View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10437_2D_low_4 (Length: 718)

Name: NF10437_2D_low_4
Description: NF10437_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10437_2D_low_4
NF10437_2D_low_4
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (61-702)||(433917-434561)
chr5 (464-702)||(27337318-27337556)
chr5 (464-702)||(15291267-15291505)
chr5 (103-541)||(6821050-6821487)
chr5 (548-699)||(6821532-6821683)
chr5 (505-586)||(26008570-26008650)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (151-702)||(19277794-19278346)
chr7 (249-702)||(47679746-47680199)
chr7 (462-698)||(5827883-5828123)
chr7 (602-702)||(4175804-4175903)
chr7 (75-158)||(19279734-19279817)
chr7 (115-219)||(32802802-32802905)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (91-702)||(9684306-9684897)
chr2 (110-702)||(8588710-8589275)
chr2 (377-564)||(28225794-28225983)
chr2 (451-702)||(19161059-19161308)
chr2 (410-702)||(20141935-20142227)
chr2 (548-702)||(28225624-28225774)
chr2 (461-702)||(41867149-41867390)
chr2 (566-702)||(18744364-18744500)
chr2 (600-702)||(17345263-17345365)
chr2 (591-702)||(34185430-34185541)
chr2 (616-682)||(33611960-33612026)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (76-702)||(24125652-24126270)
chr8 (113-693)||(10950092-10950672)
chr8 (113-693)||(10958097-10958677)
chr8 (269-702)||(25020847-25021284)
chr8 (80-476)||(24322474-24322869)
chr8 (506-685)||(37517731-37517910)
chr8 (144-624)||(4700343-4700822)
chr8 (174-346)||(140279-140450)
chr8 (603-702)||(500852-500951)
chr8 (618-702)||(40840178-40840262)
chr8 (506-682)||(139947-140122)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (76-702)||(19036052-19036676)
chr1 (114-685)||(28040022-28040593)
chr1 (176-702)||(37200880-37201406)
chr1 (211-702)||(7793907-7794397)
chr1 (334-699)||(972280-972651)
chr1 (400-664)||(7435009-7435273)
chr1 (250-441)||(18282126-18282319)
chr1 (326-516)||(41520235-41520429)
chr1 (467-611)||(22375320-22375464)
chr1 (113-313)||(32499802-32500000)
chr1 (196-690)||(36154239-36154733)
chr1 (194-272)||(15585899-15585977)
chr1 (615-702)||(38732208-38732295)
chr1 (93-158)||(7793800-7793865)
chr1 (639-692)||(15585495-15585548)
chr1 (474-535)||(18282034-18282095)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (75-501)||(6252094-6252521)
chr3 (250-699)||(49018580-49019030)
chr3 (75-435)||(6172750-6173111)
chr3 (409-702)||(29862423-29862718)
chr3 (488-702)||(52411173-52411384)
chr3 (641-702)||(53786328-53786389)
chr3 (432-493)||(6174339-6174400)
chr3 (10-64)||(6172652-6172706)
chr3 (10-64)||(6251995-6252049)
chr3 (507-698)||(43123780-43123963)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (438-702)||(34305122-34305386)
chr6 (297-702)||(32120553-32120958)
chr6 (398-702)||(10402354-10402656)
chr6 (300-702)||(32116260-32116659)
chr6 (75-394)||(10404409-10404726)
chr6 (90-686)||(29336946-29337551)
chr6 (626-702)||(45096-45172)
chr6 (393-690)||(22986556-22986854)
chr6 (393-690)||(23801540-23801838)
chr6 (451-702)||(7199805-7200055)
chr6 (551-702)||(26224990-26225139)
chr6 (15-64)||(10404771-10404820)
chr6 (210-347)||(26224785-26224922)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (331-702)||(56461225-56461597)
chr4 (411-702)||(53171123-53171414)
chr4 (110-702)||(23808588-23809181)
chr4 (247-483)||(24403445-24403683)
chr4 (269-357)||(25706523-25706611)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (517-699)||(20353-20535)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 61 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 434561 - 433917
Alignment:
Q  61 gtaatcaacatc-caaggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttac 159  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||     
T  434561 gtaatcaacatcgcgagggtttgttccctgtggatattaggaggccgacattgggggtgaaattgcttggaggggttgttagccgcgataaaggttttat 434462  T
Q  160 cgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatc 259  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  434461 cgaggggttggcc-ataaagagagcttccagagttgttgagttaatgcaccttcttccacggttacgagatcctcagcgtgagatttttctacttcgatc 434363  T
Q  260 atacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagca 359  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||| || |  ||||||| || ||||||||| |  ||||||||    
T  434362 atgcatgggtatcaccaaacttttctttggcctatgaacctgtcaaccggttcacatggaggagacgactatgttgttcgataaagagttgtgtggagca 434263  T
Q  360 gttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcag 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  434262 gttgaggatattgtggtttgtggaggtccgttctttggggaccttcattggaggttgtcttctttacctattaggtctgaggggttgggtttatactcag 434163  T
Q  458 cggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactc 557  Q
    | |||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||     
T  434162 cagtagaggcttccttgcacgcttttgtggcttctagggcgcagtcttgggtgctacaatatcatattttgagagacagtgggatatgtggtattgactt 434063  T
Q  558 ggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacat 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  434062 ggattttgataatgctttggatggtcttcacggaacgattccagattttgacgttagcagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacat 433963  T
Q  658 g-ttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    | ||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  433962 gtttttggtgagtcctctttttagtaaagttgttcaagatatggaa 433917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 464 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 27337556 - 27337318
Alignment:
Q  464 aggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattt 563  Q
    |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  27337556 aggcttcctcgtacgcttttgtggtttctagggcgcagtcttgggtgctacaagatcatattttgagagacagtgagatatgtggcatggacttggattt 27337457  T
Q  564 tgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttg 663  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27337456 tgataatgctttggatgatcttcgcggaacgattccagattttgacgttagcagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttg 27337357  T
Q  664 gcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27337356 gcgagtgctctttttagtaaagttgttcaagatatggaa 27337318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 464 - 702
Target Start/End: Original strand, 15291267 - 15291505
Alignment:
Q  464 aggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattt 563  Q
    |||||||||| ||  ||||| || ||| |||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15291267 aggcttcctcgtatacttttatggcttttaggacacagtcttggatgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatatggtatggactcggattt 15291366  T
Q  564 tgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttg 663  Q
     ||||||| ||||||||||||||| | ||| |||  | |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  15291367 cgataatgttttggatggtcttcgtggtacaattttagattttgacgttagcagttttactagcaaagacaccgtccctcctaaagcggaacatgttttg 15291466  T
Q  664 gcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  15291467 acgagtgctctttttagtaaaagtgttcaagatatggaa 15291505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 103 - 541
Target Start/End: Original strand, 6821050 - 6821487
Alignment:
Q  103 gccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagtt 202  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||||| |||||| | | ||||   || ||||| || ||||||| ||||| || || |||||||||    
T  6821050 gccgactttgggggtgaaatttctcggaggagctattagccgagataaatgctttatt-agaggttgacc-atgaagagagctttcagggttgttgagtt 6821147  T
Q  203 aatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgc 302  Q
    | |||| |||||||||||| || ||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  6821148 agtgcatcttcttccacaactaagagattctcatactgagcttcttctacttcgatcatacatgggtatcaccaaagttttctttggcctaaggatgtgc 6821247  T
Q  303 caaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaac 400  Q
    ||||| |||||||||||  | ||  ||||||| || ||||||||| |  ||||||  |||||||||||||| |||  ||| | |||||||||  |||| |    
T  6821248 caaccaattcacatggaagaagcgactatgttgttcgataaagagttgtgtggagtggttgaggatattgttgttgatggggatcctttctttagggacc 6821347  T
Q  401 ttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgca 500  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| |||| | | ||| || |||||||  || | |||||| ||||||| || ||||||||| ||||   |   ||    
T  6821348 ttcaacggaggttgacttctttacctatcaggt-ttgagggttgagtttatatacaacagtagagtcttcctcgtatgcttttgtggcttcctagataca 6821446  T
Q  501 gccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgaga 541  Q
    | |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  6821447 gtcttgggtgctgcaagatcttattttgagagacgatgaga 6821487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 548 - 699
Target Start/End: Original strand, 6821532 - 6821683
Alignment:
Q  548 gtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaa 647  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  6821532 gtatgtactcgaattttgacaatattttggatggtcttcgtggtacgattccagattttgacgttaacagttttactagcaaagacatcgtccctcctaa 6821631  T
Q  648 agcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatg 699  Q
    |  | || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  6821632 aatataaaatgttttggcgagtgctctttttagtaaaagtgttcaagatatg 6821683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 586
Target Start/End: Original strand, 26008570 - 26008650
Alignment:
Q  505 tgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttc 586  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| || |||||||||| |||||||  | |||||| ||||||||||    
T  26008570 tgggtgctacaagaacatatattaagagacaatgcgataagt-gtatggactctgattttggcagtgctttagatggtcttc 26008650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 267; Significance: 1e-148; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 151 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 19278346 - 19277794
Alignment:
Q  151 aggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttct 250  Q
    ||||||||  |||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  19278346 aggttttattgaggggttagcc-atgaatagagcttccagggctgctgagttaatgcatcttcttcctcagttacgggatcctcatagtgagcttcttct 19278248  T
Q  251 acttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagctt 350  Q
    |||| |||| | ||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||     
