View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_178 (Length: 318)

Name: NF10481A_low_178
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_178
NF10481A_low_178
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (18-306)||(42533576-42533857)
chr4 (18-156)||(44432656-44432794)
chr4 (18-161)||(5274266-5274409)
chr4 (18-156)||(22047140-22047278)
chr4 (18-156)||(4839767-4839905)
chr4 (18-161)||(46692769-46692911)
chr4 (19-161)||(55326162-55326304)
chr4 (36-162)||(6639355-6639481)
chr4 (34-161)||(26069069-26069195)
chr4 (33-161)||(19248429-19248556)
chr4 (21-156)||(8894230-8894364)
chr4 (44-156)||(35417446-35417557)
chr4 (44-156)||(40996292-40996404)
chr4 (36-113)||(30219079-30219155)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (18-161)||(24835147-24835290)
chr5 (18-161)||(11723906-11724049)
chr5 (18-161)||(30607811-30607954)
chr5 (18-156)||(14343885-14344023)
chr5 (18-156)||(33434000-33434138)
chr5 (18-156)||(7314378-7314516)
chr5 (18-156)||(9403713-9403851)
chr5 (18-156)||(34455587-34455725)
chr5 (18-161)||(11766144-11766287)
chr5 (19-156)||(6269309-6269447)
chr5 (18-156)||(34870300-34870437)
chr5 (39-151)||(30422188-30422299)
chr5 (68-122)||(42748256-42748310)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (18-161)||(29223102-29223245)
chr2 (18-161)||(29336401-29336544)
chr2 (18-156)||(8684070-8684209)
chr2 (20-161)||(32522383-32522515)
chr2 (18-156)||(36668470-36668607)
chr2 (95-161)||(29226728-29226794)
chr2 (95-161)||(29340027-29340093)
chr2 (95-154)||(29792577-29792636)
chr2 (77-161)||(31757713-31757798)
chr2 (36-161)||(27256908-27257032)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (18-162)||(38122667-38122811)
chr1 (18-156)||(16833380-16833518)
chr1 (18-156)||(12168806-12168944)
chr1 (18-156)||(33492826-33492963)
chr1 (18-153)||(13218665-13218800)
chr1 (43-156)||(39453350-39453462)
chr1 (38-156)||(25242410-25242528)
chr1 (44-156)||(16129004-16129115)
chr1 (21-156)||(13829598-13829732)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (18-161)||(3587788-3587931)
chr3 (18-156)||(27031417-27031555)
chr3 (18-162)||(4755488-4755632)
chr3 (18-156)||(52045513-52045651)
chr3 (18-156)||(52308623-52308761)
chr3 (27-156)||(10407589-10407718)
chr3 (18-166)||(7653851-7653998)
chr3 (18-161)||(8614913-8615055)
chr3 (18-170)||(36470060-36470211)
chr3 (51-156)||(11263597-11263703)
chr3 (32-156)||(33247302-33247425)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (18-156)||(27347440-27347578)
chr8 (18-161)||(27353515-27353658)
chr8 (18-161)||(28926774-28926917)
chr8 (18-156)||(3298195-3298333)
chr8 (18-156)||(22179903-22180041)
chr8 (18-162)||(8743998-8744142)
chr8 (18-156)||(9068797-9068935)
chr8 (18-161)||(36737491-36737633)
chr8 (21-156)||(1606596-1606730)
chr8 (85-156)||(16957901-16957972)
chr8 (103-161)||(28369584-28369642)
chr8 (77-161)||(4435537-4435621)
chr8 (44-156)||(24040006-24040117)
chr8 (77-156)||(21687382-21687462)
chr8 (77-156)||(21691706-21691786)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-156)||(22817832-22817970)
chr7 (18-163)||(7143044-7143189)
chr7 (18-162)||(23794481-23794625)
chr7 (18-156)||(10346936-10347074)
chr7 (18-156)||(31158906-31159044)
chr7 (18-161)||(2630809-2630951)
chr7 (18-156)||(12183259-12183397)
chr7 (18-156)||(22322514-22322652)
chr7 (18-161)||(19472890-19473033)
chr7 (18-156)||(45501261-45501400)
chr7 (18-156)||(2477074-2477212)
chr7 (18-161)||(2798171-2798314)
chr7 (18-156)||(31878015-31878153)
chr7 (76-156)||(31001376-31001456)
chr7 (75-147)||(8139848-8139920)
chr7 (68-161)||(24169396-24169489)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (18-156)||(26511131-26511269)
chr6 (18-156)||(26516247-26516385)
chr6 (18-161)||(34005893-34006036)
chr6 (18-156)||(3538441-3538579)
chr6 (18-156)||(9934615-9934753)
chr6 (18-161)||(24161855-24161997)
chr6 (21-153)||(26603622-26603753)
chr6 (18-156)||(31131280-31131417)
chr6 (33-113)||(15641761-15641840)
chr6 (68-156)||(2298290-2298378)
chr6 (36-156)||(5671685-5671804)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (18-161)||(174033-174176)
scaffold0015 (18-161)||(185191-185334)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (18-156)||(354370-354508)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (18-161)||(954-1096)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (18-161)||(117261-117404)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (18-156)||(17103-17241)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (70-156)||(79922-80008)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (33-156)||(1851-1973)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (21-156)||(10190-10324)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 306
Target Start/End: Original strand, 42533576 - 42533857
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42533576 cataaaatggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 42533675  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagcaagaatttgtgttgctgttgaaaaccattgcggaagatgtgaattcg 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42533676 cctaagttagcacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagcatcaagcaagaatctgtgttgctgttgaaaaccattgaggaagatgtgaattcg 42533775  T
Q  218 tgtgttgtcatatttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggcaaggtgagctagtcgcctcaaactattgatgt 306  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533776 tgtg-------atttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggtaaggtgagctagtcgcctcaaactattgatgt 42533857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 44432656 - 44432794
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44432656 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 44432755  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44432756 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 44432794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 5274266 - 5274409
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5274266 cataaattgcgtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 5274365  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274366 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 5274409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22047278 - 22047140
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  22047278 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 22047179  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22047178 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 4839767 - 4839905
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| |    
T  4839767 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaaaacaaatcactaattcg 4839866  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4839867 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 4839905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 46692769 - 46692911
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  46692769 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 46692868  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  46692869 cctagattaacacataaaatatattac-tttgagcacttatcaa 46692911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 55326304 - 55326162
Alignment:
Q  19 ataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgc 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||  | |    
T  55326304 ataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggtacaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaacttc 55326205  T
Q  119 ctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55326204 ctagattaatacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 55326162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 6639481 - 6639355
Alignment:
Q  36 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  6639481 aggcatgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaa 6639382  T
Q  136 atatgttacttttgagcacttttcaag 162  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  6639381 atatattactcttgagcacttatcaag 6639355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 26069195 - 26069069
Alignment:
Q  34 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || | |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  26069195 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 26069098  T
Q  133 aaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26069097 aaaatatgttacttttgagcacttatcaa 26069069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 33 - 161
Target Start/End: Original strand, 19248429 - 19248556
Alignment:
Q  33 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| |||||    
T  19248429 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagccactaaagtgcctagattaacacat 19248527  T
Q  133 aaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  19248528 aaaatgtgttgcttttgagcacttatcaa 19248556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 8894364 - 8894230
