View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_23 (Length: 460)

Name: NF10481A_low_23
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_23
NF10481A_low_23
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (60-459)||(5197241-5197641)
chr4 (60-459)||(5215386-5215786)
chr4 (60-459)||(5183842-5184242)
chr4 (60-459)||(4840628-4841022)
chr4 (60-459)||(5174500-5174894)
chr4 (10-459)||(4855078-4855528)
chr4 (60-459)||(5161559-5161961)
chr4 (387-459)||(7143705-7143776)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (389-427)||(32745008-32745046)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (389-427)||(4912000-4912038)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5197641 - 5197241
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||| || || |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5197641 taaatataaaaattacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaat 5197542  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197541 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5197442  T
Q  259 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  5197441 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactt 5197342  T
Q  359 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 458  Q
    | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5197341 tcgactgaggagtggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttg 5197242  T
Q  459 t 459  Q
    |    
T  5197241 t 5197241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5215786 - 5215386
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||    |  |||| || |||| |||||||||| |||||||||| |    
T  5215786 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaatacaatggaaacgttggaaaaatt 5215687  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215686 ttacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 5215587  T
Q  259 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215586 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5215487  T
Q  359 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 458  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5215486 ttgatagaggagtggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttg 5215387  T
Q  459 t 459  Q
    |    
T  5215386 t 5215386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5184242 - 5183842
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    |||| ||||| | |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||| | |||||||||| |||||| |||    
T  5184242 taaatataaaaaatacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaatataatggaaaagatggaaagaat 5184143  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  5184142 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggccaatagtattgtaatataagatg 5184043  T
Q  259 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 358  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5184042 ttatgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 5183943  T
Q  359 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 458  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5183942 ttgatttaggagttgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttg 5183843  T
Q  459 t 459  Q
    |    
T  5183842 t 5183842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Original strand, 4840628 - 4841022
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatattg-agactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||      |||||||| || | || |||||||||||||||||||||||    
T  4840628 taaagataaaaattacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaat 4840721  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||||||    
T  4840722 ctacgcataaacttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttatgtaagatg 4840821  T
Q  259 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 358  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  4840822 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 4840921  T
Q  359 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 458  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4840922 tcgattgaggaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttg 4841021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5174894 - 5174500
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||      |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5174894 taaaggtaaaaattacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaat 5174801  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
T  5174800 ctacgcataaacttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatg 5174701  T
Q  259 ctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactt 358  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  5174700 ctgtgaaactccaataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactt 5174601  T
Q  359 ttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 458  Q
    | |||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174600 tcgattgacgaatggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttg 5174501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 459
Target Start/End: Original strand, 4855078 - 4855528
Alignment:
Q  10 aaaaggagttgaacatcaaatgtctcaacatcaaaatgtca-aaattata-ttaaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagt 106  Q
    |||||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4855078 aaaaggagcttaaaatcaaatgtctcagcatcaaactgtctgaaattaaagttaaatataaaaattacaatacccaaatatttgagactccacataaagt 4855177  T
Q  107 ttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgt 206  Q
    |||||||||| ||| ||||| || | || ||||||||||||||||||||||  |||  | |||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4855178 ttcaacaggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaacttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgt 4855277  T
Q  207 ggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttcctttt 306  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||    
T  4855278 ggattgatgca--acactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctctt 4855375  T
Q  307 ctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtc 406  Q
    || ||||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||    
T  4855376 cttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggagtggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtc 4855475  T
Q  407 ctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgt 459  Q
    ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855476 ctcaatgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgt 4855528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 60 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 5161961 - 5161559
Alignment:
Q  60 taaagataaatattacaatatccaaatatt-gagactccacataaagtttcaacaggtgctatggacattcctcaacacaatggaaaagttggaaaaaat 158  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| || |||  ||||||||||||||||||||||     
T  5161961 taaatataaaaattacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaaaaaaa 5161862  T
Q  159 ctacgcataaacttgctgatgtaataaaaccaagccatacgccaacgtggattgatgcacaagactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatg 258  Q
       ||   |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  5161861 aatcgtgcaaacttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatg 5161762  T
Q  259 ctgt-gaaac-tccaataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgccattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacac 356  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  5161761 ctgtagaaacctccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacac 5161662  T
Q  357 ttttgattgaggagtggtccacaaagactaggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 456  Q
    ||| | | |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161661 tttcggtcgaggagtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggt 5161562  T
Q  457 tgt 459  Q
    |||    
T  5161561 tgt 5161559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 387 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 7143776 - 7143705
Alignment:
Q  387 ggattacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgt 459  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  | | |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7143776 ggattacctctgtagttgtccttaacaaagcctccgat-tgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgt 7143705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 427
Target Start/End: Original strand, 32745008 - 32745046
Alignment:
Q  389 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 427  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32745008 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 32745046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 389 - 427
Target Start/End: Original strand, 4912000 - 4912038
Alignment:
Q  389 attacctctgtagttgtcctcatcaaagtttgcaaactg 427  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4912000 attacctctatagttgttctcatcaaagtttgcaaactg 4912038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University