View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_high_3 (Length: 653)

Name: NF10481A_high_3
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_high_3
NF10481A_high_3
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (394-651)||(51052350-51052610)
chr1 (394-651)||(11909115-11909375)
chr1 (394-651)||(35540919-35541179)
chr1 (394-651)||(6050473-6050733)
chr1 (532-628)||(16917842-16917938)
chr1 (546-627)||(47623111-47623192)
chr1 (546-628)||(43388392-43388474)
chr1 (465-628)||(37191243-37191406)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (394-651)||(12825069-12825329)
chr5 (394-651)||(30732324-30732584)
chr5 (394-651)||(27117171-27117431)
chr5 (394-651)||(42513590-42513850)
chr5 (394-575)||(12820035-12820219)
chr5 (455-651)||(23238318-23238514)
chr5 (465-651)||(28535685-28535871)
chr5 (455-643)||(8227960-8228148)
chr5 (469-651)||(35983801-35983983)
chr5 (518-628)||(19255155-19255265)
chr5 (465-651)||(42928075-42928261)
chr5 (394-519)||(3418653-3418781)
chr5 (522-651)||(31641513-31641641)
chr5 (532-628)||(25857457-25857553)
chr5 (542-628)||(27767063-27767149)
chr5 (546-627)||(10776789-10776870)
chr5 (532-628)||(8300215-8300311)
chr5 (546-628)||(33385407-33385489)
chr5 (492-628)||(18359125-18359260)
chr5 (522-638)||(33169659-33169775)
chr5 (518-626)||(27795480-27795588)
chr5 (546-651)||(26072917-26073022)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (394-651)||(4552039-4552299)
chr2 (518-628)||(41207013-41207123)
chr2 (522-628)||(15917655-15917761)
chr2 (480-626)||(28252679-28252825)
chr2 (542-628)||(12645557-12645643)
chr2 (522-628)||(17764995-17765101)
chr2 (507-626)||(14439738-14439857)
chr2 (525-628)||(40176672-40176775)
chr2 (519-628)||(38604407-38604516)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (394-651)||(2364147-2364407)
chr3 (394-651)||(19920239-19920499)
chr3 (394-651)||(7312647-7312906)
chr3 (394-651)||(10323581-10323841)
chr3 (394-651)||(34332825-34333085)
chr3 (465-651)||(40930538-40930724)
chr3 (542-629)||(7032339-7032426)
chr3 (546-628)||(29523778-29523860)
chr3 (546-628)||(11203844-11203926)
chr3 (546-627)||(33496572-33496653)
chr3 (546-628)||(12342259-12342340)
chr3 (522-628)||(26771022-26771128)
chr3 (532-615)||(7031063-7031146)
chr3 (507-628)||(35214404-35214525)
chr3 (546-628)||(36801108-36801190)
chr3 (529-638)||(963186-963295)
chr3 (522-638)||(2755843-2755959)
chr3 (504-628)||(19890661-19890785)
chr3 (525-615)||(16178952-16179042)
chr3 (522-638)||(3140853-3140969)
chr3 (522-642)||(15312584-15312704)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (394-651)||(11215-11475)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (394-651)||(105853-106113)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (394-651)||(7924256-7924516)
chr8 (394-651)||(8299673-8299933)
chr8 (394-651)||(171973-172233)
chr8 (394-651)||(13396258-13396518)
chr8 (455-649)||(32266498-32266692)
chr8 (394-651)||(41665379-41665639)
chr8 (465-651)||(9922545-9922731)
chr8 (532-628)||(20824307-20824403)
chr8 (465-628)||(13200067-13200230)
chr8 (394-489)||(20496954-20497052)
chr8 (546-628)||(17699507-17699589)
chr8 (507-628)||(2170328-2170449)
chr8 (546-628)||(37434157-37434239)
chr8 (528-613)||(34137011-34137096)
chr8 (455-593)||(2529820-2529958)
chr8 (518-626)||(13879522-13879630)
chr8 (546-613)||(43270475-43270542)
chr8 (518-628)||(25090384-25090494)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (394-651)||(4938138-4938398)
chr7 (455-651)||(11277262-11277458)
chr7 (455-651)||(47876917-47877113)
chr7 (455-651)||(29967909-29968105)
chr7 (394-545)||(31177421-31177575)
chr7 (486-651)||(235447-235614)
chr7 (464-651)||(37919487-37919674)
chr7 (455-651)||(17720569-17720765)
chr7 (465-628)||(25619403-25619566)
chr7 (546-628)||(18532653-18532735)
chr7 (506-628)||(37254743-37254865)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (394-651)||(23642601-23642861)
chr4 (394-651)||(13270901-13271161)
chr4 (402-651)||(47418682-47418934)
chr4 (394-649)||(47685907-47686165)
chr4 (455-653)||(15740155-15740353)
chr4 (455-651)||(1828550-1828746)
chr4 (455-649)||(19755198-19755395)
chr4 (455-649)||(19784411-19784608)
chr4 (465-651)||(7403857-7404043)
chr4 (394-510)||(159842-159961)
chr4 (525-628)||(55725719-55725822)
chr4 (546-628)||(12697838-12697920)
chr4 (546-628)||(45472742-45472824)
chr4 (528-626)||(11587233-11587331)
chr4 (547-628)||(8361126-8361207)
chr4 (546-628)||(20002750-20002832)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (394-636)||(12733995-12734240)
chr6 (455-649)||(2553571-2553765)
chr6 (465-651)||(18651244-18651430)
chr6 (464-651)||(24767434-24767621)
chr6 (542-651)||(21168220-21168329)
chr6 (532-628)||(17579114-17579210)
chr6 (532-628)||(17573688-17573784)
chr6 (546-628)||(17606367-17606449)
chr6 (542-628)||(21630140-21630226)
chr6 (489-626)||(14373026-14373163)
chr6 (546-628)||(10577282-10577364)
chr6 (528-613)||(15958861-15958946)
chr6 (479-628)||(20883066-20883215)
chr6 (529-638)||(13937708-13937817)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (455-651)||(3186-3382)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 51052350 - 51052610
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052350 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 51052449  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052450 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 51052549  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51052550 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 51052610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 11909375 - 11909115
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909375 ctaccacgcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 11909276  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11909275 aacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatact 11909176  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11909175 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 11909115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 35540919 - 35541179
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  35540919 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 35541018  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35541019 aacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 35541118  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35541119 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 35541179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 6050473 - 6050733
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  6050473 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 6050572  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  6050573 aacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 6050672  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6050673 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 6050733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 546 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623111
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 627  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 43388392 - 43388474
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388392 gtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 465 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 37191406 - 37191243
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37191406 acatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctca 37191307  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
      || ||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  37191306 acagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 12825069 - 12825329
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825069 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 12825168  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12825169 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatact 12825268  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12825269 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 12825329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 30732584 - 30732324
