View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10441_low_26 (Length: 338)

Name: NF10441_low_26
Description: NF10441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10441_low_26
NF10441_low_26
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (13-329)||(52117716-52118032)
chr3 (13-329)||(52947235-52947551)
chr3 (13-329)||(1136569-1136886)
chr3 (24-329)||(49724924-49725229)
chr3 (13-329)||(11033204-11033520)
chr3 (13-329)||(34650207-34650524)
chr3 (150-329)||(52117229-52117408)
chr3 (150-329)||(1137195-1137374)
chr3 (150-329)||(40954985-40955164)
chr3 (26-272)||(32611147-32611394)
chr3 (150-329)||(49725549-49725730)
chr3 (150-329)||(11032716-11032895)
chr3 (150-318)||(32611932-32612100)
chr3 (202-329)||(34651041-34651168)
chr3 (202-269)||(52946651-52946718)
chr3 (287-329)||(25581112-25581154)
chr3 (262-329)||(21268104-21268171)
chr3 (150-189)||(40955189-40955228)
chr3 (275-318)||(55456245-55456288)
chr3 (229-318)||(21268082-21268172)
chr3 (13-97)||(34409851-34409935)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (13-329)||(4563114-4563430)
chr1 (24-329)||(11342838-11343143)
chr1 (24-329)||(11500857-11501162)
chr1 (13-329)||(41706476-41706792)
chr1 (13-329)||(14283155-14283470)
chr1 (13-329)||(38481272-38481587)
chr1 (13-329)||(16420420-16420737)
chr1 (13-329)||(41729326-41729640)
chr1 (150-329)||(4563738-4563917)
chr1 (27-288)||(51305769-51306032)
chr1 (150-329)||(11342339-11342518)
chr1 (150-329)||(14283778-14283957)
chr1 (150-329)||(11500357-11500537)
chr1 (177-329)||(41729118-41729270)
chr1 (202-329)||(16421612-16421739)
chr1 (202-329)||(38482124-38482251)
chr1 (202-329)||(51305089-51305216)
chr1 (208-312)||(42813582-42813686)
chr1 (150-315)||(12951226-12951390)
chr1 (262-329)||(51305973-51306041)
chr1 (285-317)||(1897536-1897568)
chr1 (278-318)||(22919513-22919553)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (13-329)||(11681015-11681331)
chr8 (24-329)||(35124108-35124413)
chr8 (13-329)||(32672642-32672958)
chr8 (27-329)||(27242448-27242752)
chr8 (90-329)||(14865325-14865564)
chr8 (150-329)||(11680528-11680707)
chr8 (150-329)||(32673266-32673445)
chr8 (150-329)||(27241950-27242129)
chr8 (150-329)||(27247823-27248002)
chr8 (150-329)||(14865685-14865864)
chr8 (154-329)||(35123609-35123784)
chr8 (150-329)||(12127063-12127246)
chr8 (150-318)||(32220433-32220604)
chr8 (150-329)||(12127687-12127867)
chr8 (156-318)||(32219880-32220042)
chr8 (259-329)||(27254257-27254327)
chr8 (276-329)||(36336671-36336724)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (13-329)||(19897775-19898091)
chr5 (13-329)||(23093542-23093858)
chr5 (13-329)||(17641162-17641479)
chr5 (13-329)||(38559925-38560239)
chr5 (13-329)||(1301576-1301892)
chr5 (13-329)||(34089420-34089730)
chr5 (150-329)||(34088934-34089113)
chr5 (150-329)||(34386066-34386245)
chr5 (150-329)||(17640679-17640858)
chr5 (150-329)||(19898400-19898579)
chr5 (150-329)||(26626179-26626358)
chr5 (13-272)||(26625358-26625618)
chr5 (158-329)||(640170-640341)
chr5 (13-272)||(34385293-34385554)
chr5 (202-329)||(38560755-38560882)
chr5 (202-329)||(1302429-1302556)
chr5 (202-329)||(23094375-23094502)
chr5 (225-328)||(19877343-19877446)
chr5 (150-203)||(641608-641661)
chr5 (269-317)||(25465254-25465303)
chr5 (159-203)||(641489-641533)
chr5 (281-318)||(10326603-10326640)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (13-329)||(2614472-2614788)
chr4 (13-329)||(55979312-55979628)
chr4 (13-329)||(2216117-2216433)
chr4 (13-329)||(56064620-56064936)
chr4 (24-329)||(50663350-50663655)
chr4 (13-329)||(16507110-16507426)
chr4 (13-329)||(52896694-52897010)
chr4 (150-329)||(2613985-2614164)
chr4 (150-329)||(678116-678295)
chr4 (150-329)||(2216741-2216920)
chr4 (150-329)||(16507734-16507913)
chr4 (150-329)||(52897320-52897499)
chr4 (150-329)||(55978822-55979001)
chr4 (150-329)||(677422-677601)
chr4 (202-329)||(56063977-56064104)
chr4 (150-329)||(23101904-23102084)
chr4 (154-315)||(23101282-23101447)
chr4 (202-269)||(50664184-50664251)
chr4 (13-102)||(43320478-43320567)
chr4 (269-329)||(39890636-39890696)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (13-329)||(31286310-31286626)
chr7 (13-329)||(35394158-35394471)
chr7 (150-329)||(31285822-31286001)
chr7 (13-252)||(29720577-29720816)
chr7 (202-329)||(35393516-35393643)
chr7 (262-329)||(29720794-29720861)
chr7 (269-318)||(34596725-34596773)
chr7 (277-318)||(34894537-34894578)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (24-329)||(10918209-10918514)
chr6 (13-329)||(1387037-1387353)
chr6 (54-329)||(4138007-4138283)
chr6 (150-329)||(1386550-1386729)
chr6 (150-329)||(10918834-10919013)
chr6 (150-329)||(4138477-4138656)
chr6 (218-329)||(1378802-1378913)
chr6 (150-185)||(22746118-22746153)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (60-329)||(43200939-43201201)
chr2 (150-329)||(36765107-36765286)
chr2 (150-318)||(45227539-45227707)
chr2 (150-329)||(39618338-39618518)
chr2 (158-329)||(39618903-39619078)
chr2 (185-318)||(36765746-36765879)
chr2 (174-315)||(45228396-45228533)
chr2 (207-318)||(16655027-16655138)
chr2 (277-329)||(45227497-45227548)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 52117716 - 52118032
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52117716 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 52117815  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52117816 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 52117915  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52117916 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 52118015  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  52118016 tttgagggtggtatttg 52118032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 52947235 - 52947551
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52947235 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 52947334  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52947335 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 52947434  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52947435 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 52947534  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  52947535 tttgagggtggtatttg 52947551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1136886 - 1136569
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1136886 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 1136787  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    |||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1136786 ttgttttattttaaagatgtgatttttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 1136687  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1136686 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 1136587  T
Q  312 atttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  1136586 atttgagggtggtatttg 1136569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 49725229 - 49724924
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49725229 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 49725130  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49725129 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 49725030  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  49725029 gtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtag 49724930  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  49724929 tatttg 49724924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 11033204 - 11033520
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11033204 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 11033303  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11033304 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 11033403  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11033404 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggaaaagatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttactacataaattttaaa 11033503  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  11033504 tttgagggtggtatttg 11033520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 34650524 - 34650207
