View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10423_1 (Length: 750)

Name: NF10423_1
Description: NF10423
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10423_1
NF10423_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (28-738)||(45820737-45821447)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 675; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 675; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 45821447 - 45820737
Alignment:
Q  28 agaaacaacacaccaaatgttgtttcagtgaataacaaaacaaagaaaatttagtggattaaactaccattgattcaaaccatacatccttgaaactttt 127  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45821447 agaaacagcacaccaaatgttgtttcagtgaataacaaaacaaagaaaatttagtggattaaactaccattgattcaaaccatacatacttgaaactttt 45821348  T
Q  128 agtcttagatttaatccaccacgaaatctaaactttcactttatctaaaatctaacgagatatcggttctttatgatcaaatagacgtttattgcgttct 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45821347 agtcttagatttaatccaccacgaaatctaaactttcactttatctaaaatctaacgagatatcggttctttatgatcaaatagacgtttattgcgttct 45821248  T
Q  228 ttaaaagtctcatgcacacgtcgactttgtatgtcgaaaacaagcttgagattccttgttattagagtgaaaccctctaaattgatatgcatgcaaagaa 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45821247 ttaaaagtctcatgcacacgtcgactttgtatgtcgaaaacaagcttgagattccttgttattagaatgaaaccctctaaattgatatgcatgcaaagaa 45821148  T
Q  328 gcaacattctaaagagcattagaaatgctcgaccaattaatgacaccacacgtaaataaataatctttttatagaaagtatgtgtttaaggaaccgtcat 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45821147 gcaacattctaaagagcattagaaatgctcgaccaattaatgacaccacacgtaaataaataatctttttatagaaagtatgtgtttaaggaaccgtcat 45821048  T
Q  428 gcaaataacgacacctctgaataagcaactttattttaaacaagttatgaatgaacaaccgattcttccatcttttctttagtaagcatttgataaaatc 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45821047 gcaaataacgacacctctgaataagcaactttattttaaacaagttatgaatgaacaaccgattcttccatcttttctttagtaagcattttataaaatc 45820948  T
Q  528 atttgaattgaccaactatgaaacattatccaagttatatatttattgagaaatgttaaatattaattaaaagtcacgttgttgtgtcgttttatattta 627  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45820947 atttgacttgaccaactatgaaacattatccaagttatacatttattgagaaatgttaaatattaattaaaagtcacgttgttgtgtcgttttatattta 45820848  T
Q  628 ttaactagttaaatcgtcaactttatcaaacattttaaattcatcgagttaacttatccactattcggtacaaattcatattattaaatggtttatcaac 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45820847 ttaactagttaaatcgtcaactttatcaaacatattaaattcatcgagttaacttatccactattcgatacaaattcatattattaaatggtttatcaac 45820748  T
Q  728 tatcccatatt 738  Q
    |||||| ||||    
T  45820747 tatcccctatt 45820737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University