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732584 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggctataatgcaccaaaagttgtacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 30732485  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30732484 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatact 30732385  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732384 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 30732324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 27117431 - 27117171
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  27117431 ctaccactcctaaccaatcccacaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccaga 27117332  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27117331 aacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 27117232  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27117231 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggatctgctcct 27117171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 42513590 - 42513850
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaaa---tgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  42513590 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaaaaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 42513689  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  42513690 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 42513789  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42513790 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 42513850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 394 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 12820219 - 12820035
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12820219 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccaga 12820120  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaa 575  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12820119 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Original strand, 23238318 - 23238514
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  23238318 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 23238417  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23238418 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcct 23238514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 28535871 - 28535685
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | | || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28535871 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 28535772  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  28535771 gaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcct 28535685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 455 - 643
Target Start/End: Original strand, 8227960 - 8228148
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| |||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  8227960 caaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 8228059  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 643  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228060 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 469 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 35983983 - 35983801
Alignment:
Q  469 cttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaag 568  Q
    |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35983983 cttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaag 35983884  T
Q  569 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  35983883 tcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgatgtaactgaggctgctcct 35983801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 518 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  518 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 617  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  618 aagtccatatt 628  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Original strand, 42928075 - 42928261
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    || ||||||||  |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  42928075 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctca 42928174  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||    
T  42928175 gaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcct 42928261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 394 - 519
Target Start/End: Original strand, 3418653 - 3418781
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  3418653 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 3418752  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaa 519  Q
    ||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3418753 aacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 522 - 651
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641641
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  622 ccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||| || || ||||| || ||||||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcct 31641641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 542 - 628
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  542 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 546 - 627
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776870
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 627  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385407
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 492 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 18359260 - 18359125
Alignment:
Q  492 acacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactt 591  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||    
T  18359260 acacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaactt 18359162  T
Q  592 tgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    | | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18359161 ttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 522 - 638
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  622 ccatattatggtgtaac 638  Q
    ||||||| || ||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 518 - 626
Target Start/End: Original strand, 27795480 - 27795588
Alignment:
Q  518 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 617  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  27795480 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccagact 27795579  T
Q  618 aagtccata 626  Q
    || ||||||    
T  27795580 aactccata 27795588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 651
Target Start/End: Original strand, 26072917 - 26073022
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggct 645  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| | ||||||||||| ||| |||| ||| || || || |||||||    
T  26072917 gtaggtaatcgatccctcaacagtcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatggggct 26073016  T
Q  646 gctcct 651  Q
    | ||||    
T  26073017 gttcct 26073022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 4552039 - 4552299
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4552039 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggtcataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccaga 4552138  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552139 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 4552238  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4552239 ttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 4552299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 518 - 628
Target Start/End: Original strand, 41207013 - 41207123
Alignment:
Q  518 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 617  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41207013 aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaatt 41207112  T
Q  618 aagtccatatt 628  Q
    || ||||||||    
T  41207113 aactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 522 - 628
Target Start/End: Original strand, 15917655 - 15917761
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |    
T  15917655 ccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaact 15917754  T
Q  622 ccatatt 628  Q
    | |||||    
T  15917755 caatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 480 - 626
Target Start/End: Original strand, 28252679 - 28252825
Alignment:
