View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_33 (Length: 436)

Name: NF10481A_low_33
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_33
NF10481A_low_33
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (45-432)||(16479648-16480035)
chr7 (45-436)||(47481699-47482091)
chr7 (45-436)||(13320268-13320659)
chr7 (84-432)||(26010053-26010397)
chr7 (352-433)||(15761265-15761346)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (45-436)||(35010075-35010466)
chr6 (45-432)||(1658529-1658916)
chr6 (45-432)||(1650770-1651156)
chr6 (64-436)||(222135-222507)
chr6 (45-433)||(15861674-15862057)
chr6 (45-436)||(27740024-27740414)
chr6 (47-299)||(2287405-2287657)
chr6 (87-434)||(14626856-14627200)
chr6 (45-436)||(14151489-14151878)
chr6 (352-433)||(1555029-1555110)
chr6 (16-53)||(222132-222169)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (45-436)||(34938463-34938853)
chr5 (45-436)||(23111829-23112219)
chr5 (146-436)||(29191049-29191336)
chr5 (210-436)||(23985307-23985532)
chr5 (45-397)||(22054614-22054962)
chr5 (145-397)||(18531749-18531998)
chr5 (345-436)||(25003889-25003980)
chr5 (359-423)||(2030866-2030930)
chr5 (16-53)||(34938460-34938497)
[»] scaffold0125 (2 HSPs)
scaffold0125 (45-436)||(34695-35085)
scaffold0125 (16-53)||(34692-34729)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (45-436)||(36074-36465)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (45-432)||(24548173-24548560)
chr8 (84-432)||(6774982-6775327)
chr8 (352-433)||(18618332-18618413)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (45-436)||(222852-223243)
scaffold0012 (16-53)||(223209-223246)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (45-432)||(15574994-15575381)
chr3 (45-432)||(15614013-15614400)
chr3 (45-299)||(16800185-16800439)
chr3 (45-436)||(17913144-17913532)
chr3 (45-397)||(47983903-47984251)
chr3 (45-397)||(47993190-47993538)
chr3 (45-397)||(48002477-48002825)
chr3 (45-397)||(48011763-48012111)
chr3 (254-436)||(23174686-23174867)
chr3 (352-436)||(18738814-18738898)
chr3 (363-423)||(51962283-51962343)
chr3 (352-433)||(11987276-11987357)
[»] scaffold0162 (2 HSPs)
scaffold0162 (45-436)||(8856-9246)
scaffold0162 (16-53)||(9212-9249)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (45-436)||(14911111-14911503)
chr4 (45-397)||(10105012-10105360)
chr4 (45-397)||(31114770-31115118)
chr4 (84-397)||(15675776-15676085)
chr4 (84-430)||(7849166-7849510)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (45-433)||(25266071-25266458)
chr2 (145-436)||(7512724-7513012)
chr2 (45-397)||(24342229-24342577)
chr2 (359-432)||(32464961-32465034)
chr2 (16-53)||(7512978-7513015)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (45-436)||(32650625-32651016)
chr1 (84-432)||(45050634-45050981)
chr1 (84-432)||(41393404-41393748)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (45-423)||(12836-13213)
[»] scaffold0075 (2 HSPs)
scaffold0075 (45-270)||(35015-35240)
scaffold0075 (256-436)||(24088-24268)
[»] scaffold0037 (1 HSPs)
scaffold0037 (45-279)||(71979-72213)
[»] scaffold0215 (1 HSPs)
scaffold0215 (84-432)||(16951-17295)
[»] scaffold0361 (1 HSPs)
scaffold0361 (288-433)||(2746-2889)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (88-221)||(8335-8466)
[»] scaffold0686 (1 HSPs)
scaffold0686 (359-423)||(7106-7170)
[»] scaffold0342 (1 HSPs)
scaffold0342 (359-436)||(1788-1865)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (359-423)||(167308-167372)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Original strand, 16479648 - 16480035
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16479648 aaacacttcctttaacttgtataatcattagtctcatactttatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 16479747  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16479748 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttctggagaatgggatctttaaggaaatggaatgggattaagataaaatagagatcatatgattactga 16479847  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16479848 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 16479947  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16479948 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 16480035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 47481699 - 47482091
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  47481699 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctattggaacaactccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 47481798  T
Q  145 aacttt-gaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| | |    
T  47481799 aacttttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattgccg 47481898  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 343  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47481899 aaaatggtagtgattggtttccttgagttttatttagttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 47481998  T
Q  344 atccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| | | ||||||||    
T  47481999 atccttttaagccaatcatcttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgactgatagttgaatatggaatgtga 47482091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 13320659 - 13320268
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13320659 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctcctttaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 13320560  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13320559 aactttgaaaattgctcaagaacgttgactttttcggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 13320460  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||  | | |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13320459 aaataattgagattggtttccttgagctttaattgattttggtttcgaaaatggaatattcttgtgaaatgtcaaagagagacgaacattgatgaaaata 13320360  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  13320359 tcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatagtcgagtgtcgaatgtga 13320268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 84 - 432
Target Start/End: Original strand, 26010053 - 26010397
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |  | | ||||||||||| || |||  ||  |  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |     
T  26010053 ttaatcctactggaacacttccttgaacaagaattggacttggtttatgtaattgaatttccactttgaaaattg-tcaagaatgttgatttttccgaa- 26010150  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
     ||  ||  || |||||||||| ||| ||||||  |||  ||| |||  |||||| | |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26010151 -atttgaaattcaaggaaatggaatgagattaaagtagtgtagtgattgtatgataaatgaaaatgattgagattggtttccttgagttttatttggttt 26010249  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26010250 tggttttgaaaacggaagattcttgtaagatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcaccttataaatctttcataatta 26010349  T
Q  384 gttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26010350 gtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tagttgaatgttgaat 26010397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 433
Target Start/End: Original strand, 15761265 - 15761346
Alignment:
Q  352 aagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||| |||||||||    
T  15761265 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatg 15761346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 35010075 - 35010466
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35010075 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 35010174  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35010175 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttctggaaaatgggatcttcaagaaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 35010274  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010275 aaatggtagcgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 35010374  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35010375 ttcttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagttttgaatgtga 35010466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Original strand, 1658529 - 1658916
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  1658529 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 1658628  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1658629 aactttgaaaattgttcaagaacgttgatttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 1658728  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1658729 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgagaattgaagattcttgtaaattgttaaagagagacgaacattgacgaaaata 1658828  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1658829 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttcgttttgtatgactatatggaagtatttgattgttaggtgagtgttgaat 1658916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Original strand, 1650770 - 1651156
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  1650770 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtaaaatcaaaactt 1650869  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1650870 aactttgaaaattgttcaagaacgttgatttttctggaaaatggaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 1650969  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1650970 aaatggtagtgattggtttccttgagttttattt-gttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 1651068  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1651069 tccttttaagtcaatcaccttataaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtattgaat 1651156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 64 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 222507 - 222135
Alignment:
Q  64 tataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaa 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222507 tataatcattagtctcatacttaattctaaagtaacatctccttgaatgaaatttggacttggcttatgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaa 222408  T
Q  164 gaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggttt 263  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||| |||    
T  222407 gaacgttgacttttccgggaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagtatagagattatatgattactgaaaattgtagtaattgattt 222308  T
Q  264 ccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcacc 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222307 ccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcacc 222208  T
Q  364 ttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  222207 ttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 222135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 45 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 15862057 - 15861674
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaat-acaattcggacttggtttttgaaatcaaaact 143  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||||||  | | | |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||  |||| ||| |     
T  15862057 aaacacttattttgacttatataatcattgttat-acacttaatcctactggaacatatccttgaatgagaatt-ggacttggtttta-aaattaaatca 15861961  T
Q  144 taactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  15861960 -aactttgaaaattgctctagaacgttgatttttccggaaaatgggatcttcgaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattacta 15861862  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 343  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  15861861 aaaatggtagtgattggtttccttgagttttatttgattttgatcttgaaaatggaagattcttgtaaaatgtt--agagagacgaacattgatgaaaat 15861764  T
Q  344 atccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15861763 atccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtattgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 15861674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 27740414 - 27740024
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| | ||||||  ||||||    
T  27740414 aaacacttcttttaacttggataatcattaatttcatacgtaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggatttggtgtgtgaaattgaaactt 27740315  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || | ||||| | ||| ||||||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  27740314 aactttgaaaattgcttaagaacgtggactcttccgaaaaattggatcttcaaggaaatggaatgg-attaaggtagtatagagattatatgattactga 27740216  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  27740215 aaatggtagtgattggtttccttgaattttatttggctttggtttcgaaaatgggaggttcttgaaaaatgtcaaagagagacgaacattggtgaaaata 27740116  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27740115 tcctttaaggcaaatcaccttataaatctttcataattggttttgtatgactatatggaagtaatggattgatagttgagtattgaatgtga 27740024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 47 - 299
Target Start/End: Original strand, 2287405 - 2287657
Alignment:
Q  47 acacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaa 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2287405 acacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaacttaa 2287504  T
Q  147 ctttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaa 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2287505 ctttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaagaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactgaaa 2287604  T
Q  247 atgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatgga 299  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287605 attgtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatgga 2287657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 87 - 434
Target Start/End: Original strand, 14626856 - 14627200
Alignment:
Q  87 atcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaat 186  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |  | | ||||||||||| ||||||  ||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||    
T  14626856 atcctactggaacacttccttgaacaagaattggacttggtttatgaaattgaatttcaattttgaaaattg-tcaagaacgttgatttttccgaa--at 14626952  T
