View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10440_low_6 (Length: 330)

Name: NF10440_low_6
Description: NF10440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10440_low_6
NF10440_low_6
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (7-317)||(8411043-8411353)
chr4 (7-317)||(8041245-8041555)
chr4 (7-317)||(8416645-8416955)
chr4 (7-314)||(8358998-8359296)
chr4 (7-317)||(8035831-8036138)
chr4 (7-317)||(9138429-9138736)
chr4 (74-317)||(8404062-8404308)
chr4 (67-311)||(43144311-43144555)
chr4 (7-144)||(8354614-8354748)
chr4 (67-239)||(8356024-8356196)
chr4 (84-241)||(9576915-9577072)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (60-317)||(33084248-33084505)
chr2 (63-175)||(24845330-24845441)
chr2 (7-40)||(33084207-33084240)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (70-265)||(5476606-5476801)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Original strand, 8411043 - 8411353
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8411043 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgacgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttg 8411142  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8411143 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctcaggtattgttctt 8411242  T
Q  207 tgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8411243 tgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccata 8411342  T
Q  307 tcttagttctt 317  Q
    |||||||||||    
T  8411343 tcttagttctt 8411353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 8041555 - 8041245
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8041555 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagttggtatgacgggtatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttg 8041456  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggta-ttgttct 205  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||| ||  | ||  ||||||    
T  8041455 catcttaattttttcagatttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaactgtcacgtgttgaatattttggttct-cgatagctgttct 8041357  T
Q  206 ttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccat 305  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  8041356 ttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactataacctatgtatcagctgtccaattttcgctttctactccaa 8041257  T
Q  306 atcttagttctt 317  Q
    ||||||||||||    
T  8041256 atcttagttctt 8041245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Original strand, 8416645 - 8416955
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8416645 ctctcactctttgacatttcttgagctttcttattatagtaggtatgactggtatgcgaagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttg 8416744  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctt 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||| ||||||||  | ||   ||||||||    
T  8416745 catcttaaattttttaactttgttgcaactcacgatcattgtgctgagcccttttcaaactgtcatgtgctgaatactttggttatcagtggttgttctt 8416844  T
Q  207 tgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccata 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    | |||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8416845 tgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactatatcctacgtatcagctgaccaattttcgctttctactccaaa 8416944  T
Q  307 tcttagttctt 317  Q
    |||||||||||    
T  8416945 tcttagttctt 8416955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8359296 - 8358998
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||||     | | ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8359296 ctctcactctttgacatttcttgagctttctt----tagt-----taacgggtatgcgaagtgtccaaaatctcttcacctgcctgcattaagaaccttg 8359206  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctt 206  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| ||||||  ||| | |||||||||||    
T  8359205 catcttaaatgcttcaactttgttacaactcactatcactgtgctgaccccttttcaaactgtcatgtgttgaacactttgcagctcaagtattgttctt 8359106  T
Q  207 tgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccata 306  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8359105 tgattgatgatgcacaaatcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactatatcctacgtattagctgaccaattttcgctttctactccaaa 8359006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 8036138 - 8035831
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||   |||||| || |   | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8036138 ctctcattctttgacatttcttgatctttgttat---agtaggaataacacggatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 8036042  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggta-ttgttct 205  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||| | |||||| ||  | ||  ||||||    
T  8036041 catcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaatattttggttct-cgatagctgttct 8035943  T
Q  206 ttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccat 305  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||     |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||     
T  8035942 ttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactatatcatctgtactagctgaacaatattcgctttctactccaa 8035843  T
Q  306 atcttagttctt 317  Q
      ||||||||||    
T  8035842 ggcttagttctt 8035831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 9138736 - 9138429
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||   ||| | |  | ||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  9138736 ctctcgctctttgacatttcttgacctttcttatt---gtatgaaaaacgggtatgcaaagtgtccaaaatctcttcacataccagcattaagaaccttg 9138640  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctt 206  Q
    |||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||| || |    ||||||||    
T  9138639 catcttcaatggttccactttgttgcaactcacgatcactgtgctgacccctttccaaactgtcacgtgttgaatactttggttctcattgcttgttctt 9138540  T
Q  207 tgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccata 306  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||| ||| |||||| ||||| |    
T  9138539 tgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactataagaaaagtatcagctgaccaatattcactttctgctccaaa 9138440  T
Q  307 tcttagttctt 317  Q
    |||||||||||    
T  9138439 tcttagttctt 9138429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 74 - 317
Target Start/End: Original strand, 8404062 - 8404308
Alignment:
Q  74 aaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatg 173  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||| |||   |||||||||||||||||||| |||| | || ||| || ||| ||||   |||||    
T  8404062 aaatcttttcatttgcctgtattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcacgatcactatgttgatcccttttcaaaccttcatg 8404161  T
Q  174 tgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgt 273  Q
     | |||| ||||||||||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | |  |    
T  8404162 cgttgaatactttggtgctcaggttttgtgatttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactgtccagtttgactatatttcacat 8404261  T
Q  274 ---attagctgaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 317  Q
       || ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8404262 atcatcagctgatgaattttcgctttctactccaaatcttagttctt 8404308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 67 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 43144555 - 43144311
Alignment:
Q  67 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaa 166  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||| | |||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||     
T  43144555 gtgtccaaaatctctacgcttgcctgcattaagaactttgtatctcaaatatgtcaactttgttgcaacacaccatcactatgctgaccctttttcaaac 43144456  T
Q  167 tgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataa 266  Q
    ||||||| | | || | |||||| || ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||| |  || | |||||||| ||||||     
T  43144455 tgtcatgagttaaataatttggtacttagggattgttctttgattcaggatgcaaaagtcctttgcatatctaataatgcactttccagtttaactatat 43144356  T
Q  267 gtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccatatctta 311  Q
     |  |||   |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  43144355 cttctgttgcagctcagcaattttcactttctactccaaatctta 43144311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 8354748 - 8354614
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttg 106  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||| || |   | |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8354748 ctctcactctttgacatttcttgatctttgttat---agtaggaataacacggagacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcagtaagaaccttg 8354652  T
Q  107 catcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatca 144  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  8354651 catctcaaatgtgtcaactttgttgcaactcaccatca 8354614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 67 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 8356196 - 8356024
Alignment:
Q  67 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaa 166  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| ||||     
T  8356196 gtgtccaaaatctcttcaatttcctgcattaagaactttgcatctcgaatgtgtcaactttgttgcaactcaccatcactatgccgaccctttttcaaac 8356097  T
Q  167 tgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatcta 239  Q
    ||||||| | | || |||||||| ||     |||||   |||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  8356096 tgtcatgagttaaatactttggtacttgatgattgtaaattgattgaggacgcacaagtcctttgcatatcta 8356024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 84 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 9577072 - 9576915
Alignment:
Q  84 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagac 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| ||||||| ||| ||| |||||||| || ||| | || ||||  ||| |||| ||    
T  9577072 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttgaatacttctactttgctgcaactaacagtcactgtgctgatcccttttcgaactgtctcgtgttgaatac 9576973  T
Q  184 tttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaat 241  Q
     ||||||||  | ||||||| ||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||    
T  9576972 attggtgctcggttattgttgtttgattaaggaaacacaagtcctctgcatatctaat 9576915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 60 - 317
Target Start/End: Original strand, 33084248 - 33084505
Alignment:
Q  60 atgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttt 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33084248 atgcaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttcaatttttcaacttctttgcaactcacaatcattgtgctgacccctt 33084347  T
Q  160 tccaaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttg 259  Q
    |||||| ||||| ||| |||| |||||||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  33084348 tccaaactgtcacgtgttgaatactttggttctcagtggttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctacatgtctaatcagacactatccaatttg 33084447  T
Q  260 actataagtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 317  Q
    |||||| || |  ||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  33084448 actatatgttacatatcaactgaccaatattcactttctactccaaatcttagttctt 33084505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 63 - 175
Target Start/End: Original strand, 24845330 - 24845441
Alignment:
Q  63 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttcc 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||| |||| | |||||| |||||| |    
T  24845330 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcagtaagaaccttgcatctcaaatgtgtcaactttgtagcaactcaccatcactatgctga-cctttttc 24845428  T
Q  163 aaaatgtcatgtg 175  Q
    ||| |||||||||    
T  24845429 aaactgtcatgtg 24845441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 40
Target Start/End: Original strand, 33084207 - 33084240
Alignment:
Q  7 ctctcactctttgacatttcttgagctttgttat 40  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33084207 ctctcactctttgacatttcttgagctttcttat 33084240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 265
Target Start/End: Original strand, 5476606 - 5476801
Alignment:
Q  70 tccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgt 169  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||   |||||||||||||||||| | |||| | || ||| || ||| ||||   |    
T  5476606 tccaaaatctctacatttgcctgcattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcgcgatcactatgttgatcccttttcaaacctt 5476705  T
Q  170 catgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactata 265  Q
    |||| | |||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  5476706 catgcgttgaatactttggtgctcaggtgttgttatttgattgaggatgcactagtcctctgcatatctaatcagacactgtccaatttgactata 5476801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University