgaagtctctttgtttagct 7994004  T
Q  481 aaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaag 580  Q
         |  |    | ||||||| || ||||| | ||||| || |||| ||||| ||||||||  |||| ||||| | || |||   |   ||||||||||    
T  7994005 ctctgtcaacagttgagagatgcaaacatcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaag 7994104  T
Q  581 acagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcc 680  Q
       |||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || || |||||  |  |||||| ||| | ||||||||||||| ||||||    
T  7994105 ---gtatttgttacgttttaaggaaatgttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttcc 7994201  T
Q  681 taaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaa 780  Q
     ||  | |||||| ||||| ||||| ||||||  || ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| || | ||||| |||    
T  7994202 gaagctagaggtgttgaacatgtcaaatacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaa 7994301  T
Q  781 gaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
       |||  | |||| || ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7994302 ctttgtaatgatgttaccgaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcac 7994354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 454 - 834
Target Start/End: Original strand, 6589119 - 6589496
Alignment:
Q  454 cctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatt 553  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  |||| |||| ||  |||| ||||||| ||||||| |||||||||||  |  |||||||||    
T  6589119 cctcaattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatt 6589218  T
Q  554 taagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaa 653  Q
    | | || ||||  |||||||||| |||   |||||||| | || || || |||||||||||||| ||||||||||||||| ||   |||     ||||||    
T  6589219 tcaattcttgtaataacatatctaaag---gtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaa 6589315  T
Q  654 cctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgt 753  Q
     ||| ||||||||||||||| |||||| |   |||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||||||||| | ||||    
T  6589316 gctacttggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctcaaaaaattgt 6589415  T
Q  754 tgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
       |||||| || |||| | |||  ||   |||  | ||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6589416 atagggcttatgcaattatcacttcaactttgtaattatgtcacggaggagggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaca 6589496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 584 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 6403036 - 6402772
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |    |||| |  |||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||  |    
T  6403036 gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttcccca 6402937  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaa 783  Q
    | | || ||| ||||||||||| |||| |  ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || | ||| ||  |||     
T  6402936 actagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactattattgagagat 6402837  T
Q  784 tgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagat 848  Q
    |||| | |||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| ||| | || ||||||||    
T  6402836 tgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaactgagagagat 6402772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 584 - 826
Target Start/End: Original strand, 6585160 - 6585402
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |    |||| |  |||||| ||| ||||||| ||||||  |||| |  |    
T  6585160 gtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttaccca 6585259  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaa 783  Q
     ||||||||  ||||||||||| ||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||| |||      
T  6585260 gttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaaaggt 6585359  T
Q  784 tgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaa 826  Q
    |||    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  6585360 tgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaa 6585402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 584 - 854
Target Start/End: Complemental strand, 14820869 - 14820599
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||||| | | |||||||| |||||||||| | |  ||||||||||||     ||||| || |||||| |||  |||||| ||||||| |||||| ||    
T  14820869 gtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaa 14820770  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaa 783  Q
     || |||||| ||||||| ||| ||||||  ||  || |||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||  ||| ||||| ||| ||    
T  14820769 gttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaa 14820670  T
Q  784 tgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaattt 854  Q
    |||  | ||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||| |||||    
T  14820669 tgtaatgatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagagagattaattt 14820599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 325 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 6410438 - 6410001
Alignment:
Q  325 ctcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaatt 424  Q
    |||||| | ||||||  |||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||   ||||  |||||||  |||||||||| | |||    
T  6410438 ctcacagaattagcccagttttcactcgttagaaattgtccttcacttaatgagatcaaaatgaaaagaacaagtattgggaaagagagtgtagggcatt 6410339  T
Q  425 ctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttc 524  Q
    ||||||||||    || |||| ||||  ||||||||| ||||||||| |||||| | | ||| |||   |||| |||||||  ||||   ||||| ||||    
T  6410338 ctaattctttggttgagtttggtgtataccctcaattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttc 6410239  T
Q  525 catgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcat 624  Q
    ||| || |||||||| ||||| |||||||| |    ||| |   | ||||||||||   |||||||| | ||||||  || |||||||||| | | ||||    
T  6410238 catttttcccaatttacaactacttgatttgacgggttgccagcaaatatctgaag---gtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcat 6410142  T
Q  625 ttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatg 724  Q
    ||| ||||| || ||||   |  |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||  || ||||| |||||| |||| ||||||  ||  ||||||    
