View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10498_low_16 (Length: 352)

Name: NF10498_low_16
Description: NF10498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10498_low_16
NF10498_low_16
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (5-341)||(8411019-8411353)
chr4 (5-341)||(8041245-8041579)
chr4 (5-341)||(8416621-8416955)
chr4 (4-338)||(8358998-8359321)
chr4 (5-341)||(8035831-8036162)
chr4 (9-341)||(9138429-9138756)
chr4 (98-341)||(8404062-8404308)
chr4 (6-168)||(8354614-8354771)
chr4 (91-335)||(43144311-43144555)
chr4 (91-263)||(8356024-8356196)
chr4 (108-265)||(9576915-9577072)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (10-341)||(33084188-33084505)
chr2 (87-199)||(24845330-24845441)
chr2 (5-64)||(24844594-24844651)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (94-289)||(5476606-5476801)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 5 - 341
Target Start/End: Original strand, 8411019 - 8411353
Alignment:
5 tgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctc 104  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
8411019 tgagttactccctttaatctttggctct--cactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgacgggcatgcaaagtgtccaaaatctc 8411116  T
105 ttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaa 204  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8411117 ttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaa 8411216  T
205 gactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagct 304  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8411217 gactttggtgctcaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagct 8411316  T
305 gaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8411317 gaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 8411353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 5 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 8041579 - 8041245
Alignment:
5 tgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctc 104  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
8041579 tgagttacttcctttaatctttggctctc--actctttgacatttcttgagctttgttattatagttggtatgacgggtatgcaaagtgtccaaaatctc 8041482  T
105 ttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaa 204  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
8041481 ttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaattttttcagatttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaactgtcacgtgttgaa 8041382  T
205 gactttggtgctaaggta-ttgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagc 303  Q
     | |||||| ||  | ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||| |||    
8041381 tattttggttct-cgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactataacctatgtatcagc 8041283  T
304 tgaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
8041282 tgtccaattttcgctttctactccaaatcttagttctt 8041245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 5 - 341
Target Start/End: Original strand, 8416621 - 8416955
Alignment:
5 tgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctc 104  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||    
8416621 tgagatactcccgttaatctttggctct--cactctttgacatttcttgagctttcttattatagtaggtatgactggtatgcgaagtgtccaaaatctc 8416718  T
105 ttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaa 204  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||    
8416719 ttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaaattttttaactttgttgcaactcacgatcattgtgctgagcccttttcaaactgtcatgtgctgaa 8416818  T
205 gactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagct 304  Q
     ||||||||  | ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    | |||| ||||    
8416819 tactttggttatcagtggttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactatatcctacgtatcagct 8416918  T
305 gaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
8416919 gaccaattttcgctttctactccaaatcttagttctt 8416955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 4 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8359321 - 8358998
Alignment:
4 atgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatct 103  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||       ||| ||  | ||| |||| |||||||||||||||    
8359321 atgagttcctccctttaatctttggctctc--actctttgacatttcttgagctttctt-------tagtta--acgggtatgcgaagtgtccaaaatct 8359233  T
104 cttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctga 203  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||    
8359232 cttcacctgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatgcttcaactttgttacaactcactatcactgtgctgaccccttttcaaactgtcatgtgttga 8359133  T
204 agactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagc 303  Q
    | ||||||  ||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    | ||||||||    
8359132 acactttgcagctcaagtattgttctttgattgatgatgcacaaatcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactatatcctacgtattagc 8359033  T
304 tgaccaattttcgctttctactccatatcttagtt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
8359032 tgaccaattttcgctttctactccaaatcttagtt 8358998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 5 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 8036162 - 8035831
Alignment:
5 tgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctc 104  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||   |||||| || |   | || ||||||||||||||||||    
8036162 tgagttactccctttaatctttggctctc--attctttgacatttcttgatctttgttat---agtaggaataacacggatacaaagtgtccaaaatctc 8036068  T
105 ttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||    
8036067 ttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaa 8035968  T
205 gactttggtgctaaggta-ttgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagc 303  Q
     | |||||| ||  | ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||     |||| ||||    
8035967 tattttggttct-cgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactatatcatctgtactagc 8035869  T
304 tgaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||   ||||||||||    
8035868 tgaacaatattcgctttctactccaaggcttagttctt 8035831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 9 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 9138756 - 9138429
Alignment:
9 ttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttca 108  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||| |||||   ||| | |  | ||| |||||||||||||||||||||||||    
9138756 ttactccctttactctttggctctcgc--tctttgacatttcttgacctttcttatt---gtatgaaaaacgggtatgcaaagtgtccaaaatctcttca 9138662  T
109 cttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagact 208  Q
    | | || ||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||    
9138661 cataccagcattaagaaccttgcatcttcaatggttccactttgttgcaactcacgatcactgtgctgacccctttccaaactgtcacgtgttgaatact 9138562  T
209 ttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgacc 308  Q
    ||||| || |    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||| ||||||||    
