View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10470_low_3 (Length: 599)

Name: NF10470_low_3
Description: NF10470
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10470_low_3
NF10470_low_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (19-584)||(13446681-13447250)
chr5 (19-582)||(13426027-13426590)
chr5 (19-584)||(13419135-13419699)
chr5 (108-415)||(13412958-13413265)
chr5 (133-458)||(13453764-13454089)
chr5 (126-415)||(13393562-13393851)
chr5 (169-415)||(13385377-13385623)
chr5 (21-415)||(13389050-13389444)
chr5 (116-421)||(13373039-13373344)
chr5 (116-421)||(13378835-13379140)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (113-421)||(47601119-47601427)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (116-355)||(28430528-28430767)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 13447250 - 13446681
Alignment:
Q  19 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447250 gatacatggttgattcatgtcgttcttgcgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 13447151  T
Q  119 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13447150 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 13447051  T
Q  219 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13447050 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgttggtcttggtggacttggtc 13446951  T
Q  319 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446950 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 13446851  T
Q  419 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgt----ta 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||    
T  13446850 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaattttcattatttcagaaattgataatgttaatta 13446751  T
Q  515 atcaagaaactaatattgtacaacgttttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 584  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13446750 atcaagaaactaataatgtacaacattttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 13446681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 13426590 - 13426027
Alignment:
Q  19 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||||| || || | ||    ||||    || ||||| ||||||    
T  13426590 gatacatggttgattcatgtcgttcatgcgaaaattgtgcggaagatcttgagaattactgcccccaacaaacagttacatgtggtgctaagtatcgtga 13426491  T
Q  119 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 218  Q
    |||||   |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13426490 tggcagcgtcacatatggaggttattccgactcaatggttgcagatgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgttgccggtcct 13426391  T
Q  219 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  13426390 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgttgttggtcttggtggacttggtc 13426291  T
Q  319 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 418  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||    
T  13426290 atatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaagcgatagaacatttaggagctga 13426191  T
Q  419 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  13426190 ctcgtttctagtaagccgcgatccagatcagatgcaggtatatgattcatttgattgatttgcgaa-tttcattatttcagaaatcgagaatgttaatca 13426092  T
Q  519 agaaactaatattgtacaacgtttt-ataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacac 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||    
T  13426091 agaaactaatattgtacaacgttttaataggctgcaatgggtactttgaatggtattatcgacac 13426027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 13419699 - 13419135
Alignment:
Q  19 gatacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| | | || |||    ||||    ||  |||| ||||||    
T  13419699 gatacatggttgattcatgtcgttcatgccaaaattgtgctgacgatcttgagaattactgcccaacatttacagtcacatgtggtgcaaagtatcgtga 13419600  T
Q  119 tggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcct 218  Q
    ||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13419599 tggcaccgtcacatatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatgctgccggtcct 13419500  T
Q  219 cttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtc 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  13419499 cttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggcc 13419400  T
Q  319 atatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcaga 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  13419399 atatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctga 13419300  T
Q  419 ctcgtttctagtaagccgcgatccagaacagatgcaggtatatgattcatttgattaatttctgaatttttattatttcagaaattgataatgttaatca 518  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  | ||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  13419299 ctcgtttctagtaagccgcgatcctgatcagatgcaggtatatgattcatttgattcatttgtgaa-ttaaaatattttagaaattggcaatggtaatca 13419201  T
Q  519 agaaactaatattgtacaacgttttataggctgcaacgagtactttgaatggcattattgacacag 584  Q
    | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  13419200 ataaactaatattgtacaacatttcatagactgcaatgggtactttgaatggtattattgacacag 13419135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 108 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13413265 - 13412958
Alignment:
Q  108 aagtctcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatg 207  Q
    |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||      
T  13413265 aagtatcgtgatggaaccgtcacttatggaggttactccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgacaacatacctcttgaat 13413166  T
Q  208 gtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttgg 307  Q
     ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||||| ||||||||    
T  13413165 ttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttgg 13413066  T
Q  308 tggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacac 407  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  13413065 tggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacac 13412966  T
Q  408 ttaggagc 415  Q
    ||||||||    
T  13412965 ttaggagc 13412958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 133 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 13454089 - 13453764
Alignment:
Q  133 atggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctgg 232  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||||||||||  || | |||||| ||||| |||||    
T  13454089 atggaggcttctctgactcaatggtttccgacgagcactttgtgtttcgcattccagatcagttacctcttgatgcagctgctcctctcctttgtgctgg 13453990  T
Q  233 agtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaa 332  Q
      | || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  13453989 gataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggccgtgaaa 13453890  T
Q  333 tttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagcagactcgtttctagtaa 432  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| |||    
T  13453889 ttcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacacttacgagcggactcatttctaataa 13453790  T
Q  433 gccgcgatccagaacagatgcaggta 458  Q
    |||| |||||| | |||||| |||||    
T  13453789 gccgtgatccaaagcagatgaaggta 13453764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 126 - 415
Target Start/End: Original strand, 13393562 - 13393851
Alignment:
Q  126 atcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttcttt 225  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||| |||||||||| ||||||| |||||   ||| | |||||| ||||    