Q  187 gggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttgg 286  Q
      ||  || |||||||||| ||||||||||  |||  ||| ||| ||||||| | |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14626953 ttgaaattcaaggaaatggaatgggattaaagtagggtagtgattatatgataaatgaaaatgattgagattggtttccttgagttttatttggttttgg 14627052  T
Q  287 ttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14627053 ttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagtt 14627152  T
Q  387 ttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgt 434  Q
    ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14627153 ttgaatgattatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgt 14627200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 14151878 - 14151489
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |  || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||| ||||||  ||||||    
T  14151878 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgcacacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatt-ggacttgatttgtgaaattgaaactt 14151780  T
Q  145 aactttgaaaattgctc-aagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||  || |||||||| |||||||||| |  |||   |  | ||| |||||| ||||||||||| | | |||| ||| |  ||||| |||    
T  14151779 aactttgaaaattcgtccaagaacgtcgatttttccgaaatatgattttctcaagaaaatggaatgggattaaggttgtatagtgattacgtgatttctg 14151680  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 343  Q
    |||||  | |||| ||||| | |||||| ||| | ||||||  ||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14151679 aaaataattgtgactggttcctttgagtgttaatcggttttacttt-gaaaatggaa-atacttggaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 14151582  T
Q  344 atccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  14151581 attcttttaagccaatcaccttatcaatctctcatgtttagttttgtatgactatatggaagtatttgaatgatagttaagtgtggaatgtga 14151489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 1555110 - 1555029
Alignment:
Q  352 aagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||| |||||||||    
T  1555110 aagccaattgccttataaatctttcatgacttgttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatg 1555029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Original strand, 222132 - 222169
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  222132 acatcacattcaacactcaactaacaatcaaatacttc 222169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 34938853 - 34938463
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34938853 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactgggacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 34938754  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34938753 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccgaaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 34938654  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34938653 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttataaaatg-tcaagagagacgaacattgatgaaaata 34938555  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34938554 tcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 34938463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 23111829 - 23112219
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23111829 aaacacttcttt-aacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttttgaaatcaaaactt 23111927  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  23111928 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattcctga 23112027  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23112028 aaattgtagtgattggtttccttgagttttatttggttttgcttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 23112127  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  23112128 tccttttaagccaatcaccttataaatcgttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatagatgagtgttgaatgtga 23112219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 146 - 436
Target Start/End: Original strand, 29191049 - 29191336
Alignment:
Q  146 actttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaa 245  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |  ||  ||  || |||||||||| |||||| |||  |||  ||| |||  |||||| | ||||    
T  29191049 actttgaaaattg-tcaagaacgttgattgttccgaa--atttgaaattcaaggaaatggaatgggagtaaagtagtgtagtgattgtatgataaatgaa 29191145  T
Q  246 aatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatat 345  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29191146 aatgattgagattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatat 29191245  T
Q  346 ccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  29191246 ccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttagttgagtattgaatgtga 29191336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 210 - 436
Target Start/End: Original strand, 23985307 - 23985532
Alignment:
Q  210 ggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgt 309  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23985307 ggattaagatagtatagagattatatgattactgaaaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatgggagattcttgt 23985406  T
Q  310 aaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatt 409  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  23985407 gaaatg-tcaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataactctttcataattagttttgtatgactatatggaagtata 23985505  T
Q  410 tgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||    
T  23985506 tgattgatagttgagaattgaatgtga 23985532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Original strand, 22054614 - 22054962
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |      
T  22054614 aaacactttttttaacttgtataatcactgtttgtacaattaatcctactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca- 22054712  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||    
T  22054713 aactttgaaaattgtccaagaacgttgaatttttcgga-aattggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagtacaatgattatatgattactga 22054811  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  22054812 aaatggttgtgattggtttccttgagtcttaattggtttgggttttgaaaatggga-attcttggtaaatgtcaa-gagagacgaacattgatgaaaata 22054909  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  22054910 tccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgacta 22054962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 145 - 397
Target Start/End: Original strand, 18531749 - 18531998
Alignment:
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||    
T  18531749 aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccgga-aattggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagtacaatgattatatgattactga 18531847  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  18531848 aaatggttgtgattggtttccttgagtcttaaatggtttgggttttgaaaatggga-attcttggaaaatgtcaa-gagagacgaacattgatgaaaata 18531945  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||| |||||||||    
