View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_205 (Length: 301)

Name: NF10481A_low_205
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_205
NF10481A_low_205
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (17-299)||(49952989-49953272)
chr4 (17-299)||(39974683-39974966)
chr4 (70-299)||(281813-282042)
chr4 (18-270)||(13228533-13228783)
chr4 (136-208)||(42757638-42757706)
chr4 (17-56)||(281775-281814)
chr4 (18-108)||(50814634-50814725)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-299)||(21588799-21589082)
chr8 (18-231)||(13756376-13756590)
chr8 (17-231)||(42797318-42797532)
chr8 (18-231)||(23141828-23142042)
chr8 (160-231)||(10901475-10901546)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (17-299)||(36095949-36096232)
chr3 (17-155)||(12746103-12746241)
chr3 (166-270)||(50331954-50332056)
chr3 (18-127)||(50332063-50332173)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (18-270)||(33240-33492)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-270)||(5788867-5789119)
chr2 (18-270)||(3395448-3395698)
chr2 (18-108)||(41754529-41754620)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (45-270)||(1599549-1599773)
chr6 (62-231)||(26894788-26894957)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (17-138)||(33014000-33014122)
chr5 (18-270)||(38015928-38016177)
chr5 (177-285)||(33013881-33013989)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-231)||(43387132-43387344)
[»] scaffold0380 (2 HSPs)
scaffold0380 (25-154)||(14373-14503)
scaffold0380 (211-270)||(14538-14595)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (98-231)||(50251-50384)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (113-203)||(17510279-17510369)
chr7 (113-203)||(17542845-17542935)
chr7 (113-203)||(17474795-17474885)
chr7 (113-203)||(17578329-17578419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 17 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 49953272 - 49952989
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgtt-cgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49953272 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgtttcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacgcttc 49953173  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49953172 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacggacacgaagagtctcatatttaattgagagatgttaatgtgtcaagtgtggattaaa 49953073  T
Q  216 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 299  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  49953072 ataacacattgaatggcatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttataatgtcataagattttggatgtaact 49952989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 299
Target Start/End: Original strand, 39974683 - 39974966
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  39974683 gacatcattctcacctgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagttccaatggtgatatcatatacgcttc 39974782  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  39974783 aacatttttggggagtggaagtgcttcgtggtggtggatcgcggacacaaagagtatcgtatttaattgagagatggtaatgtgtcaagtgtgggttaaa 39974882  T
Q  216 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 299  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||  ||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  39974883 ataacatattgaatgccatataatagatattgaataacatatcagtggaatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 39974966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 70 - 299
Target Start/End: Original strand, 281813 - 282042
Alignment:
Q  70 gtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagag 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||    
T  281813 gtgttgtctcccccgtaagtcccaatggtgatatcatatacgcttcaacatttttgtggagcggaagtgctgtgtggtggtggatcgcggacacgaagag 281912  T
Q  170 tctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgac 269  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  281913 tctcgtatttaattgagagatgttaatgtgtcaagtgtgggttaaaataacacattgaattccatataatatatattgaacaacatattagtgagatgac 282012  T
Q  270 ttgtaatgtcataagattatggatgtaact 299  Q
    |  ||||||| | ||||| |||||||||||    
T  282013 tcataatgtcttgagattttggatgtaact 282042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 13228533 - 13228783
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||  |||||  ||| ||||||||||||| | |||||    
T  13228533 acatcattttcacttgtgtgattgctctttctgcaatgcgttgattcacacaagtgttggctcccca-taagtttcaatggtgatatcatatccgcttca 13228631  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  13228632 acatttttggggagcataagtggtttttggtggtggatcgcagacacaaaaagtctcatacttaatggagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 13228731  T
Q  217 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  13228732 taacacattgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgagatgact 13228783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 136 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42757706 - 42757638
Alignment:
Q  136 gtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtg 208  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42757706 gtgcttcttggtggtggatcacagacacggagagtctc----ttaatagagagatgttaatgtgtcaattgtg 42757638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 56