Q  480 ccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaa 579  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||||    || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  28252679 ccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaa 28252778  T
Q  580 ggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 626  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28252779 gaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 542 - 628
Target Start/End: Original strand, 12645557 - 12645643
Alignment:
Q  542 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645557 ttttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 522 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 17765101 - 17764995
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  17765101 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaact 17765002  T
Q  622 ccatatt 628  Q
    |||||||    
T  17765001 ccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 507 - 626
Target Start/End: Original strand, 14439738 - 14439857
Alignment:
Q  507 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 606  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14439738 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtt 14439837  T
Q  607 tatgccaaactaagtccata 626  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  14439838 tatgccagattaactccata 14439857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 525 - 628
Target Start/End: Original strand, 40176672 - 40176775
Alignment:
Q  525 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 624  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  40176672 cgatttgtcaaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactcca 40176771  T
Q  625 tatt 628  Q
    ||||    
T  40176772 tatt 40176775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 519 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 38604516 - 38604407
Alignment:
Q  519 atgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaacta 618  Q
    |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| || |  ||  |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||    
T  38604516 atgccacgatatgccaaattgactattgtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagatta 38604417  T
Q  619 agtccatatt 628  Q
    | ||||||||    
T  38604416 actccatatt 38604407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 2364147 - 2364407
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  2364147 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 2364246  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2364247 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 2364346  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2364347 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 2364407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 19920499 - 19920239
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||          |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  19920499 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttacacaagacaaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccaga 19920400  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19920399 aacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 19920300  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19920299 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctcct 19920239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 7312647 - 7312906
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312647 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggct-taatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 7312745  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  7312746 aacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatact 7312845  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7312846 ttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 7312906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 10323841 - 10323581
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  10323841 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 10323742  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10323741 aacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 10323642  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10323641 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcct 10323581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 34333085 - 34332825
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  34333085 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 34332986  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34332985 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatact 34332886  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34332885 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcct 34332825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 40930724 - 40930538
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || || |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  40930724 acatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctca 40930625  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || |||||||    
T  40930624 aaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcct 40930538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 542 - 629
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032426
Alignment:
Q  542 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatta 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta 7032426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523778
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203926
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 627
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496653
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 627  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342259
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaactttta-aagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 522 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771022
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  622 ccatatt 628  Q
    |||||||    
T  26771028 ccatatt 26771022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 532 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031063
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 615  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 507 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 35214525 - 35214404
Alignment:
Q  507 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 606  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  35214525 tccacatatagaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 35214426  T
Q  607 tatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  35214425 tatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801108
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  529 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  629 atggtgtaac 638  Q
     || ||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 522 - 638
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755959
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  622 ccatattatggtgtaac 638  Q
    ||||||| || ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaac 2755959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 504 - 628
Target Start/End: Original strand, 19890661 - 19890785
Alignment:
Q  504 tcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacct 603  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  ||| | |||||||| || ||||| | ||||||||    
T  19890661 tcctccacaaatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacct 19890760  T
Q  604 gtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||    
T  19890761 gtttatgccagattaactccatatt 19890785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 525 - 615
Target Start/End: Original strand, 16178952 - 16179042
Alignment:
Q  525 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 615  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||  |||||| |||  || ||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16178952 cgatttgccaaattctctttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaa 16179042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 522 - 638
Target Start/End: Original strand, 3140853 - 3140969
