View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10481A_low_633 (Length: 224)
Name: NF10481A_low_633
Description: NF10481A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10481A_low_633 |
 |  |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 30982826 - 30983013
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30982826 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
30982925 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30982926 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
30983013 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 34774045 - 34774232
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34774045 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
34774144 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34774145 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
34774232 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 30211064 - 30210877
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30211064 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
30210965 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30210964 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcaaacgcgat |
30210877 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 193866 - 193680
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
193866 |
acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
193768 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
193767 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
193680 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 721470 - 721284
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
721470 |
acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
721372 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
721371 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
721284 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 882577 - 882391
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
882577 |
acatcatgaaaataaaa-ttacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatcacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
882479 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
882478 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
882391 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 44240596 - 44240415
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44240596 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
44240499 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44240498 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
44240415 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 31778752 - 31778710
Alignment:
| Q |
45 |
aatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaa |
87 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
31778752 |
aatagaatttaaagttcaatatagtactaaaatattattacaa |
31778710 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 29542037 - 29542224
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29542037 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
29542136 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29542137 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
29542224 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 15 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 42663857 - 42663672
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42663857 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagattattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
42663758 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42663757 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcg |
42663672 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 187
Target Start/End: Original strand, 3260553 - 3260725
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3260553 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
3260652 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggatta |
187 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3260653 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggatta |
3260725 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Original strand, 27738172 - 27738353
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27738172 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
27738269 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27738270 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
27738353 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 33232931 - 33232750
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33232931 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
33232834 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33232833 |
tattgatataataatttaaaaaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
33232750 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 7071641 - 7071826
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
7071641 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatggtactaaaa |
7071738 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgattcat |
206 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7071739 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattccggattatgtttcgaacgtgattcat |
7071826 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 24035817 - 24036004
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24035817 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
24035916 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24035917 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
24036004 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 24247027 - 24246840
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24247027 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
24246928 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24246927 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
24246840 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 56560982 - 56560801
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56560982 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
56560885 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56560884 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
56560801 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 49128138 - 49128013
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49128138 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
49128039 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagt |
140 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49128038 |
aaaatattgatataataatttaaagt |
49128013 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 128
Target Start/End: Original strand, 39382635 - 39382748
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39382635 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
39382734 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatata |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
39382735 |
aaaatattgatata |
39382748 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Original strand, 52056607 - 52056779
Alignment:
| Q |
24 |
aaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatattg |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
52056607 |
aaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatggtattaaaatattg |
52056704 |
T |
 |
| Q |
124 |
atataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacg |
198 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
52056705 |
atataataatttaaagaacaatattaattattttgcatgtgctcaataatttgattgcagattatgtttcgaacg |
52056779 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 146
Target Start/End: Original strand, 51833992 - 51834116
Alignment:
| Q |
22 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
51833992 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaacagagtattaaaatataattacaaaactaatttaatgtgtatcataatactaaaatat |
51834091 |
T |
 |
| Q |
122 |
tgatataataatttaaagtacaata |
146 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
51834092 |
tgatataataatttaaagtaaaata |
51834116 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 51124986 - 51125173
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51124986 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
51125085 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51125086 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
51125173 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 52693022 - 52692835
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52693022 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
52692923 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
52692922 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
52692835 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 38469663 - 38469476
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38469663 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
38469564 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38469563 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgttttgaacgcgat |
38469476 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 1527988 - 1527826
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1527988 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
1527889 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca |
177 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1527888 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca |
1527826 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 129
Target Start/End: Original strand, 47140966 - 47141080
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47140966 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
47141065 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataa |
129 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
47141066 |
aaaatattgatataa |
47141080 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 14380587 - 14380400
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14380587 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
14380488 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14380487 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
14380400 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 31686536 - 31686723