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34650524 aggagcatagctagaaatattcccaaactcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 34650425  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    |||||||||||| |||||||||                |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34650424 ttgttttattttaaagatgtgatttttttttcttttttattgttgttagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 34650325  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 311  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  34650324 ttatgattcgaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaagggatatttgatacataaattttaa 34650225  T
Q  312 atttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  34650224 atttgagggtggtatttg 34650207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 52117408 - 52117229
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52117408 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 52117309  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52117308 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 52117229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 1137195 - 1137374
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1137195 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 1137294  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1137295 ttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 1137374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 40955164 - 40954985
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40955164 attgttattagaaatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttatat 40955065  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40955064 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaagggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 40954985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 32611394 - 32611147
Alignment:
Q  26 gaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttg 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32611394 gaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgagtctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttatttta 32611295  T
Q  126 aagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaagg 224  Q
    ||||||| |                |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32611294 aagatgtaatttttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatatattaagaataagttttactttaccattaaagttttatgattcaagg 32611195  T
Q  225 tgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataa 272  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  32611194 tgtaatttgcatataacttttacatttagagaggatatttgcatataa 32611147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 49725549 - 49725730
Alignment:
Q  150 attgttattagagatat--agtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttac 247  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49725549 attgttattagagatatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaattttcatataagttttac 49725648  T
Q  248 atttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49725649 atttgaaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 49725730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11032895 - 11032716
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  11032895 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattgaaggtgtaattgacatataagtttaacat 11032796  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11032795 ttggagatgatgtttgcatataagttataaatttaaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 11032716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 150 - 318
Target Start/End: Original strand, 32611932 - 32612100
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  32611932 attgttatcagagatatatgaaattatagattaagaataagttttacttaatcattaaaattttatgattcatggtgtaatttgcatataacttttacat 32612031  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32612032 ttggaaatgatgtttgcatataagttataaatttgagggaatattttctacataaattttaaatttgag 32612100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 34651041 - 34651168
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34651041 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaagggatatttgctaca 34651140  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34651141 taaattttaaatttgagggtggtatttg 34651168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 202 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 52946718 - 52946651
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcata 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52946718 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcata 52946651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 25581154 - 25581112
Alignment:
Q  287 gggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25581154 gggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 25581112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 21268171 - 21268104
Alignment:
Q  262 tttgcatataagttataaatttgaggg-gatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21268171 tttgcacataagttttaaatttgggggagatatttgc-acataaattttaaatttgagaggggtatttg 21268104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 189
Target Start/End: Original strand, 40955189 - 40955228
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataa 189  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40955189 attgtcattagagatatagtaaattatagattaagaataa 40955228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 55456288 - 55456245
Alignment:
Q  275 tataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55456288 tataaatttgaggaggtatttgctacataaattttaaatttgag 55456245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 21268172 - 21268082
Alignment:
Q  229 atttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgag-gggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |   || |||||| |||| || |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21268172 atttgcacataagttttaaatttgggggagatatttgcacataaattttaaatttgagaggggtatttgctacataagttttaaatttgag 21268082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 34409935 - 34409851
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcacca 97  Q
    ||||||| || | ||||||||| ||| |||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||| | |||||| |||| ||||    
T  34409935 aggagcatagcttgaaatattctcaacctcttgtccacaaaacaatcctacctgagcctacacacagccatccatacatgtacca 34409851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 4563430 - 4563114
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563430 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 4563331  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563330 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 4563231  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563230 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 4563131  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  4563130 tttgagggtggtatttg 4563114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Original strand, 11342838 - 11343143
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11342838 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 11342937  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11342938 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 11343037  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11343038 gtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtgg 11343137  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  11343138 tatttg 11343143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Original strand, 11500857 - 11501162
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11500857 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 11500956  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11500957 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 11501056  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11501057 gtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtgg 11501156  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  11501157 tatttg 11501162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 41706476 - 41706792
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41706476 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctctccct 41706575  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41706576 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattacgaataagttttacttaaccattaaagttt 41706675  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41706676 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctgcataaattttaaa 41706775  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  41706776 tttgagggtggtatttg 41706792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 14283470 - 14283155