T  19278247 actttgatcgtgcatgggtattgccaaatttttcattggcttaagaacgtgccaaccgattcacatggaggaggcggctatgttgtttaataaagagctg 19278148  T
Q  351 cgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtt 448  Q
    |||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  19278147 cgtgaaacggttgaggacattgtggttggtggaggtcctttctttggggaccttcaatggaggttggcttctttacctattaggtttggagggttgggtt 19278048  T
Q  449 tatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtgg 548  Q
    | ||||||||  ||||||||| ||| |||||||| |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  19278047 tgtactcagcattagaggctttctcgtacgctttggtggtttctagggcacagtcttgggtgctacaagatcatattttgagagacagtgggttatgtgg 19277948  T
Q  549 tatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaa 648  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| || || |||| |||| || ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  19277947 catggactcggattttgatagtgctttggatggtcttcgtagtacgatttcagatattgatgttagcatttttactagcaaagacatcgtccctcctaaa 19277848  T
Q  649 gcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  19277847 gcacaacatgttttggtgagtgctctttttagtaaaagtgtccaggatatggaa 19277794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 249 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 47680199 - 47679746
Alignment:
Q  249 ctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagc 348  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||  ||| |||| ||||||| ||| | ||||||||||||||| ||| |  | ||  ||||||| ||||||||||||     
T  47680199 ctacttctatcatgcatgggtatcgttaaagtttt-tttggccaaaggatgtgccaaccgattcatatgcaagatgcgactatgttgtttgataaagagt 47680101  T
Q  349 ttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttcttgggaa--cttcaatggaggttggcttctttacctattaggtct-ggggggctgg 445  Q
    |  ||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  47680100 tgtgtggagcggttgaggacattgtgattggtggatgtcctttctttggagatcttcaatggaggttggcttctttacctattaggtttaggggggctag 47680001  T
Q  446 gtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatg 545  Q
    |||| |||||||| |||||    ||||   || |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  47680000 gtttgtactcagcagtagacatctccttgcacacttttgtgacttctagggtgcagtcttggatgctacaagatcatattttgagagacagtgtgatatg 47679901  T
Q  546 tggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcct 645  Q
    | |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |  |||||||||    
T  47679900 tcgtatggactcagattttgataatgttttggatgatcttcgtgttacgattccaaattttgacgttagtagttttacttgcaagg--attgtccctcct 47679803  T
Q  646 aaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47679802 aaagcaccacatgttttggagagtactctttttagtaaaattgttcaagatatggaa 47679746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 462 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 5828123 - 5827883
Alignment:
Q  462 agaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtat----ggactc 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    ||||||    
T  5828123 agaggcttcctcatacgcttttgtgacttctagggcgcaatcttgggagctacaagatcatattttgagagatagtgagatatgtggtatatatggactc 5828024  T
Q  558 ggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacat 657  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5828023 gaattttgataatgctttggatggtcttcgctgtacgattccagattttgacattagtagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacat 5827924  T
Q  658 gttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatat 698  Q
    |||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||| ||||    
T  5827923 gttttggcgagtgctcttcttaataaaattggtcaagatat 5827883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 602 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 4175903 - 4175804
Alignment:
Q  602 attttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatgga 701  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  4175903 attttgacgttaacaattttacttgcaaggacaccgtccctgttaaagcacaacatgctttggcgagtg-tcttttttgtaaaagtgttcaagatatgga 4175805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 19279817 - 19279734
Alignment:
Q  75 aggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggtttta 158  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  19279817 aggggttgttccatgcagatattaggagaccgacgttaggggtgaaattgctcggaggggctgttagccgagataaaggtttta 19279734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 32802905 - 32802802
Alignment:
Q  115 ggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttct 214  Q
    |||||||||| |  |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| | |||||  | | |||||||| ||||||| |||||    
T  32802905 ggtgaaattgttcagaggggttgttagacgagatagaggttttatcgaggggtt-gaccatgaaaagagcttttaggactgttgagctaatgcatcttct 32802807  T
Q  215 tccac 219  Q
    |||||    
T  32802806 tccac 32802802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 91 - 702
Target Start/End: Original strand, 9684306 - 9684897
Alignment:
Q  91 ggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaa 190  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||     
T  9684306 ggatattgggaggccgacgttgggggtgaaattgctcggtggggctgttagccgagataaaggttttatcgaggggttggcc-atgaagagagctttcag 9684404  T
Q  191 ggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggc 290  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  9684405 ggctgctgagttaatgcatcttcttcctcacttacgggatcctcagagtgagcttcttctacttcgaacgtgcatgggtattgcccaacttttctttggc 9684504  T
Q  291 ctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctt 390  Q
     |||| || || ||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| |       ||||||||||||||    
T  9684505 ttaaggacatgtcaaccaattcacatggaggaggcggctatgttgtttgataaagagctgcgtgaagcggttgaggaca-------ttgtggaggtcctt 9684597  T
Q  391 tctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtc 488  Q
    ||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||| |    
T  9684598 tcttaggagaccttcaatggaggttggcttctttacctatta--------------ggtttatactcaacattagaggcttcttcatacgcttttgtggc 9684683  T
Q  489 ttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgc 588  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  9684684 ttctagggcaca-acttgggtgctacaagatcatattttgagagacagtgggttatgtggcatggactcgaattttgataatgctttggatggtcttcgt 9684782  T
Q  589 gatacgattccaaattttgacgttaacagttttactt-gcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaatt 687  Q
    | | |||||||| ||||||| |||| || |||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |    
T  9684783 ggtgcgattccagattttgatgttagcatttttacttagcaaagacatcgtccctcttaaagcacaacatgttttggtgagtgctctttttaataaaagt 9684882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 110 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 8589275 - 8588710
Alignment:
Q  110 ttgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||| | ||||| |        |  |||||||||||||||     
T  8589275 ttgggggtgaaattgcttggaggggttgttagccgaggtagatgttttatcaaggggttggcc-acgaagagat-------gaatgttgagttaatgcat 8589184  T
Q  210 cttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccga 309  Q
     |||||||||||||| | ||||||| |||||| |||  |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  8589183 attcttccacaattaagggatcctccgagtgaacttcctctacttcgatcatgcatgggaatcgctaaacttttctttggcctaaggatgtgccaactga 8589084  T
Q  310 ttcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatg 407  Q
    ||||||||||  | ||  ||||||| |||||||||||| | |||||| | ||  ||||||||||||| |||||||||  ||||||  |||| ||||||||    
T  8589083 ttcacatggatgaagcgactatgttgtttgataaagagttgcgtggatcggtcaaggatattgtggtgtgtggaggtgttttctttagggaccttcaatg 8588984  T
Q  408 gaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgg 507  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||| |  || ||||        |   ||||||| |||| ||||| ||  |||||    
T  8588983 gaggttgacttctttacctattaggtttggagggttgggtttgtactcaacaatataggc--------aaatttttgtggcttccagggcacaatcttgg 8588892  T
Q  508 gtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttg 607  Q
     |||||||||||| |||||| ||||| |  | |||| ||||||            |||| |||| |||| || ||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  8588891 atgctacaagatcgtattttcagaga-agcgggataagtggta------------ttgacaatgttttgtatagtcttcgtgatacgatttcaaagtttg 8588805  T
Q  608 acgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  8588804 acgttaacagttttacttgcaagggcaacatccctccaaaagcacaacatgttttggcgagtgtcctttttaataaaagtgttcaagatatggaa 8588710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 377 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 28225983 - 28225794
Alignment:
Q  377 ttgtggaggtcctttcttg--ggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctca 474  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  28225983 ttgtggaggtcctttctttaaggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtatgggggcctgggtttatactcagaggtagaggcttcctcg 28225884  T
Q  475 tacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggatttt 564  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  28225883 tatgcttttgtggcttctagggcgcagtcttgggtgctacaagatcatattttgagagacattgggatatgtggtatggacttggatttt 28225794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 451 - 702
Target Start/End: Original strand, 19161059 - 19161308
Alignment:
Q  451 tactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggta 550  Q
    |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||| |||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19161059 tactcagcagtagatgcttcgtcgtacgcttttgtggcttctatgacacagtcttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtgata 19161158  T
Q  551 tggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagc 650  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||||  |||||||||||||||| ||    
T  19161159 tggattcggattttgataatgcttttgattgtcctcgtggtatgattccagattttgatgttagcag-tttactagcaaaaacaccgtccctcctaatgc 19161257  T
Q  651 acaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||    
T  19161258 acaacatg-tttggcaagtgctctttttcataaaaatgttcaagatatggaa 19161308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 410 - 702
Target Start/End: Original strand, 20141935 - 20142227
Alignment:
Q  410 ggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggt 509  Q
    |||||||||||||||||||||| | |   ||| || |||| |||||| |  |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||    ||| |||||||    
T  20141935 ggttggcttctttacctattagatttaatgggttgagtttgtactcaacattagaggcttattcatacgtttttgtggcttctagattacagtcttgggt 20142034  T