T  18531946 tccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagtttcgtatgacta 18531998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 345 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 25003980 - 25003889
Alignment:
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  25003980 tcctttttagcaaattaccttataaatctttcataattagttttgtatgtctatatggaagtatttgattgatagttgagtattgaatgtga 25003889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 359 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 2030930 - 2030866
Alignment:
Q  359 tcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttga 423  Q
    |||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  2030930 tcaccttataaatccttcataattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttga 2030866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Original strand, 34938460 - 34938497
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  34938460 acatcacattcaacactcaactaacaatcaaatacttc 34938497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 35085 - 34695
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35085 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 34986  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34985 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttctggaaaatgggatcttcaagtaaatgtaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 34886  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34885 aaatggtagtgattggtttccttgagtttcatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatg-tcaagagagacgaacattgatgaaaata 34787  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34786 tcctttaaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 34695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Original strand, 34692 - 34729
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  34692 acatcacattcaacactcaactaacaatcaaatacttc 34729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 36074 - 36465
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  36074 aaacaattcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 36173  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36174 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 36273  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36274 aaatcgtagtgattggtttccttgagttttatttggctttggttttaaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 36373  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  36374 tccttttaagccaatcaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatgaaagtatttgattgatagatgagtgttgaatgtga 36465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 24548560 - 24548173
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  24548560 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtaaaatcaaaactt 24548461  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24548460 aactttgaaaattgttcaagaacgttgatttttctggaaaatggaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 24548361  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24548360 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 24548261  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24548260 tccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtattgaat 24548173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 84 - 432
Target Start/End: Original strand, 6774982 - 6775327
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |  | | ||||||||||| ||||||  ||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  6774982 ttaatcctactggaacacttccttgaacaagaattggacttggtttatgaaattgaatttcaattttgaaaattg-tcaagaacgttgatttttccgaa- 6775079  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
     ||  ||  || |||||||||| ||||||||||  ||| |||| ||| ||||||| | |||||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6775080 -atttgaaattcaaggaaatggaatgggattaaactagtatagtgattatatgataaatgaaaatgattgagattggtttccttgagttgtatttggttt 6775178  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6775179 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcataatta 6775278  T
Q  384 gttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6775279 gtttcgtatgattatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 6775327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 352 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 18618413 - 18618332
Alignment:
Q  352 aagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||| |||||||||    
T  18618413 aagccaatcgccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgattattaattgaatgttgaatg 18618332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 222852 - 223243
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  222852 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtcttatacttaatcctactagaacatctcctttaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 222951  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  222952 aactttgaaaattgctcaagaacgttgaattttccgaaaaatgggatcttcaaagaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 223051  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  223052 aaatagtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacaaacattgatgaaaata 223151  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  223152 tccttttaagccaatcatcttataaatccttcatatctagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 223243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 223246 - 223209
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  223246 acatcacattcaacactcaactaacaatcaaatacttc 223209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 15575381 - 15574994
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  15575381 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtaaaatcaaaactt 15575282  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15575281 aactttgaaaattgttcaaaaacgttgatttttctggaaaatggaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 15575182  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15575181 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 15575082  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15575081 tccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttcagtattgaat 15574994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 45 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 15614400 - 15614013
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  15614400 aaacacttcttttaacttgtataatcattggtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtaaaatcaaaactt 15614301  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15614300 acctttgaaaattgttcaagaacgttgatttttttggaaaatggaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagacattatatgattactga 15614201  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15614200 aaatggtagtgattggttcccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagatgaacattgatgaaaata 15614101  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  15614100 tccttttaagccaatcaccttatgaatctttcatatttagtgttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttcagtattgaat 15614013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 45 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 16800439 - 16800185
