View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10466_low_12 (Length: 557)

Name: NF10466_low_12
Description: NF10466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10466_low_12
NF10466_low_12
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (16-547)||(949305-949836)
chr1 (25-547)||(960277-960799)
chr1 (25-547)||(942316-942838)
chr1 (73-547)||(971586-972060)
chr1 (71-538)||(936405-936872)
chr1 (81-515)||(419496-419927)
chr1 (81-515)||(975234-975665)
chr1 (66-543)||(909650-910121)
chr1 (76-490)||(924236-924644)
chr1 (395-490)||(916185-916280)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (81-515)||(10644-11075)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 949836 - 949305
Alignment:
Q  16 gctatagcactcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttctattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949836 gctatagcactcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttctattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaa 949737  T
Q  116 taggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccat 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949736 taggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccat 949637  T
Q  216 gtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacaca 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  949636 gtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaacttcggttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgtgtaagggtaattctctttgtgacacaca 949537  T
Q  316 atagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaa 415  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949536 atagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaa 949437  T
Q  416 cattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact 515  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949436 cattgtttccgagttttgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact 949337  T
Q  516 tattgttcttttcacaatttcagcttcctttg 547  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  949336 tattgttctcttcacaatttcagcttcctttg 949305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 960799 - 960277
Alignment:
Q  25 ctcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttctattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacag 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960799 ctcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttatattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacag 960700  T
Q  125 tccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatc 224  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  960699 tccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatc 960600  T
Q  225 aacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattg 324  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  960599 aacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttg 960500  T
Q  325 ttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttc 424  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  960499 ttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttc 960400  T
Q  425 cgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttct 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960399 cgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttct 960300  T
Q  525 tttcacaatttcagcttcctttg 547  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  960299 cttcacaatttcagcttcctttg 960277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 942838 - 942316
Alignment:
Q  25 ctcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttctattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacag 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942838 ctcattattcaaggatacaactattgatgaaagaggttatattttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacag 942739  T
Q  125 tccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatc 224  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  942738 tccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatc 942639  T
Q  225 aacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattg 324  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  942638 aacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttg 942539  T
Q  325 ttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttc 424  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  942538 ttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttc 942439  T
Q  425 cgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttct 524  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942438 cgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttct 942339  T
Q  525 tttcacaatttcagcttcctttg 547  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  942338 cttcacaatttcagcttcctttg 942316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 972060 - 971586
Alignment:
Q  73 ttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttcc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  972060 ttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattcc 971961  T
Q  173 attctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatg 272  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971960 attctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatg 971861  T
Q  273 acagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgc 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971860 acagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgc 971761  T
Q  373 aaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacac 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  971760 aaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatac 971661  T
Q  473 aaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcctttg 547  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  971660 aaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttctcttcacaatttcagcttcctttg 971586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 71 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 936872 - 936405
Alignment:
Q  71 acttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggtt 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  936872 acttggaaacccaaacaacatgatcctgaggaaggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttaggatt 936773  T
Q  171 ccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagtttta 270  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||| || ||||||  |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  936772 ccattgtgaagtatcagtgtgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgaatcagtttta 936673  T
Q  271 tgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgtt 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||  || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||    
T  936672 tgacagtaaaaaactgcataagggtaactctctttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttcttcacaccttttgccattacatattctt 936573  T
Q  371 gcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttac 470  Q
    ||||  || | || | ||| | ||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  936572 gcaagtcactgctttcttttttcacttctgttgaaacagcttcgacattgtttccaagtttcgaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgttac 936473  T
Q  471 acaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcag 538  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  936472 acaaagcttttcctctcctttgatgccattttcttcacactcacttattgtgttcttcacaatttcag 936405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 81 - 515
Target Start/End: Original strand, 419496 - 419927
Alignment:
Q  81 ccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgat 180  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  419496 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 419595  T
Q  181 gtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaa 280  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  419596 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 419695  T
Q  281 aaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccatt 380  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||    
T  419696 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---att 419792  T
Q  381 actatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttt 480  Q
    ||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  419793 actttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttt 419892  T
Q  481 tcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact 515  Q
    ||||| |||||||| || |   |||||||||||||    
T  419893 tcctctcctttgatcccttgctcttcacactcact 419927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 81 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 975665 - 975234
Alignment:
Q  81 ccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgat 180  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  975665 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 975566  T
Q  181 gtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaa 280  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  975565 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 975466  T
Q  281 aaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccatt 380  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||    
T  975465 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---att 975369  T
Q  381 actatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttt 480  Q
    ||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  975368 actttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtcgtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttt 975269  T
Q  481 tcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact 515  Q
    ||||| |||||||| || |   |||||||||||||    
T  975268 tcctctcctttgatcccttgctcttcacactcact 975234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 66 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 910121 - 909650
Alignment:
Q  66 ttttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgttta 165  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  910121 tttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgttta 910022  T
Q  166 gggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcag 265  Q
     || |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  |  |||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  910021 aggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctg 909922  T
Q  266 ttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacata 365  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    ||||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||    
T  909921 ttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacata 909825  T
Q  366 ttgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaa 465  Q
    |||||| |||||   ||| | |  ||  |||||||| |||| ||  |||||||||||||| || ||| || |||||||||||| |||||||||||||||     
T  909824 ttgttgtaaacc---actttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaatcatagattccaatgat 909728  T
Q  466 gttacacaaagcttttcctcacctttgatgccatttgcttcacactcacttattgttcttttcacaatttcagcttcc 543  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||| ||||    
T  909727 gtcacacaaagcttttcctctcctttgataccatatgcttcacattcacttattgtgttcttcacaatttcagattcc 909650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 76 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 924644 - 924236
Alignment:
Q  76 gaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccatt 175  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | || ||| ||||  |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  924644 gaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccatt 924545  T
Q  176 ctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgaca 275  Q
     ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  || |||||||||||||||| |  |||| | ||||||||| ||||| |     ||| |||||    
T  924544 gtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttgcacgtagtttgtgaca 924445  T
Q  276 gtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaa 375  Q
     ||||| |||| ||| || |||| |  |   || ||||||| | | |||   ||||||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||| |      
T  924444 ataaaacactgtatatggataatccattggatggcacacaacaattttg---ttctcacccaacttcttaactccttttgctattatatattgttgta-- 924350  T
Q  376 ccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaa 475  Q
      || ||| | ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| || || ||||| |||||||||     
T  924349 -tatcactttctttgttcacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgactctaatgatgttacacaac 924251  T
Q  476 gcttttcctcacctt 490  Q
     ||||||||| ||||    
T  924250 tcttttcctctcctt 924236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 395 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 916280 - 916185
Alignment:
Q  395 cttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttttcctcacctt 490  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||| ||||    
T  916280 cttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgattctaatgatgttacacaactcttttcctctcctt 916185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 81 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 11075 - 10644
Alignment:
Q  81 ccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgat 180  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11075 ccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgat 10976  T
Q  181 gtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaa 280  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  10975 gtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaa 10876  T
Q  281 aaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccatt 380  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||   ||||||   ||||||||| ||   |||    
T  10875 acactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgtatattgttgtaa---att 10779  T
Q  381 actatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaagttacacaaagcttt 480  Q
    ||| | ||| | ||||||||| |||| ||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  10778 actttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatgttacacaaaccttt 10679  T
Q  481 tcctcacctttgatgccatttgcttcacactcact 515  Q
    ||||| |||||||| || |   |||||||||||||    
T  10678 tcctctcctttgatcccttgctcttcacactcact 10644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University