T  13393562 atcacatatggagggtactctgactcaatggttgcagatgagcactttatagttcacattcctgatggcttaccacttgaatctgctgctcctctccttt 13393661  T
Q  226 gcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggc 325  Q
    | || ||  | || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  13393662 gtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtattgttggtcttggtggacttggtcacttggg 13393761  T
Q  326 tgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 415  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || || || || || || |||||||||||| || |||||||    
T  13393762 tgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaaaacctaggagc 13393851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 169 - 415
Target Start/End: Original strand, 13385377 - 13385623
Alignment:
Q  169 actttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggact 268  Q
    |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  ||||| ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  13385377 acttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggact 13385476  T
Q  269 cgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaatt 368  Q
    |||||| |||||| |  || | || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  13385477 cgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttggtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaatt 13385576  T
Q  369 agtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 415  Q
    ||||| ||  |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13385577 agtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagc 13385623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 21 - 415
Target Start/End: Original strand, 13389050 - 13389444
Alignment:
Q  21 tacatggttgattcatgtcgttcttgtgaaaattgtgccgacgatattgagaattactgcaccaaatatactcaaacattcaatggtaagtctcgtgatg 120  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||  ||| || |||| ||||||||  ||| || ||||   ||||    ||  |||| ||| ||||    
T  13389050 tacatggttgattcatgtcgatcatgtcaaaattgtgttgacaatcttgaaaattactgtcccacatttactttcacatgtggtgccaagtatcgcgatg 13389149  T
Q  121 gcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggtcctct 220  Q
    | || | ||| ||||||||||  || |||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||||| | ||| |  |||||    
T  13389150 gaacgagcacatatggaggttattctgactcattggttgcagatgagaacttcgtggttcacattcctgatggattaccacttgaagctgctgcacctct 13389249  T
Q  221 tctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttggtcat 320  Q
     ||||| |||||  |||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||| || |||||| |   |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||     
T  13389250 cctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttggtcac 13389349  T
Q  321 atggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 415  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |  || || || |||||||| || || || || || || |||||||||||||||||||||||    
T  13389350 atggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagc 13389444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 116 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 13373344 - 13373039
Alignment:
Q  116 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 215  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | ||| ||  | ||||||||  |||| ||||| ||||| || |||||||||  |||||| |||||||  || | |    
T  13373344 tgatggaacaatcacatatggaggctactctgataccatggttgcccacgaacacttcgtgatccgtattcctgatgccttaccacttgatgccgctgct 13373245  T
Q  216 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 315  Q
    ||||||||||| || ||  ||||||| ||||| ||| | | | ||||||||||  ||||||||||| |  || | || || || |||||||||||| | |    
T  13373244 cctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtggattag 13373145  T
Q  316 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 415  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || || || || || || ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||||||    
T  13373144 gtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacacttaggagc 13373045  T
Q  416 agactc 421  Q
     |||||    
T  13373044 tgactc 13373039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 116 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 13379140 - 13378835
Alignment:
Q  116 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |  | || ||||| |||  |||| | ||||||| ||||| |    
T  13379140 tgatggcactatcacatatggaggctactctgacaccatggttgtcgacgaacactttattgtccgtattcccgatgccttatcacttgatgctgccgct 13379041  T
Q  216 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 315  Q
    ||||| ||||| |||||  ||||||||||||| ||  | | |||||||||| | ||||| |||||  || ||||||| || || |||||||||||| | |    
T  13379040 cctctcctttgtgctgggatcacagtgtatagcccaatgaaacattttggatttgacaaacctggactgcatataggtgtggttggtcttggtggattag 13378941  T
Q  316 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttaggagc 415  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||| || ||||| ||  | |||||||| || |||| |||||||||    
T  13378940 gtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacgcttaggagc 13378841  T
Q  416 agactc 421  Q
     |||||    
T  13378840 tgactc 13378835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 113 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 47601427 - 47601119
Alignment:
Q  113 tcgtgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgcc 212  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| | || || ||||| | | |     
T  47601427 tcgtgatggcaccaccacatacggaggttactctgactcaatggttgtagacgagcactttgtggttcacattcccgatggtttgccacttgaagctact 47601328  T
Q  213 ggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggac 312  Q
    | |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  47601327 gctcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggac 47601228  T
Q  313 ttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgactgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaagcaatagaacacttagg 412  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||| ||||  ||||||    
T  47601227 ttggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttagg 47601128  T
Q  413 agcagactc 421  Q
    ||| |||||    
T  47601127 agctgactc 47601119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 116 - 355
Target Start/End: Original strand, 28430528 - 28430767
Alignment:
Q  116 tgatggcactatcacctatggaggtttctccgactcaatggttgcagacgagcactttgtgattcgcattcctgatagcttacctcttgatggtgccggt 215  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||  | |||||   |||||||||  |||||||  ||||| |||||||||||| ||| | |    
T  28430528 tgatggcaccatcacatatggaggctactccgacacaatggtcaccgacgaaagctttgtgatcagcattccaaatagcctacctcttgatgctgcagct 28430627  T
Q  216 cctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttagacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagttgtaggtcttggtggacttg 315  Q
    ||||| || ||||| ||  |||| |||||||| ||| | | | |||||||||| || || |||    || |  |||| || || ||||||||||||||||    
T  28430628 cctctcctctgcgccgggatcacggtgtatagccctttgaaatattttggacttgataaacctaacttgcaattaggtgtggttggtcttggtggacttg 28430727  T
Q  316 gtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28430728 gtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaa 28430767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University