View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10413_2 (Length: 776)

Name: NF10413_2
Description: NF10413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10413_2
NF10413_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-760)||(32223760-32224507)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 760
Target Start/End: Original strand, 32223760 - 32224507
Alignment:
Q  20 acatcatcattattcaaagaaaaagccaaaacaaaattaaaacaaccaatgaatccggtcataacatttggttcatattcacaagtatatgtatgtatgt 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223760 acattatcattattcaaagaaaaagccaaaacaaaattaaaacaaccaatgaatccggtcataacatttggttcatattcacaagtatatgtatgtatgt 32223859  T
Q  120 a-------ctatagttgagagactaataacttaacttacccattacccataacccatttacagctaagaacttgtcatgnnnnnnntatcatgatggtaa 212  Q
    |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  32223860 atgtactactatagttgagagactaataacttaacttacccattacccataacccatttacagctaagaacttgtcatgaaaaaaatatcatgatggtaa 32223959  T
Q  213 aagtaaagggagaggattgaatacagattgcacaaatgtcataaaaatgtttcactgttttcacaaaaatccttgttgttgctaaaaatagaacaaaaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32223960 aagtaaagggagaggattgaatacagattgcacaaatgtcataaaaatgtttcactgttttcacaaaaatccttgttgttgctaaaaatagaacaaaaaa 32224059  T
Q  313 cagaatcatccatccactactcaactttcacttcttccactcaactagttacaccattgatctgttttattaacaccaaacccaaaacccatttcgtgat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224060 cagaatcatccatccactactcaactttcacttcttccactcaactagttacaccattgatctgttttattaacaccaaacccaaaacccatttcgtgat 32224159  T
Q  413 tgccgagcgtcgttcatattatctgcacaaacactcagaaccaaagagagagaaagagaaagtagatagatagcaatgatgatggatgagggagaaggta 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224160 tgccgagcgtcgttcatattatctgcacaaacactcagaaccaaagagagagaaagagaaagtagatagatagcaatgatgatggatgagggagaaggta 32224259  T
Q  513 agaagaaagttgtggttcagaaaaccgaggcgtgtggtttcatggcaggtgttgaagatgagctagggtttgtcaacgtgaaaggagacaacaacaacgg 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224260 agaagaaagttgtggttcagaaaaccgaggcgtgtggtttcatggcaggtgttgaagatgagctagggtttgtcaacgtgaaaggagacaacaacaacgg 32224359  T
Q  613 gtcgggtcaacggatccatcatgatcatggttttgttgctgctgcatttggaactgttcataggaagaaaaggatggctaggcaaagaagatcttcatct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224360 gtcgggtcaacggatccatcatgatcatggttttgttgctgctgcatttggaactgttcataggaagaaaaggatggctaggcaaagaagatcttcatct 32224459  T
Q  713 tctaccatcactattcatctcaaaaatcttccttcttctactactact 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32224460 tctaccatcactattcatctcaaaaatcttccttcttctactactact 32224507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University