Q  510 gctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgac 609  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| |||||||     
T  20142035 gttacaagatcatattttgagagacagtgggttatgtggcatggattcgaattttgataatgctttagatggtctttgtggtacgattccagattttgat 20142134  T
Q  610 gttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  20142135 gttagcagttttactagcaaagacaccgtctctcctaaagcacaacatgtcttggcgagtgctctttttagtaaaagcgttcaggatatggaa 20142227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 548 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 28225774 - 28225624
Alignment:
Q  548 gtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaa 647  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28225774 gtatggacttggattttgataatgctttgg----tcttcgcgatacgattccagattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaa 28225679  T
Q  648 agcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28225678 agcacaacatattttggcgagtgctctttttagtaaaattgttcaagatatggaa 28225624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 461 - 702
Target Start/End: Original strand, 41867149 - 41867390
Alignment:
Q  461 tagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcgga 560  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| || | ||| ||| |||||||||||    
T  41867149 tagaggcttcctcgtacacttttgtggcttctagggcacagtcttgggtgttataagatcatattttgagagacagtgggttatatggcatggactcgga 41867248  T
Q  561 ttttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgtt 660  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||    |||||||||| ||||||| |||| || |||||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  41867249 ttttgataatgcttttgatggtcttcatagtacgattccatattttgatgttagcatttttactaacaaagacactgtccctcctaaaacacaacatatt 41867348  T
Q  661 ttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||    
T  41867349 ttggcgagtgctctttttagtaaaagtgtccaggatatggaa 41867390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 566 - 702
Target Start/End: Original strand, 18744364 - 18744500
Alignment:
Q  566 ataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggc 665  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18744364 ataatgctttggatggtcttcgtggtacaattccagattttgatgttagcagttttactagcaaagacaccgtctctcctaaagcacaacatgttttggc 18744463  T
Q  666 aagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  18744464 gagtgctctttttagtaaaagtgttcaggatatggaa 18744500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 600 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 17345365 - 17345263
Alignment:
Q  600 aaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatg 699  Q
    ||||||||| |||| || ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||  |||||    
T  17345365 aaattttgatgttagcaattttactagcaaagacgccgtccctcctaaagcacaacttgttttggtgagtgctctttttagtaaaagtgttcagcatatg 17345266  T
Q  700 gaa 702  Q
    |||    
T  17345265 gaa 17345263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 591 - 702
Target Start/End: Original strand, 34185430 - 34185541
Alignment:
Q  591 tacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgtt 690  Q
    |||||||| | |||||||  |||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  34185430 tacgattctagattttgaatttagtagttttacttgcaagaacaccgtcccacctaaagtagaacatattttggcgagtgccttttttagtaaaagtgtt 34185529  T
Q  691 caatatatggaa 702  Q
    ||| ||||||||    
T  34185530 caagatatggaa 34185541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 616 - 682
Target Start/End: Original strand, 33611960 - 33612026
Alignment:
Q  616 agttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagta 682  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||    
T  33611960 agttttgcttgcaaggataccatccctcctaaaacacaacatgttttagcaaatgccctttctagta 33612026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 76 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 24126270 - 24125652
Alignment:
Q  76 ggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccat 175  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| | ||||||||   ||||||||||| ||    
T  24126270 ggggttgttccctacggatattgggaggccaacgttgggggtgaaatttctcgaaggggctgttagccgagacaaaggttttatttaggggttggcc-at 24126172  T
Q  176 gaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgcc 275  Q
    ||||| || ||||| ||||  ||| || ||||| |||||||| |  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||  ||    
T  24126171 gaagagagtttccagggctactgacttgatgcatcttcttcctcggttacgacatcctcagagtgagcttcttctacttcgatcgtgcatgggtatttcc 24126072  T
Q  276 aaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtgg 375  Q
    | ||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  24126071 agacttttctttggcttaatgacgtgccaaccgaatcacatggaggaggctgctaagttgtttgataaagagctgcgtggagcggttgaggacattgtgg 24125972  T
Q  376 tttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctc 473  Q
    || ||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||| | ||||| | ||||||    
T  24125971 ttggtggaggtcctttctttggggaccttcaatggacattggtttctttacctattaggtttggagggctgggattttactcaacagtagatgtttcctc 24125872  T
Q  474 atacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgct 573  Q
     || |||||| || ||||||| |||||         ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  24125871 ttatgcttttatggcttctagagcgca---------gctacaagatcatattttgagagacaatgggatatatggtatggactcgaattttgaaaatgct 24125781  T
Q  574 ttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctc 673  Q
    |||||||||||||| | ||||||| || ||||||| ||||  ||||||||| |||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  24125780 ttggatggtcttcgtggtacgatttcagattttgatgttagtagttttactagcaaagacatcgcccctcctaaagcataacatgttttggtgagtgctc 24125681  T
Q  674 tttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  24125680 tttttagtaaaagtgttcaagatatggaa 24125652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 113 - 693
Target Start/End: Original strand, 10950092 - 10950672
Alignment:
Q  113 ggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcacctt 212  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| | | |||||| |||||||| |||||||||   | ||||| | ||||||||  | || ||||||| |||| | |    
T  10950092 ggggtgaaatttttcggaggggctgtcaaccgagataaaggttttatcgaggggttaatc-atgaatagagcttccagagttgctgagttattgcatcct 10950190  T
Q  213 cttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattc 312  Q
     ||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||  |||||||||   |    ||||||||||    
T  10950191 tttccacagttacaagatcatcaaagtgagcttcttttacttcgatcatgcatggatattgccaaacctttggttggcctaaaggcacttcaaccgattc 10950290  T
Q  313 acatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggag 410  Q
    | |||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |   ||||| | ||||||| ||| |||||  || | ||||||||||  |||| |||||||||||    
T  10950291 aaatggaggaggcgactatgttattcgataaagagttgtatggagtacttgaggacattatggttgttgaatgtcctttctttggggaccttcaatggag 10950390  T
Q  411 gttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtg 510  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||  ||||||| || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||    
T  10950391 gttgacttctttacctattaggttttggggt-tgggtttttagtcagcagtaaaggctatctcatacgcttttgtggcttccggggcacaaccttgggtg 10950489  T
Q  511 ctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||| || || |||||  |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  10950490 ctacaagatcatattttgagagacagtgggataagtggtatagactcgaatgtttataattttttgaatggtcttcgtgatacaatttcaaattttgacg 10950589  T
Q  611 ttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaa 693  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||    
T  10950590 ttagcaattttacttgcaaggacaccattccttctaaagcacaacatgttttgacgagtgctctttatagtaaaagtgttcaa 10950672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 113 - 693
Target Start/End: Original strand, 10958097 - 10958677
Alignment:
Q  113 ggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcacctt 212  Q
    |||||||||||  | ||||||||||| | | |||||| |||||||| |||||||||   | ||||| | ||||||||  | || ||||||| |||| | |    
T  10958097 ggggtgaaatttttcggaggggctgtcaaccgagataaaggttttatcgaggggttaatc-atgaatagagcttccagagttgctgagttattgcatcct 10958195  T
Q  213 cttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattc 312  Q
     ||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||  |||||||||   |    ||||||||||    
T  10958196 tttccacagttacaagatcatcaaagtgagcttcttttacttcgatcatgcatggatattgccaaacctttggttggcctaaaggcacttcaaccgattc 10958295  T
Q  313 acatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggag 410  Q
    | |||||| ||||  |||||||||| ||||||||| |   ||||| | ||||||| ||| |||||  || | ||||||||||  |||| |||||||||||    
T  10958296 aaatggaggaggcgactatgttattcgataaagagttgtatggagtacttgaggacattatggttgttgaatgtcctttctttggggaccttcaatggag 10958395  T
Q  411 gttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtg 510  Q
    |||| |||||||||||||||||| | ||||  ||||||| || ||||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||    
T  10958396 gttgacttctttacctattaggttttggggt-tgggtttttagtcagcagtaaaggctatctcatacgcttttgtggcttccggggcacaaccttgggtg 10958494  T
Q  511 ctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||||| || || |||||  |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  10958495 ctacaagatcatattttgagagacagtgggataagtggtatagactcgaatgtttataattttttgaatggtcttcgtgatacaatttcaaattttgacg 10958594  T
Q  611 ttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaa 693  Q
    ||| || ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||    
T  10958595 ttagcaattttacttgcaaggacaccattccttctaaagcacaacatgttttgacgagtgctctttatagtaaaagtgttcaa 10958677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 269 - 702
Target Start/End: Original strand, 25020847 - 25021284
Alignment:
Q  269 tatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggat 368  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||| | ||||||||  ||||||| |||| ||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |     
T  25020847 tatcgtcaaacttttcttttgtctaaggatgtgccaacatattcacacggaggaggcgactatgttgtttgataaagagctacgtggagcagttgagaac 25020946  T
Q  369 attgtggtttgtggaggtcctttcttgg--gaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagagg 466  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |  || |||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||| |  |||  |    
