View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10495_low_5 (Length: 253)

Name: NF10495_low_5
Description: NF10495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10495_low_5
NF10495_low_5
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-247)||(25218544-25218790)
chr8 (1-247)||(30307171-30307417)
chr8 (1-247)||(7821832-7822078)
chr8 (4-220)||(31978533-31978749)
chr8 (1-247)||(21113723-21113969)
chr8 (4-247)||(25209026-25209254)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-247)||(21395364-21395610)
chr2 (1-247)||(41920152-41920398)
chr2 (1-247)||(27192483-27192729)
chr2 (1-247)||(27842297-27842543)
chr2 (1-247)||(28666151-28666397)
chr2 (1-247)||(27509368-27509614)
chr2 (1-247)||(37824985-37825231)
chr2 (1-247)||(24269049-24269295)
chr2 (1-247)||(24245819-24246065)
chr2 (1-242)||(17683813-17684054)
chr2 (1-187)||(35609679-35609865)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-247)||(49710167-49710412)
chr4 (1-247)||(35855901-35856147)
chr4 (1-247)||(38518090-38518336)
chr4 (1-247)||(49786807-49787053)
chr4 (1-247)||(1860671-1860917)
chr4 (92-247)||(13337320-13337475)
chr4 (1-133)||(55559131-55559263)
chr4 (180-247)||(618203-618270)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-247)||(37390131-37390377)
chr1 (1-247)||(16042019-16042265)
chr1 (1-247)||(6310973-6311220)
chr1 (1-242)||(2329163-2329401)
chr1 (1-247)||(2453096-2453342)
chr1 (1-241)||(36207209-36207449)
chr1 (5-247)||(18148686-18148928)
chr1 (1-184)||(48238519-48238702)
chr1 (4-247)||(48775314-48775557)
chr1 (1-133)||(52500663-52500795)
chr1 (127-242)||(48233498-48233613)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-247)||(321315-321561)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-236)||(27881078-27881313)
chr5 (1-247)||(8428553-8428799)
chr5 (1-247)||(37372930-37373176)
chr5 (1-247)||(39883177-39883423)
chr5 (1-247)||(25542772-25543018)
chr5 (1-247)||(14192791-14193037)
chr5 (1-247)||(17871616-17871862)
chr5 (4-247)||(3689974-3690217)
chr5 (4-247)||(3876570-3876813)
chr5 (1-133)||(24629954-24630086)
chr5 (1-174)||(37261309-37261482)
chr5 (1-133)||(10025057-10025189)
chr5 (1-133)||(30346637-30346769)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (1-247)||(31927-32172)
scaffold0073 (1-220)||(19451-19670)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-247)||(7036714-7036960)
chr7 (1-247)||(12781127-12781374)
chr7 (1-247)||(9001124-9001370)
chr7 (1-247)||(21070041-21070287)
chr7 (1-247)||(12785957-12786203)
chr7 (1-247)||(5828534-5828780)
chr7 (1-247)||(22843798-22844044)
chr7 (1-133)||(42232078-42232210)
chr7 (141-181)||(18939144-18939184)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-247)||(32765-33011)
chr3 (1-247)||(10110594-10110840)
chr3 (1-239)||(50410166-50410404)
chr3 (1-247)||(10000401-10000647)
chr3 (1-247)||(10968761-10969006)
chr3 (1-247)||(52918060-52918305)
chr3 (1-247)||(13530033-13530279)
chr3 (1-236)||(10237550-10237784)
chr3 (1-247)||(11368641-11368888)
chr3 (4-233)||(11362255-11362485)
chr3 (4-181)||(46913068-46913245)
chr3 (1-224)||(10038634-10038847)
chr3 (5-153)||(47692967-47693115)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-247)||(29640007-29640253)
chr6 (1-248)||(15333637-15333884)
chr6 (1-248)||(18344119-18344366)
chr6 (1-247)||(2202158-2202404)
chr6 (1-247)||(30881321-30881567)
chr6 (1-247)||(31510178-31510424)
chr6 (1-242)||(10187538-10187779)
chr6 (13-141)||(12517394-12517522)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (1-247)||(48915-49161)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (1-242)||(556-797)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-247)||(186548-186794)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (12-247)||(1005-1240)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (1-247)||(5239-5484)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (1-242)||(19000-19241)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (1-247)||(17855-18094)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (4-247)||(182808-183051)
scaffold0003 (4-233)||(165527-165757)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (14-213)||(16691-16890)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (12-133)||(28727-28848)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (1-104)||(24-127)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (188-236)||(39937-39985)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (1-59)||(1642-1700)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25218790 - 25218544
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218790 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 25218691  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218690 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 25218591  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  25218590 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 25218544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 30307171 - 30307417
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30307171 tcacccgatctaaaaatagaatcggagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 30307270  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30307271 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcgttcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 30307370  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30307371 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatttcac 30307417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 7821832 - 7822078
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7821832 tcacccgatctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 7821931  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7821932 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcggaatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 7822031  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  7822032 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 7822078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31978749 - 31978533
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  31978749 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaatttgttgacatgctcaactgaatcaagcgttg 31978650  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  31978649 atgcgagtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacagatttgttgt 31978550  T
Q  204 gtccgatatcagcaaat 220  Q
    | |||||||||||||||    
T  31978549 gcccgatatcagcaaat 31978533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21113969 - 21113723
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21113969 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 21113870  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21113869 ttggtgcaagtattccccttttttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcaagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 21113770  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21113769 tgtgtccgatataagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 21113723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25209254 - 25209026
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25209254 cccgatctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 25209155  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25209154 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatt---------------aaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 25209070  T
Q  204 gtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  25209069 gtctgacatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 25209026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 21395364 - 21395610