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |   |||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| | |||||  || |    
T  3140853 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagtaaatgccaagcaaatatagacactttcaaaggcacctgtttgtaccaaatcaact 3140952  T
Q  622 ccatattatggtgtaac 638  Q
    ||||||| || ||||||    
T  3140953 ccatattttgatgtaac 3140969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 522 - 642
Target Start/End: Original strand, 15312584 - 15312704
Alignment:
Q  522 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 621  Q
    ||||||||| |||||||   |||  |||| || |||| |||||| |||| ||||||||  ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |    
T  15312584 ccacgattttccaaattctctttaataggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagacttttagaggtacctgtttatgccaaattaact 15312683  T
Q  622 ccatattatggtgtaactggg 642  Q
    ||| ||| || ||||| ||||    
T  15312684 ccaaattttgatgtaaatggg 15312704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 11475 - 11215
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11475 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccaga 11376  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11375 aacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatact 11276  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  11275 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggtgtagctgggtctgctcct 11215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 106113 - 105853
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  106113 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 106014  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  106013 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 105914  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  105913 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 105853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 7924256 - 7924516
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  7924256 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 7924355  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  7924356 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 7924455  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7924456 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 7924516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 8299673 - 8299933
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8299673 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaggacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 8299772  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8299773 aacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatact 8299872  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  8299873 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactcct 8299933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 171973 - 172233
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||          |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  171973 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcgtcaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccaga 172072  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  172073 aacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttaccaaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 172172  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||    
T  172173 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggtgtaactggttctgctcct 172233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Original strand, 13396258 - 13396518
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  13396258 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 13396357  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13396358 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatact 13396457  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  13396458 ttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcct 13396518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 455 - 649
Target Start/End: Original strand, 32266498 - 32266692
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  32266498 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 32266597  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 649  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32266598 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctc 32266692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 41665639 - 41665379
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||          |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||    
T  41665639 ctaccactcctagccatgcccgcaccattggccataatgcactaaaagttacacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccaga 41665540  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  41665539 aacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtaggtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatact 41665440  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  41665439 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctcct 41665379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Original strand, 9922545 - 9922731
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9922545 acatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaaccgatccctca 9922644  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || ||||||||||    
T  9922645 gaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcct 9922731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 465 - 628
Target Start/End: Original strand, 13200067 - 13200230
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||| |||||  |||||| |  |||||| |  || | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  13200067 acatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctca 13200166  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
      ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200167 atagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 394 - 489
Target Start/End: Original strand, 20496954 - 20497052
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccag 489  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20496954 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 20497052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699589
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 507 - 628
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  507 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 606  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  607 tatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434239
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 528 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  528 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 613  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 455 - 593
Target Start/End: Original strand, 2529820 - 2529958
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    ||||||||  |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||  |||||| |  |||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||||     
T  2529820 caaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtaggtaag 2529919  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttg 593  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||||    
T  2529920 cgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaactttg 2529958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 518 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 13879630 - 13879522
Alignment:
Q  518 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 617  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  13879630 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccagact 13879531  T
Q  618 aagtccata 626  Q
    || ||||||    
T  13879530 aactccata 13879522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 546 - 613
Target Start/End: Original strand, 43270475 - 43270542
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 613  Q
    ||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43270475 gtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 43270542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 518 - 628
Target Start/End: Original strand, 25090384 - 25090494
Alignment:
Q  518 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 617  Q