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  16800439 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcgtacttaatcctactggaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 16800340  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16800339 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccgaaaaatgggatcttcaaagaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 16800240  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatgga 299  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16800239 aaattgtagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatgga 16800185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 17913144 - 17913532
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaat-acaattcggacttggtttttgaaatcaaaact 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  | | | |||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||| ||||||||||| |||||| ||| ||    
T  17913144 aaacacttcttttaacttgtataatcactgttat-acacttaatcctactgaaacatatccttgaatgagaatt-ggacttggtttatgaaattaaatct 17913241  T
Q  144 taactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||  |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  17913242 -aactttgaaaattg-tcaagaacgttgatttttccgaa--atttgatcttcaagggaatggaatggggttaagatagtatagagattatatgactactg 17913337  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttgg-ttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 342  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  17913338 aaaatggtattgattggtttccttgagttttaattggtttttggttttgaaaatgggagattcttgtgaaatg-tcaagagagacgaacattgataaaaa 17913436  T
Q  343 tat-ccttttaagcc-aatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||| |||| || |||| |||||||||||||||    
T  17913437 tatatcctttaagccaaatcatcttataaatctttcataatcatttttgtatgactatatggaagtagttgaatgatagtggagtgttgaatgtga 17913532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 47984251 - 47983903
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  47984251 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgaacaattaatcctactggaacatctccttgaatgaaatt-ggacttggtttgtgaaattgaaactt 47984153  T
Q  145 aactttgaaaattgctc-aagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||  || |||||||| | |||||||| |  ||  ||| || |||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||| | |||||| |||    
T  47984152 aactttgaaaattcgtccaagaacgtcg-tttttccgaa--atttgattttcaaggaattggaatgggattaaggtagtatagtgattacatgatttctg 47984056  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaa-aatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 342  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47984055 aaaatggttgtgattggtttc-ttgagttctaactagttttg-ttttgaaaatggaagattcttggaataatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 47983958  T
Q  343 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||    
T  47983957 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgacta 47983903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 47993538 - 47993190
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  47993538 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgaacaattaatcctactggaacatctccttgaatgaaatt-ggacttggtttgtgaaattgaaactt 47993440  T
Q  145 aactttgaaaattgctc-aagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||  || |||||||| | |||||||| |  ||  ||| || |||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||| | |||||| |||    
T  47993439 aactttgaaaattcgtccaagaacgtcg-tttttccgaa--atttgattttcaaggaattggaatgggattaaggtagtatagtgattacatgatttctg 47993343  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaa-aatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 342  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47993342 aaaatggttgtgattggtttc-ttgagttctaactagttttg-ttttgaaaatggaagattcttggaataatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 47993245  T
Q  343 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||    
T  47993244 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgacta 47993190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 48002825 - 48002477
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  48002825 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgaacaattaatcctactggaacatctccttgaatgaaatt-ggacttggtttgtgaaattgaaactt 48002727  T
Q  145 aactttgaaaattgctc-aagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||  || |||||||| | |||||||| |  ||  ||| || |||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||| | |||||| |||    
T  48002726 aactttgaaaattcgtccaagaacgtcg-tttttccgaa--atttgattttcaaggaattggaatgggattaaggtagtatagtgattacatgatttctg 48002630  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaa-aatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 342  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48002629 aaaatggttgtgattggtttc-ttgagttctaactagttttg-ttttgaaaatggaagattcttggaataatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 48002532  T
Q  343 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||    
T  48002531 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgacta 48002477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 48012111 - 48011763
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||  ||||||    
T  48012111 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgaacaattaatcctactggaacatctccttgaatgaaatt-ggacttggtttgtgaaattgaaactt 48012013  T
Q  145 aactttgaaaattgctc-aagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||  || |||||||| | |||||||| |  ||  ||| || |||||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||| | |||||| |||    
T  48012012 aactttgaaaattcgtccaagaacgtcg-tttttccgaa--atttgattttcaaggaattggaatgggattaaggtagtatagtgattacatgatttctg 48011916  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaa-aatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 342  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| ||  | |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48011915 aaaatggttgtgattggtttc-ttgagttctaactagttttg-ttttgaaaatggaagattcttggaataatgttaaagagagacgaacattgatgaaaa 48011818  T
Q  343 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||    
T  48011817 tatccttttaagccaatcaccttataaatctttattggttagttttgtatgacta 48011763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 254 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 23174867 - 23174686
Alignment:
Q  254 tgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaa 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23174867 tgattggtttcctagagttttatttgattttggttttgaaaatgaaagattcttgtaaaatgttaaa-agagacgaacattgatgaaaatatccttttaa 23174769  T