Target Start/End: Original strand, 281775 - 281814
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  281775 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgt 281814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 108
Target Start/End: Original strand, 50814634 - 50814725
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatat 108  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  50814634 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatat 50814725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 21589082 - 21588799
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||    
T  21589082 gacatcattctcacctgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagttccaatggtgatatcatatacgcttc 21588983  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 215  Q
    |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||    
T  21588982 aacaattatggggagcgaaagtgcttcgtggtggtggatcgtggacacgaagagtatcgtatttaattgagagatggtaatgtgtcaagggtgggttaaa 21588883  T
Q  216 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 299  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  21588882 ataacacattgaatgtcatataatagatattgaataacatatcagtgagatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 21588799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Original strand, 13756376 - 13756590
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||| ||||||||| |||| || || | |||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  13756376 acatcattatcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggcttccacataagtcccaatggtgatatcatatctgcttca 13756475  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   ||| || |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  13756476 acatttttggggagcggaagtggtccgtggtggtggatagtagatacaaagagtctcatgcttaatatagatatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 13756575  T
Q  217 taacacattgaatgc 231  Q
    |||||||||||||||    
T  13756576 taacacattgaatgc 13756590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 42797532 - 42797318
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||||  |||| | ||||||| ||| |||||||||||||   ||||    
T  42797532 gacatcattatcactcgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcgattcacacaagtgtttgctcctc-gtaagtctcaatggtgatatcatatctgcttc 42797434  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  42797433 aacatttttggggagcggaagtggtctgtggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagaaagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaa 42797334  T
Q  216 ataacacattgaatgc 231  Q
    ||||||||||||||||    
T  42797333 ataacacattgaatgc 42797318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23142042 - 23141828
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||   |||||    
T  23142042 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtctcaatggtgatatcatatctgcttca 23141943  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| | ||  ||||||    
T  23141942 acattttcggggagcggaagtggtccgtggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagagagatgttaacgtgtcaagtatgagttaaaa 23141843  T
Q  217 taacacattgaatgc 231  Q
    |||||||||||||||    
T  23141842 taacacattgaatgc 23141828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10901546 - 10901475
Alignment:
Q  160 acacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 231  Q
    ||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  10901546 acacggagagtctcgtacttaatggagagatgttaatgtatcaaatgtgagttaaaataacacattgaatgc 10901475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 299
Target Start/End: Original strand, 36095949 - 36096232
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  36095949 gacatcattctcacctttgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtatcccccgtatgtcccaatggtgatatcatatacgcttc 36096048  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | ||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  36096049 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcgcggacacgaagagtatcgtatttaattgagagattgtaatgtgtcaagtgtgggttaaa 36096148  T
Q  216 ataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaatgtcataagattatggatgtaact 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||||||  |||| || ||||||| || ||||||||    
T  36096149 ataatacattgaatgccatataattgatattgaataacatatcaatgagatgactcataatctcttaagattttgaatgtaact 36096232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 12746241 - 12746103
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | || |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  12746241 gacatcattctcacttgtgtgattgcttct-ctgcaatgtatcgaatcacacaagtgttgtctcccctgtaattcccaatggtgatatcatatacgcttc 12746143  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatc 155  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12746142 aacatttttggagagcggaaatgctttgtggtggtggatc 12746103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 166 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 50332056 - 50331954
Alignment:
Q  166 agagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgaga 265  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||| ||||| ||||  || ||||||||||||    
T  50332056 agagtttcatgcttaatagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaataacacattgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgaga 50331959  T