T  6410141 ttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatg 6410042  T
Q  725 aaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    |||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  6410041 aaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttg 6410001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 453 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 6426815 - 6426420
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||| || || ||||||    
T  6426815 ccctcaattgaagtctctctatctgggtagaaattcatggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgat 6426716  T
Q  553 tt-aagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtg 651  Q
    || ||| | ||| ||| | ||||||||||   |||||||||| |||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||| |    |||| |   |||    
T  6426715 ttgaaggt-ttgccgtgaaatatctgaag---gtatttgtgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtg 6426620  T
Q  652 aacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagtt 751  Q
    || |||  |||||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| |||||| | ||||   |  ||||||||||  | |||| ||||||||||| ||    
T  6426619 aaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaatt 6426520  T
Q  752 gttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaa 851  Q
    ||||| || ||||| |||| ||||| ||| | |||     |||||||  ||| || |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  6426519 gttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggtgtgaaacaagtggtagaaaactgcacacaactaagaaagatcaa 6426420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 719 - 832
Target Start/End: Original strand, 6603260 - 6603373
Alignment:
Q  719 atgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 818  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| || || | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6603260 atgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgttattatgtcacagagaaaggagtgaaacatgt 6603359  T
Q  819 gctagaaaactgca 832  Q
    | ||||||||||||    
T  6603360 ggtagaaaactgca 6603373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 340 - 834
Target Start/End: Original strand, 6594285 - 6594779
Alignment:
Q  340 ttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaagg 439  Q
    |||||| |||| ||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| || |||| |||||||| || || |||||||||||| | ||    
T  6594285 ttgttttcacttgttagaagttgtcctttacttagtgatatcaaaatggagcgcacaaatatcgggaaggagagtgcagtgagttctaattctttgaggg 6594384  T
Q  440 att---ttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaa 536  Q
    |||   ||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||     |     | | | |||||||| ||||| | ||||| |||| || |||||||     
T  6594385 atttcgttgttgtaaaccctcaattgaagtctctttgtttggctcgctgtgagcacttgaaagatgaaaacatcatattgtttgcttctattttccccac 6594484  T
Q  537 tttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatcc 636  Q
    |||| | ||||||||||| || | ||    | | ||||||||||   |||||||| | |||||||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||||    
T  6594485 tttggagctgcttgatttgaggttttccgatcaaatatctgaag---gtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatcc 6594581  T
Q  637 aattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatg 736  Q
       |||| |  |||||| |||  |||||| ||||||  |||||| ||| |||||||| || |||||||| |||||   ||  ||||||| |||||   ||    
T  6594582 gggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtg 6594681  T
Q  737 tgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  || |   ||| ||| | |||  |||| |||||||| | ||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  6594682 tgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcaca 6594779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 453 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 6423521 - 6423143
Alignment:
Q  453 ccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgat 552  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| | | | ||| ||  |||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||  |||| ||||||    
T  6423521 ccctcaattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgat 6423422  T
Q  553 ttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtga 652  Q
    || |    ||| | | | |||| ||| |   |||||||| |||||||| ||| |||| || || | |  |||||||||||| || |||||  |  |||||    
T  6423421 ttgaagggttgccatcaaatatttgatg---gtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtga 6423325  T
Q  653 acctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttg 752  Q
    | |||  || |||||||||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||  || |  ||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6423324 agctacgtgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttg 6423225  T
Q  753 ttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcaca 834  Q
    ||||||| ||||| || | ||||| ||||| |||  | |||| ||| | |||||| |||||| |||| ||  ||||||||||    
T  6423224 ttgtgggattttgcaactattacttgaagattgtgattatgtaacaaacaaaggactgaaacgtgtggtattaaactgcaca 6423143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 604 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 19632595 - 19632367
Alignment:
Q  604 agatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgt 703  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |    |||| | |||| |||||| ||||||| ||||||  |||||| ||  | |||||| || ||||||    
T  19632595 agatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgt 19632496  T
Q  704 cacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaa 803  Q
    |  ||||||  ||  |||||||   ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||| || | |||  | || ||||||||||    
T  19632495 cgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaa 19632396  T
Q  804 aggagtgaaacatgtgctagaaaactgca 832  Q
     ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  19632395 gggagtgaaacacgtggtagaaaactgca 19632367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 660 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 14818482 - 14818297
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    |||||| ||||||| |||||  || || |||||| ||||||| ||| ||||||  ||  || |||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| ||||    
T  14818482 tggaattaactttgcagttctcaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctggg 14818383  T