Q  354 gccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  23174768 gtcaatcaccttgtaaatccttcatatttagttttaaatgactatatggaagtatttaattgatagatgagtgttgaatgtga 23174686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 352 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 18738898 - 18738814
Alignment:
Q  352 aagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||||| | ||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  18738898 aagccaattatcttgtaaacctttcatgattagttttttatgactatatggaagtatttgattgatagttgagtgttcaatgtga 18738814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 363 - 423
Target Start/End: Original strand, 51962283 - 51962343
Alignment:
Q  363 cttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttga 423  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  51962283 cttataaatctttcgtaattagttttgtatgactatatggaagtattggattgatagttga 51962343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 433
Target Start/End: Original strand, 11987276 - 11987357
Alignment:
Q  352 aagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||| |||||| | | |||| |||||||||    
T  11987276 aagccaatcgtcttataaatctttcatgattagttttgtatgactatattgaagtacttgattataaattgaatgttgaatg 11987357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 2)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Original strand, 8856 - 9246
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  8856 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactagaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 8955  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8956 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaaaggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 9055  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  9056 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttgattttggtttttaaaatggaagattcttgtaaaatg-tcaagagagacgaacattgatgaaaata 9154  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9155 tcctttaaagccaatcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatagttgagtgtcgaatgtga 9246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 9249 - 9212
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  9249 acatcacattcgacactcaactatcaatcaaatacttc 9212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 14911503 - 14911111
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14911503 aaacatttcttttaacttgtataatcattagtctcatacgtaattctaatgaaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 14911404  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttga-tttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactg 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14911403 aactttgaaaattgctcaagaacgttgactttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactg 14911304  T
Q  244 aaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 343  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14911303 aaaatcgtagtgattgggttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaat 14911204  T
Q  344 atccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  14911203 atccttttaagccaatcactttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtaattgattgatagatgagtgttgaatgtga 14911111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Original strand, 10105012 - 10105360
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |      
T  10105012 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgtacaattaatcctactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca- 10105110  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| | ||||| |||||||||  ||||||||||||||| | || ||| ||||| |||||||    
T  10105111 aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccgga-aattgaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagtacagtgattatatggttactga 10105209  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  10105210 aaatggttgtgattggtttccttgagtcttaattggtttgggttttgaaaatggga-attcttggaaaatg-tctagagagacgaacattgatgaaaata 10105307  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    | ||||||||| ||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10105308 ttcttttaagctaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgacta 10105360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 31115118 - 31114770
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |   | | ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |      
T  31115118 aaacacttcttttaacttgtataatcactgtttgtacaattaatcctactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca- 31115020  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| | ||| ||||||| ||||||||   ||| ||||||||||| | |  ||| ||||||||| |||    
T  31115019 aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccgaa-aattggatcttcaaggaaataaaatgagattaagatagtacaatgattatatgattattga 31114921  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  31114920 aaatggttgtgattggtttccttgagtcttaattggtttgggttttgaaaatggga-attcttggaaaatgtcaa-gagagacgaacattgatgaaaata 31114823  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  31114822 tccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgacta 31114770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 84 - 397
Target Start/End: Original strand, 15675776 - 15676085
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||     
T  15675776 ttaatcctactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca-aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccaga- 15675873  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
    ||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  15675874 aattggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagtacaatgattatatgattactgaaaatggttgtgattggtttccttgagtcttaattggttt 15675973  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
     |||||||||||||  | ||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||    
T  15675974 gggttttgaaaatgaga-attcttggaaaatgtcaa-gagagacgaatattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgttta 15676071  T
Q  384 gttttgtatgacta 397  Q
    ||||||||||||||    
T  15676072 gttttgtatgacta 15676085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 84 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 7849510 - 7849166
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttga-aatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccgga 182  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |  | | |||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| |    
T  7849510 ttaatcctactggaacacttccttgaacaagaattggacttggttcttgagaatcaaaactcaactttgaaaatggttcaagaacgttgacttttccgaa 7849411  T
Q  183 gaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggtt 282  Q
     | | | ||||| |||||||||| ||||||||||  |||   || ||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||| |  |||| ||   |    
T  7849410 aagttgaatcttcaaggaaatggaatgggattaaagtagtgcagtgattatatgattactgaaaatgattaagattggtttccttaatctttacttaact 7849311  T