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21395364 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 21395463  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21395464 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatatacaaagtctataagcgacatcaacggatttgt 21395563  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21395564 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 21395610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41920398 - 41920152
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  41920398 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttatcttcacctggaatcaacgacatcataaattcgttaacatgcttaattgaatcaagcg 41920299  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41920298 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 41920199  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41920198 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 41920152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 27192483 - 27192729
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192483 tcacccgatcgacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 27192582  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27192583 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagagggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 27192682  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  27192683 tgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcac 27192729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 27842297 - 27842543
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842297 tcacccgatcgacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 27842396  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27842397 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagagggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 27842496  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  27842497 tgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcac 27842543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28666397 - 28666151
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28666397 tcacctgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 28666298  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28666297 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgt 28666198  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  28666197 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 28666151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 27509368 - 27509614
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27509368 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 27509467  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  27509468 ttgatgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcaggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgatatcaacgaatttgt 27509567  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  27509568 tgtgtccgacatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatctcac 27509614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37825231 - 37824985
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37825231 tcacctgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 37825132  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825131 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgt 37825032  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37825031 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 37824985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 24269295 - 24269049
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24269295 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 24269196  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24269195 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 24269096  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  24269095 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 24269049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 24245819 - 24246065
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24245819 tcacccgatcgacaaacagaatcagatcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 24245918  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  24245919 ttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaggtctataagtgacatccacggatttgt 24246018  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  24246019 tgtgtccgttatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcac 24246065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 17684054 - 17683813
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17684054 tcacccgatcgacaaacaaaatcatagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 17683955  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683954 ttggagcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 17683855  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcat 242  Q
    ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||    
T  17683854 tgtgtccaatatgagcgaatattcaggaatttctaccttcat 17683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 35609679 - 35609865
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35609679 tcactcgatcgacaaacataatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatactcaactgaatcaagcg 35609778  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgaca 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35609779 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaatgttatcattcaaatcggaatacacaaagtctataagtgaca 35609865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 49710167 - 49710412
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710167 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 49710266  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49710267 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaa-ggatttgt 49710365  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  49710366 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 49710412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 35855901 - 35856147
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35855901 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 35856000  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35856001 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 35856100  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  35856101 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 35856147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 38518090 - 38518336
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38518090 tcacccgatctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 38518189  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38518190 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 38518289  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  38518290 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 38518336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 49787053 - 49786807
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  49787053 tcacctgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaatatgctcaattgaatcaagcg 49786954  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786953 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgt 49786854  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  49786853 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 49786807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 1860671 - 1860917
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1860671 tcacccgatcaacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacccagaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 1860770  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1860771 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 1860870  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  1860871 tgtgtccgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcac 1860917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 92 - 247