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31686536 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
31686635 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31686636 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
31686723 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 31787130 - 31786943
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31787130 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
31787031 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31787030 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
31786943 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 40254990 - 40254824
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40254990 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
40254891 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40254890 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc |
40254824 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 13896470 - 13896292
Alignment:
| Q |
22 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13896470 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaatat |
13896373 |
T |
 |
| Q |
122 |
tgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13896372 |
tgatataataatttaaagaacaatactaattattttgtctgtgctcaataattttattgcggattatgtttcgaacgcgat |
13896292 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 14037087 - 14036909
Alignment:
| Q |
22 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaatat |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14037087 |
gaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaatat |
14036990 |
T |
 |
| Q |
122 |
tgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14036989 |
tgatataataatttaaagaacaatactaattattttgtctgtgctcaataattttattgcggattatgtttcgaacgcgat |
14036909 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 148
Target Start/End: Original strand, 2443152 - 2443280
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
2443152 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaatatattattacaaaactaatttaatgtgtatcataatactaaaa |
2443251 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatact |
148 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2443252 |
tattgatataa-aatttaaagtacaatact |
2443280 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 5271222 - 5271409
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5271222 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
5271321 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5271322 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
5271409 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 50978542 - 50978729
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50978542 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
50978641 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50978642 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
50978729 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 7592921 - 7593108
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7592921 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtacaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
7593020 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7593021 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
7593108 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Original strand, 51488091 - 51488278
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51488091 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
51488190 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51488191 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
51488278 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 38843797 - 38843631
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38843797 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
38843698 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc |
181 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38843697 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgc |
38843631 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 46407962 - 46407781
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46407962 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
46407865 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46407864 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
46407781 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 149
Target Start/End: Original strand, 27000007 - 27000141
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27000007 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
27000106 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatacta |
149 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27000107 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatacta |
27000141 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 35606804 - 35606629
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35606804 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
35606707 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaa |
196 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
35606706 |
tattgatataataatttaaagaacaatactaattattttgcatgtgctcaataatttgattgcgggttatgtttcgaa |
35606629 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 27576321 - 27576188
Alignment:
| Q |
20 |
atgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaat |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
27576321 |
atgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaattttattacaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaaat |
27576222 |
T |
 |
| Q |
120 |
attgatataataatttaaagtacaatactaatta |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27576221 |
attgatataataatttaaagtacaatactaatta |
27576188 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 15 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 15353640 - 15353534
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15353640 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
15353541 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatat |
121 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
15353540 |
aaaatat |
15353534 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 26821817 - 26821785
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataat |
47 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26821817 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataat |
26821785 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 30019700 - 30019513
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30019700 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
30019601 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30019600 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaataataattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
30019513 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 202
Target Start/End: Original strand, 21515312 - 21515493
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21515312 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtactaa--tattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaaaa |
21515409 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21515410 |
tattgatataataatttaaaaaacaataataattatattgactgtgctcaataatttcattgcggattatgtttcgaacgcgat |
21515493 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Original strand, 31745937 - 31746072
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattatta-caaaactaacataatgtgtattatagtactaaa |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
31745937 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattaccaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaa |
31746036 |
T |
 |
| Q |
118 |
atattgatataataatttaaagtacaatactaatta |
153 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31746037 |
atattgatataataatttaaagtacaatactaatta |
31746072 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 166; Significance: 5e-89; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 31012212 - 31012377
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31012212 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
31012311 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattg |
180 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31012312 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttcattg |
31012377 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Original strand, 25341193 - 25341355
Alignment:
| Q |
15 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25341193 |
acatcatgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtact |
25341292 |
T |
 |
| Q |
115 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca |
177 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25341293 |
aaaatattgatataataatttaaagtacaatactaattattttgcctgtgctcaataatttca |
25341355 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 41064959 - 41064825
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
41064959 |
catgaaaataaaaattagaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaatttaatgtgtatcatagtactaaaa |
41064860 |
T |
 |
| Q |
119 |
tattgatataataatttaaagtacaatactaatta |
153 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
41064859 |
tattgatataataatttaaagtataatactaatta |
41064825 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 12910400 - 12910305
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaacataatgtgtattatagtactaa |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12910400 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaatttaaattgcaacaaagtact--aatattattacaaaactaatttaaagtgtattatagtactaa |
12910305 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 42 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 40725817 - 40725766
Alignment:
| Q |
42 |
gataatagaatttaaagtgcaatagagtattaaaatattattacaaaactaa |
93 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
40725817 |
gataatagaatttatagtgtaatatagtactaaaatatcattacaaaactaa |
40725766 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 51
Target Start/End: Original strand, 47238773 - 47238805
Alignment:
| Q |
19 |
catgaaaataaaaattacaaatagataatagaa |
51 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47238773 |
catggaaataaaaattacaaatagataatagaa |
47238805 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University