Q  283 ttggttttgaaaatggaaga-ttcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatt 381  Q
    |||| ||||||||||  ||| |||||  |||||||| ||||| |  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |    
T  7849310 ttggatttgaaaatg--agatttcttagaaaatgtt-aagagtgttgaacgttaatgaaaatatccttttaagccaatcaccttctaaatccttcatgat 7849214  T
Q  382 tagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttga 430  Q
    || |||||| ||  ||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7849213 ta-ttttgtgtgcttatatagaagtatatgattgatagttgagtgttga 7849166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 45 - 433
Target Start/End: Original strand, 25266071 - 25266458
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  25266071 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcatactggaacatcaccttgaatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 25266170  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25266171 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 25266270  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25266271 aaatggtagtgattggtttccttgagctttaattgattttggttttgaaaatggaatattcttgtgaaatgtcaaagagagacgaacattgatgaaaata 25266370  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| |||| |||||||||    
T  25266371 tcc-tttaagccaatcaccttataaatctttcatgactagttttgtatgactatatggaagtacttgatcattaattgaatgttgaatg 25266458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 145 - 436
Target Start/End: Original strand, 7512724 - 7513012
Alignment:
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||  ||  || |||||||||| ||||||||||  |||  ||| ||| ||||||| | |||    
T  7512724 aactttgaaaattg-tcaagaacgttgatttttccgaa--atttgaaattcaaggaaatggaatgggattaaagtagtgtagtgattatatgataaatga 7512820  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7512821 aaatgattgagattggtttccttgagttatatttgattttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 7512920  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7512921 tccttttaagccaataaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 7513012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 45 - 397
Target Start/End: Original strand, 24342229 - 24342577
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |   | | ||||||| ||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |      
T  24342229 aaacacttcttttaacttgtataatcattgtttgtacaattaatccgactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca- 24342327  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |  ||| ||||||||| |||    
T  24342328 aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccgga-aattggatctttaaggaaatgaaatgggattaagatagtacaatgattatatgattattga 24342426  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||    
T  24342427 aaatggttgtgattggtttccttgagtcttaattggtttgggttttgaaaatggga-attcttggaaaatg-tcaagagagacgaaaattgttgaaaata 24342524  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgacta 397  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  24342525 tccttttaagccaatcaccttacgaatctttcttgtttagttttgtatgacta 24342577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 359 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 32465034 - 32464961
Alignment:
Q  359 tcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  32465034 tcaccttataaatctttcataattagttttgtatgactatatggaagtatttgattgacagttgagtattgaat 32464961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 7513015 - 7512978
Alignment:
Q  16 acatcacattcgacactcaactaacaatcaaacacttc 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  7513015 acatcacattcaacactcaactaacaatcaaatacttc 7512978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 45 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 32651016 - 32650625
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  32651016 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaattctaatgtaacatctccttgaatgaaatttggacttggcttatgaaatcaaaactt 32650917  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| | |||||| ||||||||||||     
T  32650916 aactttgaaaattgctcaaaaacgttgacttttctgaaaaatgggatcttcaaggaaatggaataggattaagatagtacagagattatatgattactgt 32650817  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32650816 aaattatagtgattggtttccttgagttttatttgattttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 32650717  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    || ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  32650716 tcattttaagtcaattaccttataaatccttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgattgatagatgagtgttgaatgtga 32650625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 84 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 45050981 - 45050634
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||  |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  45050981 ttaatcctactggaacacttccttgaatgaaatttggacttggtttgtaaaatcaaaacttaactttgaaaattgttcaagaacgttgatttttctggaa 45050882  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
    ||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45050881 aatggaatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattatatgattactgaaaatggtagtgattggtttccttgagttttattt-gttt 45050783  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45050782 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 45050683  T
Q  384 gttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    || |||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  45050682 gtgttgtatgactatatgaaagtttttgattgctagttgagtattgaat 45050634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 84 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 41393748 - 41393404
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |  | | ||||||||||| || |||  ||  |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  41393748 ttaatcctactggaacacttccttgaacaagaattggacttggtttatgtaattgaatttccactttgaaaattg-tcaagaacgttgatttttccgaa- 41393651  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
     ||  ||  || |||||||||| ||||||||||  |||  ||| ||| ||||||| | |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41393650 -atttgaaattcaaggaaatggaatgggattaaagtagtgtagtgattatatgataaatgaaaatgattgagattggtttccttgagttttatttggttt 41393552  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  41393551 tggttttgaaaatggaagattcttgtaagatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcatcttataaatctttcataatta 41393452  T
Q  384 gttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    |||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  41393451 gtttcgtatgattatatggaagtatttgattg-tagttgaatgttgaat 41393404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 45 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 13213 - 12836