T  25020947 attgtggttggtggaggtcctttctttgtggagcttcaatggagaatggcttatttacctattaggtttggggcgttgggtttgtactcaacaatagttg 25021046  T
Q  467 cttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagata--tgtggtatggactcggatttt 564  Q
    |||| |||||| || ||||| |||| ||  |  ||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||| ||| |||||    
T  25021047 cttcgtcatacactgttgtggcttccagaacatagttttgggtgctacaatatcacattttgagagacagtgggatacgtgtggtatggagtcgaatttt 25021146  T
Q  565 gataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttgg 664  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||||| | |||||||||||| ||| |||||| || ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  25021147 gataatgctttggatgatcttcgtggtacgattctagattttgacgttagcagctttactggcgaggacattgtccttcctaaagcacaacatgttttgg 25021246  T
Q  665 caagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    | ||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  25021247 cgagtgccctttttattaaaggtgttcaagatatggaa 25021284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 80 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 24322869 - 24322474
Alignment:
Q  80 ttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaag 179  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||| |  |||||||||    
T  24322869 ttgttccctttggatattgggaagccgacattaggggtgaaattgctcggaggggctgttagccgagatacatgttttatcgaggggcta-cccatgaag 24322771  T
Q  180 atagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaac 279  Q
    | ||||||   ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |   | |||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  24322770 agagcttctg-ggctactgagttaatgcatcttcttccacaattacgagagctgaatagtgagtttcttctacttcgatcatgcatgagtatcgcgaaac 24322672  T
Q  280 ttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttg 379  Q
    |||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| | |||||||  ||| ||||  |||||||| |    
T  24322671 ttttctttagtctaaggacgtgtcaaccaattcacatggaggaggaggctatgttgtttgataaagagttgcgtggagaggttaaggactttgtggttgg 24322572  T
Q  380 tggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcata 476  Q
    |||||||||||||||   ||| || || |||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||| |   |||||||||||||||    
T  24322571 tggaggtcctttctttgtggacctccagtggaggttggcttctttacctattagg-gttgggggttgggtttgtactcatcatcagaggcttcctcata 24322474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 506 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 37517910 - 37517731
Alignment:
Q  506 gggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattt 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||    
T  37517910 gggtgctacaagatcatattttgagagacagtgggttatgtggcatggactcggattttgaaaatgctttggatggtcttcgtggtacgatttaaaattt 37517811  T
Q  606 tgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaa 685  Q
    ||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  37517810 tgatgttagcagttttactagcaatgacaccgtccctcctaaagcacgacatgttttggcgagtgttctttttagaaaaa 37517731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 144 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 4700822 - 4700343
Alignment:
Q  144 gagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagc 243  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| || ||||||| |||||||| || |||||||||||||||   ||||| | | || | |||||||||||| ||||    
T  4700822 gagataaaggttttatcgaggggttgacc-atgaagagagcttccagggttgttgagttaatgcattgtcttcaatagttgcaagatcctcagagcgagc 4700724  T
Q  244 ttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataa 343  Q
    || ||||||||||||||| |||  |||||||| || || | ||   |||||| || ||||||| ||||||||||||| |||   || |||| ||| ||||    
T  4700723 ttcttctacttcgatcatgcatatgtatcgcccaaattctattcaacctaagcacttgccaactgattcacatggaggaggtgtctttgttgtttaataa 4700624  T
Q  344 agagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttcttggga-actt-caatggaggttggcttctttacctattaggtctgggggg 441  Q
    |||| |  | || ||||||||  | ||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||||| | |||| ||||||| |||||||||  ||| |      
T  4700623 agagttgtgaggggcagttgaaaacattgtggttggtggagatcctttctttggagactttcaatgtatgttgacttctttgcctattagggttggtgt- 4700525  T
Q  442 ctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgaga 541  Q
     ||  ||| ||||| ||  ||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||  ||  |||||| ||| |||||||||| ||||||||| | || ||    
T  4700524 -tgcatttgtactcggcaatagaggcttcctcgtacacttttgtggcttccagggtccaatcttgggcgcttcaagatcatactttgagagatagtggga 4700426  T
Q  542 tatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttact 624  Q
    || |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||  || ||||||||||    
T  4700425 taagtggtatgaactctgattttgacaatgctttggatggtcttcgtggtacgattctagattttgactgtagcagttttact 4700343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 174 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 140450 - 140279
Alignment:
Q  174 atgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcg 273  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||  || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  140450 atgaagagagcttccaggactgttgagttaatgcattttcttccacagctaagtgatccttagagtgagcttcttctacttcgatcatgcatgggtatca 140351  T
Q  274 ccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaaga 346  Q
    |||||||||| ||| | ||||  |||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  140350 ccaaacttttattttgtctaatgacgt-ccaaccgatttacatagaggaggcggctatgatgtttgataaaga 140279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 603 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 500951 - 500852
Alignment:
Q  603 ttttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||||||| || ||||| | | || || |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  500951 ttttgacgttagcaattttattagtaaagataccgtcccttttaaagcacaacatgttttggcgagtgctttttttagtaaaagtgttcaagatatggaa 500852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 618 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 40840262 - 40840178
Alignment:
Q  618 ttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| | ||||   |||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  40840262 ttttactagcaaggacaccgtccctcttaaagccgaacatgttttgacgagtgtcatttttagtaaaagtgttcaggatatggaa 40840178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 506 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 140122 - 139947
Alignment:
Q  506 gggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattt 605  Q
    |||||||  |||||||||| |||||| ||| ||  ||| |  |||||||| | ||||||||  ||||||||||| || || | | || |||||   ||||    
T  140122 gggtgcttaaagatcatatattgagaaacattggtataagcagtatggacactgattttgaccatgctttggatagtatttgtgttatgattctcgattt 140023  T
Q  606 tgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagta 682  Q
    |||| ||| |||||||||| |||| ||||  || |||||||| ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||    
T  140022 tgactttatcagttttactagcaatgacattgttcctcctaa-gcacaacatgttttggtgagtgtcctttttagta 139947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 76 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 19036676 - 19036052
Alignment:
Q  76 ggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccat 175  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| | ||||||  |||||||||||| ||    
T  19036676 ggggttgttccctgcggatattgggaggccaacattgggggtgaaattgcttggaggggttgttagtcgagataaaagttttattgaggggttggcc-at 19036578  T
Q  176 gaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgcc 275  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||| |||    
T  19036577 gaagagagcttccagggctgctgagttaatgcatcttcttcctcagttacgggatcctcagagtgagcttcttctacttcgattgtgcatgggtattgcc 19036478  T
Q  276 aaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtgg 375  Q
    |||  ||| | |||| |||| ||||||||   ||||||||||||| ||||  | ||||| ||| |||||||| | |||| ||| |||||||| |||||||    
T  19036477 aaatatttatctggcttaaggacgtgccagttgattcacatggaggaggcgaccatgttgttttataaagagttgcgtgaagcggttgaggacattgtgg 19036378  T
Q  376 tttgtggaggtcctt--tcttgggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctc 473  Q
    || ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||| |||  |  ||||||| ||    
T  19036377 ttagtggaggtcctttctctggggaccttcaatggaggttggcttctttacctattaggtttggagggttgggtttgtactgagctttgtaggcttcttc 19036278  T
Q  474 atacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgct 573  Q
    |  |||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | ||  ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19036277 acccgcttttgtggcttctagggcatagtcttgggtgctacaaggacatattttgagagacaataggtta--tggcatggactcagattttgataatgct 19036180  T
Q  574 ttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctc 673  Q
    |||||| ||||||| | |  ||||||| ||||| | |||| |||||||||| | || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19036179 ttggattgtcttcgtggtgggattccagatttttatgttagcagttttactagaaaagac-ccgtccctcataaagcacaacatgttttggcgagtgctc 19036081  T
Q  674 tttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  19036080 tttttagtaaaagtgttcaggatatggaa 19036052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 114 - 685
Target Start/End: Original strand, 28040022 - 28040593
Alignment:
Q  114 gggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttc 213  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| ||||||||  |||||||| ||| ||||||| ||||| || ||||| | | ||||| || ||||    
T  28040022 gggtgaaattgctcggaggggcttttagacgagataaaggttttattgaggggttagcc-atgaagagagcttacagggctgctaa-ttaatacatcttc 28040119  T
Q  214 ttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattca 313  Q
    |||| || |||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  28040120 ttcctcagttacggaatcctcagagttagcttcttctacttcgatcgtgcatgggtattgccaatcttttctttggcttaaggacgtgccaaccgattca 28040219  T
Q  314 catggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggagg 411  Q
    ||||||| |||  |||||| | ||||||||| || | |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||| |    
T  28040220 catggaggaggtggctatggtgtttgataaaaagttgcgtgaagcggttgaggacattgtggttggtggaggtcctttctttggggaccttcaatggatg 28040319  T
Q  412 ttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgc 511  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||| || |||| |||| | |  || |||||||||| ||| |||||||| |||||| ||| ||| |||||||      