Alignment:
Q  21 aaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 120  Q
    ||||||||||  || |||||  |||||||||||||| | || |||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||    
T  8894364 aaattgggtacaataaggcacataaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcct 8894266  T
Q  121 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    || ||| ||||| |||||| | | ||||||||||||    
T  8894265 aaattaacacatgaaatatatcagttttgagcactt 8894230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 156
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417557
Alignment:
Q  44 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 143  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  144 cttttgagcactt 156  Q
    |||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcactt 35417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 156
Target Start/End: Original strand, 40996292 - 40996404
Alignment:
Q  44 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttg-caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 142  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||  |    
T  40996292 aaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataacttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataat 40996390  T
Q  143 acttttgagcactt 156  Q
    ||||||||||||||    
T  40996391 acttttgagcactt 40996404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 113
Target Start/End: Original strand, 30219079 - 30219155
Alignment:
Q  36 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaa 113  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  30219079 aggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 30219155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 24835290 - 24835147
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24835290 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 24835191  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24835190 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 24835147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 11723906 - 11724049
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11723906 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 11724005  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11724006 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11724049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 30607811 - 30607954
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30607811 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 30607910  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30607911 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 30607954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 14344023 - 14343885
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14344023 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 14343924  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14343923 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 14343885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 33434138 - 33434000
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33434138 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33434039  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  33434038 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 33434000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 7314516 - 7314378
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7314516 cataaatttggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7314417  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7314416 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 7314378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 9403851 - 9403713
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9403851 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatagtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9403752  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9403751 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 9403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 34455725 - 34455587
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34455725 cataaattgggtagaatcgggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34455626  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34455625 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 34455587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11766287 - 11766144
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  11766287 cataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttg 11766188  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766187 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11766144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 6269447 - 6269309
Alignment:
Q  19 ataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaa-tacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  6269447 ataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattg 6269348  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6269347 cctaggttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 6269309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 34870300 - 34870437
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||    
T  34870300 cataaattgggcaaaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 34870398  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34870399 cctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 39 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 30422299 - 30422188
Alignment:
Q  39 catgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaata 138  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||    
T  30422299 catgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaata 30422201  T
Q  139 tgttacttttgag 151  Q
    | |||||||||||    
T  30422200 tattacttttgag 30422188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 122
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748310
Alignment:
Q  68 tcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 122  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 42748310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 124; Significance: 9e-64; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 29223245 - 29223102
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29223245 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29223146  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29223145 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29223102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 29336544 - 29336401
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29336544 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29336445  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29336444 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29336401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 8684070 - 8684209
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaattt 116  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8684070 cataaattgggtagaatcaggtatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 8684169  T
Q  117 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
     ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8684170 tcctaagttaacacatgaaatattttacttttgagcactt 8684209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 32522515 - 32522383
Alignment:
Q  20 taaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcc 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||         |    
T  32522515 taaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtca---------c 32522425  T
Q  120 taagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32522424 taaattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 32522383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 36668470 - 36668607
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||    
T  36668470 cataaattgggcaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 36668568  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36668569 cctagattaacacataaaatatgttgcttttgagcactt 36668607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 95 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226728
Alignment:
Q  95 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29226728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 95 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340027
Alignment:
Q  95 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29340027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792577
Alignment:
Q  95 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcac 154  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcac 29792577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 77 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31757798 - 31757713
