View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10443_high_1 (Length: 829)
Name: NF10443_high_1
Description: NF10443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10443_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 817
Target Start/End: Original strand, 37903499 - 37904298
Alignment:
| Q |
18 |
catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca |
117 |
Q |
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37903499 |
catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca |
37903598 |
T |
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| Q |
118 |
atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt |
217 |
Q |
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| T |
37903599 |
atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt |
37903698 |
T |
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| Q |
218 |
gtgttgaacagaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa |
317 |
Q |
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| T |
37903699 |
gtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa |
37903798 |
T |
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| Q |
318 |
ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa |
417 |
Q |
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| T |
37903799 |
ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa |
37903898 |
T |
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| Q |
418 |
aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt |
517 |
Q |
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37903899 |
aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt |
37903998 |
T |
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| Q |
518 |
atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcacattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca |
617 |
Q |
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| T |
37903999 |
atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcgcattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca |
37904098 |
T |
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| Q |
618 |
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717 |
Q |
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| T |
37904099 |
aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcatattaaatgatt |
37904198 |
T |
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| Q |
718 |
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817 |
Q |
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37904199 |
aatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa |
37904298 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 817
Target Start/End: Original strand, 37910010 - 37910809
Alignment:
| Q |
18 |
catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca |
117 |
Q |
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| T |
37910010 |
catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca |
37910109 |
T |
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| Q |
118 |
atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt |
217 |
Q |
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| T |
37910110 |
atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt |
37910209 |
T |
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| Q |
218 |
gtgttgaacagaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa |
317 |
Q |
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| T |
37910210 |
gtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa |
37910309 |
T |
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318 |
ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa |
417 |
Q |
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| T |
37910310 |
ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa |
37910409 |
T |
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| Q |
418 |
aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt |
517 |
Q |
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| T |
37910410 |
aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt |
37910509 |
T |
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| Q |
518 |
atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcacattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca |
617 |
Q |
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atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcgcattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca |
37910609 |
T |
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618 |
aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcgtattaaatgatt |
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aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcatattaaatgatt |
37910709 |
T |
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718 |
gatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa |
817 |
Q |
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37910809 |
T |
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