T  28040320 ttggcatctttacctattaggtttggagggttgagtttgtactaaacattataggcttcctcgtacacttttgtggcttctaaggcacagtcttgggtca 28040419  T
Q  512 tacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgt 611  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||| ||    
T  28040420 tacaagatcaaattttgagagacagtgggttatgtggcatggacttggattttgataatgctttggatggtcttcgtggtacgattctagattttgatgt 28040519  T
Q  612 taacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaa 685  Q
    || |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  28040520 tagcagttttactagcaatgacaccatccctcctaaagcacaacatgtttttgcgagtgctctttttagtaaaa 28040593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 176 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 37201406 - 37200880
Alignment:
Q  176 gaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgcc 275  Q
    ||||| |||||||| | ||  |||||||||| | ||||||| ||| |||| ||||||||| ||||| ||| || |||||| | |||||||||||||| ||    
T  37201406 gaagagagcttccaggactactgagttaatgtatcttcttctacacttacaagatcctcaaagtgaacttattttacttcaagcatacatgggtatcacc 37201307  T
Q  276 aaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtgg 375  Q
    ||| ||||||| | |||||| || ||||||  |||||||||| |  ||||  ||||| | |||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||    
T  37201306 aaatttttcttagacctaaggacatgccaattgattcacatgaaagaggcgactatgatgtttgataaagagttgcgtggagcggttgaggacattgtgg 37201207  T
Q  376 tttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctc 473  Q
    || ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||| ||||||| ||||||    
T  37201206 ttggtggatgtcatttctttagggaccttcaatggaggttggcttctttacctattaggtttggggagttgggtttgtactcagcagtagaggattcctc 37201107  T
Q  474 atacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgct 573  Q
    | ||||||||||| ||| || ||| ||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||   || |||| ||| ||||||||||  |||| ||||||||    
T  37201106 aaacgcttttgtggcttataaggcacagtcttaggtgctaaaatatcatattttgagagatggtgggataagtgttatggactcgattttttataatgct 37201007  T
Q  574 ttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctc 673  Q
    ||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||  |||||||||  ||||  |    
T  37201006 ttggatgatcttcgtggcacgattccaaattttgacattagtagttttacttgcaagcacgtcgtccatcctaaagcgca--atgttttggtgagtgtcc 37200909  T
Q  674 tttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||    
T  37200908 tttttaggaaaagtgttcaagatatggaa 37200880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 211 - 702
Target Start/End: Original strand, 7793907 - 7794397
Alignment:
Q  211 ttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgat 310  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  7793907 ttcttccacaattacgagatcgtcataatgagcttcttctacttcgatcatgtttgggtatcaccaaaattttctttggcctaaggacgtgccaaccaat 7794006  T
Q  311 tcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatgg 408  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  |  |||||| |||||||||  |||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||||    
T  7794007 tcacatggaggaggcgactatgttatttgataaagaattgggtggagtagttgaggacgttgtggttggtggaggttctttctttggggaccttcaatgg 7794106  T
Q  409 aggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcata-cgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgg 507  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || |||| ||||||| ||||||    ||||||||||||| ||    ||||||| || | |  || ||  |||||    
T  7794107 aggttggcttcttcatctattaggtttgaggggttgggtttgtactcaagaatagaggcttcctcgtatattttttgtgactac-aaagcacaatcttgg 7794205  T
Q  508 gtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttg 607  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||| ||||||    
T  7794206 gtgctacaagatcatattatgagagatagtgggatatgtgatatagacttggattttgataatgttttggatggtcttcacggtaccattccagattttg 7794305  T
Q  608 acgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    || |||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||| |||| || ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||    
T  7794306 ac-ttagtagttttacttgcaaggatatcgtccctcctaaaacataacatattttagcgagtgctcgttttagtaaaa--gttcaaaatatggaa 7794397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 334 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 972651 - 972280
Alignment:
Q  334 tatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattag 431  Q
    |||||||||| ||||||||| |||  | |||| | |||||| || ||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  972651 tatttgataaggagcttcgtagagaggctgagaacattgtgcttggtggaggtcatttatttggggaacttcaatgaaggttgacttctttacctattag 972552  T
Q  432 gtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgaga 531  Q
    || |  |||| ||||||||||||| || ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||    
T  972551 gtttaaggggttgggtttatactcggcagtaaaggctttttcatacgcttttgtggcttccagggcacaatattgggtgctacaagatcaaattttgaga 972452  T
Q  532 gacaatgagata----tgtgg-tatgg-actcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttactt 625  Q
    || | |  ||||     |||| ||||| | || |||||| | |||||||||||| ||||||    |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  972451 gatattaggataaagtagtggttatggaaatcagattttcacaatgctttggatagtcttcatcgtacggttctaaattttgacgttagcaattttactt 972352  T
Q  626 gcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatg 699  Q
    ||||| ||| ||||| | ||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||| ||||||| |||||    
T  972351 gcaagcacatcgtcctttctaaa-cacaacatgttttggcgagtg-tccttttagtgaaagtgttcaagatatg 972280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 400 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 7435273 - 7435009
Alignment:
Q  400 cttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgc 499  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| | ||||||| ||||  |  ||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||| | |    
T  7435273 cttcaatggaggttgacttctttacctattaagtttggggcgttgggtttgtactaggaagtagaggtttcctcatacgcttttgttgcttccaggaccc 7435174  T
Q  500 agccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattcc 599  Q
    |  |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |   |||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||||   ||| ||||     
T  7435173 aatctttcgtgctacaagatcatattttgagagacagtgagataactaacatggactctgattttgacgatgttttggatggtcttcgtagtaccattct 7435074  T
Q  600 aaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttgg 664  Q
    | |||||||| |||  ||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  7435073 agattttgactttagtagttttactagtaaggacatcgtccctccaaaagcataacatgttttgg 7435009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 250 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 18282319 - 18282126
Alignment:
Q  250 tacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagct 349  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||| | |||  |||||||| |||||| ||||| |    
T  18282319 tacttcgatcatgcatgggtattgccaaacttttcttcggcctaaggacatgccaaccaattcacatggtggaggtggctatgttgtttgatcaagagtt 18282220  T
Q  350 tcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttc--ttgggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctgggggg 441  Q
     ||||||||||||||||| |||| |||| || |  ||||||||  ||| || ||| ||||   |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  18282219 ccgtggagcagttgaggacattgcggttggtagttgtcctttcttttgtgacctttaatgacagttggcttttttacctattaggtttgggggg 18282126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 326 - 516
Target Start/End: Original strand, 41520235 - 41520429
Alignment:
Q  326 agctatgttatttgataaagagcttcg--tggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctt 421  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||  |||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||   |||||| ||||||    
T  41520235 agctatgttgtttgataaagagctgcgcgtggagtggttgaggacattgtggttggtggaggtcctttctttcgggaccttcaacataggttgacttctt 41520334  T
Q  422 tacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaa 516  Q
    |||||||||||| ||||  | ||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  || ||||||||||||||    
T  41520335 tacctattaggtttgggatgttgggtttatactcggcaaccgaggcttcctcatacgcttttgtgatttcccgggcatagtcttgggtgctacaa 41520429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 467 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 22375464 - 22375320
Alignment:
Q  467 cttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttga 566  Q
    |||||| ||| |||||||||  ||| |||||   ||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| |||    
T  22375464 cttccttatatgcttttgtggtttccagggcaaggccttgaatgctgcaagatcatattttgagagacactgatagaagtggtatggactcggattatga 22375365  T
Q  567 taatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgt 611  Q
     |||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||||||||    
T  22375364 gaatgctttggatggtctttgtggtacgattctaaattttgacgt 22375320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 113 - 313
Target Start/End: Original strand, 32499802 - 32500000
Alignment:
Q  113 ggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcacctt 212  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||| | |||||| |  | |||||||||||||||  ||    
T  32499802 ggggtgaaattgtttggaggga-tgttagccgagatagaggttttatcgaggggttagcc-aggaatagagcttctagagttgttgagttaatgcatttt 32499899  T
Q  213 cttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattc 312  Q
    |||||| ||||| ||||||   | | |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || || ||| |||| ||||    
T  32499900 cttccataattaagagatctctaaaatgagtttcttctacttcgatcatgcatgggtatcgccaaactttcctttgacctgaggacatgctaaccaattc 32499999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 196 - 690
Target Start/End: Original strand, 36154239 - 36154733
Alignment:
Q  196 ttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaact-tttctttggcctaa 294  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| || | | |||| ||||||| ||| ||| | ||| ||||| |||| |||||||| |||| ||| ||| ||||||    
T  36154239 ttgagttaatgcatcttctttcacaactaaggggtcctaagagtgaacttcttccatttcaatcatgcatgagtatcgcctaactgtttttttagcctaa 36154338  T
Q  295 gaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt 394  Q