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  13213 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaattctacttgaacatctccttgaatgaaatttggacttggtttgttaaatcaaaactt 13114  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  13113 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatagaatagagattataagattactga 13014  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaata 344  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  13013 aaatggtagtgattggtttccttgagttttatttggttttagttttgaaaatggaagtttcttgtaaaatg-ccaagagagacgaacattgatgaaaata 12915  T
Q  345 tccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttga 423  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  12914 tcatttaaagccaatcaccttataaatccttcataattgattttgtatgattatatggaagtattggattgatagttga 12836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 2)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 45 - 270
Target Start/End: Original strand, 35015 - 35240
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35015 aaacacttcttttaacttgtataatcactagtctcatacttaatcctactggaacaactccttgcatgaaatttggacttggtttgtgaaatcaaaactt 35114  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35115 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatgggatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagaatagagattatatgattactga 35214  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgag 270  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35215 aaatggtagtgattggtttccttgag 35240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 256 - 436
Target Start/End: Original strand, 24088 - 24268
Alignment:
Q  256 attggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagc 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24088 attggtttccttgagttttatttggttttggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagc 24187  T
Q  356 caatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  24188 caatcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatatggaagtatttgatggttagttgactgttgaatgtga 24268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0037 (Bit Score: 163; Significance: 7e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0037
Description:

Target: scaffold0037; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 45 - 279
Target Start/End: Original strand, 71979 - 72213
Alignment:
Q  45 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaactt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  71979 aaacacttcttttaacttgtataatcattagtctcatacttaattctaatgtaacatctccttgaatgaaatttggacttggcttatgaaatcaaaactt 72078  T
Q  145 aactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactga 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  72079 aactttgaaaattgctcaagaacgttgacttttccggaaaatggcatcttcaaggaaatggaatgggattaagatagtacagagattatatgattactga 72178  T
Q  245 aaatgctagtgattggtttccttgagttttatttg 279  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  72179 aaattgtagtgattggtttccttgagttttatttg 72213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0215 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0215
Description:

Target: scaffold0215; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 84 - 432
Target Start/End: Original strand, 16951 - 17295
Alignment:
Q  84 ttaatcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggag 183  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |  | | ||||||||||| || |||  ||  |  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | |     
T  16951 ttaatcctactggaacacttccttgaaaaagaattggacttggtttatgtaattgaatttccactttgaaaattg-tcaagaaagttgatttttcagaa- 17048  T
Q  184 aatgggatctttaaggaaatggcatgggattaagatagaatagagatcatatgattactgaaaatgctagtgattggtttccttgagttttatttggttt 283  Q
     ||  ||  || |||||||||| ||||||||||  |||  ||| ||| ||||||| | |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17049 -atttgaaattcaaggaaatggaatgggattaaagtagtgtagtgattatatgataaatgaaaatgattgagattggtttccttgagttttatttgattt 17147  T
Q  284 tggttttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatattta 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  17148 tggttttgaaaatggaagattcttgtaagatattaaagagagacaaacattgatgaaaatatcattttaagccaatcatcttataaatttttcataatta 17247  T
Q  384 gttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaat 432  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  17248 gttttgtatgattatatggaagtatttgattg-tagttgaatgttgaat 17295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0361 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0361
Description:

Target: scaffold0361; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 288 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 2889 - 2746
Alignment:
Q  288 tttgaaaatggaagattcttgtaaaatgttaaagagagacgaacattgatgaaaatatccttttaagccaatcaccttataaatctttcatatttagttt 387  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||     
T  2889 tttgaaaatgga-gattcttgtaaaatgttaaatagagacgaacattgatgaaaatatcc-tttaagccaatcaccttataaatctttaatgattagttg 2792  T
Q  388 tgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatg 433  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  || ||| |||| |||||||||    
T  2791 tgtatgactatatggaagtacttttttattaattgaatgttgaatg 2746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 8466 - 8335
Alignment:
Q  88 tcctactggaacatctccttgaatacaattcggacttggtttttgaaatcaaaacttaactttgaaaattgctcaagaacgttgatttttccggagaatg 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||     
T  8466 tcctactggaacatctccttgaatgagatttggacttgttttgtgaaattgaatca-aactttgaaaattgtccaagaacgttgaattttccgga-aatt 8369  T
Q  188 ggatctttaaggaaatggcatgggattaagatag 221  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  8368 ggatcttcaaggaaatgaaatgggattaagatag 8335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0686
Description:

Target: scaffold0686; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 423
Target Start/End: Original strand, 7106 - 7170
Alignment:
Q  359 tcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttga 423  Q
    |||||||||||||| |||||  ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  7106 tcaccttataaatccttcatgattgattttgtatgactatatggaagtattggattgatagttga 7170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0342
Description:

Target: scaffold0342; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 436
Target Start/End: Original strand, 1788 - 1865
Alignment:
Q  359 tcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttgagtgttgaatgtga 436  Q
    |||||||||||||| |||| | ||   ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| | | ||||||||    
T  1788 tcaccttataaatccttcacaattgactttgtatgactatatggaagtattggattgatagttgaatatggaatgtga 1865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 359 - 423
Target Start/End: Original strand, 167308 - 167372
Alignment:
Q  359 tcaccttataaatctttcatatttagttttgtatgactatgtggaagtatttgattgttagttga 423  Q
    |||||||||||||| |||||  ||  ||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  167308 tcaccttataaatcgttcatgattgattttgtatggctatatggaagtattggattgatagttga 167372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University