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283470 aggagcatagctagaaatattttcaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 14283371  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283370 ttgttttattttaaagatgtgatttttttctttttt-attgttattagagatatagtatattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 14283272  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283271 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 14283172  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  14283171 tttgagggtggtatttg 14283155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 38481587 - 38481272
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaac-aattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccc 111  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481587 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaaataattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccc 38481488  T
Q  112 tttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481487 tttgttttattttaaagatgtgattttttttttttt--attgttattagagatatagtaaattattgattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 38481390  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38481389 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 38481290  T
Q  312 atttgagagtggtatttg 329  Q
    |||| || ||||||||||    
T  38481289 atttaagggtggtatttg 38481272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 16420737 - 16420420
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  16420737 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgaacctacacacaaccatcaattcatgcaccaataacctcttcccct 16420638  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnatt-gttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16420637 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttatttgttattagagatatggtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 16420538  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16420537 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 16420438  T
Q  312 atttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||  |||||||||    
T  16420437 atttgaggatggtatttg 16420420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 41729326 - 41729640
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41729326 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgatcctacaca--accatccattcatgcaccaataacctctccccct 41729423  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  41729424 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttactttactatcaaagttt 41729523  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41729524 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttaaatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 41729623  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  41729624 tttgagggtggtatttg 41729640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 4563738 - 4563917
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4563738 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 4563837  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4563838 ttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 4563917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 27 - 288
Target Start/End: Original strand, 51305769 - 51306032
Alignment:
Q  27 aaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51305769 aaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttaa 51305868  T
Q  127 agatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggt 225  Q
    ||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51305869 agatgtgatttttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttctacttaaccattaaagttttatgattcaaggt 51305968  T
Q  226 gtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgc-atataagttataaatttgaggg 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||| || ||||||||||||    
T  51305969 gtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtctgctacataaattttaaatttgaggg 51306032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11342518 - 11342339
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11342518 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 11342419  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11342418 ttggaaaggatgtttgcatataaattataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 11342339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 14283778 - 14283957
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283778 attgttattagagatatagtaaattatagattaaaaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 14283877  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14283878 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 14283957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11500537 - 11500357
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11500537 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 11500438  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatat-aagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11500437 ttggaaaggatgtttgcatataaagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 11500357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 177 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 41729270 - 41729118
Alignment:
Q  177 agattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagtta 276  Q
    |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41729270 agattaagaataagttttactttactatcaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagtta 41729171  T
Q  277 taaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41729170 taaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 41729118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 16421612 - 16421739
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421612 cattaaagttttatgattcaaggtttaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 16421711  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16421712 taaattttaaatttgagggtggtatttg 16421739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 38482124 - 38482251
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38482124 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatatatgttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 38482223  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38482224 taaattttaaatttgagggtggtatttg 38482251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 51305216 - 51305089
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51305216 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 51305117  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  51305116 taaattttaaatttgagggtgatatttg 51305089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 208 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42813686 - 42813582
Alignment:
Q  208 agttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42813686 agttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaatt 42813587  T
Q  308 ttaaa 312  Q
    |||||    
T  42813586 ttaaa 42813582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 150 - 315
Target Start/End: Original strand, 12951226 - 12951390
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  12951226 attgtaattagagatatagtaaattatatattatgaataaattttactttaacatcaaagttttatgattcaaggtgtaacttgcatataagttttaagt 12951325  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaattt 315  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||    
T  12951326 ttggagaggatatttgcatataagttataaattttagggggtatttgc-acataaataataaattt 12951390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 262 - 329
Target Start/End: Original strand, 51305973 - 51306041
Alignment:
Q  262 tttgcatataagttataaatttg-aggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||||||| || ||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  51305973 tttgcatataagttttacatttggagaggatgtctgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 51306041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 285 - 317
Target Start/End: Original strand, 1897536 - 1897568
Alignment:
Q  285 aggggatatttgctacataaattttaaatttga 317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  1897536 agggggtatttgctacataaattttaaatttga 1897568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 278 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 22919553 - 22919513
Alignment:
Q  278 aaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22919553 aaatttgagggggtatttgttacataaattataaatttgag 22919513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 11681015 - 11681331
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11681015 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 11681114  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11681115 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 11681214  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11681215 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 11681314  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  11681315 tttgagggtggtatttg 11681331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Original strand, 35124108 - 35124413
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35124108 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 35124207  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35124208 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 35124307  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35124308 gtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtgg 35124407  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  35124408 tatttg 35124413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 32672958 - 32672642
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32672958 aggagcatagctagaaatattcccaatctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 32672859  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32672858 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattgaagttt 32672759  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32672758 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 32672659  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  32672658 tttgagggtggtatttg 32672642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 27 - 329
Target Start/End: Original strand, 27242448 - 27242752
Alignment:
Q  27 aaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27242448 aaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatacaccaataacctctccccctttgttttattttaa 27242547  T
Q  127 agatgtgannnnnnnnnnnnnnn--attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaagg 224  Q
    ||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27242548 agatgtgattttttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaagg 27242647  T
Q  225 tgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggt 324  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27242648 tgtaatttgcatatacgttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggt 27242747  T
Q  325 atttg 329  Q
    |||||    
T  27242748 atttg 27242752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 90 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 14865564 - 14865325
Alignment:
Q  90 atgcaccaataacctctccccctttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataa 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14865564 atgcaccaataacctctccccctttgttttattttaaagatgtgattttttttcttctttattgttattagagatataataaattatagattaagaataa 14865465  T
Q  190 gttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgagggg 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14865464 gttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagggg 14865365  T
Q  290 atatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14865364 atatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 14865325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 11680707 - 11680528
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11680707 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 11680608  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11680607 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 11680528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 32673266 - 32673445
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32673266 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 32673365  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  32673366 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 32673445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27242129 - 27241950
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27242129 attgttattagagatatagtaaattatagatcaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 27242030  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27242029 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 27241950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27248002 - 27247823
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27248002 attgttattagagatatagtaaattatagatcaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 27247903  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27247902 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 27247823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 14865685 - 14865864
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14865685 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 14865784  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14865785 ttggagaggatgttgacatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtgatatttg 14865864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 154 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 35123784 - 35123609
Alignment:
Q  154 ttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgg 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35123784 ttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagtttcacatttgg 35123685  T
Q  254 agagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35123684 aaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 35123609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 12127246 - 12127063
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaa----gttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagtttt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12127246 attgttattagagatatagtaaattat-gattatgaataagttttactttaccatcaaattaagttttatgattcaaggtgtaacttgcatataagtttt 12127148  T
Q  246 acatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttga-ggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  12127147 aagtttggagagaatatttgcatataagttataaattttaggggggtatttgctacataaattttaaatttgaggggggtatttg 12127063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 150 - 318
Target Start/End: Original strand, 32220433 - 32220604
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaa----gttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagtttt 245  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32220433 attgttattagagatatagcaaattat-gattatgaataagttttactttaccatcaaattaggttttatgattcaaggtgtaacttgcatataagtttt 32220531  T
Q  246 acatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    |  ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32220532 aagtttggagaggatatttgcatataagttataaattttaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 32220604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 12127687 - 12127867
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || | ||| | |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |    
T  12127687 attgtaattagagatatagtaaattatatatcatgaataagttttaatttaacatcatagttttatgattcaaggtgtaacttacatataagttttaact 12127786  T
Q  250 ttggagagaat-gtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  12127787 ttggagaggataatttgtatataagttataaattcgaggggatatttgctacataaattttaaatttgaggggggtatttg 12127867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 156 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 32220042 - 32219880
Alignment:
Q  156 attagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggag 255  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||  |||||||    
T  32220042 attagagatatagtaaattatatattatgaataagttttactttaacatcaaagttttatgatttaaggtgtaacttacatataagttttaactttggag 32219943  T
Q  256 agaat-gtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    || ||  ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32219942 aggataatttgcatataagttataaatttgaaagaatatttgctacataaa-tttaaatttgag 32219880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 259 - 329
Target Start/End: Original strand, 27254257 - 27254327
