View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10429_low_12 (Length: 359)

Name: NF10429_low_12
Description: NF10429
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10429_low_12
NF10429_low_12
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-333)||(33703392-33703725)
chr5 (1-333)||(33715711-33716044)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33703725 - 33703392
Alignment:
Q  1 atcaaccacatcaactaaaatctaaagggaaggtgtagttaattagttatacttcaaggttaagaaagattttctaaacaacctttttaatctaaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703725 atcaaccacatcaacgaaaatctaaagggcaggtgtagttaattagttatacttcaaggttaagaaagattttctaaacaacctttttaatctaaaacaa 33703626  T
Q  101 atattattaaaatgctaaaagtgattttttggtttgaaatatagannnnnnnctcaaagaaattcccgaacaaacgaccccttgatttcatagctagtcc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||       |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703625 atattattaaaatgataaaagtgattttttggtttgaaatgtagatttttttctcaaaaaaattcccaaacaaacgaccccttgatttcatagctagtcc 33703526  T
Q  201 aaatgatttagttcatgggatacattggagc-ctaaatgcagtcaattctttaaattacattgagatattattaggttgaacacgttcattcaagtttga 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33703525 aaatgatttagttcatgggatacattggagcgctaaatgcagtcaattctttaaattacattgagatattattaggttgaacacgttcattcaagtttga 33703426  T
Q  300 ttttgaaccttaaagttatgtgtatgattattat 333  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  33703425 ttttggaccttacagttatgtgtatgattcttat 33703392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 33716044 - 33715711
Alignment:
Q  1 atcaaccacatcaactaaaatctaaagggaaggtgtagttaattagttatacttcaaggttaagaaagattttctaaacaacctttttaatctaaaacaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33716044 atcaaccacatcaacgaaaatctaaagggcaggtgtagttaattagttatacttcaaggttaagaaagattttctaaacaacctttttaatctaaaacaa 33715945  T
Q  101 atattattaaaatgctaaaagtgattttttggtttgaaatatagannnnnnnctcaaagaaattcccgaacaaacgaccccttgatttcatagctagtcc 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||       |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33715944 atattattaaaatgataaaagtgattttttggtttgaaatgtagatttttttctcaaaaaaattcccgaacaaacgaccccttgatttcatagctagtcc 33715845  T
Q  201 aaatgatttagttcatgggatacattggagc-ctaaatgcagtcaattctttaaattacattgagatattattaggttgaacacgttcattcaagtttga 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33715844 aaatgatttagttcatgggatacattggagcgctaaatgcaatcaattctttaaattatattgagatattattaggttgaacacgttcattcaagtttga 33715745  T
Q  300 ttttgaaccttaaagttatgtgtatgattattat 333  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  33715744 ttttggaccttacagttatgtgtatgattcttat 33715711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University