Target Start/End: Original strand, 13337320 - 13337475
Alignment:
Q  92 aatcaagcgttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaa 191  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13337320 aatcaagcgttgatgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacataaa 13337419  T
Q  192 cggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  13337420 cggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcatgaatttctaccttcatttcac 13337475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 55559263 - 55559131
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55559263 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 55559164  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55559163 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 180 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 618270 - 618203
Alignment:
Q  180 aagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  618270 aagtgacatgaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 618203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 37390377 - 37390131
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390377 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 37390278  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390277 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 37390178  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37390177 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 37390131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 16042019 - 16042265
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042019 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 16042118  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16042119 ttggtgcgagtattcccctttcttggcaaaatagctgggcaccaaggttatcattcagattgggatacacaaagtctataagcgacatcaacggatttgt 16042218  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  16042219 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 16042265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6311220 - 6310973
Alignment:
Q  1 tcacccgatct-acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagc 99  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311220 tcacccgatctcaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagc 6311121  T
Q  100 gttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311120 gttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttg 6311021  T
Q  200 ttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  6311020 ttgtgtctgatatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 6310973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 2329163 - 2329401
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2329163 tcacccgatcgacaaagagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcgactgaatcaagcg 2329262  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  2329263 ttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagtggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacac---gtctataagtgacatcaacggatttgt 2329359  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcat 242  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  2329360 tgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcat 2329401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2453342 - 2453096
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  2453342 tcacccgatcgacaaatagaatcagagcctaaatactctttctcttcacctggaattagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactcaataaagcg 2453243  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2453242 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcggaattcacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 2453143  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  2453142 tgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 2453096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 36207209 - 36207449
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |    
T  36207209 tcacccgatcgacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaattg 36207308  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36207309 ttggggcgagtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 36207408  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattca 241  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  36207409 tgtgtcggatatgagaaaatcatcaggaatttctaccttca 36207449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Original strand, 18148686 - 18148928
Alignment:
Q  5 ccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttgg 104  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18148686 ccgatcgacaaacagaataagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaaatgaatcaagcgttgg 18148785  T
Q  105 tgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  18148786 tgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaattgagatacacaaagtcgataagtgacatcaacagatttgttgtg 18148885  T
Q  205 tccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||| || |||||||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  18148886 tccgatatgagaaaatcttcataaatttctaccttcatttcac 18148928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 48238702 - 48238519
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238702 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcgcctggaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 48238603  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtg 184  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48238602 ttggtgcgagtattcctctttcttggaaaaatagagggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtg 48238519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 48775557 - 48775314
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48775557 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcatttacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttg 48775458  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||    
T  48775457 gtgcgagtattcccttttcttggaaaaagagcaggtcaccaatgttatcattctaatcgggatatacaaagtgtattagtgacatcaaagaatttgttgt 48775358  T
Q  204 gtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  48775357 gtcggatatgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcac 48775314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 52500663 - 52500795
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52500663 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 52500762  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52500763 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 127 - 242
Target Start/End: Original strand, 48233498 - 48233613
Alignment:
Q  127 aaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcag 226  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  48233498 aaaaatagagggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcagcggatttgttgtgttcgatatgagtaaatcttcag 48233597  T
Q  227 gaatttctacattcat 242  Q
    |||||||||| |||||    
T  48233598 gaatttctaccttcat 48233613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 321561 - 321315
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  321561 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagcgatatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagca 321462  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  321461 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacaaaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 321362  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  321361 tttgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 321315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 27881078 - 27881313