Alignment:
Q  259 atgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27254257 atgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 27254327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 276 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 36336724 - 36336671
Alignment:
Q  276 ataaatttga-ggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  36336724 ataaatttgaaggggatatttgc-acataaattttgaatttgagggtggtatttg 36336671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 19898091 - 19897775
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19898091 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 19897992  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19897991 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 19897892  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19897891 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaagatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 19897792  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  19897791 tttgagggtggtatttg 19897775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 23093858 - 23093542
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23093858 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggcgaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 23093759  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23093758 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 23093659  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23093658 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagggtatatttgctacataaattttaaa 23093559  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  23093558 tttgagggtggtatttg 23093542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 17641162 - 17641479
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17641162 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 17641261  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    |||||||||||| |||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17641262 ttgttttattttaaagatgtgatttttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 17641361  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17641362 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaa 17641461  T
Q  312 atttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  17641462 atttgagggtggtatttg 17641479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 38560239 - 38559925
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38560239 aggagcatagctagaaatattcccacgctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 38560140  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||                || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38560139 ttgttttattttaaagatgtgatttttttttctttt--ttattattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 38560042  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38560041 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 38559942  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  38559941 tttgagggtggtatttg 38559925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1301892 - 1301576
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  1301892 aggagcatagctagaaatattcccaagcttttggccaaaaaacaattctacctgagtctacacacaaccatccatttatgcaccaataacctttccccct 1301793  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    || ||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  1301792 ttattttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaaattt 1301693  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1301692 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttactacataaattttaaa 1301593  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  1301592 tttgagggtggtatttg 1301576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 34089420 - 34089730
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34089420 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttgaccaaaaaacaattctacgtgagcctacatacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 34089519  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34089520 ttgttttattttaaagatgtgatttttttccttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 34089619  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34089620 tatgatt------gtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 34089713  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  34089714 tttgagggtggtatttg 34089730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 34089113 - 34088934
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34089113 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 34089014  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34089013 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 34088934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 34386066 - 34386245
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34386066 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 34386165  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34386166 ttagagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 34386245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 17640858 - 17640679
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17640858 attgttattagagatatattaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 17640759  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17640758 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 17640679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 19898400 - 19898579
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19898400 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagtttaacat 19898499  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19898500 ttggagatgatgtttgcatataagttataaatttaaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 19898579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 26626179 - 26626358
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26626179 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 26626278  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26626279 ttagagaagatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctatataaattttaaatttgagggtggtatttg 26626358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 26625618 - 26625358
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26625618 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggtcaaaaaacaattctacctgagcatacacacaaccatccattcatgaaccaataacctctccccct 26625519  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagtt 211  Q
    |||||||||||| |||||||||                ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  26625518 ttgttttattttaaagatgtgatttttttttcttttttattgtgattagagatatagtaaattatagattaagaataatttttactttaccatcaaagtt 26625419  T
Q  212 ttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataa 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26625418 ttatgattcaaggtgtaatttgcatttaagttttacatttggagaggatatttgcatataa 26625358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 158 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 640341 - 640170
Alignment:
Q  158 tagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagag 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  640341 tagagatatagtaaattatagattaagaataagttttactttaccatcaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagag 640242  T
Q  258 aatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  640241 aatatttgcatataagttataaatttgagggaatatttgctacataaattttaaatttgaggggggtatttg 640170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 34385554 - 34385293
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34385554 aggagcatagttagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattgtacctgagcctacacacaaccatccat-catgcaccaataacctctcccgct 34385456  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn---attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaag 209  Q
    |||||||||||| |||||||||                  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34385455 ttgttttattttaaagatgtgattttttttttctttttttattgttattagagatataggaaattatagattaagaataagttttactttaccatcaaag 34385356  T
Q  210 ttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataa 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  34385355 ttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatatttgcctataa 34385293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 38560755 - 38560882