    | | | | |||||||||||| ||||| || ||  |||||| ||||||||| || |  | || |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  36154339 ggatgagtcaaccgattcacgtggaggagccatttatgttgtttgataaaaagttgtgaggggcagttgaagatattgtggttggtggaggtccattctt 36154438  T
Q  395 --gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttct 492  Q
      |||| |||||| | ||| | |||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||| |  |  |||||||||||   ||| |||||||  || |     
T  36154439 tagggaccttcaacgaagggtagcttctttacctattagagttggagggttgggtttatacccgacaatagaggcttccctgtacacttttgttgctacc 36154538  T
Q  493 agggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgata 592  Q
    |  || ||   |||| |||| ||||||||||| ||| |||| |  ||| |  | ||||| ||||| ||||| ||   ||||||  |||||||||| | ||    
T  36154539 attgcccaattttggatgctgcaagatcatatattgtgagataccgaggtgagcggtat-gactctgatttcgactgtgcttt-aatggtcttcgtggta 36154636  T
Q  593 cgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgtt 690  Q
    ||||  || ||||| || ||| |||||||||| ||||  |||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||    
T  36154637 cgatgtcatattttaactttagcagttttactagcaa-cacaatgtccctcctaaaacacaacatgttttggcgagttccctttttagtaaaagtgtt 36154733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 15585977 - 15585899
Alignment:
Q  194 tgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatc 272  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||  | |||| |||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  15585977 tgttgagttaatgcatcttcttccacaattaagagacccataaagtgggcttattatacttcgatcatgcatgggtatc 15585899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 615 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 38732295 - 38732208
Alignment:
Q  615 cagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| | | ||  | ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  38732295 cagttttacttagaaggacaacgtccttcctaaagcacaacaagttttgacgattgtccattttagtaaaagtgttcaagatatggaa 38732208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 158
Target Start/End: Original strand, 7793800 - 7793865
Alignment:
Q  93 atattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggtttta 158  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||| ||||    
T  7793800 atattggaacgccgacattgagggtgaaattgctcggagaggctgttagccgagatataggcttta 7793865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 639 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 15585548 - 15585495
Alignment:
Q  639 ccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttca 692  Q
    |||||||||||| | |||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  15585548 ccctcctaaagctcgacatgttttgacgagtgccctttttagtaaaagtgttca 15585495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 474 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 18282095 - 18282034
Alignment:
Q  474 atacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagaca 535  Q
    ||||||||||||| |||| | | |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18282095 atacgcttttgtggcttccaagacatagctttgggtgctacaagatcatattttgaaagaca 18282034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 75 - 501
Target Start/End: Original strand, 6252094 - 6252521
Alignment:
Q  75 aggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggccca 174  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| | |    
T  6252094 aggggtttttccctatggatattgggaggccgtcattgggggtgaaattgtttggaggggttgttagctgagataatggttttatcgaggggttggtc-a 6252192  T
Q  175 tgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgc 274  Q
    |||||| || |||||  | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6252193 tgaagagagtttccagtgttgttgagttaatgcaacttcttccacagttacgagatcctcagagtgagcatcttctacttcgatcatgcatgggtatcgc 6252292  T
Q  275 caaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtg 374  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   | |||| |||||||||||| |  ||||||  |||||||||||||||    
T  6252293 caaaattttctttgacctaagaacgtgccaaccgattcacatggaggaggcgattgtgttgtttgataaagagttgtgtggagtggttgaggatattgtg 6252392  T
Q  375 gtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcct 472  Q
    |||| | ||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||    
T  6252393 gtttattgaggtccattctttggggaccttcaatggaggttggcttttttacctattaggtctcgggggttgggtttatactcactagtagaggcttcct 6252492  T
Q  473 catacgcttttgtgtcttctagggcgcag 501  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  6252493 cgtacgcttttgtggcttctagggcgcag 6252521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 250 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 49019030 - 49018580
Alignment:
Q  250 tacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagct 349  Q
    |||||||||| |  || ||||| ||||||||||||||||||  ||| |  || || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49019030 tacttcgatcgtgtataggtattgccaaacttttctttggctgaaggatatgtcagccgattcacatggaggaggcagctatgttgtttgataaagagct 49018931  T
Q  350 tcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggt 447  Q
      ||||||  |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | | |||||    
T  49018930 atgtggaggggttgaggacattgtggttggtggatgtcctttctttggggaccttcaatggaggttagcttctttacctgttaggtttggagcgttgggt 49018831  T
Q  448 ttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtg 547  Q
    || | |||||| ||| |||||||||| ||||||| |||| ||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  49018830 ttgtgctcagcagtataggcttcctcttacgcttctgtggcttatagggcacagtcttgggtgctacaaaatcatattttgagagacaatgagatacgtg 49018731  T
Q  548 gtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaa 647  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| | |||||||||||| |||||||||| |||| ||||  ||| |||||||    
T  49018730 gtatggactc-gaatttgataatgctttggatggttttcgtgctacgattctagattttgacgttagcagttttactagcaaagacattgtctctcctaa 49018632  T
Q  648 agcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatg 699  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||    
T  49018631 agcacaacatgttttggcgagtgctctttttaataaaagttttcaagatatg 49018580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 75 - 435
Target Start/End: Original strand, 6172750 - 6173111
Alignment:
Q  75 aggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggccca 174  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||| |||||| | |    
T  6172750 aggggtttttccctatggatattgggaggccgtcattgggggtgaaattgtttggaggggttgttagctgagataatggttttatcgagaggttggtc-a 6172848  T
Q  175 tgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgc 274  Q
    |||||| || |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6172849 tgaagagagtttccagtgttgttgagttaatgcaccttcttccacagttacgagatcctcagagtgagcatcttctacttcgatcatgcatgggtatcgc 6172948  T
Q  275 caaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtg 374  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||  | | |||| |||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||    
T  6172949 caaaattttcgttgacctaagaacgtgccaaccaattcacatggaggaggtggttgtgttgtttgataaagagttgtgtggagcggttgaggatattgtg 6173048  T
Q  375 gtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtct 435  Q
    |||| ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6173049 gtttatggaggtccattctttggggaccttcaatggaggttggcttttttacctattaggtct 6173111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 409 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 29862718 - 29862423
Alignment:
Q  409 aggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttggg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  |  ||||||| |||||||| ||||||||||| || |||| |||||||  || ||||| |||| ||||||    
T  29862718 aggttggcttctttacctattaggtttggaagattgggtttgtactcagcagtagaggcttcttcgtacgtttttgtggtttttagggtgcagtcttggg 29862619  T
Q  509 tgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttga 608  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||     
T  29862618 tgctacaagat-atattttgagagacagtgggatgtgtggtatagactcggattttgataatgctttggatggtcttcgtggtacgattctagattttgg 29862520  T
Q  609 cgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgc---tctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    | |||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||   | |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  29862519 cattagtagttttactaacaaggacatcgtccctcctaaagcacaacatgttttggccaatgctgttttttttagtaaaagtgttcaagatatggaa 29862423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 488 - 702
Target Start/End: Original strand, 52411173 - 52411384
Alignment:
Q  488 cttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcg 587  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52411173 cttctagggcgcaatcttggatgctacatgatcatattttgagagacaatctaatatgtggtatggactcggattttgataatgctttgaatggtcttcg 52411272  T
Q  588 cgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaatt 687  Q
     | ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  52411273 tggtacgatttcaaattttgacattatcagttttacttgcaaggacaccgtccttcctaaagc---acatgttttagcgagtgctctttttagtaaaagt 52411369  T
Q  688 gttcaatatatggaa 702  Q
    ||| || ||||||||    
T  52411370 gttaaagatatggaa 52411384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 641 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 53786389 - 53786328
Alignment:
Q  641 ctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  53786389 ctcctaaaacacaacatgttttggcgagtgctctttttagtaaaagtgttcaagacatggaa 53786328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 432 - 493
Target Start/End: Original strand, 6174339 - 6174400
Alignment:
Q  432 gtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttcta 493  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6174339 gtctcgggggttgggtttatactcaccagtagaggcttcctcgtacgcttttgtggcttcta 6174400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 64
Target Start/End: Original strand, 6172652 - 6172706
Alignment:
Q  10 tggacatcattcgagtttttggaccagaattgggcccaatattgaatattcgtaa 64  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||||||    
T  6172652 tggacatcattcgagtttttggactagaattgggtctggtattgaatattcgtaa 6172706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 64
Target Start/End: Original strand, 6251995 - 6252049
Alignment:
Q  10 tggacatcattcgagtttttggaccagaattgggcccaatattgaatattcgtaa 64  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||||||    