9138561 ttggttctcattgcttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactataagaaaagtatcagctgacc 9138462  T
309 aattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||    
9138461 aatattcactttctgctccaaatcttagttctt 9138429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 98 - 341
Target Start/End: Original strand, 8404062 - 8404308
Alignment:
98 aaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatg 197  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||| |||   |||||||||||||||||||| |||| | || ||| || ||| ||||   |||||    
8404062 aaatcttttcatttgcctgtattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcacgatcactatgttgatcccttttcaaaccttcatg 8404161  T
198 tgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgt 297  Q
     | |||| ||||||||||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | |  |    
8404162 cgttgaatactttggtgctcaggttttgtgatttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactgtccagtttgactatatttcacat 8404261  T
298 ---attagctgaccaattttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
       || ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
8404262 atcatcagctgatgaattttcgctttctactccaaatcttagttctt 8404308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 8354771 - 8354614
Alignment:
6 gagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctct 105  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||| || |   | |  |||||||||||||||||||    
8354771 gagttactccctttaatctttggctctc--actctttgacatttcttgatctttgttat---agtaggaataacacggagacaaagtgtccaaaatctct 8354677  T
106 tcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatca 168  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
8354676 tcacttgcctgcagtaagaaccttgcatctcaaatgtgtcaactttgttgcaactcaccatca 8354614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 91 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 43144555 - 43144311
Alignment:
91 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaa 190  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||| | |||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||||     
43144555 gtgtccaaaatctctacgcttgcctgcattaagaactttgtatctcaaatatgtcaactttgttgcaacacaccatcactatgctgaccctttttcaaac 43144456  T
191 tgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataa 290  Q
    ||||||| | | || | |||||| || ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||| |  || | |||||||| ||||||     
43144455 tgtcatgagttaaataatttggtacttagggattgttctttgattcaggatgcaaaagtcctttgcatatctaataatgcactttccagtttaactatat 43144356  T
291 gtaatgtattagctgaccaattttcgctttctactccatatctta 335  Q
     |  |||   |||| | |||||||| |||||||||||| ||||||    
43144355 cttctgttgcagctcagcaattttcactttctactccaaatctta 43144311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 91 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 8356196 - 8356024
Alignment:
91 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaa 190  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||||| ||||     
8356196 gtgtccaaaatctcttcaatttcctgcattaagaactttgcatctcgaatgtgtcaactttgttgcaactcaccatcactatgccgaccctttttcaaac 8356097  T
191 tgtcatgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatcta 263  Q
    ||||||| | | || |||||||| ||     |||||   |||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
8356096 tgtcatgagttaaatactttggtacttgatgattgtaaattgattgaggacgcacaagtcctttgcatatcta 8356024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 108 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 9577072 - 9576915
Alignment:
108 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| ||||||| ||| ||| |||||||| || ||| | || ||||  ||| |||| ||    
9577072 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttgaatacttctactttgctgcaactaacagtcactgtgctgatcccttttcgaactgtctcgtgttgaatac 9576973  T
208 tttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaat 265  Q
     ||||||||  | ||||||| ||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||    
9576972 attggtgctcggttattgttgtttgattaaggaaacacaagtcctctgcatatctaat 9576915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 341
Target Start/End: Original strand, 33084188 - 33084505
Alignment:
10 tactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttattatagtaggtatgatgggcatgcaaagtgtccaaaatctcttcac 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||       |||| ||     ||||||||||||||||||||||||||    
33084188 tactccctttaatctttggctctc--actctttgacatttcttgagctttcttat-------ggtagga-----atgcaaagtgtccaaaatctcttcac 33084273  T
110 ttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgtcatgtgctgaagactt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| ||||    
33084274 ttgcctgcattaagaaccttgcatcttcaatttttcaacttctttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttccaaactgtcacgtgttgaatactt 33084373  T
210 tggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactataagtaatgtattagctgacca 309  Q
    |||| || ||   ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| || |  ||| | |||||||    
33084374 tggttctcagtggttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctacatgtctaatcagacactatccaatttgactatatgttacatatcaactgacca 33084473  T
310 attttcgctttctactccatatcttagttctt 341  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
33084474 atattcactttctactccaaatcttagttctt 33084505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 87 - 199
Target Start/End: Original strand, 24845330 - 24845441
Alignment:
87 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttcc 186  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||| |||| | |||||| |||||| |    
24845330 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcagtaagaaccttgcatctcaaatgtgtcaactttgtagcaactcaccatcactatgctga-cctttttc 24845428  T
187 aaaatgtcatgtg 199  Q
    ||| |||||||||    
24845429 aaactgtcatgtg 24845441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 64
Target Start/End: Original strand, 24844594 - 24844651
Alignment:
5 tgagttactctctttaatctttggctctctcactctttgacatttcttgagctttgttat 64  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
24844594 tgagttactctcttcaatctttgg--ctctcattctttgacatttcttgatctttcttat 24844651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 94 - 289
Target Start/End: Original strand, 5476606 - 5476801
Alignment:
94 tccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttccaaaatgt 193  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||   |||||||||||||||||| | |||| | || ||| || ||| ||||   |    
5476606 tccaaaatctctacatttgcctgcattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcgcgatcactatgttgatcccttttcaaacctt 5476705  T
194 catgtgctgaagactttggtgctaaggtattgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgactata 289  Q
    |||| | |||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||    
5476706 catgcgttgaatactttggtgctcaggtgttgttatttgattgaggatgcactagtcctctgcatatctaatcagacactgtccaatttgactata 5476801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University