Alignment:
Q  77 agcttttccttagatga-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  31757798 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 31757713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 27257032 - 27256908
Alignment:
Q  36 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 135  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  27257032 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 27256934  T
Q  136 atatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||    
T  27256933 atatatcacttttgagcacttatcaa 27256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Original strand, 38122667 - 38122811
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38122667 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 38122766  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 162  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38122767 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 38122811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 16833380 - 16833518
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16833380 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 16833479  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16833480 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 16833518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 12168806 - 12168944
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  12168806 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 12168905  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12168906 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12168944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 33492826 - 33492963
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33492826 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33492924  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33492925 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 33492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 153
Target Start/End: Original strand, 13218665 - 13218800
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||     
T  13218665 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaatta 13218764  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagca 153  Q
    ||||  ||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  13218765 cctagattaacacatgaaatatgttagttttgagca 13218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 39453462 - 39453350
Alignment:
Q  43 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 142  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||    
T  39453462 taaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatatt 39453364  T
Q  143 acttttgagcactt 156  Q
    ||||||||||||||    
T  39453363 acttttgagcactt 39453350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 25242528 - 25242410
Alignment:
Q  38 gcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaat 137  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||    
T  25242528 gcatttaaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaat 25242429  T
Q  138 atgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25242428 atgttagttttgagcactt 25242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 44 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16129115 - 16129004
Alignment:
Q  44 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 143  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||    
T  16129115 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataacttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggta 16129017  T
Q  144 cttttgagcactt 156  Q
    |||||||||||||    
T  16129016 cttttgagcactt 16129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 13829732 - 13829598
Alignment:
Q  21 aaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 120  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||||||||||| |||| ||||| |  |||||| |||||  ||| |    
T  13829732 aaattgagtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataacttgtaggacaagttactaaaatgcat 13829634  T
Q  121 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    || ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  13829633 aatttaacacatgaaatatattacctttgagcactt 13829598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 3587931 - 3587788
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3587931 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 3587832  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3587831 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 3587788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 27031417 - 27031555
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27031417 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27031516  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27031517 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27031555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Original strand, 4755488 - 4755632
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4755488 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaggcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 4755587  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 162  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4755588 cctaatttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 4755632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 52045513 - 52045651
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  52045513 cataaattggctagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcacaaatttg 52045612  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52045613 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52045651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 52308623 - 52308761
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  52308623 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaagcaagtcactaatttg 52308722  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52308723 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 156
Target Start/End: Original strand, 10407589 - 10407718
Alignment:
Q  27 ggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 126  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10407589 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 10407688  T
Q  127 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10407689 acacatgaaatatgttacttttgagcactt 10407718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 166
Target Start/End: Original strand, 7653851 - 7653998
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7653851 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7653949  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatc 166  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7653950 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaatcatc 7653998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 8615055 - 8614913
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  8615055 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 8614957  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8614956 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 8614913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 170
Target Start/End: Original strand, 36470060 - 36470211
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||    
T  36470060 cataaattgg-tagaatcaggcatgtaaagcataattggtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaaatcactaaattg 36470158  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagc 170  Q
    ||||  ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36470159 cctagattaacacattaaatatggtacttttgagcacttatcaaacatcaagc 36470211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 51 - 156
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263703
Alignment:
Q  51 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttac-ttttg 149  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  150 agcactt 156  Q
    |||||||    
T  11263697 agcactt 11263703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 32 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 33247425 - 33247302
Alignment:
Q  32 tatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| ||||    
T  33247425 tatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacaca 33247327  T
Q  132 taaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  33247326 taaaatatgttacttttgagcactt 33247302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 27347578 - 27347440
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27347578 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27347479  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27347478 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27347440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 27353658 - 27353515