T  6251995 tggacatcattcgagtttttggactagaattgggtctggtattgaatattcgtaa 6252049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 507 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 43123963 - 43123780
Alignment:
Q  507 ggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaatttt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||  |||||| ||  || ||| ||||||        || ||||| | | |||    
T  43123963 ggtgctacaagatcatattttgagagacactgagatacatggtaaggactttgattttaatggtgttttagatggt--------tatgattctagagttt 43123872  T
Q  607 gacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatat 698  Q
    ||| |||||| ||||||| | || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| ||||||| ||||    
T  43123871 gactttaacaattttactagtaaagatgccgtccctcctaaagtacaacatgtattggtgagtgtcttttttaataaaagtgttcaacatat 43123780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 438 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 34305386 - 34305122
Alignment:
Q  438 ggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaat 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  34305386 ggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcgtacgcttttgtggcttctagggcgcagtcttgggtactacaagatcatattttgagagacagt 34305287  T
Q  538 gagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccg 637  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34305286 gggatatgtggtatggactcagattttgataatgctttggatggtcttcacggtgcgattccagattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccg 34305187  T
Q  638 tccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34305186 tccctcctaaagcacaacatgttttggcgagtgctctttttagtaaaattgttcaagatatggaa 34305122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 297 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 32120958 - 32120553
Alignment:
Q  297 acgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt-- 394  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||      
T  32120958 acgtgtcaaccgattcacatggaggaggtggctatgttgtttgataaagagctgcgtggagtgattgaggacaatgtggttggtggaagtcctttctttg 32120859  T
Q  395 gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctag 494  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||    
T  32120858 gggaccttcaatggaggttggcttctttacctattaggtttagagggttgggtttgtactcagcagtagaggcttcctcatatgcttt-gtggcttttag 32120760  T
Q  495 ggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacg 594  Q
    ||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  32120759 ggcacattcttgggtgccacaagatcatattttgagagatagtgtgatatgtggcatgaactcggattttgataatgctttggatggtcttcatggtacg 32120660  T
Q  595 attccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaat 694  Q
    |||||| | |||||||||| || |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||     
T  32120659 attccaga-tttgacgttagcaattttacttgcgaagacaacgtccctcctaaagcacaacatgttttggcgagtgctctttttaggtaaagtgttcaag 32120561  T
Q  695 atatggaa 702  Q
    ||||||||    
T  32120560 atatggaa 32120553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 398 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 10402656 - 10402354
Alignment:
Q  398 aacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggc 497  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||| |    
T  10402656 aacttcaatggatgttggcttctttacctattaggtttgaggggctgggtttgtactcagcg-tagaggcttcctcgtatgcttttgtggcttctaggac 10402558  T
Q  498 gcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgatt 597  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10402557 gcagtcttgaatgctacaagatcatattttgagagatagtgggatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtctttgcgatacgatt 10402458  T
Q  598 ccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatata 697  Q
    ||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||| |||    
T  10402457 cctgattttgacgttagcagttttacttgtaaggacatcgtccctcctaaagcacaacatgttttgacgagtgctctttttagt-aaatcgttcaagata 10402359  T
Q  698 tggaa 702  Q
    |||||    
T  10402358 tggaa 10402354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 300 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 32116659 - 32116260
Alignment:
Q  300 tgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttcttgggaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||||||| ||| |  |||||| ||||| |    
T  32116659 tgccaaccgattcacatggaggaggcgactatgttgtttgataaagagttgggtggagcggttgaggacattgtggttggtgaatatccttttttgggga 32116560  T
Q  400 c-ttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcg 498  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||| ||||  |  |||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||     
T  32116559 cctttaatggaggttggcttctttacctattaggtttggaggt-tgggtttgtactttgtagtagaggcttactcataggcttt-gtggcttctagggca 32116462  T
Q  499 cagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattc 598  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  32116461 cagtcttgggtgctacaagatcatattgtaagagacattgggatatgtggtatcg-ctcggtttttgataatgctttggatgatcttcgtggtacgattc 32116363  T
Q  599 caaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatat 698  Q
    || |||| ||||||| |||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  32116362 cagattt-gacgttagcagttttactagcaaagacaacgtccttcctaaagcacaacatgttttgacgagtgatctttttagtaaaagtgttcaagatat 32116264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 75 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 10404726 - 10404409
Alignment:
Q  75 aggggttgttccatgtggatattgggatgccgacattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggccca 174  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||||  ||||| |||||||| |||||||||| || |    
T  10404726 agggcttgttccctgtggatattgggaggccgacattgggg-tgaaatttcttggagggattgttagccaagataaaggttttatcgaggggttgacc-a 10404629  T
Q  175 tgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgc 274  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  10404628 tgaagagagcttccagggttgttgagttaatgctccttctttcatagttacgagatccttagagtgagcttcttctacttcgatcatgcatgggtattgc 10404529  T
Q  275 caaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtg 374  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10404528 caaaattttctttggcataagaatgtgccaaccaattcacatggagaaggtgactatgttgtttgataatgagcttcgtggagcggttgaggatattgtg 10404429  T
Q  375 gtttgtggaggtcctttctt 394  Q
    |||||   ||||||||||||    
T  10404428 gtttgctaaggtcctttctt 10404409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 90 - 686
Target Start/End: Original strand, 29336946 - 29337551
Alignment:
Q  90 tggatattgggatgccg-acattgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttcc 188  Q
    |||||||||||| || | ||||| ||||| |||||||| ||| ||| ||||||  |||||| | |||||| ||||||| | ||| ||||||| | |||      
T  29336946 tggatattgggaggcgggacattaggggtaaaattgctcggaagggttgttagtcgagatacatgttttatcgaggggcttgcc-atgaagagaacttta 29337044  T
Q  189 aaggctgttgagttaatgcaccttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttg 288  Q
    ||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | || ||||||||||||| |||||||||    
T  29337045 aaggctactgagttaatgcatcttcttccacagttatgagatcctcagagtgagcttcttctacttcaatcgtgcaagggtatcgccaaagttttctttg 29337144  T
Q  289 gcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttattt-gataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtc 387  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  29337145 gcctaaggacgtgccagccgattcacatggaggaagcggctatgtttttttgataaagagttgcgtggagtggttgaggacattgtggttggtggaggtc 29337244  T
Q  388 ctttcttg--ggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctggg---tttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttt 482  Q
    |||||||   | | ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||  |||   ||| |  | ||| |||||||||||||||||| | ||    
T  29337245 ctttctttaagaaccttcaatggaggttgccttccatacctattaggtttgggggggggggagattttttttaagcagtagaggcttcctcatacacgtt 29337344  T
Q  483 tgtgtcttctagggcgcagccttgggtgc--tacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatg 580  Q
    | || |||||||||| ||    | | |||  || ||||||||||||||||||| | |  |||| ||| ||||||| |    ||||||| || |||  |||    
T  29337345 tatggcttctagggcacaattattgctgctatataagatcatattttgagagatagtaggataagtgatatggacacaatctttgatattgttttaaatg 29337444  T
Q  581 gtcttcgcgatacgattccaaattttgac-gttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctcttttta 679  Q
     |||| | | ||| |||| | ||||||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  29337445 atctttgtggtacaattctagattttgacatttagcatttttacttgcaaggacatcgtccatcctaaagcacaacatattttggtgagtgcccttttta 29337544  T
Q  680 gtaaaat 686  Q
    |||||||    
T  29337545 gtaaaat 29337551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 626 - 702
Target Start/End: Original strand, 45096 - 45172
Alignment:
Q  626 gcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  45096 gcaaagacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcgagtgctctttttagtaaaagtgttcagaatatggaa 45172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 393 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 22986854 - 22986556
Alignment:
Q  393 ttgggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttct 492  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||  | ||||  ||||||| |||||     |||||| || ||||||||||||| || ||| |    
T  22986854 ttggtaacttcaatggaggttgacttatttacttattaggattaggggt-tgggtttgtactcgaaattagaggttttctcatacgcttttatggcttat 22986756  T
Q  493 agggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgata 592  Q
    ||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||| ||  | |  |||| || |||||| ||| |||||| ||| |||||| ||| ||| |   ||||    
T  22986755 agggtccaatattgggtgctacaagatcatattatgaaaggtagtaggatacgttgtatgggctctgatttttatagtgcttttgatagtcattaggata 22986656  T
Q  593 cgattccaaattttgac-gttaacagttttacttgcaaggacaccgt-ccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgtt 690  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||  | | ||||||||||| ||||||||||  |||   |||||||||||| ||||    
T  22986655 cgattccatattttgacttttaacagttttactagcaaggacatcgtgtcttgctaaagcacaatatgttttggcgtgtgtcttttttagtaaaagtgtt 22986556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 393 - 690
Target Start/End: Original strand, 23801540 - 23801838
Alignment:
Q  393 ttgggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttct 492  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||  | ||||  ||||||| |||||     |||||| || ||||||||||||| || ||| |    