    |||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||  ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| | |||    
T  25090384 aatgccgcgatttgtcaaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctagact 25090483  T
Q  618 aagtccatatt 628  Q
    || ||||||||    
T  25090484 aactccatatt 25090494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 4938398 - 4938138
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  4938398 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 4938299  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  4938298 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 4938199  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4938198 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 4938138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 11277458 - 11277262
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  11277458 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaac 11277359  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11277358 cgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcct 11277262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Original strand, 47876917 - 47877113
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  47876917 caaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 47877016  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  47877017 tgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctcct 47877113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Original strand, 29967909 - 29968105
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  29967909 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtaggtaac 29968008  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  29968009 cgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctcct 29968105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 394 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 31177575 - 31177421
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  31177575 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 31177476  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagtttt 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31177475 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtcaaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 486 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 235614 - 235447
Alignment:
Q  486 ccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaat--taagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 583  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235614 ccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 235515  T
Q  584 agatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  235514 agagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcct 235447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 464 - 651
Target Start/End: Original strand, 37919487 - 37919674
Alignment:
Q  464 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 563  Q
    ||||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||    
T  37919487 aacatcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctc 37919586  T
Q  564 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  37919587 aggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcct 37919674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Original strand, 17720569 - 17720765
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  |||||||||  || ||||||| | ||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  17720569 caaatgattaacatcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgccaaattatcttttgtaggtaac 17720668  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || ||||||||||    
T  17720669 cgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgatgtaagtgaggctgctcct 17720765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 465 - 628
Target Start/End: Original strand, 25619403 - 25619566
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| || |||||||    
T  25619403 acatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctca 25619502  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
      |  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619503 acaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532735
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 628
Target Start/End: Original strand, 37254743 - 37254865
Alignment:
Q  506 ctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgt 605  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| | || |||||||    
T  37254743 ctccacagatataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgt 37254842  T
Q  606 ttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| | ||| ||||||||    
T  37254843 ttatgccagattaactccatatt 37254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 23642861 - 23642601
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  23642861 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 23642762  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  23642761 aacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 23642662  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23642661 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 23642601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 394 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 13271161 - 13270901
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnncaa---atgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||   || || ||||||||||||||||||||||||||     
T  13271161 ctaccactcctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaataaattagtaacatcttcgacaatcccacatccagt 13271062  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||    
T  13271061 aactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagact 13270962  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13270961 ttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcct 13270901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 402 - 651
Target Start/End: Original strand, 47418682 - 47418934
Alignment:
Q  402 cctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacata 498  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  47418682 cctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcata 47418781  T
Q  499 accgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 598  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418782 accgctcctccccagatagaatgccacgagttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagg 47418881  T
Q  599 aacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47418882 gacctgtttatgccaaattaagtccatactatggtgtaactggggctgctcct 47418934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 394 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 47686165 - 47685907
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47686165 ctaccactcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcactaaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccaga 47686066  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47686065 aacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgccaaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatact 47685966  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 649  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  47685965 ttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggtgtaacttgggctgctc 47685907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 455 - 653
Target Start/End: Original strand, 15740155 - 15740353
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || |||||||||  ||| |||||||  |||||||||||||    
T  15740155 caaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtaggtaac 15740254  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctat 653  Q
    ||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740255 cgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctcctat 15740353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 1828746 - 1828550
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  1828746 caaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattagtttttgtaggtaac 1828647  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    | ||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1828646 ctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctcct 1828550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 455 - 649
