View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10413_4 (Length: 599)

Name: NF10413_4
Description: NF10413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10413_4
NF10413_4
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-580)||(16231305-16231884)
chr2 (1-395)||(34690149-34690543)
chr2 (1-395)||(34712561-34712955)
chr2 (444-482)||(35889737-35889775)
chr2 (293-401)||(33860137-33860245)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (32-401)||(7891560-7891929)
chr1 (51-401)||(38138487-38138837)
chr1 (267-401)||(43044303-43044437)
chr1 (267-401)||(43083147-43083281)
chr1 (267-401)||(43067554-43067688)
chr1 (273-401)||(43077437-43077565)
chr1 (58-113)||(43044591-43044646)
chr1 (58-113)||(43067345-43067400)
chr1 (342-401)||(50911744-50911803)
chr1 (267-401)||(3300037-3300171)
chr1 (58-113)||(3300325-3300380)
chr1 (58-137)||(43083411-43083490)
chr1 (32-110)||(40035301-40035379)
chr1 (55-113)||(43077219-43077277)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (269-398)||(4230771-4230900)
chr4 (58-113)||(4231056-4231111)
chr4 (290-403)||(19965393-19965506)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (262-401)||(7530097-7530236)
chr6 (262-401)||(7520560-7520699)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (269-401)||(4618992-4619124)
chr8 (51-98)||(4619295-4619342)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (52-98)||(16348753-16348799)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 16231884 - 16231305
Alignment:
Q  1 attgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctg 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16231884 attgttggatttcgccttactaacaagacattgtctgataagaatctcatgcgaggctatgtagcctcaaactccgaggatgaaccagccatggaggctg 16231785  T
Q  101 ctaaatttacatcccgcgttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231784 ctaaatttacatcccgcgttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaa 16231685  T
Q  201 atttgctaagctggttacaaagttcgatagagaaaccggagtggaattagagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatg 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231684 atttgctaagctggctacaaagttcgatagagaaaccggagtggaattagagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatg 16231585  T
Q  301 attcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16231584 attcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtca 16231485  T
Q  401 taatgtctgtaaataagaatggttataagaacaaggcagcgacaaagatgaccggttccacgactgatcagaaagatgatgctgaaacttcatcaaagaa 500  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16231484 taatgtctgtaaagaagaatggttataagaacaaggcagcgacaaagatgaccggttccacgactgatcagaaagatgatgctgaaacttcatcaaagaa 16231385  T
Q  501 aagaaaagaaggactgtttgaaacagtttccgctgaaacgccatccaagaatgtatcaggtctagttattggtgatgatg 580  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16231384 aagaaaagaaggaccgtttgaaacagtttctgctgaaacgccatccaagaatgtatcaggtctagttattggcgatgatg 16231305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 34690543 - 34690149
Alignment:
Q  1 attgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctg 100  Q
    ||||||||||| | |||||| || |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  34690543 attgtgggattgcaccttacaaataagaaattgtccgataagaatcttaggcgaggctatgttgcgtcagactccaagtatgaaccggccatggaggctg 34690444  T
Q  101 ctaaatttacatcccgcgttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaa 200  Q
    ||||||||||||| || |||||  || |||| ||||| ||   |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| | || |||  |||||||||    
T  34690443 ctaaatttacatctcgtgttatcgtctttaaccacccttcaaagattaccaaaggatatactcctgtccttgactgccacgcctcccacactgctgtcaa 34690344  T
Q  201 atttgctaagctggttacaaagttcgatagagaaaccggagtggaattagagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatg 300  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||| | || |||||||| ||||| || || | ||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||    
T  34690343 gtttgctaagcttgttacgatgttcgatagggaatcaggtgtggaattggagaagaagcccatgtctttgaagaatggtgatgccgctgttgttaagatg 34690244  T
Q  301 attcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttgg 395  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34690243 attcctatgaaacccatggtcgtggagggtatcaatgaatatccatcccttggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttgg 34690149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 34712955 - 34712561
Alignment:
Q  1 attgtgggatttcgccttacgaacaagacattgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctg 100  Q
    ||||||||||| | |||||| || |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  34712955 attgtgggattgcaccttacaaataagaaattgtccgataagaatcttaggcgaggctatgttgcgtcagactccaagtatgaaccggccatggaggctg 34712856  T
Q  101 ctaaatttacatcccgcgttataatcattaatcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaa 200  Q
    ||||||||||||| || |||||  || |||| ||||| ||   |||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| | || |||  |||||||||    
T  34712855 ctaaatttacatctcgtgttatcgtctttaaccacccttcaaagattaccaaaggatatactcctgtccttgactgccacgcctcccacactgctgtcaa 34712756  T
Q  201 atttgctaagctggttacaaagttcgatagagaaaccggagtggaattagagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatg 300  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||| | || |||||||| ||||| || || | ||| ||||||||||||||||| |   |||||||||||    
T  34712755 gtttgctaagcttgttacgatgttcgatagggaatcaggtgtggaattggagaagaagcccatgtctttgaagaatggtgatgccgctgttgttaagatg 34712656  T
Q  301 attcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttgg 395  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34712655 attcctatgaaacccatggtcgtggagggtatcaatgaatatccatcccttggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttgg 34712561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 444 - 482
Target Start/End: Original strand, 35889737 - 35889775
Alignment:
Q  444 aaagatgaccggttccacgactgatcagaaagatgatgc 482  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35889737 aaagatgatcggttctacgactgatcagaaagatgatgc 35889775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 293 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 33860245 - 33860137