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27881078 tcacccgatctacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcagctgaatcaagcg 27881177  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27881178 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 27881277  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctac 236  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27881278 tgggtccgatatcagcaaatcttcaggagtttctac 27881313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8428799 - 8428553
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8428799 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 8428700  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8428699 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 8428600  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8428599 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 8428553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 37372930 - 37373176
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37372930 tcacccgatctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcataaattggttaacatgctcaactgaatcaagcg 37373029  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37373030 ttggtgcgagtattcccctttcttcgaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 37373129  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37373130 tatgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 37373176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 39883177 - 39883423
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39883177 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcaacgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 39883276  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39883277 ttggtgcgagtattcccctttcttggcaaaatagctgggcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 39883376  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||    
T  39883377 tgtgtccgatatcagcaaatctttaggaatatctaccttcatttcac 39883423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25543018 - 25542772
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25543018 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 25542919  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  25542918 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacatatttgt 25542819  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  25542818 tgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 25542772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 14193037 - 14192791
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14193037 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaattaagcg 14192938  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14192937 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 14192838  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  14192837 tgtgtccgatatgagcaaatcttcagaaatttctaccttcatttcac 14192791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 17871862 - 17871616
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17871862 tcacccgatcgacaaacagaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaatcaagcg 17871763  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17871762 ttggtgcgagtatttccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacggatttgt 17871663  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17871662 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 17871616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Original strand, 3689974 - 3690217
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3689974 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctctccacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttg 3690073  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  3690074 gtgcgagtattcacttttcttgaaaaaagagtgggtcaccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtccattagtgacatcaacgaatttgttgt 3690173  T
Q  204 gtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
     || ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||    
T  3690174 atcggatatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcac 3690217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3876813 - 3876570
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3876813 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctctccacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttg 3876714  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  3876713 gtgcgagtattcacttttcttgaaaaaagagtgggtccccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtccattagtgacatcaacgaatttgttgt 3876614  T
Q  204 gtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
     || ||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||    
T  3876613 atcggatatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcac 3876570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 24630086 - 24629954
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24630086 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 24629987  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24629986 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 37261309 - 37261482
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |    
T  37261309 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactatttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcattaatatgctcaactgaatcaagtg 37261408  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaag 174  Q
    |||| || ||||||||||||||||| |||||||   |||||  |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  37261409 ttggcgcaagtattcccctttcttgaaaaaataacgggtcattaaggttatcattcaaattgggatacacaaag 37261482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 10025057 - 10025189
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10025057 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacttggaatcaatgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 10025156  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10025157 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 30346769 - 30346637
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |    
T  30346769 tcacccgagcgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaacttaatcaagtg 30346670  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346669 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 31927 - 32172
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31927 tcacccgatctacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagcaacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 32026  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32027 ttggtgcaagtat-cccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 32125  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  32126 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 32172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 19451 - 19670
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  19451 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaatttgttgacatgctcaactgaatcaagcg 19550  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  19551 ttgatgcgagtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacagatttgt 19650  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaat 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19651 tgtgtccgatatcagcaaat 19670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 7036714 - 7036960
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036714 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 7036813  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036814 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaagtagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 7036913  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  7036914 tgtgtctgatatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 7036960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12781374 - 12781127
Alignment:
Q  1 tcacccgatct-acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagc 99  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12781374 tcacccgatctcaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagc 12781275  T