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38560755 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 38560854  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38560855 taaattttaaatttgagggtggtatttg 38560882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 1302429 - 1302556
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1302429 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 1302528  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||    
T  1302529 taaattttaaatttgaggatggtatttg 1302556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Original strand, 23094375 - 23094502
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23094375 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagatgatgtttgcatataagttataaatttgagggtatatttgctaca 23094474  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23094475 taaattttaaatttgagggtggtatttg 23094502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 225 - 328
Target Start/End: Original strand, 19877343 - 19877446
Alignment:
Q  225 tgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggt 324  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  19877343 tgtaatttgcatataaattttaaacttggagatgatatttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgaggggggt 19877442  T
Q  325 attt 328  Q
    ||||    
T  19877443 attt 19877446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 150 - 203
Target Start/End: Original strand, 641608 - 641661
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaacca 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  641608 attgttattagagatatagtaaattatagattaggaataagttttgctttacca 641661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 317
Target Start/End: Original strand, 25465254 - 25465303
Alignment:
Q  269 ataagttataaatttgagggga-tatttgctacataaattttaaatttga 317  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  25465254 ataagttttaaatttgagggaaatatttgctacataaattttaaatttga 25465303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 203
Target Start/End: Original strand, 641489 - 641533
Alignment:
Q  159 agagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaacca 203  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  641489 agagatatagtaaattataaattaataataagttttactttacca 641533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 318
Target Start/End: Original strand, 10326603 - 10326640
Alignment:
Q  281 tttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  10326603 tttgagggggtatttgctacataagttttaaatttgag 10326640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 2614472 - 2614788
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2614472 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 2614571  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2614572 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 2614671  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2614672 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 2614771  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  2614772 tttgagggtggtatttg 2614788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 55979312 - 55979628
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55979312 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 55979411  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55979412 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtatattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 55979511  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55979512 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 55979611  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  55979612 tttgagggtggtatttg 55979628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2216433 - 2216117
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2216433 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 2216334  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2216333 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 2216234  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2216233 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaagatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 2216134  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  2216133 tttgagggtggtatttg 2216117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 56064620 - 56064936
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56064620 aggagcatagctagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 56064719  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56064720 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 56064819  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  56064820 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaaggaatatttgctacattaattttaaa 56064919  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  56064920 tttgagggtggtatttg 56064936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 50663655 - 50663350
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50663655 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 50663556  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  50663555 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaaattttatgattcaag 50663456  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  50663455 gtgtaatttgcatataagttttatatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtcg 50663356  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  50663355 tatttg 50663350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 16507426 - 16507110
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16507426 aggagcatagctagaaatattcccaaactcttggccaaaaaacagttctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 16507327  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16507326 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 16507227  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16507226 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 16507127  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  16507126 tttgagggtggtatttg 16507110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 52897010 - 52896694
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52897010 aggagcatagctagaaatattctcaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 52896911  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52896910 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 52896811  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52896810 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaagatgtttgcatataagctataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 52896711  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  52896710 tttgagggtggtatttg 52896694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2614164 - 2613985
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2614164 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 2614065  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2614064 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 2613985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 678116 - 678295
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  678116 attgttattaaagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 678215  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  678216 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 678295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 2216741 - 2216920
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2216741 attgttattagagatataataaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 2216840  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2216841 ttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 2216920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 16507734 - 16507913
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16507734 attgttattagagatatattaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 16507833  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16507834 ttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 16507913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 52897320 - 52897499