Q  760 cttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagaga 845  Q
    ||||||  ||| ||||| ||| | |||  | ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||| |||| |||||    
T  14818382 cttttgcgattattacttgaaaattgtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagaga 14818297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 660 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 6394964 - 6394854
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtggg 759  Q
    |||||||||||||| ||||||  |  |||||||| ||||||||||| ||||||  ||  |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||    
T  6394964 tggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtggg 6394865  T
Q  760 cttttggaatt 770  Q
    |||||| ||||    
T  6394864 cttttgcaatt 6394854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 494 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 9411618 - 9411338
Alignment:
Q  494 taagagatgaaagcatcaaaatgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtga 593  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||    ||| ||||||||||| | ||  ||||||   |    
T  9411618 taagagataaaaacatcaaaaggtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgatttgagcggatgttgtaacatatctaacgaaggtattttgca 9411519  T
Q  594 tgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtt-tagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggt 692  Q
     ||||||||||||||| |||| || || ||||||||| || |   ||||  | || ||||  ||   |||| |||||||||| ||||| ||  |||||||    
T  9411518 ggttttaaggagatgtggtaacattagacatttgaacctagc---ttgtacttgt-gtgacgctcgatggattgaactttgaggttcccaagctggaggt 9411423  T
Q  693 ggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactg 777  Q
    | ||||||||||| |||||  |||    ||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||||||    
T  9411422 gttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtggacttttgcaactgttactg 9411338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 667 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 14802429 - 14802331
Alignment:
Q  667 aactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttg 765  Q
    |||||||||||||| ||  |||| ||| |||| |||||| ||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  14802429 aactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 272 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 19632903 - 19632785
Alignment:
Q  272 tgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcact 371  Q
    |||||||||| | | ||||||||| || ||| ||||||| | | ||| || | |||||| | ||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  19632903 tgtctttgttgcatagtgatttggtgtctatcaaccttaatgactgttggaagctcacagaattatcattgttttcgctcgttagtaattgtccttcact 19632804  T
Q  372 tagtgagatcaaaatggaa 390  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19632803 tagtgagatcaaaatggaa 19632785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 426
Target Start/End: Original strand, 6596562 - 6596714
Alignment:
Q  274 tctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcactta 373  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||| |||      |||||| | | |||| ||||| | ||||| || |||||| |||| ||||    
T  6596562 tctttgtttcttggtgatttggtttctataaaccttaatcattgttcaaggctcacagaatcagccgtgttttccctcgtaagaaattgtccttcgctta 6596661  T
Q  374 gtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattct 426  Q
    |||||||||||||| ||  ||||   ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6596662 gtgagatcaaaatgcaaaacacagctattgggacggagagtgtagagaattct 6596714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 269 - 476
Target Start/End: Original strand, 6602816 - 6603023
Alignment:
Q  269 acttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttc 368  Q
    |||| ||||||||||||  | |||||| || ||||||||||||| | |||    | |||||| | ||| |||||||| |||| ||||  || ||| ||||    
T  6602816 acttttctttgtttcttactaatttggtgtctataaaccttagtgaatgttcctacctcacagaattatccttgttttcacttgttaaaaactgtccttc 6602915  T
Q  369 acttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtct 468  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||  |||| ||||||||||  | ||||| | | |||| ||| | ||  ||||||||| ||||||    
T  6602916 acttagtgagatcaaaatggaagacacagatattgggaaagagaatgtagagaataatgattctatgatggatattggtatataccctcaattaaagtct 6603015  T
Q  469 ctccattt 476  Q
    ||| ||||    
T  6603016 ctctattt 6603023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 686 - 848
Target Start/End: Original strand, 10579761 - 10579924
Alignment:
Q  686 tggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaa-ttgttactggaagaat 784  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||  ||  ||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||||| || | |    
T  10579761 tggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaact 10579860  T
Q  785 gttttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagat 848  Q
    ||      |||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||    
T  10579861 gtaaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagat 10579924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 665 - 765
Target Start/End: Original strand, 11936279 - 11936379
Alignment:
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||  |||||  ||  | ||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  11936279 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggctttt 11936378  T
Q  765 g 765  Q
    |    
T  11936379 g 11936379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 665 - 765
Target Start/End: Original strand, 11948259 - 11948359
Alignment:
Q  665 tgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 764  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||  |||||  ||  | ||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  11948259 tgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggctttt 11948358  T
Q  765 g 765  Q
    |    
T  11948359 g 11948359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 660 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 12102366 - 12102315
Alignment:
Q  660 tggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacataca 711  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  12102366 tggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacataca 12102315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 695 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 491561 - 491394