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27353658 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27353559  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353558 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 27353515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 28926774 - 28926917
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  28926774 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaaaagtcactaatttg 28926873  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926874 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28926917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 3298333 - 3298195
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3298333 cataaatggggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 3298234  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3298233 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3298195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22180041 - 22179903
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  22180041 cataaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcgaaacaagtcactaatttg 22179942  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  22179941 cctaagttaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 22179903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Original strand, 8743998 - 8744142
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  8743998 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaataataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaataatttg 8744097  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 162  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8744098 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 8744142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 9068797 - 9068935
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9068797 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9068896  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9068897 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgggcactt 9068935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 36737491 - 36737633
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||  ||    
T  36737491 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtatagatacaa-caattgatagcctttccttagataacttgcagaacaagtcaccaaaatg 36737589  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36737590 cctagattaacacataaaatatggtactttttagcacttatcaa 36737633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 1606730 - 1606596
Alignment:
Q  21 aaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 120  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||    
T  1606730 aaattgggtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcct 1606632  T
Q  121 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    || ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1606631 aaattaacacatgaaatatattacttttgagcactt 1606596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 85 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957901
Alignment:
Q  85 cttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 16957901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369584
Alignment:
Q  103 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28369584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 161
Target Start/End: Original strand, 4435537 - 4435621
Alignment:
Q  77 agcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4435537 agcttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 4435621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 44 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 24040117 - 24040006
Alignment:
Q  44 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 143  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||  ||    
T  24040117 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataacttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataata 24040019  T
Q  144 cttttgagcactt 156  Q
    |||||||||||||    
T  24040018 cttttgagcactt 24040006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 21687462 - 21687382
Alignment:
Q  77 agcttttccttagatga-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21687462 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21687382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 21691786 - 21691706
Alignment:
Q  77 agcttttccttagatga-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21691786 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21691706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22817970 - 22817832
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  22817970 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactattttg 22817871  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22817870 cctaagttaacacctgaaatatgttacttttgagcactt 22817832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 7143189 - 7143044
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  7143189 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttt 7143090  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagc 163  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7143089 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagc 7143044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 23794625 - 23794481
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23794625 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagaataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 23794526  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 162  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23794525 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 23794481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 10346936 - 10347074
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10346936 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 10347035  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10347036 cctaagttaacacatgaaaaatgttacttttgagcactt 10347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 31158906 - 31159044
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31158906 cataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 31159005  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31159006 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 31159044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 2630951 - 2630809
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2630951 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 2630853  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2630852 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 2630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 12183397 - 12183259
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
T  12183397 cataaattgggtagaatcaggcatgtgaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaggtcactaattta 12183298  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12183297 cataagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12183259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 22322514 - 22322652
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  22322514 cataaattgggtagaattaggtatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcgctaatttg 22322613  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22322614 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22322652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 19472890 - 19473033
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  19472890 cataaattgggtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaaaggtagcttttccttagataacttgcaaaataagtcactaatttg 19472989  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19472990 cctaaattaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatcaa 19473033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 45501261 - 45501400
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaac-aagtcactaattt 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||    
T  45501261 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaaaactaagtcactaaatt 45501360  T
Q  117 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45501361 gcctagattagcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 2477212 - 2477074
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  2477212 cataaattaggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagttgcaaaacaagtcactaaaatg 2477113  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2477112 cctaggttaacgcataaaatatgttacttttgatcactt 2477074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 2798171 - 2798314
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||    
T  2798171 cataaattggatagaatcaggtatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaattg 2798270  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  2798271 cctagattaacacataaaatatgttatttttgaacacttatcaa 2798314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 31878153 - 31878015
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||  | |||||||||| ||     
T  31878153 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccctagataacttgcaggataagtcactaaatta 31878054  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  31878053 cctatattaacacataaaatatattaactttaagcactt 31878015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 76 - 156
Target Start/End: Original strand, 31001376 - 31001456
Alignment:
Q  76 tagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31001376 tagctttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 31001456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 147
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  75 gtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttt 147  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 161
Target Start/End: Original strand, 24169396 - 24169489
Alignment:
Q  68 tcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||| ||| ||||||||||  | ||||||||||||| |||||||  |||||||  ||  |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  24169396 tcaaattgtaacttttccttaagtaacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 24169489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 26511131 - 26511269
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26511131 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26511230  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26511231 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26511269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 26516247 - 26516385
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26516247 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26516346  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26516347 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26516385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 34006036 - 34005893
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34006036 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34005937  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34005936 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 34005893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 3538579 - 3538441
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  3538579 cataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttg 3538480  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3538479 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3538441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 9934615 - 9934753
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  9934615 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattta 9934714  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9934715 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 9934753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 24161855 - 24161997
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaattt 116  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||    
T  24161855 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtctctaattt 24161954  T
Q  117 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  24161955 gcctaagttaacacataaa--atgttacttttgagcacttatcaa 24161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 21 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 26603753 - 26603622
Alignment:
Q  21 aaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 120  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||    
T  26603753 aaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtacattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcct 26603655  T
Q  121 aagttagcacataaaatatgttacttttgagca 153  Q
    || ||| ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26603654 aaattaacacatgaaatatatcacttttgagca 26603622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 31131417 - 31131280
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||||||| || || || ||  |||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  31131417 cataaattgggcagaattagacacataaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 31131319  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31131318 cctagattaacacataaaatatgttacttttaagcactt 31131280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 15641840 - 15641761
Alignment:
Q  33 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaa 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  15641840 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 15641761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 68 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298290
Alignment:
Q  68 tcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||| |||||| | |||||||| |||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatatatcacttttgaacactt 2298290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 36 - 156
Target Start/End: Original strand, 5671685 - 5671804
Alignment:
Q  36 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 135  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  5671685 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 5671783  T
Q  136 atatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  5671784 atatatcacttttgagcactt 5671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 174176 - 174033
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  174176 cataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 174077  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  174076 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 174033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 185334 - 185191
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||     
T  185334 cataaatggggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtcattaatttt 185235  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  185234 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 185191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 354370 - 354508
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  354370 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 354469  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  354470 tctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 1096 - 954
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  1096 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 998  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  997 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Original strand, 117261 - 117404
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||    
T  117261 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattg 117360  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 161  Q
    ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  117361 cctagattaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 17103 - 17241
Alignment:
Q  18 cataaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttg 117  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |    
T  17103 cataaattgggtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcacttagtggcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaacaag 17202  T
Q  118 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17203 cctaggttaacacataaaatatgttacttttgagcactt 17241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 70 - 156
Target Start/End: Original strand, 79922 - 80008
Alignment:
Q  70 aaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79922 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 80008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 33 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 1973 - 1851
Alignment:
Q  33 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| |||||    
T  1973 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtaactaaaatgcctaaattaacacat 1875  T
Q  133 aaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  1874 aaaatatgttacttttgagcactt 1851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Original strand, 10190 - 10324
Alignment:
Q  21 aaattgggtagtatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagatgacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 120  Q
    |||||| |||| || |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |||    
T  10190 aaattgagtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacct 10288  T
Q  121 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 156  Q
    || ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10289 aaattaacacataacatatattacttttgagcactt 10324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University