View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_20 (Length: 476)

Name: NF10481A_low_20
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_20
NF10481A_low_20
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (6-464)||(3067317-3067775)
chr8 (9-236)||(3071184-3071411)
chr8 (9-222)||(3055555-3055768)
chr8 (9-236)||(3040546-3040773)
chr8 (6-222)||(3034690-3034906)
chr8 (63-222)||(3042789-3042948)
chr8 (63-188)||(3063557-3063682)
chr8 (82-222)||(25125326-25125466)
chr8 (398-464)||(3052615-3052679)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (403-460)||(6769824-6769879)
chr5 (430-464)||(31458811-31458845)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3067775 - 3067317
Alignment:
Q  6 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067775 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 3067676  T
Q  106 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067675 gagaataagaggccaacacgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 3067576  T
Q  206 cagaagatgaactaagtgaaacaaaggatctgtactactctaagattttgaatggcacttattggcatcaaaacgattatacgcatctaaagccttttat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067575 cagaagatgaactaagtgaaacaaaggatctgtactactctaagattttgaatggcacttattggcatcaaaacgattatacgcatctaaagccttttat 3067476  T
Q  306 tgaagtacaatgtattctagcttgtatggaagactgcatgtattattatttgtttatattctggcacattgatatttgatatatccttgatgttcaattt 405  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067475 tgaagtacaatgtattatagcttgtatggaagactgcatgtattattatttgtttatattctggcacattgatatttgatatatccttgatgttcaattt 3067376  T
Q  406 cacatgttatcaacaacttgactatataaataattaatagttatttattctctaatttt 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067375 cacatgttatcaacaacttgactatataaataattaatagttatttattctctaatttt 3067317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 3071411 - 3071184
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||  | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||     
T  3071411 ttggactacagtgtggtctcatcctaaaaatatatgtcaatatattgttagttcaggtagtggtgtttgtggatataataccatctgcactttgggagat 3071312  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||    
T  3071311 gataagagaccaacatgtcggtgtccaaaacgttactcactgcttgatcctgatgatccacatggtagctgcaagccagatttcatacaaggatgtgcag 3071212  T
Q  209 aagatgaactaagtgaaacaaaggatct 236  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  3071211 aagatgaacaaagtaaaacaaaggatct 3071184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 222
Target Start/End: Original strand, 3055555 - 3055768
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  3055555 ttggaccatagtgtggtctaaacctgataatatatgtaattatattgctaatgaagggagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagtt 3055654  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||    
T  3055655 gataagagaccaacatgtcagtgtccaaaacgatactcactggttgatcctgatgatccacttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtgcag 3055754  T
Q  209 aagatgaactaagt 222  Q
    ||||||||||||||    
T  3055755 aagatgaactaagt 3055768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 236
Target Start/End: Original strand, 3040546 - 3040773
Alignment:
Q  9 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 108  Q
    |||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||     
T  3040546 ttggactacagtgtggtctcatcctcgaaatatatgtcattattttgttactgaaggtagtggtgtttgtggatataatagcatatgcactttgggagat 3040645  T
Q  109 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcag 208  Q
     ||| ||| ||| ||| |||||||| | | ||||||||||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||  || |||| |||| |||||    
T  3040646 gatacgagaccagcatttcggtgtccagatagttactcactagttgatcctgactatccttatggtagctgcaagccagatttcgtacaaggatgtgcag 3040745  T
Q  209 aagatgaactaagtgaaacaaaggatct 236  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||    
T  3040746 aagatgaactatgtaaaacaaaggatct 3040773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Original strand, 3034690 - 3034906
Alignment:
Q  6 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 105  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||| ||  ||    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  3034690 aggttggaccacagtgtggtctaagcctgataatatatgtacttatattgttagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagcttatgcactttggaa 3034789  T
Q  106 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 205  Q
    |   ||||||| || | ||||| ||||| |||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||    
T  3034790 gttgataagagaccgaaatgtcagtgtccaaaacgatactcgctggttgatcctgaagatccatttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtg 3034889  T
Q  206 cagaagatgaactaagt 222  Q
    |||||||||||| ||||    
T  3034890 cagaagatgaaccaagt 3034906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 63 - 222
Target Start/End: Original strand, 3042789 - 3042948
Alignment:
Q  63 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||     
T  3042789 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagttgataagtgaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatgccgat 3042888  T
Q  163 gatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 222  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| || |||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  3042889 gatccacttggtacttgcgagccaaacttcatgcaaggatgtgcagaagatgaactaagt 3042948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 3063682 - 3063557
Alignment:
Q  63 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||| ||||   ||||||||| | |||||| |     
T  3063682 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagatgataagagaccaaaatgtcagtgtccaaaacagtactcactgattgatcctaat 3063583  T
Q  163 gatccatttggtagctgcaagccaga 188  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3063582 gatccatatggcagctgcaagccaga 3063557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 82 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 25125466 - 25125326
Alignment:
Q  82 tataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgca 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||  |||     
T  25125466 tataatagcttctgcactttgggagttgataagagaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatcccgatgatccacttggtacttgcg 25125367  T
Q  182 agccagacctcatacatggatatgcagaagatgaactaagt 222  Q
    ||| |||| |||| || |||| || ||||||||||||||||    
T  25125366 agcaagacttcatgcaaggatgtggagaagatgaactaagt 25125326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 398 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 3052679 - 3052615
Alignment:
Q  398 ttcaatttcacatgttatcaacaacttgactatataaataattaatagttatttattctctaatttt 464  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  3052679 ttcaatttcatatgatatcaacaacttgactatataaata--gaatagttatttattctctaatttt 3052615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 460
Target Start/End: Original strand, 6769824 - 6769879
Alignment:
Q  403 tttcacatgttatcaacaacttgactatataaataattaatagttatttattctctaa 460  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  6769824 tttcatatgttatcaacaacttcactctata--taattaatagttatttattctctaa 6769879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 430 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 31458845 - 31458811
Alignment:
Q  430 tataaataattaatagttatttattctctaatttt 464  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31458845 tataaataattagtagttatttattctctaatttt 31458811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University