Q  100 gttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12781274 gttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttg 12781175  T
Q  200 ttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  12781174 ttgtgtcttatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 12781127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9001370 - 9001124
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9001370 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 9001271  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9001270 ttagtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcaatcagatcgggataaacaaagtctataagagacatcaacggatttgt 9001171  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  9001170 tgtgtccgatatcaacaaatcttcaagaatttctaccttcatttcac 9001124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21070287 - 21070041
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21070287 tcacccgatcaacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcaccaggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 21070188  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21070187 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcaggttaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 21070088  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  21070087 tgtgtctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 21070041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12786203 - 12785957
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12786203 tcacctgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 12786104  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12786103 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgt 12786004  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  12786003 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 12785957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 5828780 - 5828534
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5828780 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgagtcaagtg 5828681  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  5828680 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaaaagatttgt 5828581  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5828580 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 5828534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 22843798 - 22844044
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22843798 tcacccgatcgacaaacagaaacagaacttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaatcaagcg 22843897  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  22843898 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcaggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacagatttgt 22843997  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  22843998 tgtgtcagatatgagcaaatcttcaagaatttctaccttcatttcac 22844044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 42232078 - 42232210
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42232078 tcacccgagcgacaaacaaaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcg 42232177  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaata 133  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42232178 ttggtgagagtattcccctttcttggaaaaata 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 141 - 181
Target Start/End: Original strand, 18939144 - 18939184
Alignment:
Q  141 accaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataa 181  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  18939144 accaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtttataa 18939184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 32765 - 33011
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32765 tcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 32864  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32865 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtccataagtgacatcaacggatttgt 32964  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  32965 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 33011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 10110594 - 10110840
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110594 tcacccgatcaacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 10110693  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10110694 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgacatcaacagatttgt 10110793  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10110794 tgcgtctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 10110840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 50410166 - 50410404
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  50410166 tcacccgatcgacaaagagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatatttgttaacatgctcgactgaatcaagcg 50410265  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  50410266 ttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagtgggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcagcggatttgt 50410365  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacatt 239  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  50410366 tgtgtccgatatgagaaaatcttcaggaatttcttcatt 50410404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 10000401 - 10000647
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000401 tcacccgatcaacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 10000500  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  10000501 ttggtgcgagtattcctctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgatatcaacagatttgt 10000600  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10000601 tgcatctgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 10000647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 10969006 - 10968761
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10969006 tcacccgatcgacaaacaaaataagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctaaactgaatcaagcg 10968907  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10968906 ttggtgcgagtattccccttgcttagaaaaatagcaggtcacgaagtttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgt 10968807  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||    
T  10968806 tgtgtccgatatcagcaaatc-tcagaaatttctaccttcatttcac 10968761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 52918060 - 52918305
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52918060 tcacccgatcgacaaacaaaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 52918159  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  52918160 ttggtgcgggtattcccctttcttggaaaaatagcgagtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacgaagtctataagtggcatcaacagatttgt 52918259  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||| || | ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  52918260 tgtgtccggtaacggcaaatc-tcaggaatttctaccttcatttcac 52918305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 13530033 - 13530279
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  13530033 tcacctgatcgacaagcagaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggactcagtgacatcatatattcgttaaaatgctcaactgaatgaagtg 13530132  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13530133 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 13530232  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||| ||||| | |||||||||  |||||||||| ||||| ||||    
T  13530233 tgtgtctgatatgaccaaatcttctagaatttctaccttcatttcac 13530279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 10237550 - 10237784
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10237550 tcacccgatcaacaaacataatcaaagcttaa-tactctttctcttcacctggaatcagtaacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 10237648  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10237649 ttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgacatcaacagatttgt 10237748  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctac 236  Q
    || ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10237749 tgcgtctgatatgagcaattcttcaggaatttctac 10237784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 11368641 - 11368888
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11368641 tcacccaatcgacaaattgaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcg 11368740  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttgg-aaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttg 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11368741 ttggtgcgagtattcccttttcttggaaaaaagagcgggtcaccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtctatgagtgacatcaacggatttg 11368840  T
Q  200 ttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  11368841 ttgtgtcggatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcac 11368888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 11362255 - 11362485
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatac-tctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgtt 102  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11362255 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaaaaaatctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgtt 11362354  T
Q  103 ggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttg 202  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  11362355 ggtgcgagtattcccttttcttggaaaaatagtgggtcaccaatgttatcatttaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttg 11362454  T
Q  203 tgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttc 233  Q
    | || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  11362455 tatcggatatgagtaaatcttcgggaatttc 11362485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 4 - 181
Target Start/End: Original strand, 46913068 - 46913245
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913068 cccgatcgacaaacataatcaaagcttaaatactatttttcttcacctggaattggtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 46913167  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataa 181  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46913168 gtgcgagtattctcctttcttggaaaaatagcgggtcgccaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataa 46913245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 10038634 - 10038847
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||| |    
T  10038634 tcacccgatcgacaaacagaatgagagcttaaataatatttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcattaatatgctcaattgaatcaagtg 10038733  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||          ||||||||| |||||||    
T  10038734 ttggcgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcactaaggttatcattcaaattgggatacacaaa----------gacatcaacagatttgt 10038823  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttc 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||||    
T  10038824 tgtgtctgatataagcaaatcttc 10038847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 153
Target Start/End: Original strand, 47692967 - 47693115
Alignment:
Q  5 ccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttgg 104  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47692967 ccgatcgacaaacagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaattagtgacatcatgtattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttgg 47693066  T
Q  105 tgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatca 153  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  47693067 tgcgaggattcccctttcttgggaaaattgtgggtcaccaaggttatca 47693115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 29640253 - 29640007
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29640253 tcacccgatctaaaaatagaattagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 29640154  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29640153 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcaggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 29640054  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  29640053 tgtggttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 29640007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 15333637 - 15333884
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15333637 tcacctgatctacaaacagaatcagagcctaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagtg 15333736  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15333737 ttggtgcgagtattcccatttgttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctattagtgacatcaacggatttgt 15333836  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcact 248  Q
    |  || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15333837 tacgtacgatatcaacaaatcttcaggaatttctaccttcatttcact 15333884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 18344119 - 18344366
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18344119 tcacccgatcgacaaatagaatcaaagcttaaatactctttctcttcgcctggaatcagcgacatcatatattcgtcaacatgctcaactgaatcaagcg 18344218  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18344219 ttggtgcaagtattcccctttcttggaaaaatagatggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatgaacggatttgt 18344318  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcact 248  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  18344319 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcact 18344366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2202404 - 2202158
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  2202404 tcacccgatcgacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttctactgaattaagcg 2202305  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2202304 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttat 2202205  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2202204 tgtgttcgatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcac 2202158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 30881321 - 30881567
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30881321 tcacccgatcgacaaacagaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaatcaagcg 30881420  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30881421 ttggtgcgagtatttccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacggatttgt 30881520  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30881521 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 30881567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31510424 - 31510178
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31510424 tcacccgatctaaaaatagaattagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 31510325  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31510324 ttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagattaggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 31510225  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||   |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||    
T  31510224 tgtggttgatatcagcaaatcttaagaaatttctaccttcatttcac 31510178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 10187538 - 10187779
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  10187538 tcacccgatcgacaaacagaatcatagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaattgaatcaagtg 10187637  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10187638 ttggagcgagtattcccttttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggattttt 10187737  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcat 242  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  10187738 tgtgtccaatatgagcaaatattcaggaatttctaccttcat 10187779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 141
Target Start/End: Original strand, 12517394 - 12517522
Alignment:
Q  13 caaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagta 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  12517394 caaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcaaata 12517493  T
Q  113 ttcccctttcttggaaaaatagttggtca 141  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12517494 ttcccctttcttggaaaaatagctggtca 12517522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 49161 - 48915
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49161 tcacctgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcg 49062  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49061 tgggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgt 48962  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  48961 tgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 48915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 797 - 556
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  797 tcacccaatctacaaacagaatcagaggttaaatactctttcttttcacctggaatcagcgacatcataaattcattaacatgctcaactgaatcaagcg 698  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  697 ttggtgcgagtattcccctttattggaaaaatagctggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacgggtttgt 598  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcat 242  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  597 tgtgtctgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcat 556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Original strand, 186548 - 186794
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  186548 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcagctgaatcaagcg 186647  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  186648 ttggtgcgagtattcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgt 186747  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  186748 tgtgtacgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 186794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 12 - 247
Target Start/End: Original strand, 1005 - 1240
Alignment:
Q  12 acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagt 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  1005 acaaacaaaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcgactgaattaagcgttggtgcgagt 1104  T
Q  112 attcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgata 211  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1105 attcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgata 1204  T
Q  212 tcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1205 tgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 1240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 5484 - 5239
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5484 tcacccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 5385  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  5384 ttggtgcgagtattcccctttcttgg-aaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaatagatttgt 5286  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5285 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcac 5239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 19000 - 19241
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19000 tcactcgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 19099  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  19100 ttggtgcgagtattccccttttttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcaagatacacaaagtctataagtgacatcaacatatttgt 19199  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcat 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19200 tgtgtccgatatgagcaaatcttcagaaatttctaccttcat 19241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18094 - 17855
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18094 tcacccgatcggcaaacagaatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactaaatcaagcg 17995  T
Q  101 ttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17994 ttggtgcgagtattcccctttcttg-------agcggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgt 17902  T
Q  201 tgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  17901 tgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaacttctaccttcatttcac 17855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 247
Target Start/End: Original strand, 182808 - 183051
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttg 103  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  182808 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttg 182907  T
Q  104 gtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgt 203  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  182908 gtgcgagtattcccttttcttggaaaaagagtgggtcaccaatgatatcattcaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttgt 183007  T
Q  204 gtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatctcac 247  Q
     || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  183008 atcggatatgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcac 183051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 233
Target Start/End: Original strand, 165527 - 165757
Alignment:
Q  4 cccgatctacaaacagaatcagagcttaaatac-tctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgtt 102  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  165527 cccgatcgacaaactgaatcagagcttaaaaaaatctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgtt 165626  T
Q  103 ggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttg 202  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  165627 ggtgcgagtattcccttttcttggaaaaatagtgggtcaccaatgttatcatttaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttg 165726  T
Q  203 tgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttc 233  Q
    | || ||||| || |||||||| ||||||||    
T  165727 tatcggatatgagtaaatcttcgggaatttc 165757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 14 - 213
Target Start/End: Original strand, 16691 - 16890
Alignment:
Q  14 aaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtat 113  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||| || ||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  16691 aaacagaatcatagcttaaaaactctttctcttcacctagaatcagtgaaatcatatatgcgttaacatactccactaaattaagcgttggtgcgagtat 16790  T
Q  114 tcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatc 213  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16791 tcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatc 16890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 28848 - 28727
Alignment:
Q  12 acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagt 111  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28848 acaaacagaatcagagtttaaatactttttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcgagt 28749  T
Q  112 attcccctttcttggaaaaata 133  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  28748 attcccctttcttggaaaaata 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 127 - 24
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcg 100  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  127 tcacccgatcgacatacaaaatcagagcttaaatactctttctcgccacctgaaatcagtgacatcgtatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcc 28  T
Q  101 ttgg 104  Q
    ||||    
T  27 ttgg 24  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 236
Target Start/End: Original strand, 39937 - 39985
Alignment:
Q  188 tcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaggaatttctac 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39937 tcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaagaatttctac 39985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 59
Target Start/End: Original strand, 1642 - 1700
Alignment:
Q  1 tcacccgatctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcag 59  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1642 tcacccgatcgataaacataatcagagtttaaatacgctttctcttcacctggaatcag 1700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University