Q  266 tgact 270  Q
    |||||    
T  50331958 tgact 50331954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 50332173 - 50332063
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgtt-cgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| ||||||  ||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  50332173 acatcattatcactcgtgtgattgctctttctgcaatgtgacgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatatctgcttca 50332074  T
Q  117 acatttttggg 127  Q
    |||||||||||    
T  50332073 acatttttggg 50332063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33492 - 33240
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcg--aatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacactt 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||   | |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| | ||||||||||  | |||    
T  33492 acatcattctcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcatcattcacacaagtgttggctcccca-taagtctcaatgttgatatcatacccgctt 33394  T
Q  115 caacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaa 214  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  33393 caacatttttgggaagcggaagtggttcgtggtggtggatcgcagacacagagagtctcatacttaatgaagagatgttaatgtgtcaaatgtgagttaa 33294  T
Q  215 aataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33293 aataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataagtgagatgact 33240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 5789119 - 5788867
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcg--aatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacactt 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||   | |||||||||||||| ||||||  |||||| ||| | ||||||||||  | |||    
T  5789119 acatcattctcacttgtgtgattgctctttctgcaatgtgtcatcattcacacaagtgttggctcccca-taagtctcaatgttgatatcatacccgctt 5789021  T
Q  115 caacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaa 214  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  5789020 caacatttttgggaagcggaagtggttcgtggtggtggatcgcagacacagagagtctcatacttaatgaagagatgttaatgtgtcaaatgtgagttaa 5788921  T
Q  215 aataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5788920 aataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataagtgagatgact 5788867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 3395698 - 3395448
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||| | |||||    
T  3395698 acatcattttcacttgtgtgattgctctttctgcaacgtgtcgattcacacaagtgttgtctcccca-taagttccaatggtgatatcatatccgcttca 3395600  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  ||||  ||||||    
T  3395599 acatttttggggagcataagtggtttttggtggtggatcgcagacacaaagagtctcatacttaatggagagatgttaatgtgtcaggtgtgagttaaaa 3395500  T
Q  217 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||| ||||||||   ||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  3395499 taacactttgaatgc--aatagtagatgttgagaaacatataagtgagatgact 3395448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 41754620 - 41754529
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatat 108  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||| | ||| | |||||| |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  41754620 acatcattatcactcgtgtgattgctctttatgcaatgtgtcgattcacacaagcgttggctcccccataagtcccaatggtgatatcatat 41754529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 270
Target Start/End: Original strand, 1599549 - 1599773
Alignment:
Q  45 tttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcg 143  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |  |    
T  1599549 tttctgcaatgtgtcgattcacacaagtattggctcccccataagtcccaaaggtgatatcatatatgcttcaacattttttgggagcggaagtggtatg 1599648  T
Q  144 tggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagat 243  Q
    |||||||||||  |||| ||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||| |||||    
T  1599649 tggtggtggatagcagatacagagagtctcatgcttaatagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaataacacattgaatgc--aatagtagat 1599746  T
Q  244 attgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
     ||||  || |||||||||||||||||    
T  1599747 gttgagaaacatataagtgagatgact 1599773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 62 - 231
Target Start/End: Original strand, 26894788 - 26894957
Alignment:
Q  62 tcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagac 161  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||  |||||    
T  26894788 tcacacaactgttggctaccccataagtcccaataatgatataatatccacttcaacattttaggggagtggaagtggttcatggtggtggattgcagac 26894887  T
Q  162 acgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 231  Q
    ||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||| | |||| ||||  |||||||||||||||| ||||    
T  26894888 acggatagtctcatacttaatggagagatgttaatatatcaagtgtgatttaaaataacacattggatgc 26894957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 33014122 - 33014000
Alignment:
Q  17 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  33014122 gacatcattctcacttgtgtggttgttttttctgcaatgtgtcgaatcacacaagtgttgtctcccatgtaagtcccaatggtgatatcatatacgcttc 33014023  T
Q  116 aacatttttggggagcggaagtg 138  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33014022 aacatttttggggagcggaagtg 33014000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 38016177 - 38015928
