View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_61 (Length: 407)

Name: NF10481A_low_61
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_61
NF10481A_low_61
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-380)||(5159837-5160213)
chr4 (3-380)||(4842395-4842772)
chr4 (3-380)||(5172753-5173130)
chr4 (1-380)||(5182085-5182461)
chr4 (6-380)||(5195479-5195853)
chr4 (1-380)||(5213645-5214021)
chr4 (1-286)||(4856870-4857151)
chr4 (6-140)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 4 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5160213 - 5159837
Alignment:
Q  4 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160213 atcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 5160114  T
Q  104 gaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 203  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  5160113 gaaaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaa 5160014  T
Q  204 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||     
T  5160013 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattatta 5159914  T
Q  304 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| | ||||||    
T  5159913 ctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgat 5159837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 3 - 380
Target Start/End: Original strand, 4842395 - 4842772
Alignment:
Q  3 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaattta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4842395 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 4842494  T
Q  103 ggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtca 202  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |    
T  4842495 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataa 4842594  T
Q  203 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattatt 302  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  4842595 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatg 4842694  T
Q  303 gccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  4842695 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgat 4842772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 3 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5173130 - 5172753
Alignment:
Q  3 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaattta 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5173130 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 5173031  T
Q  103 ggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtca 202  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  || | |    
T  5173030 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataa 5172931  T
Q  203 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattatt 302  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  5172930 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatg 5172831  T
Q  303 gccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  5172830 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgat 5172753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5182461 - 5182085
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5182461 aatatcaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 5182362  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  5182361 tgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgct 5182265  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5182264 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagatta 5182165  T
Q  301 ttgccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    || | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  5182164 ttactaagttcaagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgat 5182085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5195853 - 5195479
Alignment:
Q  6 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttagga 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5195853 caaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttagga 5195754  T
Q  106 aaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaatg 205  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  5195753 aaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatg 5195654  T
Q  206 aaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattgcc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  5195653 aaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattact 5195554  T
Q  306 aaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  5195553 aagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgat 5195479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 5214021 - 5213645
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5214021 aatatcaaactatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 5213922  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | || ||||| ||||| |||||||||||||||| | | ||  | || ||||  | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |    
T  5213921 tgggtaaccactttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgct-ttgt--gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgct 5213825  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5213824 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaatta 5213725  T
Q  301 ttgccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcatcaaacatgttattgctgat 380  Q
    | || ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||||||||||| ||||||    
T  5213724 tagctaagttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgat 5213645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 4856870 - 4857151
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4856870 aataccaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 4856969  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4856970 tgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggt 4857066  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857067 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 7142390 - 7142257
Alignment:
Q  6 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttagga 105  Q
    |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||  || ||||  |  | ||||||| |||||    
T  7142390 caaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaaatctagga 7142292  T
Q  106 aaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactcc 140  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7142291 aaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcc 7142257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University