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52897320 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagtttaacat 52897419  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52897420 ttggagatgatgtttgcatataagttataaatttaaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 52897499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 55979001 - 55978822
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55979001 attgttattagagatatagtaaattatagattaaaaataagttttccttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 55978902  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  55978901 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 55978822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 677601 - 677422
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  677601 attgttattagagatattttatattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 677502  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  677501 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttaagggtggtatttg 677422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 56064104 - 56063977
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  56064104 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgttaca 56064005  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  56064004 taaattttaaatttgagggtggtatttg 56063977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 23101904 - 23102084
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || | ||| |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||  |    
T  23101904 attgtaattagagatatagtaaattatatatcatgaataagttttaatttaacatcaaagttttataattcaaggtgtaacttacatataagttttaact 23102003  T
Q  250 ttggagagaat-gtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  23102004 ttggagaggataatttgcatataagttataaattcgaggggatatttgctacataaattttaaatttgaggggggtatttg 23102084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 154 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 23101447 - 23101282
Alignment:
Q  154 ttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaa----gttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  23101447 ttattagagatatagtaaattat-gattatgaataagttttactttaccatcaaattaagttttatgattcaaggtgtaacttgcatataagttttaagt 23101349  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttga-ggggatatttgctacataaattttaaattt 315  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23101348 ttggagaggatatttgcatataagttataaattttaggggggtatttgctacataaattttaaattt 23101282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 202 - 269
Target Start/End: Original strand, 50664184 - 50664251
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcata 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50664184 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcata 50664251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 13 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 43320567 - 43320478
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataac 102  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||    
T  43320567 aggagcatagcttgaaatattcccaagctcttgtccaaaaaacaattctacctgagcctacacacatccatccattcatgcaccactaac 43320478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39890696 - 39890636
Alignment:
Q  269 ataagttataaatttgaggg-gatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||    
T  39890696 ataagttttaaatttgagggtggtatttgctacataagttttaaatttaagag-ggtatttg 39890636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 31286310 - 31286626
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31286310 aggagcatagctagaaatatttccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 31286409  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31286410 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtatattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 31286509  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31286510 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 31286609  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  31286610 tttgagggtggtatttg 31286626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 35394158 - 35394471
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35394158 aggagcatagctagaaatattcccacgctcttggccaaaaaacaattctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 35394257  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||                || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35394258 ttgttttattttaaagatgtgattttttttctttt---ttattattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 35394354  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35394355 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 35394454  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  35394455 tttgagggtggtatttg 35394471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 31286001 - 31285822
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31286001 attgttattagagatatagtaaattatagattaaaaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 31285902  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31285901 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 31285822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 252
Target Start/End: Original strand, 29720577 - 29720816
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29720577 aggagcatagttagaaatattcccaagcttttggccaaaaaacaattctacctaagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 29720676  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  29720677 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagttatagtaaattatagattaagaataagttttactttaccatcaaagttt 29720776  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29720777 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttataaatttg 29720816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 202 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 35393643 - 35393516
Alignment:
Q  202 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35393643 cattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctaca 35393544  T
Q  302 taaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35393543 taaattttaaatttgagggtggtatttg 35393516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 262 - 329
Target Start/End: Original strand, 29720794 - 29720861
Alignment:
Q  262 tttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29720794 tttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 29720861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 269 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 34596773 - 34596725
Alignment:
Q  269 ataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34596773 ataagttttaaatttgagtgg-tatttgctacataaattttaaatttgag 34596725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 277 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 34894578 - 34894537
Alignment:
Q  277 taaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  34894578 taaatttgaggaggtatttgatacataaattttaaatttgag 34894537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 10918514 - 10918209
Alignment:
Q  24 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10918514 tagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattt 10918415  T
Q  124 tgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaag 223  Q
    | |||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10918414 taaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaacttttatgattcaag 10918315  T
Q  224 gtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtgg 323  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10918314 gtgtaatttgcatataaattttacatttgaagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtgg 10918215  T
Q  324 tatttg 329  Q
    ||||||    
T  10918214 tatttg 10918209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 13 - 329
Target Start/End: Original strand, 1387037 - 1387353
Alignment:
Q  13 aggagcacagatagaaatattcccaagctcttggccaaaaaacaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccct 112  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1387037 aggagcatagctagaaatatttccaagctcttggccaaaaaacaattctacgtgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccct 1387136  T
Q  113 ttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 212  Q
    |||||||||||| |||||||||               ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1387137 ttgttttattttaaagatgtgattttttttcttttttattgttattagagatatagtatattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttt 1387236  T