Alignment:
Q  293 ttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgt 392  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||  | | |||||| | || || ||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| |    
T  33860245 ttaagatgattcccaccaagcctatggtggtagaggatttcgcttattatcctccactcggccgttttgttgcgagagacaggcgtcaaactgtggcttt 33860146  T
Q  393 tggggtcat 401  Q
    ||| |||||    
T  33860145 tggcgtcat 33860137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 32 - 401
Target Start/End: Original strand, 7891560 - 7891929
Alignment:
Q  32 tgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgcgttataatcattaa 131  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| |||||||||||| |||||||||| |  ||||| ||| | ||    
T  7891560 tgtctgctaaggatctcaggcgaggctatgttgcctcaaactccaagcgtggcccagctatggaggctgctgaatttacatctcatgttatcatcttgaa 7891659  T
Q  132 tcacccgtcggtgattacgaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaaatttgctaagctggttacaaagttcgataga 231  Q
    ||| ||      |||||  || || ||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||| || ||     
T  7891660 tcatcctggccagattagaaatggctatacacctattctcgactgccacacctcccacattgctgtcaagtttgccaagcttgttagcaagtttgacagg 7891759  T
Q  232 gaaaccggagtggaattagagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggta 331  Q
     | ||    || ||||| |||||  | || || | |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  |     
T  7891760 aatactaatgttgaatttgagaaggagcccaaattcttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggtagagactt 7891859  T
Q  332 tcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    | | || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7891860 ttactgcatatccttcacttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctattggagtcat 7891929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 401
Target Start/End: Original strand, 38138487 - 38138837
Alignment:
Q  51 gcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgcgttataatcattaatc-acccgtcggtgattac 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||| | | | | | ||||      
T  38138487 gcgaggctatgttgcctcagactccaagcatgacccagccacggaggctgctaaatttacatcccgtgttatcatcacgaatcaaactggccg-gattca 38138585  T
Q  150 gaaaggatatactcctatcctcgactgccacacttcacacgttgctgtcaaatttgctaagctggttacaaagttcgatagagaaaccggagtggaatta 249  Q
     || || ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||     | ||  ||||| |     
T  38138586 aaatggctatacacctattctggactgccacacctcccacgttcctgtcaagtttgctaagcttgttaccaagtttgacaggttttctggtttggaaatc 38138685  T
Q  250 gagaaaaaaccgaagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttccc 349  Q
    |||||  | || || | |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |  ||| | |||||||| |||| | |   |   |||||| | |    
T  38138686 gagaaggagcccaaattcttgaagaatggtgatgctggtgttgttaagatgattcccaccaagtccatggtggtagaggatttttctacttatcctccac 38138785  T
Q  350 ttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38138786 ttggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtcat 38138837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 267 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 43044437 - 43044303
Alignment:
Q  267 cttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtc 366  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  |||||||||| | || || |||||||||||     
T  43044437 cttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgtt 43044338  T
Q  367 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43044337 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 43044303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 267 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 43083281 - 43083147
Alignment:
Q  267 cttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtc 366  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  |||||||||| | || ||||||||||||||     
T  43083281 cttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggtcgttttgctgtt 43083182  T
Q  367 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43083181 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggcgtcat 43083147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 267 - 401
Target Start/End: Original strand, 43067554 - 43067688
Alignment:
Q  267 cttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtc 366  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  |||||||||| | || || |||||||||||     
T  43067554 cttgaagaatggcgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccactcggccgttttgctgtt 43067653  T
Q  367 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43067654 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggcgtcat 43067688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 273 - 401
Target Start/End: Original strand, 43077437 - 43077565
Alignment:
Q  273 gaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagac 372  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  |||||||||| | ||||| |||||| || |||| |||    
T  43077437 gaatggtgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccacttggccgttttactatcagggac 43077536  T
Q  373 atgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  43077537 aagcgtcaaactgtggctgttggtgtcat 43077565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 58 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 43044646 - 43044591
Alignment:
Q  58 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43044646 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatc 43044591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 58 - 113
Target Start/End: Original strand, 43067345 - 43067400
Alignment:
Q  58 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  43067345 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaggctgctaactttacatc 43067400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 342 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 50911803 - 50911744
