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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1046_high_1 (Length: 675)
Name: NF1046_high_1
Description: NF1046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1046_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 54289951 - 54289314
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacactgcagtatattgaatagtacctgtcctgtcactgtatacagtctgttataccagccatttgttaacatcccaatagctgaatatagatgtt |
110 |
Q |
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| T |
54289951 |
cacagacactgcagtatattgaatagtacctgtcctgtcactgtatacagtctgttataccagccatttgttaacatcccaatagctgaatatagatgtt |
54289852 |
T |
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| Q |
111 |
tgcgaccctcaccaggactttgcagcgtatactcaatgaaataaaatcctgagccgttttttcgaggcaaactagcagttagaacttcaaaattcaaccc |
210 |
Q |
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| T |
54289851 |
tgcgaccctcaccaggactttgcagcgtatactcaatgaaataaaatcctgagccgttttttcgaggcaaactagcagttagaacttcaaaattcaaccc |
54289752 |
T |
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| Q |
211 |
ataatttcagttttgagaagtctttcactgtctcaataataata--cattagaactatatgtaacctataacatattttctttcccttacagttgcaacc |
308 |
Q |
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| T |
54289751 |
ataatttcagttttgagaagtctttcactgtctcattaataatatacattagaactatatgtaacctataacatattttctttcccttacagttgcaacc |
54289652 |
T |
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| Q |
309 |
ttataacatgtactgtaatgtaatgcagcagctttcaatgacatttaacagtaaaagtatgcacctttagatgatttacaatctatgagtttagcagcca |
408 |
Q |
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| T |
54289651 |
ttataacatgtactgtaatgtaatgcagcagctttcaatgacatttaacagtaaaagtatgcacctttagatgatttacaatctatgagtttagcagcca |
54289552 |
T |
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| Q |
409 |
caccaggtggttttttccagcttctatccaacccactaacctgtcatattcatattaagcaaaatagggtgaatattaagcattagctgaaactggtagc |
508 |
Q |
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| T |
54289551 |
caccaggtggttttttccagcttctatccaacccactaacctgtcatattcatattaggcaaaatagggtgaatattaagcattagctgaaactggtagc |
54289452 |
T |
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| Q |
509 |
aagaaaaaccagcaaataacagttatgattctgatcaagaaataacaccagagtgtcagcaaattcttcaactttgccgaatgattccatcttagtgaaa |
608 |
Q |
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| T |
54289451 |
aagaaaaaccagcaaataacagttatgattctgatcaagaaataacaccagagtgtcagcaaattcttcaactttgccgaatgattccatcttagtgaaa |
54289352 |
T |
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| Q |
609 |
tctggacccactcctgtgatcacaacgctcactgcagc |
646 |
Q |
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| T |
54289351 |
tctggacccactcctgtgatcacaacgctcactgcagc |
54289314 |
T |
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Back To:
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Target: chr6 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 602
Target Start/End: Original strand, 11684338 - 11684913
Alignment:
| Q |
26 |
atattgaatagtacctgtcctgtcactgtatacagtctgttataccagccatttgttaacatcccaatagctgaatatagatgtttgcgaccctcaccag |
125 |
Q |
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| T |
11684338 |
atatcgaatagtacctgtcctgtcgctgtatacagtctgttataccaaccatctgttaacatcccaatagctgaatatagatgtttgcgaccctcaccag |
11684437 |
T |
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| Q |
126 |
gactttgcagcgtatactcaatgaaataaaatcctgagccgttttttcgaggcaaactagcagttagaacttcaaaattcaacccataatttcagttttg |
225 |
Q |
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| T |
11684438 |
gactttgcagcgtatactcaataaaataaaatcctgaaccgttttttggaggcaaattaataattagaacgtcaaaattcaatccataatttcagttttg |
11684537 |
T |
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| Q |
226 |
agaagtctttcactgtctcaataataatacattagaactatatgtaacctataacatattttctttcccttacagttgcaaccttataacatgtactgta |
325 |
Q |
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| T |
11684538 |
agaagtctctctctgtctcattaagcatacattagaactatatataacctataacatattttctttcccttatagttgcaaccttataacatgtactgca |
11684637 |
T |
|
| Q |
326 |
atgtaatgcagcagctttcaatgacatttaacagtaaaagtatgcacctttagatgatttacaatctatgagtttagcagccacaccaggtggttttttc |
425 |
Q |
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| T |
11684638 |
aaataatgcagcaactttcaatgacatttaagagtaaaagcatgcacctttagatgatttacaatctatgagtttagcagccacaccaggtggttttttc |
11684737 |
T |
|
| Q |
426 |
cagcttctatccaacccactaacctgtcatattcatattaagcaaaatagggtgaatattaagcattagctgaaactggtagcaagaaaaaccagcaaat |
525 |
Q |
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| T |
11684738 |
cagcttctgtccaacccactaacctgtcatattcatattaagcaaaatagggtgaatattaagcattagctgaaactgaaagtaag-aaaatcagcaaac |
11684836 |
T |
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| Q |
526 |
aacagttatgattctgatcaagaaataacaccagagtgtcagcaaattcttcaactttgccgaatgattccatctta |
602 |
Q |
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| T |
11684837 |
aatagttatgaatctgatcaagaaatgacaccagagtgtcatcaaattcttcaacttttccgaataattccttctta |
11684913 |
T |
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