Q  213 tatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaa 312  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1387237 tacgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatatgctacataaattttaaa 1387336  T
Q  313 tttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||| ||||||||||    
T  1387337 tttgagggtggtatttg 1387353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 54 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 4138283 - 4138007
Alignment:
Q  54 acaattctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnn-att 152  Q
    |||||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||                |||    
T  4138283 acaattctacgtgagcctacacacaatcatccattcatgcaccaataacccctccccctttgttttattttaaagaagtgatttttttttcttttttatt 4138184  T
Q  153 gttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttg 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4138183 gttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttg 4138084  T
Q  253 gagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  4138083 gagaagatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtagtatttg 4138007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1386729 - 1386550
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1386729 attgttattagagatatagtaaattatagattaaaaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 1386630  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1386629 ttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 1386550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 10918834 - 10919013
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10918834 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaattttcatataagttttacat 10918933  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10918934 ttggaaaggatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagggtggtatttg 10919013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Original strand, 4138477 - 4138656
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  4138477 attgttattagagatataataaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaatgtgtaatttgcatataagtttaacat 4138576  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4138577 ttggagatgatatttgcatataagttataaatttaaggggatatttgttacataaattttaaatttgagggtggtatttg 4138656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 218 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 1378913 - 1378802
Alignment:
Q  218 ttcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttga 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1378913 ttcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagaggatgtttgcatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttga 1378814  T
Q  318 gagtggtatttg 329  Q
    | ||||||||||    
T  1378813 gggtggtatttg 1378802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 22746153 - 22746118
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaaga 185  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22746153 attgttattagagatatagtgaattatagattaaga 22746118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 60 - 329
Target Start/End: Original strand, 43200939 - 43201201
Alignment:
Q  60 ctaccttagcctacacacaacaatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttgaagatgtgannnnnnnnnnnnnnnattgttatta 159  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||               ||||||||||    
T  43200939 ctacctgagcctacacacaaccatccattcatgcaccaataacctctccccctttgttttattttaaagatgtgattttttttt------attgttatta 43201032  T
Q  160 gagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaa 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43201033 gagatatagtaaattatagattaagaataagttttactttactatcaaagttttatg-ttcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagga 43201131  T
Q  260 tgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  43201132 tgtttacatataagttataaatttgagaggatatttgctacataaattttaaatttgaaggtggtatttg 43201201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 36765286 - 36765107
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36765286 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttattttaccatcaaagttttatgatttaaggtgtaatttgcatataagttttacat 36765187  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  36765186 ttggagaggatatttgtatataagttataaatttgaggggatattttctacattaattttaaatttgagaggggaatttg 36765107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 150 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 45227707 - 45227539
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45227707 attgttatcagagatatagtaaattatagattaagaataatttttattttactatcaaagttttatgattgaaggtgtaatttgcatataagttttacat 45227608  T
Q  250 ttggagagaatgtttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45227607 ttggagagaatatttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacattaattttaaatttgag 45227539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 150 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 39618518 - 39618338
Alignment:
Q  150 attgttattagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacat 249  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |    
T  39618518 attgtaattagagatatagtaaattatatatcatgaataagttttaatttaacatcaaagttttatgattcaaggtgtaacttacatataagttttaact 39618419  T
Q  250 ttggagagaatg-tttgcatataagttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39618418 ttggagaggataatttgcatataagttataaattcgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagaggggtatttg 39618338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 158 - 329
Target Start/End: Original strand, 39618903 - 39619078
Alignment:
Q  158 tagagatatagtaaattatagattaagaataagttttacttaaccattaaa----gttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttgg 253  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  39618903 tagagatatagtaaattat-gattatgaataagttttactttaccatcaaattaagttttatgattcaaggtgtaacttgcatataagttttaagtttgg 39619001  T
Q  254 agagaatgtttgcatataagttataaatttga-ggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  39619002 agaggatatttgcatataagttataaattttagggggatatttgctacataaattttaaatttgagggaggtatttg 39619078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 185 - 318
Target Start/End: Original strand, 36765746 - 36765879
Alignment:
Q  185 aataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaatttg 284  Q
    |||||||||||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||     
T  36765746 aataagttttactttactataaaaattttatgatttaaggtgtaatttacatataagttttacatttgcagaggatatttgcatataagttataaattta 36765845  T
Q  285 aggggatatttgctacataaattttaaatttgag 318  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36765846 agagaatatttgctacataaattttaaatttgag 36765879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 174 - 315
Target Start/End: Original strand, 45228396 - 45228533
Alignment:
Q  174 tatagattaagaataagttttacttaaccattaaagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataag 273  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |  ||  ||||||||| |||    |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  45228396 tatatattaagaataaattttactttattatccaagttttattatt----gtgtgatttgcatataagttttatatttagagagaatatttgcatataag 45228491  T
Q  274 ttataaatttgaggggatatttgctacataaattttaaattt 315  Q
    |||||||||| ||   ||||||| ||||||||||||||||||    
T  45228492 ttataaatttaagaaaatatttgttacataaattttaaattt 45228533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 207 - 318
Target Start/End: Original strand, 16655027 - 16655138
Alignment:
Q  207 aagttttatgattcaaggtgtaatttgcatataagttttacatttggagagaatgtttgcatataagttataaa-tttgaggggatatttgctacataaa 305  Q
    ||||||| | ||| ||||||||||||||| | || ||||| | |||||| | || |||||||||| |||  ||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  16655027 aagttttctaatttaaggtgtaatttgcacacaaattttaaagttggagggcatatttgcatatatgtttgaaagtttgagggg-tatttgccacataaa 16655125  T
Q  306 ttttaaatttgag 318  Q
    |||||||||||||    
T  16655126 ttttaaatttgag 16655138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 277 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 45227548 - 45227497
Alignment:
Q  277 taaatttgaggggatatttgctacataaattttaaatttgagagtggtatttg 329  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || | ||||||||    
T  45227548 taaatttgaggggatatttgc-acataaatgttaaattttaggggggtatttg 45227497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University