Target Start/End: Original strand, 19755198 - 19755395
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 551  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19755198 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19755297  T
Q  552 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 649  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19755298 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19755395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 455 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 19784608 - 19784411
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggt 551  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  19784608 caaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttgtaggt 19784509  T
Q  552 aaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 649  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || |||||||||||    
T  19784508 aaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctgctc 19784411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Original strand, 7403857 - 7404043
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  7403857 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctca 7403956  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || |||||||||||||||||||    
T  7403957 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcct 7404043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 394 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 159961 - 159842
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcac---nnnnnnncaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  159961 ctaccacttctaaccaatgccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagc 159862  T
Q  491 aacacataaccgctcctcca 510  Q
    ||| ||||| || |||||||    
T  159861 aacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 525 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  525 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 624  Q
    |||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  625 tatt 628  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697920
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472742
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 528 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  528 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 626  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 628
Target Start/End: Original strand, 8361126 - 8361207
Alignment:
Q  547 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361126 taggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Original strand, 20002750 - 20002832
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002750 gtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 394 - 636
Target Start/End: Original strand, 12733995 - 12734240
Alignment:
Q  394 ctaccacgcctaaccaatcccgcaccatcggccataatgcaccaaaagttgcacnnnnnnn---caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccaga 490  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  12733995 ctaccactcctaaccaatcctgcaccatcggccataatgctccaaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctaga 12734094  T
Q  491 aacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 590  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12734095 aacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttaccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatact 12734194  T
Q  591 ttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgta 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  12734195 ttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgatgta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 455 - 649
Target Start/End: Original strand, 2553571 - 2553765
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||    
T  2553571 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtaggtaac 2553670  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 649  Q
    |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553671 cgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 2553765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 465 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 18651430 - 18651244
Alignment:
Q  465 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 564  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18651430 acatcttcaacggtcccgcatccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 18651331  T
Q  565 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | |||||||||||||||||    
T  18651330 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcct 18651244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 464 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 24767621 - 24767434
Alignment:
Q  464 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 563  Q
    ||||||||| ||  |||| || ||| ||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  24767621 aacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatcccta 24767522  T
Q  564 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| |||||||||||    
T  24767521 agaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcct 24767434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 542 - 651
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168329
Alignment:
Q  542 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgg 641  Q
    |||||||||||| |||||   || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  642 ggctgctcct 651  Q
    ||||||||||    
T  21168320 ggctgctcct 21168329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 532 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  532 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606367
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 542 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  542 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 489 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 14373163 - 14373026
Alignment:
Q  489 gaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagata 588  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | | ||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |  | ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  14373163 gaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagata 14373064  T
Q  589 ctttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 626  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14373063 cttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 546 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577282
Alignment:
Q  546 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 528 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958861
Alignment:
Q  528 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 613  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgcca 15958861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 479 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 20883215 - 20883066
Alignment:
Q  479 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagca 578  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||   ||| |||||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  20883215 cccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagca 20883116  T
Q  579 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
T  20883115 aggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 638
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  529 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 628  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  629 atggtgtaac 638  Q
     || ||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 455 - 651
Target Start/End: Original strand, 3186 - 3382
Alignment:
Q  455 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 554  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||||   ||| |||||||||    
T  3186 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtaggtaac 3285  T
Q  555 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 651  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  3286 cgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctcct 3382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University