Alignment:
Q  695 tgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctca---aagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttca 791  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||| ||   |||||||||| ||| |||||| || | |  || ||| | |||| ||     
T  491561 tgaacttgtcacatacaagtgttaaagatggaacactctatgtgatcacaattaagagttgttctggacttttgcaactctaccttgaaaattgttgtcg 491462  T
Q  792 tgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaagctaagagagatcaatttaaggg 859  Q
    | ||||||  || |||||||  ||||   |||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||    
T  491461 tatcacaggtaagggagtgatgcatgctgtagaaaactgcacgcagctgagagagatcaatttgaggg 491394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 584 - 761
Target Start/End: Original strand, 6596851 - 6597028
Alignment:
Q  584 gtatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaa 683  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||  |||||| | ||||||||||| | || | |||| |   ||||| | | ||| ||| ||||||||| ||||  |    
T  6596851 gtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattcccca 6596950  T
Q  684 attggaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggct 761  Q
      |||||||| |||||||||||  ||||| |||  |||||||||||||||| |  |||||||||| ||||| ||||||    
T  6596951 gctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 314
Target Start/End: Original strand, 8913665 - 8913725
Alignment:
Q  254 atcaacatgttcttgacttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtca 314  Q
    ||||||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  8913665 atcaacatgttgtcaagttgtctttgtttcttggtaatttggtgtctataaaccttagtca 8913725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 7132049 - 7131947
Alignment:
Q  325 ctcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaactcacaaaaattgggatggagagtgtagagaatt 424  Q
    |||||| | |||||||||| | |||||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||  ||||   || ||||  |||||||||| |||||    
T  7132049 ctcacagaattagccttgtattcactcgttagaaactgcccttcacttagtgagttcaaaatggaatacacagctatagggaaagagagtgtagggaatt 7131950  T
Q  425 cta 427  Q
    |||    
T  7131949 cta 7131947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 390
Target Start/End: Original strand, 10579433 - 10579487
Alignment:
Q  336 agccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcacttagtgagatcaaaatggaa 390  Q
    |||||||||| | ||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  10579433 agccttgttttccctcgtaagaaattgtccttcgcttagtgagatcaaaatggaa 10579487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 58; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 688 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 39256 - 39111
Alignment:
Q  688 gaggtggtgaacttgtcacatacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgtt 787  Q
    |||||| |||||||| ||  |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||| ||||||    
T  39256 gaggtgttgaacttgacatttacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcacctgatactggaaaaatgtt 39157  T
Q  788 ttcatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgctagaaaactgcac 833  Q
     || |||||||  ||| ||||||||||||||| || | ||||||||    
T  39156 ctcgtgtcacaatgaagggagtgaaacatgtggtaaacaactgcac 39111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 585 - 768
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1574
Alignment:
Q  585 tatttgtgatgttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaa 684  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||   |||| |   ||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  685 ttggaggtggtgaacttgtcacatacaa---ttgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaa 768  Q
     | |||||| || |||||||| ||||||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgttcagggattttggaa 1574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 271 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 406 - 280
Alignment:
Q  271 ttgtctttgtttcttggtgatttggagtttataaaccttagtcagtgtgggcaactcacaaatttagccttgtttgcactcgttagtaattgtgcttcac 370  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||| | ||| |    |||||| | | | || |||||||||||||||| |||| | ||||||    
T  406 ttgtctttgtttcttggcgatttggtgtctataaatcttagtgaatgtagcatgctcacatactcaaccatgtttgcactcgttaggaattatccttcac 307  T
Q  371 ttagtgagatcaaaatggaactcacaa 397  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  306 ttattgagatcaaaatggaacacacaa 280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 6866 - 6808
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  6866 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 6808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 6)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 789 - 731
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  789 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2180 - 2122
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  2180 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 2122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 6966 - 6908
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  6966 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 6908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 14331 - 14273
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  14331 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 14273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Original strand, 32113 - 32171
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  32113 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 32171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Original strand, 50511 - 50569
Alignment:
Q  412 agtgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctct 470  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  50511 agtgtagagaattataattctttaatggatattgttataagccctcaaataaagtctct 50569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 596 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 88980 - 88943
Alignment:
Q  596 ttttaaggagatgttgtaagataaggcatttgaactta 633  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  88980 ttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaactta 88943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University