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| | ||||| |||| | |||| ||||||||||| || ||||||  |||||||||| || |||||||||| | |||||    
T  38016177 acatcattattacttgtgtgattgctctttctgcaatatatcgattcacacaagtgctggctcccca-taagtcccaatggcgatatcatatccgcttca 38016079  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||   ||||| || ||||||||  || || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  38016078 acatttttgtggaacggaagtggttcgtggtggtggatcgtggacac-aaaagtctcatacttgatggagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 38015980  T
Q  217 taacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||||||||||||   ||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  38015979 taacacattgaatgc--aatagtagatgttgagcaacatataagtgagatgact 38015928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 177 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 33013989 - 33013881
Alignment:
Q  177 tttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgacttgtaat 276  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  33013989 tttaattgagagatgctaatgtgtcaagtgtgggttaaaataacacattgaatttcatataatatatattgaacaacatattagtgagatgactcataat 33013890  T
Q  277 gtcataaga 285  Q
    ||| |||||    
T  33013889 gtcttaaga 33013881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43387344 - 43387132
Alignment:
Q  18 acatcattctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttca 116  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||| || | ||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||| |  ||||    
T  43387344 acattattttcacttgtgtgattgctttttctacattgtgtcaattcacacaagtgttggatcccca-taagtcccaatggtgatatcatatccgtttca 43387246  T
Q  117 acatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaactgtggattaaaa 216  Q
    |||||||| ||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |  ||||  |||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  43387245 acattttttgggagcaaaagtggttcgtggtg-tggatcgcagacacggagagtctcgtacttaacagagagatgttaatgtgtcaagtgtgagttaaaa 43387147  T
Q  217 taacacattgaatgc 231  Q
    | |||||||||||||    
T  43387146 ttacacattgaatgc 43387132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 2)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 154
Target Start/End: Original strand, 14373 - 14503
Alignment:
Q  25 tctcacttgtgtggttgttttttctacaatgt-tcgaatcacacaagtgttgtctcccccgtaagtcccaacggtgatatcatatacacttcaacatttt 123  Q
    ||||||||||||| |||   ||||| |||||| | || |||||||||||||| |||| || ||||||  || ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  14373 tctcacttgtgtgattgccctttcttcaatgtgttgattcacacaagtgttggctcctccataagtcttaatggtgatatcatatccgcttcaacatttt 14472  T
Q  124 tggggagcggaagtgcttcgtggtggtggat 154  Q
    || |||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  14473 tgaggagcggatgtggttcgtgatggtggat 14503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 270
Target Start/End: Original strand, 14538 - 14595
Alignment:
Q  211 ttaaaataacacattgaatgccatataatagatattgaacaatatataagtgagatgact 270  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  14538 ttaaaataacacattgaatgc--aatagtagatgttgaacaacatataaatgagatgact 14595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 50384 - 50251
Alignment:
Q  98 tgatatcatatacacttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatg 197  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||   |||||||| |  ||||| ||||||  |||||     
T  50384 tgatatcatatccgcttcaacgttttttgggagcagaagtggttcgtagtggtggatcgcggacatagagagtctcgtacttaatggagagaatttaata 50285  T
Q  198 tgtcaactgtggattaaaataacacattgaatgc 231  Q
    |||||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  50284 tgtcaagtgtcagttaaaataacacgttgaatgc 50251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17510369 - 17510279
Alignment:
Q  113 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 203  Q
    ||||||||||| |||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17510369 ttcaacattttaggggagtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17510279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 203
Target Start/End: Original strand, 17542845 - 17542935
Alignment:
Q  113 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 203  Q
    ||||||||||| |||||| || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17542845 ttcaacattttaggggagtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17542935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 17474885 - 17474795
Alignment:
Q  113 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 203  Q
    ||||||||||| |||| | || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17474885 ttcaacattttaggggtgtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17474795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 113 - 203
Target Start/End: Original strand, 17578329 - 17578419
Alignment:
Q  113 ttcaacatttttggggagcggaagtgcttcgtggtggtggatcacagacacgaagagtctcatgtttaattgagagatgttaatgtgtcaa 203  Q
    ||||||||||| |||| | || |||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |   ||| | ||||||||||||||||||||    
T  17578329 ttcaacattttaggggtgtgggagtggttcttggtggtcgatcacaggcacaaagagtctgacacttactggagagatgttaatgtgtcaa 17578419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University