View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10437_1D_low_1 (Length: 804)

Name: NF10437_1D_low_1
Description: NF10437_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10437_1D_low_1
NF10437_1D_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (17-804)||(23333060-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 23333847 - 23333060
Alignment:
Q  17 ggacatcacgaagttgaccgataaaattgtgtgccagaatgcagctgaagcagtactcccccaaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333847 ggacataacgaagttgaccgataaaattgtgtgccggaatgcagctgaagcagtactccccccaagaggttgataagtttgttttatgtaattttttgct 23333748  T
Q  117 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttacctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333747 gttttgatatattgtgtcatgatttaccaggaaaaatgtacacattgtcgttgcctcaggaactgttgttcgtgttgctgatgagctttcccttcaagag 23333648  T
Q  217 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatgaaacaatcattataatatg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23333647 atgcgattgctgaatacatattatgcagagcttgagaccgcaactgtaagtgattttttatatgtcaactgctttctgatggaacaatcattataatatg 23333548  T
Q  317 ctgaattacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgacagggcataagataaattgc 416  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23333547 ctgacttacgttggacaaaatccctaattcaaatgatttcgttggcttgcttaatgtcgtcattacgaagatgcgcacgatggggcataagataaattgc 23333448  T
Q  417 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaagtataacaaatttgcaaccagtgtggcggattctttttggactgccgtatttt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  23333447 gaacattttaggagtttgcctctagctatgtgtaatactcccaaaaggtataacaaatttgcaaccagtgtggtggattctttttggactgctgtatttt 23333348  T
Q  517 ttcttgtggagtctttctatcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 616  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333347 ttcttatggagtctttctgtcttgaccattaaaattaagctgagcaccagattttaattaaccaacgtaaattttgcagcattaattaactcaaaaaggt 23333248  T
Q  617 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaatattaggcgatggttttaatttggctacttttggaatgtaat 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23333247 ttgcgtggaaaatagatgtttgttcttctctattttgctggccacatgttgttttgaatattaggcgatggttttaatttggctacttttggaaagtaat 23333148  T
Q  717 gctacgaagacttatttgtttcttggtgcattttctgaaagttatacaatacttacgctgctatttcttggttgtcaagttaggatca 804  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23333147 gctatgaagacttatttgtttcttggtgcattttctgaaagttatacaatacttacgctgatatttcttggttgtcaagttaggatca 23333060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University