T  23801540 ttggtaacttcaatggaggttgacttatttacttattaggattaggggt-tgggtttgtactcgaaattagaggttttctcatacgcttttatggcttat 23801638  T
Q  493 agggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgata 592  Q
    ||||  ||   |||||||||||||||||||||| ||| ||  | |  |||| || |||||| ||| |||||| ||| |||||| ||| ||| |   ||||    
T  23801639 agggtccaatattgggtgctacaagatcatattatgaaaggtagtaggatacgttgtatgggctctgatttttatagtgcttttgatagtcattaggata 23801738  T
Q  593 cgattccaaattttgac-gttaacagttttacttgcaaggacaccgt-ccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgtt 690  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||  | | ||||||||||| ||||||||||  |||   |||||||||||| ||||    
T  23801739 cgattccatattttgacttttaacagttttactagcaaggacatcgtgtcttgctaaagcacaatatgttttggcgtgtgtcttttttagtaaaagtgtt 23801838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 451 - 702
Target Start/End: Original strand, 7199805 - 7200055
Alignment:
Q  451 tactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggta 550  Q
    ||||| || |||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||  |  |||||  |  |||| |||||||||| ||||| | ||||||  ||||||    
T  7199805 tactcggcagtagaggctttctcgtatgcttttgtggcttctagggcctaatcttggacgtgacaatatcatattttaagagaaagtgagatgagtggta 7199904  T
Q  551 tggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagc 650  Q
    || |||| ||||| || ||||   ||||||||||| | | | |||||| | ||| | ||   |  ||||||| | | ||||||  |||||||||||||||    
T  7199905 tgaactctgatttagacaatgtcatggatggtctttgtggtgcgattctagattgtcactaaagtagttttagtagtaaggacttcgtccctcctaaagc 7200004  T
Q  651 acaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7200005 acaacatgttttggtgaatgct-tttttagtaaaattgatcaagatatggaa 7200055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 551 - 702
Target Start/End: Original strand, 26224990 - 26225139
Alignment:
Q  551 tggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagc 650  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||| |||||| | ||| ||| ||||||  ||   ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||       
T  26224990 tggactctaattttgataatgttttggatgatcttcgtggtacaattacaaattc-gattataacagttttacttgaaaggacaccatcccttctaagaa 26225088  T
Q  651 acaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    | ||| || |||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  26225089 ataacgtgatttggcaagtgc-ccttttagtaaaaatgttcaagatacggaa 26225139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 10404820 - 10404771
Alignment:
Q  15 atcattcgagtttttggaccagaattgggcccaatattgaatattcgtaa 64  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  10404820 atcatttgagtttttggaccagaattgggtctgatattgaatattcgtaa 10404771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 347
Target Start/End: Original strand, 26224785 - 26224922
Alignment:
Q  210 cttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccga 309  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| | | ||||||| |||| | | ||| || ||||| ||||||||||||||| |||  | | || | |||||||||||    
T  26224785 cttcttctacaattaagaaatcctaataatgagcttcttctgcgttgattatgcatggatatcgccaaacttttatttttcttgaggatgtgccaaccga 26224884  T
Q  310 ttcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagag 347  Q
    | ||||||||| ||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  26224885 tgcacatggaggaggcgtctatgttgtttgacaaagag 26224922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 1e-83; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 331 - 702
Target Start/End: Original strand, 56461225 - 56461597
Alignment:
Q  331 tgttatttgataaagagcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt-gggaacttcaatggaggttggcttctttacctatt 429  Q
    |||| |||||||||||| | |||||||| ||||| || |||||||||  |||||||||||| || |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  56461225 tgttgtttgataaagagttgcgtggagcggttgaagacattgtggttgatggaggtcctttttttgggatcttcaataaaggttggtttctttacctatt 56461324  T
Q  430 aggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtgctacaagatcatattttga 529  Q
    |||| |||  || ||||||| |||||||| | ||||||||| |  |||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  56461325 aggtttggaaggttgggtttgtactcagcagcagaggcttctttgtacgtttttgtggcttctagggcgcaatcttgggtgctacaagatcatattttga 56461424  T
Q  530 gagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaacagttttacttgcaa 629  Q
    |||||| || ||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  56461425 gagacagtgggatatgtggtatgcacttagattttaataatgctttggat-gtcttcgtggtacgattctagattttgacattggcagttttactagcaa 56461523  T
Q  630 ggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgc-tctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  56461524 ggacattgtccctcctaaagcacaacatattttggcgagtgcttttttttagtaaaagtgttcaagatatggaa 56461597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 411 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 53171414 - 53171123
Alignment:
Q  411 gttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttgggtg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||| |  |||||||||  |  || ||||||||| |||||||||| ||  ||| ||||    
T  53171414 gttggcttctttacctattaggtttggagggttgggtttgtactcaacattagaggcttttttgtaagcttttgtggcttctagggcacaatcttaggtg 53171315  T
Q  511 ctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||| | | ||||| || ||||||| |    
T  53171314 ctacaagatcatattttgagagacagtgggttatgtggcatgaactcggattttgataatattttggattgtcttcgtggtgcgatttcagattttgatg 53171215  T
Q  611 ttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    |||  ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  53171214 ttagtagttttactagcaaagacatcgtccctcctaaagcacaacatgttttggcgagtgctctttttagtaaaagtgttcaaaatatggaa 53171123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 110 - 702
Target Start/End: Original strand, 23808588 - 23809181
Alignment:
Q  110 ttgggggtgaaattgcttggaggggctgttagctgagatagaggttttaccgaggggttggcccatgaagatagcttccaaggctgttgagttaatgcac 209  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||  || |||||||||||  |||| |||||||  ||||||| || ||   | | |||||||||||| ||     
T  23808588 ttgggggtgaatttgcttagaggggctgttagtggatatagaggttttgtcgagtggttggct-atgaagagagtttttcaagttgttgagttaatacat 23808686  T
Q  210 cttcttccacaattacgagatcctcagagtgagcttgttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccga 309  Q
    ||||||||||| ||| | | ||||||  |||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||  ||||| ||||||||||| ||  || ||||||| ||    
T  23808687 cttcttccacagttaaggggtcctcaacgtgagcttattctacttcgaccatgcatgagtatcatcaaacctttctttggccaaaagacatgccaactga 23808786  T
Q  310 ttcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggag-cagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaat 406  Q
    ||||||||||  | ||  ||||||| |||||||||||| | |  || | | | ||  || ||| |||||  | ||||  |||||||  |||| | |||||    
T  23808787 ttcacatggatgatgcttctatgttgtttgataaagagttacaagggggcggctggagacattctggttgttagaggctctttctttggggaccatcaat 23808886  T
Q  407 ggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctgggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgcttttgtgtcttctagggcgcagccttg 506  Q
    ||| | | |||| ||||||||||||   ||| ||   |||| | ||||     ||||| | |||||  || ||||||||  ||| |||||| ||  ||||    
T  23808887 ggaaggttgcttatttacctattagcgatggaggttcgggtctgtacttgaaagtagaagtttccttgtatgcttttgtagcttgtagggcccaatcttg 23808986  T
Q  507 ggtgctacaagatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaatttt 606  Q
    |||| || |||||||||| |||||||||| ||  ||| ||| ||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||| | || ||||  |||||||    
T  23808987 ggtgata-aagatcatatattgagagacagtggaataagtgatatggactccgattttcacattgctttggatggtcttcgtggtatgattttaaatttt 23809085  T
Q  607 gacgttaacagttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatggaa 702  Q
    ||| |||  ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  | || | |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23809086 gactttagtagttttactagtaaggacaccgtccctcataaagcacaacatattttggtgattggtttttttagtaaaaatgttcaagatatggaa 23809181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 247 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 24403683 - 24403445
Alignment:
Q  247 ttctacttcgatcatacatgggtatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaaga 346  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| || ||||||||||| || ||  ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  24403683 ttctacttcgatcatgcatgagtatcaccaaactattttttggcctaaggacatgttaactgattcacatggaggaggcaactatgttatttaataaaga 24403584  T
Q  347 gcttcgtggagcagttgaggatattgtggtttgtggaggtcctttctt--gggaacttcaatggaggttggcttctttacctattaggtctggggggctg 444  Q
    | |  | |||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||| ||    
T  24403583 gatgtgaggagcaattgaagagattgtggttagtggaggtcctttctttggggacctttaatggagggtggcttctttgcctattagggatagggggttg 24403484  T
Q  445 ggtttatactcagcggtagaggcttcctcatacgctttt 483  Q
    | | | |||||| |  |||||||||| ||| ||||||||    
T  24403483 gatgtttactcatcaatagaggcttcatcacacgctttt 24403445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 269 - 357
Target Start/End: Original strand, 25706523 - 25706611
Alignment:
Q  269 tatcgccaaacttttctttggcctaagaacgtgccaaccgattcacatggagaaggcagctatgttatttgataaagagcttcgtggag 357  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25706523 tatcaccaaaattttctttggtctaagaacgtgccaaccgattcacatggaggagacggctatgttgtttgataaagagctgcgtggag 25706611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 71; Significance: 9e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 517 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 20535 - 20353
Alignment:
Q  517 gatcatattttgagagacaatgagatatgtggtatggactcggattttgataatgctttggatggtcttcgcgatacgattccaaattttgacgttaaca 616  Q
    ||||||||||| ||||||| ||  ||| || |||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||   | | ||| || |||||||| ||||||    
T  20535 gatcatattttaagagacagtggaataagtagtatggactcagattttgataatgttttttatggtcttcgtagtgcaatttcagattttgacattaaca 20436  T
Q  617 gttttacttgcaaggacaccgtccctcctaaagcacaacatgttttggcaagtgctctttttagtaaaattgttcaatatatg 699  Q
     |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  20435 attttacttgcaaagactccgtctctcctaaagcacaacatgttttggcgaatgccctttttaataaaagtgttcaagatatg 20353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University