View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10481A_low_621 (Length: 226)

Name: NF10481A_low_621
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10481A_low_621
NF10481A_low_621
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-219)||(4124017-4124235)
chr8 (1-219)||(4153367-4153585)
chr8 (1-219)||(4134562-4134780)
chr8 (1-219)||(4145364-4145582)
chr8 (1-215)||(4163724-4163944)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4124235 - 4124017
Alignment:
Q  1 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124235 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 4124136  T
Q  101 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124135 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaat 4124036  T
Q  201 ctgggatagtttcacacac 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4124035 ctgggatagtttcacacac 4124017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4153585 - 4153367
Alignment:
Q  1 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4153585 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgtta 4153486  T
Q  101 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4153485 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaat 4153386  T
Q  201 ctgggatagtttcacacac 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4153385 ctgggatagtttcacacac 4153367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4134780 - 4134562
Alignment:
Q  1 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  4134780 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatca 4134681  T
Q  101 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaat 200  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  4134680 tcatttggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaat 4134581  T
Q  201 ctgggatagtttcacacac 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4134580 ctgggatagtttcacacac 4134562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 4145582 - 4145364
Alignment:
Q  1 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    |    
T  4145582 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagca 4145483  T
Q  101 ttatatggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaat 200  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||    
T  4145482 tcatttggtcaacaaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaat 4145383  T
Q  201 ctgggatagtttcacacac 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4145382 ctgggatagtttcacacac 4145364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4163944 - 4163724
Alignment:
Q  1 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgtta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |    
T  4163944 tggattgcaaacagagatcaaccactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagca 4163845  T
Q  101 ttatatggtcaacaaacatttca--tc----ttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagc 194  Q
    | || |||||||||| |||||||  ||    ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | || || |||| |||| || |    
T  4163844 tcatttggtcaacaagcatttcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatc 4163745  T
Q  195 aacaatctgggatagtttcac 215  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  4163744 aacaatttgggatagtttcac 4163724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University