Alignment:
Q  342 tccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50911803 tccttcactcggccgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggagtcat 50911744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 267 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 3300171 - 3300037
Alignment:
Q  267 cttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtc 366  Q
    ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  ||| |||||| | ||||| ||||| ||||||    
T  3300171 cttgaagaacggtgatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgagtatcctccacttggccgtttcgctgtc 3300072  T
Q  367 agagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    || || |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  3300071 agggatatgcgtcagactgtggctgttggtgtcat 3300037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 3300380 - 3300325
Alignment:
Q  58 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  3300380 tatgttgcctcaaactccaaggatgaccctgccaaggaggctgctaactttacatc 3300325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 43083490 - 43083411
Alignment:
Q  58 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatcccgcgttataatcattaatcaccc 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||| |  || || ||||| ||||||||    
T  43083490 tatgttgcctcaaactccaaggatgacccagccaaggaagctgctaactttacatctcaagtgatcatcatgaatcaccc 43083411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 110
Target Start/End: Original strand, 40035301 - 40035379
Alignment:
Q  32 tgtctgataagaatcttatgcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttac 110  Q
    |||||| |||| |||| | || ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || | |||||||||    
T  40035301 tgtctgttaaggatctcaagcaaggttatgttgcctcaaactccaacgatgatccagccatggaagccgttaaatttac 40035379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 113
Target Start/End: Original strand, 43077219 - 43077277
Alignment:
Q  55 ggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 113  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  43077219 ggctatgttgcctctaactccatggatgacccagccaaggaggccgctaactttacatc 43077277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 269 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4230900 - 4230771
Alignment:
Q  269 tgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcag 368  Q
    |||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | ||  |||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  4230900 tgaagaatggagatgctggtattattaagatgattcccaccaagcccatggtggttgagactttctctgaatatcctccacttggccgttttgctgtcag 4230801  T
Q  369 agacatgcgtcaaactgtggctgttggggt 398  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  4230800 agatatgcggcaaactgtggctgttggggt 4230771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 4231111 - 4231056
Alignment:
Q  58 tatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggctgctaaatttacatc 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||    
T  4231111 tatgttgcctcaaacaccaaggatgacccagccaaggaggctgctaacttcacatc 4231056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 290 - 403
Target Start/End: Original strand, 19965393 - 19965506
Alignment:
Q  290 ttgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcagagacatgcgtcaaactgtggc 389  Q
    ||||||||||||||||    |||||||||||||| |||| | ||  | |||||||| | || ||  |||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  19965393 ttgttaagatgattcccgccaagcctatggtggtagaggctttctctcaatatcctccactcggctgttttgttgctagagacatgcgtcaaactgtggc 19965492  T
Q  390 tgttggggtcataa 403  Q
    | |||| |||||||    
T  19965493 ttttggagtcataa 19965506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 401
Target Start/End: Original strand, 7530097 - 7530236
Alignment:
Q  262 aagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttg 361  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||| |  ||||| |||||||| |||    |   |||||||||| | ||||| |||||||    
T  7530097 aagttcttgaagaatggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagacctttgctgaatatcctcctcttggacgttttg 7530196  T
Q  362 ctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  7530197 ctgtcagggacatgcgtcaaactgttgctgttggtgtcat 7530236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 401
Target Start/End: Original strand, 7520560 - 7520699
Alignment:
Q  262 aagtccttgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttg 361  Q
    |||| ||||||||| |||||||| || ||  |||||||| |||| |  ||||| |||||||| |||    ||  |||||||||| | ||||| |||||||    
T  7520560 aagttcttgaagaacggtgatgctggtatcattaagatggttcccaccaagcccatggtggttgagaccttcgctgaatatcctcctcttggacgttttg 7520659  T
Q  362 ctgtcagagacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  7520660 ccgtcagggacatgcgtcaaactgttgctgttggtgtcat 7520699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 4619124 - 4618992
Alignment:
Q  269 tgaagaatggtgatgcaggaattgttaagatgattcctatgaagcctatggtggtggagggtatcaatgaatatccttcccttggtcgttttgctgtcag 368  Q
    |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||  | |   | | |||||||| || || ||||||||||||||    
T  4619124 tgaagaatggtgatgctggcattattaagatgattcccaccaagcccatggtggtagagactttttctaattatccttcactcggccgttttgctgtcag 4619025  T
Q  369 agacatgcgtcaaactgtggctgttggggtcat 401  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||    
T  4619024 agacatacgtcgaacagtggctgttggagtcat 4618992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 4619342 - 4619295
Alignment:
Q  51 gcgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggc 98  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  4619342 gcgaggctatgttgtctcaaactccaagcatgacccagccaaggaggc 4619295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 16348799 - 16348753
Alignment:
Q  52 cgaggctatgttgcctcaaactccaaggatgaaccagccatggaggc 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||    
T  16348799 cgaggctatgttgcctcaaactccaagcatcacccagccaaggaggc 16348753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University