View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10468_low_11 (Length: 429)

Name: NF10468_low_11
Description: NF10468
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10468_low_11
NF10468_low_11
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-425)||(47283370-47283794)
chr7 (1-429)||(47278773-47279201)
chr7 (1-429)||(47299026-47299451)
chr7 (1-429)||(47242493-47242925)
chr7 (1-429)||(47292419-47292844)
chr7 (1-429)||(47256621-47257052)
chr7 (1-429)||(47267404-47267829)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-429)||(32731164-32731592)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 47283794 - 47283370
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47283794 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 47283695  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47283694 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 47283595  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47283594 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 47283495  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47283494 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatggactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 47283395  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctct 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  47283394 tgcaagtaatgcgtggagggtctct 47283370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 47279201 - 47278773
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47279201 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactccataacctaaaggatttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 47279102  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47279101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 47279002  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||  ||||||||    
T  47279001 caatgcttttgtacggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaatcaaacgacgaatctcagctatg 47278902  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
     ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  47278901 cgagtaagcgtaaagaagaaagagtgatggactatggtagcagcaacatcttcttccttgttgatatttgacgaaagtatttgttcgtattcatgatggt 47278802  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||    
T  47278801 tgcaagtaacacgtggagggtctcttgcc 47278773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Original strand, 47299026 - 47299451
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || || ||| |||||||||    
T  47299026 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggtttccacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaac 47299125  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| || | |  ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  47299126 agttaccgtagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaacctcgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactg 47299225  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||| ||| |  |||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | ||  ||||||    
T  47299226 caatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatg 47299325  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
    | ||||  | ||||||||||||||||||| ||||    || ||||| ||||| ||||||  |  |||||| || ||| |||||||| ||||||  |||||    
T  47299326 tcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta---gagaagcagtatctttttccttaattgtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaatggt 47299422  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47299423 tgcatgtaatgcgtggagggtctcttgcc 47299451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 47242925 - 47242493
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| ||||||||  |    
T  47242925 gtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatgc 47242826  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    | ||||| |||||||||||||     ||| ||| |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  47242825 aattaccgtaatatccaacaaacaaagaagggttagcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctg 47242726  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatca----aatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagc 296  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||    ||| || |||| | | ||||||||| ||||| ||||  ||| ||  ||||    
T  47242725 caatgcttttgtgcggcagcaccaataatatgcagtgataagatcaaattaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcacagc 47242626  T
Q  297 tatgtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacga 396  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| | |||||| | | |||||||   ||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||    
T  47242625 tatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttgatgtaggtatttggcgaaagtatttgttcgtattcacga 47242526  T
Q  397 tggttgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  47242525 tggttgcatgtaatgtatggagggtctcttgcc 47242493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Original strand, 47292419 - 47292844
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||||    
T  47292419 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatggatttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaac 47292518  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| || |    ||||||| || ||||||||  ||| ||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||    
T  47292519 agttaccgtaatatccaacaagtggcgaattgttaatgttaaacctcgagcgtgcattgacgacgcacatcattcgtacctctttatccgcctctaactg 47292618  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |  |||||||||    
T  47292619 caatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcaaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcgcagctatg 47292718  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
    | ||||  | |||||||||||||| |||| ||||    || ||||| ||||||||||||  || |||||| || ||  |||||||  |||||| ||||||    
T  47292719 tcagaagctctaaagaagaaagatcgatgaacta---gagaagcagtatcttcttccttaatggtatttggcgaaaaaatttgtttgtattcaagatggt 47292815  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47292816 tgcatgtaatgcgtggagggtctcttgcc 47292844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 47257052 - 47256621
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||| || |||| |||||||| ||    
T  47257052 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 47256953  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatgg---tcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaa 197  Q
    |||| |||||||||||||  || | |||| ||   | |||  ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||     
T  47256952 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgcattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 47256853  T
Q  198 ctgcaatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagct 297  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||  ||  | ||||   |  |||||||| ||||| |||| |||| || ||||||    
T  47256852 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcaccgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 47256753  T
Q  298 atgtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttg---atatttgacgtaagtatttgttcatattcac 394  Q
    |||||||    ||| ||||||||||||||||| ||||    | ||| || ||||||||||||| ||    |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  47256752 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggacta---caatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcac 47256656  T
Q  395 gatggttgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  47256655 gatggttgcaagtaatgtatggagggtctcttgcc 47256621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 47267829 - 47267404
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||    
T  47267829 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccacagcataacctaatgagtttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgccgggtaagcaaaac 47267730  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    | ||||| || ||||||||||||||||||| || |||  ||||||| |||||||||||  | || |||||||||||||  || ||||||| |||||||||    
T  47267729 aattaccgtagtatccaacaagtggcgaattgttagcattaaacctcgaacgtgcattgacaatacacatcattcgtatctcgtcatctgcctctaactg 47267630  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |  | || |  |||||||||||||||| |||| |||| |   || | |||    
T  47267629 caatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtacaatggcgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcacaacaatg 47267530  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
    |  |||    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||    | ||||||||||||| |  ||||||||| ||  |||||||| |||||| ||||||    
T  47267529 tctgaagtcctaaagaagaaagattgatgaactagggttgt---ggtatcttcttccttgattgtatttgacgaaaaaatttgttcgtattcatgatggt 47267433  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||    
T  47267432 tgcatgtaatgtgtggtgggtctcttgcc 47267404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 32731592 - 32731164
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  32731592 gtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatac 32731493  T
Q  101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccgtaaaccttgaacgtgcattagcgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactg 200  Q
    | ||||| |||||||||| ||     ||| ||| |||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  32731492 aattaccgtaatatccaataaacaaagaagggttagcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctg 32731393  T
Q  201 caatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatctactgcatttacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatg 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||| || |||| | | ||||||||| ||||| ||||  ||| || |||||||||    
T  32731392 caatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcactgataagatcaaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcgcagctatg 32731293  T
Q  301 tgagaaagtgtaaagaagaaagattgatgtactatggtagtagcagcatcttcttccttgttgatatttgacgtaagtatttgttcatattcacgatggt 400  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||| |||| | |||||| | | |||||||   ||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  32731292 tgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttgatgtaggtatttggcgaaagtatttgttcgtattcacgatggt 32731193  T
Q  401 tgcaagtaatgcgtggagggtctcttgcc 429  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  32731192 tgcatgtaatacatggagggtctcttgcc 32731164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University